曾寶輝,過新民,郭順華
(廣州市紅十字會醫(yī)院/暨南大學附屬廣州紅十字會醫(yī)院 超聲科,廣東 廣州 510220)
乳腺癌是世界范圍內發(fā)病率最高的女性惡性腫瘤。根據(jù)2018 年的全球癌癥數(shù)據(jù)[1]統(tǒng)計,乳腺癌新發(fā)病例占全部女性惡性腫瘤的25%。隨著乳腺癌的診治水平的不斷提高,乳腺癌患者的預后有了極大改善。但是,絕大部分乳腺癌患者仍不可能避免地出現(xiàn)轉移和復發(fā),導致乳腺癌仍然是女性癌癥相關死亡的第二大癌種[2]。目前乳腺癌研究領域正致力于開發(fā)新的分子標記物和治療靶點,以進一步提高乳腺癌的診治效果[3]。開發(fā)新的分子標記物對于乳腺癌的早期診斷、藥物反應預測和復發(fā)風險的評估都有很大的幫助,同時為乳腺癌的精準治療提供新的工具[4-6]。
垂體瘤轉化基因1(pituitary tumor transforming gene 1,PTTG1)是一種癌基因,參與調控細胞周期和姐妹染色單體的分離。PTTG1 在多種腫瘤中高表達,且其產物具有體外轉化活性和體內致瘤的活性,提示PTTG1 可能在乳腺癌的發(fā)生發(fā)展中起重要作用[7]。既往研究[8]發(fā)現(xiàn)高表達的PTTG1 與更強的腫瘤侵襲性及腫瘤血管生成密切相關。PTTG1可以通過與多種蛋白相互作用參與調控細胞轉錄過程,與細胞周期、代謝控制和信號轉導通路等密切相關[9]。越來越多的證據(jù)[7-9]表明,PTTG1 可作為癌癥侵襲轉移的生物標志物。但乳腺癌中PTTG1的表達水平及其與患者預后的關系并不清楚,同時PTTG1 與乳腺癌免疫浸潤是否有關系也是未知。
本研究通過公共數(shù)據(jù)庫(包括Oncomine 在線網站、Coexpedia 數(shù)據(jù)庫和TIMER 數(shù)據(jù)庫)評估乳腺癌組織中PTTG1 mRNA 水平與乳腺癌患者預后之間的關系,進一步探討PTTG1 mRNA 水平與乳腺癌患者的臨床病理特征以及腫瘤免疫細胞浸潤的關系,揭示PTTG1 在乳腺癌中的表達情況及其作用,為乳腺癌診斷和治療提供潛在的新靶點。
筆者利用Oncomine 4.5 數(shù)據(jù)庫中Curtis Breast、Richardson Breast 和Zhao Breast 等[10-12]乳腺癌測序數(shù)據(jù),分析乳腺癌組織與癌旁正常乳腺組織中PTTG1的mRNA 表達和DNA 拷貝數(shù)[13]。隨后,利用Kaplan-Meier Plotter(https://kmplot.com)在線分析平臺對Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫中1 402 例乳腺癌患者進行預后分析[14-15],明確PTTG1 的表達水平與患者總生存率的關系。最后,使用UALCAN 在線數(shù)據(jù)分析工具(http://ualcan.path.uab.edu)分析TCGA 數(shù)據(jù)庫中1 097 例乳腺癌患者的PTTG1 表達水平與患者臨床病理特征的關系。
Coexpedia(http://www.coexpedia.org/)數(shù)據(jù)庫是從GEO 中多個人類和小鼠數(shù)據(jù)集整合構建的基因共表達數(shù)據(jù)庫[16]。利用Coexpedia 分析在乳腺癌中與PTTG1 表達顯著相關的基因,并選取排名前50 的基因做后續(xù)分析。
使用R 語言中的clusterProfiler 包將PTTG1 共表達的前50 基因進行GO 和KEGG 通路富集分析[17]。
通過TIMER 數(shù)據(jù)庫(https://cistrome.shinyapps.io/timer)分析PTTG1 的表達水平及其與6 種免疫細胞(CD4+Th1 細胞、CD4+Th2 細胞、巨噬細胞、CD8+T 細胞、B 細胞和中性粒細胞)浸潤水平的相關性。
使用R 語言包“multiMiR”預測PTTG1 以及其共表達基因相互作用的microRNA[18],并使用Cytoscape 3.6.0 構建microRNA-mRNA 可視化網絡[19]。
對來自TCGA 數(shù)據(jù)庫的多個乳腺癌研究中PTTG1 的mRNA 和DNA 拷貝數(shù)水平進行分析。數(shù)據(jù)顯示,在乳腺癌組織中,PTTG1 的mRNA 表達和DNA 拷貝數(shù)變異(CNV)顯著高于正常乳腺組織(P<0.05)(圖1A-E)。對Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫中1 402 例乳腺癌患者進行預后分析,結果發(fā)現(xiàn)乳腺癌中PTTG1 mRNA 高表達患者的總生存率顯著低于低表達的患者(P<0.001)(圖1F)。隨后,TCGA數(shù)據(jù)庫中篩選出1 097 例乳腺癌患者,根據(jù)患者的臨床分期、種族、年齡、TP53 狀態(tài)和淋巴結轉移等情況進行分組分析。結果顯示,各個分組中乳腺癌的PTTG1 表達均高于正常乳腺組織(圖2)。這些結果提示PTTG1 的表達水平可以作為乳腺癌潛在的診斷和預后標記物。
