于拴倉,蘇同兵
(北京市農(nóng)林科學院蔬菜研究所,北京 100097)
蔬菜是典型的“小作物,大產(chǎn)業(yè)”,已成為我國的第一大種植業(yè)。蔬菜產(chǎn)業(yè)占用10%的農(nóng)業(yè)土地,貢獻了種植業(yè)近40%的產(chǎn)值,在我國農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展、城鄉(xiāng)勞動力就業(yè)和國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易平衡中占有不可替代的重要地位。種業(yè)作為蔬菜產(chǎn)業(yè)的源頭,對蔬菜產(chǎn)業(yè)科技進步的貢獻率約占40%。
19世紀中葉,孟德爾遺傳學說的問世敲開了現(xiàn)代育種的大門,促進了以有性雜交創(chuàng)造遺傳變異為主要特征的育種技術革命,結束了人們主要利用自然變異改良品種的漫長歷史,步入了雜交育種的發(fā)展軌道。與世界發(fā)達國家類似,我國蔬菜育種的發(fā)展也經(jīng)歷了人工馴化選擇、提純復壯、常規(guī)育種、雜交育種、分子育種等重要發(fā)展階段,真正用遺傳育種理論進行品種改良是新中國成立以后才逐步發(fā)展起來的,盡管發(fā)展歷史很短,但恰逢生物育種的快速發(fā)展階段,通過“跟蹤”和集成創(chuàng)新,近年來我國蔬菜育種技術研發(fā)也取得了舉世矚目的成就,雜種優(yōu)勢利用方面也已進入國際先進行列。
我國是世界上最早使用新一代測序技術開展蔬菜基因組研究的國家,先后繪制完成了黃瓜、番茄、西瓜、大白菜、甘藍等蔬菜作物的全基因組序列圖譜和變異圖譜,在主要蔬菜高通量分子標記輔助育種和基因編輯技術研發(fā)方面也處于世界先進水平;但是,我國在蔬菜基因組育種應用和各類前沿育種技術創(chuàng)新性、集成性、系統(tǒng)性、規(guī)范性以及檢測效率上與發(fā)達國家存在較大差距,特別是應用規(guī)模上與發(fā)達國家至少存在5年差距。突破全基因組選擇、基因編輯、單倍體育種技術等為核心的分子育種關鍵技術并綜合應用于原始性種質(zhì)創(chuàng)新將是蔬菜育種能否取得重大突破的關鍵。
史前人們就以各種方式不斷地尋求能有效滿足人們需求的蔬菜種類或品種。我國最早的詞典《爾雅》將蔬定義為“凡草可食者,通名為蔬”,明代李時珍《本草綱目》(1590年)將菜定義為“凡草木之可茹者謂之菜”。最早的蔬菜是先民“嘗草別谷”而來,也就是從野菜中經(jīng)過選擇和馴化出來的。據(jù)統(tǒng)計,《詩經(jīng)》(公元前11世紀至前6世紀)中記載的蔬菜僅10余種,秦漢時就增加到20多種,南北朝時《齊民要術》(公元 532 年)中達30余種,唐代《四時纂要》(10世紀的中后期)記載36種,明代《農(nóng)政全書》(16世紀末)中記載47種,到了清代,吳其?!吨参锩麑崍D考》(1848)中食用蔬菜達到80余種。蔬菜種類和品種的不斷豐富主要歸功于古人不斷的人工選擇。
古文獻中記載了許多蔬菜選擇育種的寶貴經(jīng)驗。人們根據(jù)食用的要求和農(nóng)作物類型的不同特性,有意識地進行定向選擇。西漢汜勝之所著《汜勝之書》(公元前1世紀)是中國現(xiàn)存最早的一部農(nóng)學專著,第一次記述了穗選技術和種子保藏的技術,如種瓠要求“收種子須大者”。北魏賈思勰的《齊民要術》(公元532年)中,已有種子混雜害處的論述,有瓜類留種、檢驗韭菜種子生活力方法等記載。魏晉南北朝時期,栽培蔬菜在長期栽培過程中經(jīng)過定向選擇,形成了新的變種,如從甜瓜中分化出了新變種越瓜(菜瓜)。在先秦時代,十字花科蔬菜往往被統(tǒng)稱為葑,后來逐步分化為蔓菁、芥和蘆菔(即蘿卜),其中蔓菁在長期的栽培選擇過程中形成了菘。這些記載奠定了我國傳統(tǒng)選種和良種繁育的基礎。
