王紅兵
癌癥是一個全球性的主要公共衛(wèi)生問題[1]。2020年全球癌癥新報告和死亡病例一半來自中國[2]。我國社會人口老齡化的進程,成為近年來癌癥負擔增加的主要驅動因素[3]。液體活檢,以衍生于腫瘤部位的CTCs、循環(huán)游離DNA或RNA、外泌體等為標志物,從患者體液提取、分析的統(tǒng)稱,正在興起,并發(fā)揮作用于腫瘤診斷的早期應用,確診后管理,風險評估,轉移或復發(fā)監(jiān)測[4~7]。CTCs和ctDNA在液體活檢領域應用較早,已有商業(yè)化項目獲準應用于臨床實踐。exosomes雖起步晚,但與CTCs和ctDNA相比,具有豐度高、來源廣、半衰期長的特點,成為液體活檢研究的新寵,近年來取得了不錯的進展。本文將以CTCs、ctDNA和exosomes為代表,對其分離、檢測方法以及在臨床上的應用等進展進行綜述。
1.1 循環(huán)腫瘤細胞(CTCs)
1.1.1概述 1869年病理學家Ashworth在癌癥死亡患者血液中發(fā)現(xiàn),有一類細胞,其形態(tài)與腫瘤形態(tài)相似,將其命名為CTCs。CTCs是一種從實體腫瘤病灶,包含原發(fā)和轉移病灶,自發(fā)脫落或受手術操作、活檢取材等外界刺激而被動脫落,以游離的單個細胞或多個細胞聚集的細胞團狀態(tài),進入外周血液系統(tǒng),并循環(huán)至全身的腫瘤細胞[4~6,8,9]。極少數CTCs在血液中存活,充當種子,傳播到遠處,完成轉移過程。已在許多不同的上皮細胞癌(肺癌、乳腺癌、胰腺癌、結腸癌和前列腺癌)和不表達上皮來源標志物的癌癥(多形性膠質母細胞瘤和黑細胞瘤)[4~6,8]被證實。CTCs攜帶了完整的來源于母體瘤的遺傳學信息,包含基因組、蛋白組等生物信息,可據此為信息源研究腫瘤組織,在癌癥的早診、療效觀察、轉移或復發(fā)監(jiān)測等方面發(fā)揮重要作用,為患者提供精準醫(yī)療依據,個體化治療指導[4~6]。CTCs還可作為細胞培養(yǎng)株,進行體外培養(yǎng),作為藥敏試驗,早期預測不同類型癌癥的治療反應[5]。
1.1.2檢測技術 CTCs在進入外周血后,絕大多數會被免疫系統(tǒng)識別而清除,只有極少數能夠存活,血液中CTCs含量極低[8]。對CTCs進行檢測、分析的前提,是尋找效率高、特異性強、靈敏度好、細胞活性優(yōu)的捕獲、富集、分離技術。不同的血細胞,均有其獨特的物理、生物特性,目前常用的方法均是據此而設計開發(fā)[4~6,8~10]。物理法有基于細胞大小的微孔濾膜過濾法、基于細胞密度的密度梯度離心法、基于電荷的凝膠電泳法。生物法根據抗原抗體特異性反應,依靠細胞表明不同的標志物和粘附分子,基于免疫磁珠、微流控芯片技術等進行針對性篩選,篩選出腫瘤細胞的為陽性富集,去除掉非腫瘤細胞的為陰性富集,有代表性的技術平臺為CellSearchTM、MagSweeperTM、CTC-Chip、nanotube-CTC-chip、CellCollectorTM等。CellSearch系統(tǒng)是一種體外富集系統(tǒng),于2004年獲美國FDA授權,用于乳腺癌、前列腺癌和直腸癌的診療。CellCollector系統(tǒng)是一種新興技術,首創(chuàng)CTCs體內捕獲方式,2012年獲得CE認證、2017年獲得CFDA三類認證,可用于肺癌、前列腺癌、乳腺癌等。富集完成后,可采用熒光標記技術結合免疫、核酸檢測技術,如免疫熒光、熒光原位雜交、流式細胞術、熒光定量PCR等,以及近年來興起的液滴數字PCR(Droplet Digital PCR,dd-PCR)和高通量測序技術(NGS)等對CTCs進行細胞形態(tài)、功能亞群、蛋白組學和基因組學分析和檢測[4~6,8~10]。近年來,有學者研究發(fā)現(xiàn),通過整合單細胞RNA測序與CTCs分析,可識別癌基因的點突變和拷貝數變異等,能更好的證明CTCs的異質性,并據此識別癌癥亞型,進一步揭示癌癥轉歸的分子機制,預測腫瘤表型轉化和耐藥,為患者提供真正個體化治療指導[5,9]。
1.2 循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)
