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        耐碳青霉烯類鮑曼不動(dòng)桿菌的耐藥性及耐藥基因分布特點(diǎn)研究

        2022-12-10 10:57:12王艷艷高翔宇王穎君呂瑩瑩韓艷秋蘭海霞王俊瑞
        中國(guó)合理用藥探索 2022年11期
        關(guān)鍵詞:烯酶烯類鮑曼

        王艷艷,高翔宇,王穎君,呂瑩瑩,韓艷秋,蘭海霞,王俊瑞*

        1內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院檢驗(yàn)科,呼和浩特 010050;2解放軍第九六九醫(yī)院兒科,呼和浩特 010051

        鮑曼不動(dòng)桿菌(Acinetobacter baumannii)為非發(fā)酵革蘭陰性桿菌,廣泛存在于自然界,是定植于人體呼吸道及皮膚表面等部位的條件致病菌,在宿主免疫力低下等情況下易引起多種感染性疾病,如呼吸道感染、泌尿生殖道感染、傷口感染和敗血癥等[1-3]。近年來(lái),碳青霉烯類抗菌藥物被廣泛用于治療細(xì)菌感染性疾病,耐碳青霉烯類鮑曼不動(dòng)桿菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii,CRAB)感染患者數(shù)呈逐年增多的趨勢(shì),多重耐藥(multi-drug resistant,MDR)及泛耐藥(pan-drug resistant,PDR)鮑曼不動(dòng)桿菌的廣泛流行給臨床抗感染治療帶來(lái)巨大挑戰(zhàn)[4-7]。有研究顯示,產(chǎn)碳青霉烯酶是鮑曼不動(dòng)桿菌最主要的耐藥機(jī)制之一[8]。本研究擬通過(guò)對(duì)本院2013年9月~2021年2月分離的100株CRAB菌株的分布及耐藥性進(jìn)行統(tǒng)計(jì),分析其耐藥基因分布情況,并初步探究菌株對(duì)碳青霉烯類藥物的耐藥機(jī)制,為CRAB的有效治療及醫(yī)院感染防控提供數(shù)據(jù)參考。

        1 材料與方法

        1.1 菌株來(lái)源

        選取從2013年9月~2021年2月期間本院收治患者的臨床標(biāo)本中分離的100株CRAB菌株,剔除同一患者重復(fù)菌株。

        1.2 儀器與試劑

        IMH750-S型微生物培養(yǎng)箱(美國(guó)Thermo Fisher Scientific公司);VITEK2-Compact全自動(dòng)微生物鑒定儀及其配套試劑(法國(guó)Bio-M é rieux公司);microTyper MALDI-TOF質(zhì)譜儀(江蘇天瑞儀器有限公司廈門分公司);Effiency96型PCR擴(kuò)增儀(北京領(lǐng)宇科技有限公司);PowerPacTMBasic型電泳儀(美國(guó)Bio-Rad公司);Gel Doc XR+型凝膠成像分析系統(tǒng)(美國(guó)Bio-Rad公司)。

        MH瓊脂粉(英國(guó)Oxoid公司,批號(hào):2846108);替加環(huán)素藥敏試劑(溫州康泰生物科技有限公司,批號(hào):VG1213JA);VITEK2-Compact全自動(dòng)微生物鑒定儀及配套試劑GN16卡(法國(guó)Bio-M é rieux公司,批號(hào):1132013503);藥敏試紙[溫州康泰生物科技有限公司,批號(hào):331353(美羅培南)、3354894(頭孢哌酮/舒巴坦)];引物、MasterMix、DNA Marker(大連TaKaRa生物工程有限公司,批號(hào):#S7621);細(xì)菌基因組 DNA 提取試劑盒(天根生化科技有限公司,批號(hào):W0130);質(zhì)控菌株為大腸埃希菌ATCC25922、銅綠假單胞菌ATCC27853,均購(gòu)自國(guó)家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心。

        1.3 細(xì)菌鑒定及藥敏試驗(yàn)