圖1 乳腺癌中PTTG1 mRNA 的表達水平及其與患者生存率的關系 A-D:在Curtis Breast、Richardson Breast、TCGA Breast和Zhao Breast數(shù)據(jù)集中乳腺腫瘤組織和正常乳腺組織之間PTTG1 mRNA表達水平的差異;E:TCGA數(shù)據(jù)集中乳腺腫瘤組織和正常乳腺組織之間PTTG1 DNA拷貝數(shù)的差異;F:Kaplan-Meier生存曲線分析PTTG1表達高低對總生存率的影響(n=1 402)Figure 1 The expression level of PTTG1 mRNA in breast cancer tissues and its relationship with survival rate of patients A-D: The differences of PTTG1 mRNA expression levels between breast tumor tissues and normal breast tissues in the Curtis Breast,Richardson Breast,TCGA Breast and Zhao Breast datasets;E: The difference in PTTG1 DNA copy number between breast tumor tissues and normal breast tissues in the TCGA dataset;F: Analysis the influence of PTTG1 expression level on overall survival rate with Kaplan-Meier survival curve (n=1 402)
圖2 PTTG1的表達與乳腺癌臨床病理特征的關系 A:PTTG1在不同臨床分期乳腺癌組織中的相對表達水平;B:PTTG1在不同種族乳腺癌患者中的相對表達水平;C:PTTG1在不同年齡段乳腺癌患者中的相對表達水平;D:PTTG1在不同TP53狀態(tài)的乳腺癌患者中的相對表達水平;E:PTTG1在不同淋巴結轉移狀態(tài)乳腺癌患者中的相對表達水平;F:正常乳腺組織標本和乳腺癌組織標本中PTTG1 mRNA表達水平的箱線圖Figure 2 Correlation between PTTG1 expression and clinicopathologic features in breast cancer A: The relative expression level of PTTG1 in breast cancer tissues with different clinical stages;B: The relative expression level of PTTG1 in breast cancer patients with different races;C: The relative expression levels of PTTG1 in breast cancer patients with different ages;D: The relative expression level of PTTG1 in breast cancer patients with different TP53 status;E: The relative expression level of PTTG1 in breast cancer patients with different status of lymph node metastasis;F: Boxplots of PTTG1 mRNA expression levels in normal and breast cancer tissues
為了分析乳腺癌中PTTG1 的共表達基因及其相互作用網絡,本研究利用Coexpedia 分析PTTG1的共表達基因(圖3)。結果顯示,共有182 個與PTTG1 共表達的基因,提示PTTG1 可能具有廣泛的調控作用。篩選出其中排名前50 的基因進行后續(xù)分析?;蚋患治鲲@示,這些基因編碼的蛋白質主要定位于紡錘體、染色體以及著絲粒。這些蛋白主要功能是與微管蛋白結合,調節(jié)蛋白質絲氨酸/蘇氨酸激酶的活性,并參與細胞核的分裂、細胞器分離和染色體分離(圖4A-C)。KEGG 通路分析的結果顯示,這些蛋白主要在細胞周期調控、減數(shù)分裂、HTLV-1 感染中發(fā)揮作用(圖4D-E)。