1.2.1概述 在體液環(huán)境中,包括血液、腦脊液、尿液等,可檢測到一類游離的DNA片段,被稱為循環(huán)游離DNA(cell-free DNA,cfDNA)。研究發(fā)現(xiàn),cfDNA起源于腫瘤微環(huán)境的腫瘤和非腫瘤細胞,以及來自其他身體部位的細胞[10,11]。腫瘤細胞來源的cfDNA為ctDNA[11]。ctDNA攜帶的遺傳信息,與其母體細胞一致,可通過對ctDNA點突變、缺失/插入、甲基化修飾、拷貝數異常等的檢測,觀察其母體腫瘤基因缺陷和表觀遺傳學改變[4~6,11],為腫瘤診斷、微小殘留病灶(Minimal Residnal Disease,MRD)、預后分析、轉移監(jiān)測等提供重要信息[4~6,11,12]。ctDNA中值半衰期為35分鐘,其豐度與腫瘤負荷呈正相關,可實時提示腫瘤進展[12]。
1.2.2檢測技術 ctDNA在cfDNA含量很低,不到1%,從血液中提取足夠數量的ctDNA是保證檢測質量的前提。目前主要使用商品化的試劑盒來提ctDNA,利用磁珠法和微柱離心法來吸附、洗脫、分離、純化ctDNA。ctDNA的檢測基于識別腫瘤特異性畸變或cfDNA 樣本中的表觀遺傳標記,有高靈敏度檢測預先指定的癌癥相關突變的超靈敏靶向方法,基于PCR技術的dd-PCR、磁珠乳液擴增技術、等位基因特異性PCR 、等位基因特異性不可延伸引物封閉 PCR、低溫共擴增 、肽核酸鎖定核酸PCR、甲基化特異性PCR和基于測序技術,如標記擴增深度測序技術、癌癥個體化深度測序分析(cancer personalized profiling by deep sequencing, CAPP-Seq);有無偏倚地檢測基因組畸變的非靶向方法,全基因組測序(WGS)、全外顯子組測序(WES)、FastSeqS和NGS等[4~6,11]。dd-PCR因可實現(xiàn)核酸絕對定量,結果更加可靠,已成為近年來的研究熱點。
1.3 外泌體
1.3.1概述 外泌體是表面呈凹半球狀的類囊泡小體,具有立體膜結構,直徑約40~100 nm[13]。外泌體來源廣泛,可由大多數細胞(免疫和非免疫)分泌,包括樹突狀細胞、淋巴細胞、肥大細胞和腫瘤細胞,廣泛存在于各種體液環(huán)境,具有脂質雙膜,攜帶大量母體細胞信息,包括蛋白質、脂質、核酸(DNA/RNA)等,參與許多生理、病理過程[14,15]。腫瘤微環(huán)境可提升外泌體的異質性,改變外泌體大小及內容物的功能,促進外泌體釋放,不同的癌癥衍生的外泌體差異很大。腫瘤來源外泌體攜帶腫瘤特征性信息,包括微RNA、長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA、環(huán)形RNA(circular RNA,circRNA)、DNA、蛋白質等,介導腫瘤細胞間通訊、參與調節(jié)腫瘤微環(huán)境、促進腫瘤生長、轉移等,展示出了在腫瘤診斷、預后、監(jiān)測、轉移方面潛在的應用前景[14,15]。
1.3.2檢測技術 外泌體的分離、提取是鑒定、研究、應用最關鍵的步驟,目前的提取方法主要是基于密度、體積、分子表型等,有離心法(包括高速離心法、密度梯度離心法)、沉淀法、膜親和法、免疫磁珠法、超濾膜過濾法、尺寸排阻色譜法、適配體法、微流控芯片技術、商業(yè)試劑提取等[4,13~15]。提取后的檢測,則是根據所要檢測的靶目標,選擇有針對性的檢測方法。針對外泌體形狀和顆粒表征,電子顯微技術(掃描、投射電鏡和原子力顯微鏡)可展示表面形態(tài)信息,動態(tài)光散射可用于測量外泌體大小和 zeta 電位分布,納米顆粒跟蹤分析可用于確定顆粒濃度和尺寸分布;針對外泌體蛋白質,選用酶聯(lián)免疫吸附試驗、蛋白印跡、流式細胞術、色譜分析、質譜分析等;針對外泌體RNA和DNA,選用實時熒光定量PCR、數字PCR、NGS測序等方法;針對外泌體脂質,常用質譜分析技術[4,14,15]。新興跨學科技術的發(fā)展,為外泌體的分離和檢測提供了新的思路和手段。學者們開發(fā)出了基于脂質分離、聲學隔離以及熱泳富集等新的分離方法,基于分子信標、DNA四面體探針、生物傳感器、熱泳傳感器、CRISPR/Cas系統(tǒng)輔助檢測和人工智能等新的檢測方法[7]。