        菌株的分離、培養(yǎng)參照《臨床微生物檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)化操作》(第三版)[9]進(jìn)行,采用 VITEK 2-Compact全自動(dòng)微生物鑒定/藥敏系統(tǒng)及microTyper MALDI-TOF質(zhì)譜儀進(jìn)行鑒定和復(fù)核。藥敏試驗(yàn)中,頭孢哌酮/舒巴坦、美羅培南采用K-B紙片擴(kuò)散法進(jìn)行藥敏試驗(yàn);替加環(huán)素采用微量肉湯稀釋法進(jìn)行藥敏試驗(yàn);其他抗菌藥物采用VITEK 2-Compact全自動(dòng)微生物系統(tǒng)鑒定/藥敏系統(tǒng)進(jìn)行藥敏試驗(yàn)??咕幬餄舛染鶠镚N16卡片中的濃度范圍:頭孢吡肟(2~16μg/ml)、亞胺培南(1~32μg/ml)、妥布霉素(4~16μg/ml)、阿米卡星(16~64μg/ml)、復(fù)方磺胺甲唑( 甲氧芐啶2~4mg/ml、磺胺甲唑 38~76μg/ml)、慶大霉素(4~16μg/ml)、環(huán)丙沙星(1~4μg/ml)、頭孢曲松(1~4μg/ml)、左氧氟沙星(2~8μg/ml)和替加環(huán)素(0.5~8μg/ml)。結(jié)果判定參照美國(guó)臨床與實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(huì)(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)M100-S32 版文件[10]。

        1.4 碳青霉烯酶基因檢測(cè)

        按照DNA提取試劑盒的操作步驟,提取100株CRAB菌株的全基因組DNA,并置于-20℃保存?zhèn)溆谩R锛胺磻?yīng)條件參照文獻(xiàn)進(jìn)行設(shè)計(jì)[11-15],包括D類碳青霉烯酶基因(blaOXA-23,blaOXA-24,blaOXA-51,blaOXA-58,blaOXA-143和blaOXA-48)、B 類碳青霉烯酶基因(blaIPM,blaVIM,blaNDM,blaGIM和blaSIM)、A 類碳青霉烯酶基因(blaKPC-2)[8]和插入序列(ISAba1)共13對(duì)引物序列,詳見(jiàn)表1。

        表1 PCR引物序列

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        采用WHONET 5.6軟件對(duì)藥敏結(jié)果進(jìn)行分析,計(jì)數(shù)資料以n(%)表示。

        2 結(jié)果

        2.1 CRAB菌株的標(biāo)本來(lái)源分布

        100株CRAB菌株來(lái)源于8種不同的臨床標(biāo)本,其中痰液標(biāo)本最多(75株,75.0%);其次是尿液標(biāo)本(8株,8.0%);傷口分泌物和膿汁標(biāo)本均為6株(6.0%)。具體標(biāo)本來(lái)源分布及構(gòu)成比見(jiàn)表2。

        表2 CRAB菌株的標(biāo)本來(lái)源分布情況

        2.2 CRAB菌株的臨床科室來(lái)源分布

        100株CRAB菌株的主要臨床科室來(lái)源為重癥加強(qiáng)護(hù)理病房(intensive care unit,ICU),有30株(30.0%);其次為神經(jīng)外科(24株,24.%)、康復(fù)科(13株,13.0%)、呼吸內(nèi)科(9株,9.0%)。CRAB菌株的臨床科室來(lái)源分布及構(gòu)成比詳見(jiàn)表3。

        表3 CRAB菌株的臨床科室來(lái)源分布情況

        續(xù)表

        2.3 CRAB對(duì)常用抗菌藥物耐藥情況

        本研究中,100株CRAB菌株對(duì)頭孢曲松、頭孢吡肟和環(huán)丙沙星的耐藥率均為100%;慶大霉素耐藥率為90.0%;頭孢哌酮/舒巴坦耐藥率為62.0%,中介率為35.0%,敏感率僅為3.0%(以頭孢哌酮折點(diǎn)為參考判斷敏感或耐藥);阿米卡星耐藥率較低,僅為33.0%;未發(fā)現(xiàn)對(duì)替加環(huán)素耐藥的菌株。CRAB對(duì)常用抗菌藥物的耐藥情況見(jiàn)表4。

        表4 CRAB對(duì)常用抗菌藥物的耐藥情況 n(%)

        2.4 碳青霉烯酶基因檢測(cè)結(jié)果

        PCR檢測(cè)結(jié)果顯示,100株CRAB菌株中,97株擴(kuò)增出blaOXA-23(97.0%);94株擴(kuò)增出blaOXA-51(94.0%);1 株擴(kuò)增出blaOXA-58(1.0%);4株擴(kuò)增出blaNDM(4.0%);1株擴(kuò)增出blaIPM(1.0%);99株擴(kuò)增出ISAba1(99.0%);另外,blaOXA-24、blaOXA-143、blaOXA-48、blaKPC-2、blaSIM、blaVIM和blaGIM均未檢出,結(jié)果見(jiàn)圖1。