圖3 PTTG1的共表達基因網絡(PTTG1用紅色圓圈標識,共表達基因用綠色圓圈標注)Figure 3 Co-expression gene network of PTTG1 (PTTG1 marked by red circles,and the co-expressed genes marked by green circles)
圖4 乳腺癌中PTTG1共表達基因的GO和KEGG通路富集分析 A:PTTG1及其共表達基因的分子功能作用;B:PTTG1及其共表達基因在細胞成分中的作用;C:PTTG1及其共表達基因所參與的生物學過程;D:PTTG1及其共表達基因的KEGG相關通路;E:細胞周期通路網絡(共表達基因在此通路中所在的位置以紅色標注)Figure 4 Enrichment analysis of GO and KEGG pathways of PTTG1 co-expressed genes in breast cancer A: Molecular functional roles of PTTG1 and its co-expressed genes;B: The role of PTTG1 and its co-expressed genes in cell components;C: Biological processes involved in PTTG1 and its co-expressed genes;D: KEGG related pathways of PTTG1 and its co-expressed genes;E: Network of cell cycle pathway (the locations of co-expressed genes in this pathway indicated in red)
利用clusterProfiler 的R 語言包對共表達基因以及富集通路進行可視化,結果發(fā)現(xiàn)PTTG1 相關的基因主要通過調節(jié)細胞周期發(fā)揮作用。其中MAD2L1、CDC20、CCNB2、CCNA2、BUB1、ESPL1、CDK1 和CCNB1 在PTTG1 調節(jié)細胞周期中發(fā)揮著重要的作用(圖5A)。PTTG1 共表達基因參與多個通路的調節(jié),可能通過這些通路參與乳腺癌的發(fā)生發(fā)展(圖5B)。
圖5 乳腺癌中PTTG1共表達基因和通路的可視化網絡 A:PTTG1共表達基因可視化網絡;B:共表達基因的KEGG通路富集可視化網絡Figure 5 Visual network of PTTG1 co-expressed genes and pathways in breast cancer A: Visual network of PTTG1 coexpressed genes;B: Visual network of KEGG pathway enrichment in co-expressed genes
TIMER 數(shù)據(jù)庫分析顯示PTTG1 的表達與6 種免疫細胞(CD4+Th1 細胞,CD4+Th2 細胞、巨噬細胞、CD8+T 細胞、B 細胞和中性粒細胞)之間密切相關(圖6)。PTTG1 表達水平與CD4+Th1 細胞(r=0.490,P=3.52e-61)、CD4+Th2 細胞(r=0.765,P=3.7e-192)、巨噬細胞(r=0.308,P=2.8e-23)、B 細胞(r=0.228,P=3.69e-13)和中性粒細胞(r=0.121,P=1.27e-04)的浸潤水平呈正相關,與CD8+T 細胞浸潤水平呈負相關(r=-0.198,P=3.16e-10)。
圖6 PTTG1表達水平與浸潤性免疫細胞浸潤水平的關系 A-F:PTTG1的表達與CD4+ Th1細胞、CD4+ Th2細胞、巨噬細胞、CD8+ T細胞、B細胞和中性粒細胞浸潤水平呈正相關,與CD8+ T細胞浸潤程度呈負相關Figure 6 Relationship between the expression level of PTTG1 and the infiltration level of infiltrating immune cells A-F:The expression of PTTG1 positively correlated with the infiltration levels of CD4+ Th1 cells,CD4+ Th2 cells,macrophages,CD8+ T cells,B cells and neutrophils,and negatively correlated with the infiltration degree of CD8+ T cells