2.1 腫瘤預警及早期診斷液體活檢因技術靈敏度高,選用的生物標志物往往在腫瘤早期即可表現(xiàn)出異常,早于影像學改變及傳統(tǒng)的腫瘤標志物,可用于健康和高危人群腫瘤的預警及早期篩查。Cohen等[16]描述了一種通過血液檢測8種常見惡性腫瘤(肺癌、乳腺癌、卵巢癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、結腸直腸癌和食道癌)的方法,稱為CancerSEEK。該方法結合8種蛋白標志物與ctDNA分析16個基因中的相關突變,對1005例臨床診斷的前述8類非轉移性癌癥患者檢測,特異性≥99%,整體中位敏感性約70%,展示了ctDNA作為腫瘤早期診斷生物標志物的應用前景。Chen等[17]選擇了10個外泌體circRNA,通過實時定量逆轉錄PCR(qRT-PCR)篩選,分析比較肺腺癌(lung adenocarcinoma,LAUD)組和健康對照組血漿濃度,發(fā)現(xiàn)circ_0000690、circ_0001346、circ_0001439和circ_0001492在病例組的表達水平,在病程早期就已上調表達,circ_0001346和circ_0001492在對照組幾乎檢測不到,意味著circ_0001346和circ_0001492可作為LAUD早期診斷候選標志物。Wang等[18]研究發(fā)現(xiàn),與健康對照組相比,外泌體circ_002178在LAUD組表達顯著增加(AUC0.9956,P<0.001);且在病例組中,來源于腫瘤細胞的外泌體circ_002178表達明顯高于正常人支氣管上皮細胞來源的外泌體;這些結果證實了血清circ_002178作為LAUD新的診斷標志物的可能性。Shi[19]等通過qRT-PCR技術,以分化拮抗非蛋白編碼RNA(differentiation antagonizing non-protein coding RNA,DANCR)為檢測目標,以乳腺癌、良性乳腺疾患和健康女性為目標人群,分析比較血清外泌體 lncRNA DANCR水平,發(fā)現(xiàn)血清外泌體 lncRNA DANCR 是一個乳腺癌獨立的風險因素,與傳統(tǒng)標志物CA153、CEA聯(lián)合使用更是能大大提高診斷準確率。Li等[20]設計、實施了一項多中心前瞻性研究,以食管鱗狀細胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者和健康志愿者為隊列,包括試點隊列(ESCC 患者、對照各3例)和發(fā)現(xiàn)隊列(ESCC患者、對照各33例),對唾液外泌體進行 RNA 測序來鑒定tRNA 衍生的小 RNA (tsRNAs),發(fā)現(xiàn),tRNA-GlyGCC-5和一種以前未鑒定的小RNA(因來源于ESCC 患者唾液的外泌體中,被命名為sRESE)組成的雙標記,能夠以高靈敏度 (90.50%) 和特異性 (94.20%) 區(qū)分ESCC患者與對照組,進一步展示了外泌體作為生物標志物,在腫瘤診斷方面的可行性和應用前景。
2.2 腫瘤療效觀察及預后評估液體活檢技術因創(chuàng)傷小、取材方便、患者配合度和依從性較高,可以反復、規(guī)律性取材,有助于指導用藥、適時觀察療效和評估預后,實現(xiàn)腫瘤的精準化治療。 Heller等[21]對比轉移性去勢抵抗性前列腺癌 (metastatic castration-resistant prostate cancer,mCRPC)患者對比前列腺特異性抗原(PSA)和CTC0,對五項隨機三期臨床試驗進行了綜合分析,呈現(xiàn)的結果表明,使用 FDA 批準的 CellSearch 測定其定義的 CTC0 終點,CTCs 數量從可檢測(存在)到不可檢測(不存在),是一種反應指示生物標志物,與更長的生存期密切相關,與PSA相比,這是一個明確的讓患者受益的早期臨床指標。Lorente等[22]研究表明,對接受COU-AA-301(阿比特龍或安慰劑+強的松)和 IMMC-38(化療)的晚期前列腺癌患者,在治療前12周,CTCs數量的增加意味著更差的預后。 Goldberg等[23]通過對接受抑制劑治療的非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的ctDNA研究,發(fā)現(xiàn) ctDNA 響應,定義為ctDNA 水平下降低于基線值的一半,和射線照相響應之間有很強的一致性,且 ctDNA反應明顯早于射線照相反應,達到 ctDNA 反應的患者有更長的治療受益時間,以及優(yōu)越的無進展生存期和總生存期。