        圖1 碳青霉烯類基因檢測(cè)陽(yáng)性率情況

        3 討論

        鮑曼不動(dòng)桿菌是不動(dòng)桿菌屬中最常見(jiàn)的一種革蘭陰性桿菌,具有較強(qiáng)的存活力和抵抗力,已成為威脅全球人類健康的一類重要病原菌,尤其對(duì)老年、患危重疾病、機(jī)體抵抗力弱及進(jìn)行各種侵入性操作、長(zhǎng)期使用廣譜抗菌藥物治療的患者威脅更大[2,14-15]。2020年全國(guó)細(xì)菌耐藥監(jiān)測(cè)報(bào)告顯示[16],鮑曼不動(dòng)桿菌的分離率在革蘭陰性菌中排名第4位,其對(duì)碳青霉烯類藥物的耐藥率基本穩(wěn)定,全國(guó)平均耐藥率為53.7%,較2019年下降了2.3%;地區(qū)間有一定的差別,其中河南省最高(78.5%),青海省最低(18.2%);值得注意的是,內(nèi)蒙古地區(qū)處在中間水平,平均耐藥率為54.7%,但較2019年下降了1.8%。世界衛(wèi)生組織(WHO)于2017年公布的新型抗菌藥物研發(fā)重點(diǎn)病原體清單中,CRAB居革蘭陰性菌之首。CRAB感染不僅可造成較高的病死率、提高醫(yī)療保健和治療費(fèi)用負(fù)擔(dān),還給遏制微生物耐藥性和耐藥菌傳播、臨床感染防控等方面帶來(lái)了嚴(yán)峻挑戰(zhàn)[17-18]。

        因鮑曼不動(dòng)桿菌具有極強(qiáng)的獲得耐藥能力,已成為醫(yī)院內(nèi)暴發(fā)感染的重要致病菌,且分離率不斷提高、耐藥程度越來(lái)越嚴(yán)重[2]。CRAB對(duì)多種常用抗菌藥物均耐藥,呈PDR或全耐藥趨勢(shì)[19]。本研究對(duì)100株CRAB菌株進(jìn)行耐藥性分析,結(jié)果顯示CRAB對(duì)頭孢吡肟、頭孢曲松、環(huán)丙沙星和左氧氟沙星的耐藥率均為100%,與國(guó)內(nèi)部分研究報(bào)道一致[20-21];對(duì)阿米卡星、妥布霉素、復(fù)方磺胺甲唑、頭孢哌酮/舒巴坦和慶大霉素的耐藥率均低于國(guó)內(nèi)其他地區(qū)相關(guān)報(bào)道[20-21],這可能與內(nèi)蒙古地區(qū)的特殊地理位置、人口構(gòu)成或本研究納入菌株數(shù)有限有關(guān)。此外,由于自動(dòng)化儀器法檢測(cè)替加環(huán)素耐藥性的局限性,本研究采用微量肉湯稀釋法進(jìn)行檢測(cè),發(fā)現(xiàn)本院CRAB菌株對(duì)替加環(huán)素仍保持高敏感性,未發(fā)現(xiàn)中介或耐藥株。