為進一步探討PTTG1 在乳腺癌中的作用機制,本研究利用multiMiR R 語言數(shù)據(jù)包分析了與PTTG1以及其共表達基因相互作用的microRNA。其中,與PTTG1 相互作用的microRNA 有30 個,與PTTG1共表達的排名前50 基因相互作用的microRNA 有5 130 個,共同靶向PTTG1 及其共表達基因的microRNA 共有17 個。使用Cytoscape 軟件對microRNA-基因網絡進行可視化,結果提示PTTG1可能由microRNA 以ceRNA 的機制調控(圖7)。
圖7 PTTG1-microRNA-共表達基因可視化網絡Figure 7 Visualization network of PTTG1-microRNA-Coexpression genes
早期診斷和預后評價是癌癥管理中極其關鍵且富有挑戰(zhàn)性的環(huán)節(jié)。乳腺癌異質性極大,需要應用多種生物標記物的協(xié)同分析,以實現(xiàn)乳腺癌的早期診斷和預后精準預測[20]。因此,當前迫切需要發(fā)現(xiàn)更多的乳腺癌生物標記物,從而實現(xiàn)乳腺癌早診早治和預后評價[21-22]。
PTTG1 在多種惡性腫瘤中高表達,被認為是一種致癌基因,它的高表達對腫瘤的生長和發(fā)展具有促進作用并與多種癌癥的不良預后有關[23-27]。PTTG1 mRNA 在腸癌組織和細胞系中表達上調,是腸癌預后的一個獨立的危險因素[23]。在非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中,Li 等[24]發(fā)現(xiàn)PTTG1 在NSCLC 的侵襲、轉移中具有重要作用,通過siRNA 敲低PTTG1 表達可抑制NSCLC 細胞的侵襲。應用siRNA 干擾PTTG1 的表達后,口腔鱗狀細胞癌細胞的侵襲能力顯著降低。而microRNA-186 和microRNA-655 可抑制PTTG1 在口腔鱗狀細胞癌細胞中的表達,進而調節(jié)細胞的侵襲活性[8]。Cui 等[25]發(fā)現(xiàn)敲低PTTG1 可顯著抑制膠質母細瘤的血管生成,抑制細胞的遷移和侵襲,并促進腫瘤細胞的凋亡。Fraune 等[26]通過對12 427 例前列腺癌樣本進行免疫組化檢測,結果發(fā)現(xiàn)PPTG 可單獨或與其他生物標志物聯(lián)合使用能較好地評估前列腺癌的侵襲性。Grzechowiak 等[27]證實了PTTG1 在頭頸部鱗狀細胞癌中的具有顯著的促癌作用。這些研究表明PPTG1 是潛在的腫瘤診斷標記物和治療靶點。本研究通過對開放數(shù)據(jù)庫進行分析發(fā)現(xiàn)PTTG1在乳腺癌組織中表達升高并與不良預后相關,提示PTTG1 可能在乳腺癌中發(fā)揮癌基因的作用,是乳腺癌潛在的診斷和預后標志物。
本研究使用clusterProfiler 的R 語言分析PTTG1及其共表達基因的富集情況,結果發(fā)現(xiàn)PTTG1 的功能主要富集在核分裂、細胞器分離和染色體分離上。KEGG 通路富集則提示,PTTG1 與乳腺癌的細胞周期、減數(shù)分裂、HTLV-1、p53 信號轉導是密切相關的。細胞周期失調是癌細胞惡性增殖的基礎,細胞周期紊亂可導致癌細胞快速增殖[28]。p53是一個重要的抑癌基因,p53 突變和喪失抑癌作用是腫瘤惡變的一個重要原因[29]。而本研究發(fā)現(xiàn)PTTG1 的表達與p53 信號轉導密切相關。因此,筆者推測乳腺癌中PTTG1 高表達可能通過調控細胞周期和p53 信號通路而使得腫瘤增殖和侵襲能力增強,從而導致患者的不良預后。期待進一步的研究來驗證該假說。
大量研究[30-31]證實,腫瘤浸潤淋巴細胞與腫瘤預后和對治療的反應密切相關。PTTG1 表達與乳腺癌中多種抑制性免疫細胞浸潤水平呈正相關,同時與具有抗癌作用的CD8+T 細胞浸潤水平呈負相關,這可能是PTTG1 高表達造成患者預后不良的另一重要原因。本研究結果表明,PTTG1 參與調控乳腺癌的免疫微環(huán)境,推測PTTG1 的表達可能與免疫治療的療效相關,這值得后續(xù)進一步研究。
綜上所述,本研究證實乳腺癌組織中PTTG1表達上調且其高表達與乳腺癌患者的不良預后相關。PTTG1 與乳腺癌的免疫浸潤密切相關,是乳腺癌潛在的診斷標記物和治療靶點。但是,PTTG1 在乳腺癌中發(fā)揮作用的具體機制還需要進一步的研究加以闡明。
利益沖突:所有作者均聲明不存在利益沖突。