Sandfeld-Paulsen等[24]通過細胞外囊泡陣列技術,以外泌體膜表面49 種蛋白質為目標,用49種抗體對其進行可視化捕獲,對276 名 NSCLC 患者血漿外泌體分析表型,研究評估外泌體蛋白質表型作為 NSCLC 的預后生物標志物,發(fā)現(xiàn) NY-ESO-1與預后顯示出了較強的關聯(lián)性,證明NY-ESO-1是一種強有力的NSCLC的預后生物標志物。Gauthier等[25]進行了一項前瞻性試點研究,以探索CTCs預測新輔助化療口咽癌患者預后,發(fā)現(xiàn)CTCs陽性變異的患者總生存期較低,表明可早期識別患者CTCs數量的變化,及早調整治療策略,提高生存率,同時限制不必要的治療副作用。
2.3 腫瘤MRD和復發(fā)監(jiān)測MRD是描述在治療期間或治療后留在體內的極少數癌細胞的術語。這些殘留的癌細胞可導致腫瘤復發(fā)和轉移,卻無法通過影像學或臨床檢查檢測,只有采用靈敏度足夠高的實驗室方法,才能從海量正常細胞中檢測到這些癌細胞[6]。測序技術和生物傳感器的發(fā)展,顯示出了液體活檢在MRD 檢測方面可喜的成果,故可應用液體活檢技術監(jiān)測MRD,用于療效觀察和復發(fā)監(jiān)測。Chaudhuri等[26]通過深度測序 (CAPP-seq) 進行個性化分析,以40例接受 I~III 期治療的局限性肺癌患者、54例對照的ctDNA為樣本(共計255份),在可評估的復發(fā)患者中,多達94%的患者可在治療后的第一次檢測點檢測到ctDNA;在治療后可檢測到ctDNA 的患者均觀察到了不良結果,早于影像學進展。Hellmann等[27]對31例從PD-(L)1 阻斷劑治療中獲得長期益處(無進展生存期≥12個月)的晚期 NSCLC 患者,從治療期間/治療后的監(jiān)測時間點,通過CAPP-Seq分析 ctDNA,發(fā)現(xiàn)幾乎所有在監(jiān)測中檢測不到 ctDNA 的患者保持無進展,檢測到ctDNA 的患者最終均取得了進展。Garcia-Murillas等[28]進行了一項前瞻性研究,以55例接受新輔助化療的早期乳腺癌患者為隊列,在完成治愈性治療后,單次術后時間點或隨訪期連續(xù)檢測血漿ctDNA,以評估轉移性復發(fā)風險,證實ctDNA分析可以定義MRD,更準確地預測復發(fā)。Tie等[29]在一次前瞻性研究中,對230例手術切除的II期結腸癌患者,術后第一次隨訪時檢測ctDNA,ctDNA陰性組中90%達到了3年無復發(fā)生存,ctDNA陽性組則為0%。在上尿路尿路上皮癌(upper tract urothelial carcinoma,UTUC),Nakano等[30]2021年最新的研究也證實了ctDNA 可用于檢測 UTUC 患者根治性手術后的 MRD。
目前腫瘤診斷的金標準仍是組織活檢。但傳統(tǒng)活檢需要從腫瘤部位提取組織標本,存在感染和內出血的風險,患者體驗性差。液體活檢,作為一種改進性診斷和監(jiān)測方案,從患者血液和其他體液提取生物標志物,無創(chuàng)或微創(chuàng),可靈敏、方便地提供具體、準確的分子信息,逐漸受到越來越多的關注。液體活檢的生物標志物,可提供連續(xù)的基因突變信息,更好地反應腫瘤時間和空間上的異質性,包括侵襲性和整體分子景觀,用于腫瘤診斷、預后、MRD和轉移監(jiān)測等,并通過過早的介入和及時調整治療,提高癌癥患者的總體生存率。
盡管液體活檢在癌癥的早診、預后和監(jiān)測轉移方面,已證明了其無與倫比的優(yōu)越性,代表了一種前景良好的診斷和監(jiān)測方案,但大規(guī)模的臨床應用仍面對不少挑戰(zhàn)。CTCs在外周血中豐度低、形態(tài)各異、異質性強,目前單一的捕獲技術均存在一定的缺點,雙模態(tài)捕獲技術尚不成熟,還在研究之中。ctDNA在外周血中含量特別少,只能提示腫瘤負荷,無法確定腫瘤分期、定位。Exosomes的提取缺乏標準、快速、易行的方法,不同的方法有其獨到之處和各自的缺陷,尚缺乏能同時保證數量和質量的方法。高靈敏的檢測方法,會產生一定的偏好性和假陽性。這些均限制了液體活檢在臨床上的應用。不過,相信隨著技術的進一步發(fā)展,對癌癥病理機制的進一步認識,新的共識將不斷達成,液體活檢規(guī)范化、標準化的分離、提取和分析方法必將不斷建立;同時,隨著大量的多中心和前瞻性的臨床研究的開展,液體活檢的臨床有效性和實用性必將獲得進一步認可。