        鮑曼不動(dòng)桿菌對(duì)碳青霉烯類藥物的耐藥機(jī)制包括產(chǎn)碳青霉烯酶、青霉素結(jié)合蛋白改變、膜孔道蛋白缺失、藥物主動(dòng)外排泵的過(guò)度表達(dá)等,產(chǎn)碳青霉烯酶是其主要機(jī)制之一[8]。根據(jù)Ambler分類法,碳青霉烯酶可以分為A、B、C和D共4類。目前,在鮑曼不動(dòng)桿菌臨床株中,主要有A、B和D這3類碳青霉烯酶[8]。A類碳青霉烯酶的活性位點(diǎn)含絲氨酸殘基,故也稱為絲氨酸酶。B類碳青霉烯酶是依賴于金屬鋅的β內(nèi)酰胺酶,命名為金屬β內(nèi)酰胺酶(metallo beta lactamase,MBL),典型代表為VIM、IPM和NDM型酶等。到目前為止,VIM、IPM和NDM已在我國(guó)、亞洲其他國(guó)家、歐洲等多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的鮑曼不動(dòng)桿菌中檢出,并出現(xiàn)多起醫(yī)院感染的暴發(fā)流行[22]。另外,MBL可通過(guò)整合子或質(zhì)粒介導(dǎo)方式進(jìn)行水平傳播,容易引起更廣泛地傳播。D類碳青霉烯酶被稱為苯唑西林酶(oxacilllinase,OXA),與MBL相比,OXA對(duì)碳青霉烯類藥物的水解活性低,但當(dāng)編碼基因的上游或下游存在插入序列(insertion sequence,IS)時(shí),耐藥基因可高度表達(dá),表現(xiàn)出對(duì)碳青霉烯類藥物的高水平耐藥[23]。由于各個(gè)國(guó)家和地區(qū)使用的抗菌藥物存在差異,不同地區(qū)的鮑曼不動(dòng)桿菌耐藥譜也有不同,其所攜帶的耐藥基因構(gòu)成比亦不同[8],故本研究檢測(cè)了12種主要編碼碳青霉烯酶的耐藥基因以及1種插入序列,以分析本醫(yī)院分離CRAB中碳青霉烯酶基因分布特點(diǎn)。研究結(jié)果顯示,D類碳青霉烯酶是鮑曼不動(dòng)桿菌中分布最多的β-內(nèi)酰胺酶。本研究結(jié)果顯示94.0%的CRAB菌株攜帶blaOXA-51基因,與已有研究結(jié)果相同[22],提示blaOXA-51樣碳青霉烯酶在鮑曼不動(dòng)桿菌中普遍存在。據(jù)報(bào)道,許多鮑曼不動(dòng)桿菌株常攜帶2種或2種以上碳青霉烯酶[20],blaOXA-51樣碳青霉烯酶是否以固有方式存在仍有待進(jìn)一步證實(shí)。同時(shí),該菌對(duì)碳青霉烯類耐藥可能并不完全由blaOXA-51樣碳青霉烯酶介導(dǎo),因?yàn)榇蟛糠諧RAB常常同時(shí)產(chǎn)生blaOXA-23樣、blaOXA-24樣、blaOXA-58樣碳青霉烯酶,而文獻(xiàn)報(bào)道這些酶的產(chǎn)生可以提高CRAB菌株對(duì)碳青霉烯類抗菌藥物的耐藥程度[24]。本研究顯示,在100株CRAB中,97株(97.0%)檢出了blaOXA-23型基因,1株(1.0%) 檢出了blaOXA-58型基因,分離率與國(guó)內(nèi)相關(guān)報(bào)道一致[19-20],提示blaOXA-23同樣是本院分離的CRAB攜帶的主要碳青霉烯類基因,這可能是引起鮑曼不動(dòng)桿菌對(duì)碳青霉烯類藥物耐藥的主要原因之一。目前,可水平傳播的MBL在銅綠假單胞菌、腸桿菌科菌株及鮑曼不動(dòng)桿菌中可快速增加,最常見(jiàn)的酶是IPM、VIM、SIM、NDM[25]。本研究中NDM和IPM型酶較少,檢出率分別為4.0%和1.0%。另外,有2株CRAB未檢出上述耐藥基因,提示可能存在其他類型的碳青霉烯基因,或具有外膜蛋白缺失、主動(dòng)外排泵過(guò)度表達(dá)等其他耐藥機(jī)制,仍有待進(jìn)一步驗(yàn)證。

        2001年,研究人員在鮑曼不動(dòng)桿菌中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的插入序列ISAba1,該序列位于編碼blaADC基因[25]和blaOXA-23基因的上游。該序列包括2個(gè)開(kāi)放閱讀框(open reading frame,ORF),在形成有效和有功能的轉(zhuǎn)座酶時(shí)可出現(xiàn)移碼,表明其具備調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的功能[25]。blaOXA-51樣碳青霉烯酶往往表達(dá)很弱,但上游啟動(dòng)子存在插入序列ISAba1時(shí)其表達(dá)可明顯上調(diào)。已有研究證實(shí),ISAba1一旦位于特定基因的上游就會(huì)發(fā)揮啟動(dòng)子功能,促進(jìn)該基因的表達(dá)[24,26]。本研究中,ISAba1檢出率為99.0%,說(shuō)明ISAba1可能在CRAB株中對(duì)D類碳青霉烯酶編碼基因的轉(zhuǎn)錄起著重要的調(diào)控作用。

        綜上所述,本院分離的CRAB菌株對(duì)多種非β-內(nèi)酰胺類抗菌藥物均耐藥,僅對(duì)替加環(huán)素完全敏感,產(chǎn)OXA-23和OXA-51型酶可能是介導(dǎo)本院CRAB菌株對(duì)碳青霉烯類抗菌藥物耐藥的主要機(jī)制之一。在臨床診療過(guò)程中,需對(duì)ICU、神經(jīng)外科患者進(jìn)行重點(diǎn)監(jiān)測(cè),做好醫(yī)院感染防控措施,合理使用抗菌藥物,減少CRAB的進(jìn)一步傳播。

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