我國是世界園藝作物的8大起源地之一,但目前我國人民食用的大部分蔬菜起源于國外。查閱歷史文獻發(fā)現(xiàn),我國引進蔬菜主要經(jīng)歷了3條路線:第1條是從印度和南洋群島引進,主要蔬菜有生姜、冬瓜、茄子、絲瓜、苦瓜等;第2條是經(jīng)“絲綢之路”從中亞和中東地區(qū)引入了菠菜、蠶豆、豌豆、瓠瓜、扁豆、西瓜、甜瓜、黃瓜、胡蘿卜、大蒜、大蔥、芹菜和芫荽等蔬菜;第3條是明清時期由海路引進,主要蔬菜有菜豆、南瓜、西葫蘆、筍瓜、辣椒、馬鈴薯、番茄、甘藍、結球生菜和洋蔥等。如南瓜首見于《本草綱目》(1590年)。番茄于明萬歷年間(1573—1620年)傳入中國,其最早的記載見于朱國禎《涌幢小品》(17世紀前期)和王象晉(1621年)所著的《群芳譜》。
20世紀60年代以前,主要進行地方品種的調(diào)查發(fā)掘、搜集、整理、提純復壯及國內(nèi)外優(yōu)良品種的引種研究,是中國蔬菜育種工作的起步階段。新中國成立初期,生產(chǎn)上采用的蔬菜品種主要是地方農(nóng)家品種。由于留種技術的限制,造成種子質(zhì)量不高、數(shù)量不足,因而不能滿足生產(chǎn)的需要。1955年國家農(nóng)業(yè)部發(fā)出“從速調(diào)查搜集農(nóng)家品種”的指示,其間共收集蔬菜地方品種約17 000份。通過選擇和提純復壯,推廣了一大批優(yōu)良的地方品種。
1958年國家農(nóng)業(yè)部提出了我國第一個種子工作方針“四自一輔”,即每個農(nóng)業(yè)社都要自繁、自選、自留和自用,輔之以國家必要調(diào)劑。該階段一些科研單位和高等農(nóng)業(yè)院校通過引種和選擇育種等途徑為生產(chǎn)提供了大量優(yōu)良品種。20世紀60年代,我國部分科研單位也開始進行蔬菜雜種優(yōu)勢利用研究,選育和推廣了少數(shù)雜交一代品種。
20世紀70年代以來,雜種優(yōu)勢育種已成為主要蔬菜作物最重要的育種途徑。各級育種單位在較短的時間內(nèi)培育出一大批優(yōu)良甘藍、白菜和蘿卜的自交不親和系、雄性不育系和雄性不育兩用系,番茄和甜椒的雄性不育系及黃瓜的雌性系等,這些材料和品種的育成大大促進了我國蔬菜雜交一代品種種子的大規(guī)模商品化生產(chǎn)。雜種一代由于主要經(jīng)濟性狀整齊、豐產(chǎn)、抗病、生長速度快、商品性好,在生產(chǎn)上發(fā)揮了重要作用。這一時期,部分單位也開展了主要蔬菜作物花藥、幼胚及原生質(zhì)體培養(yǎng)等生物技術研究,花藥培養(yǎng)在茄子和辣椒等蔬菜作物上獲得突破。
蔬菜生產(chǎn)中的病害日益嚴重,致使單產(chǎn)大幅度下降。1983年,國家啟動了科技攻關計劃,番茄、黃瓜、甜(辣)椒、甘藍和大白菜5種主要蔬菜作物抗病育種被列入“六五”“七五”國家重點攻關項目,摸清了主要病蟲害病原的種群分布、生理小種或株系分化情況,研究制定出主要病害苗期人工接種鑒定的方法和標準,篩選出一批可抗主要病害的抗原材料,育成不少豐產(chǎn)、抗病、抗逆和優(yōu)質(zhì)的新品種。雜種優(yōu)勢利用和抗病育種技術在我國蔬菜育種上得到普及,大大提升了我國蔬菜優(yōu)良雜交種的覆蓋率。
從“八五”攻關開始,優(yōu)質(zhì)已列為蔬菜育種的目標之一。蔬菜育種工作取得了較為矚目的成績,尤其是在育種理論和育種方法的研究方面有許多重要進展。如在一些主要經(jīng)濟性狀的遺傳規(guī)律、花藥和小孢子培養(yǎng)、組織和細胞培養(yǎng)、多倍體誘導、輻射誘變、克服自交不親和性和遠緣雜交困難等方面開展了較為系統(tǒng)的研究;同時,在同工酶技術、DNA分子標記技術和轉(zhuǎn)基因技術方面也開展了較多研究。這一時期培育出的蔬菜新品種,除高產(chǎn)、抗病和抗逆性外,多種品質(zhì)指標都有非常大的提高。
2000年《種子法》頒布后,國內(nèi)蔬菜市場對外資全面開放,國外高端蔬菜種苗的進入,對我國蔬菜育種家而言是挑戰(zhàn)也是機遇??蒲袉挝缓痛髮W的蔬菜育種研究人員通過學習跟蹤跨國公司先進的育種技術和育種理念,不斷提升自身的創(chuàng)新能力。在單倍體育種方面進行研究,先后在辣椒、白菜、茄子、甘藍、蘿卜、芥菜和黃瓜的單倍體研究上取得突破,培育了北京桔紅心、豫白菜7號等多個蔬菜品種并在生產(chǎn)上推廣應用。分子標記研究始于20世紀90年代,利用新一代分子標記技術構建了高密度的白菜、甘藍、番茄、黃瓜和西瓜等多種蔬菜作物的分子遺傳圖譜,篩選獲得一大批與重要性狀的緊密連鎖分子標記并成功應用于蔬菜育種。隨著基因組學研究的飛速發(fā)展,新一代基因組測序技術相繼得到大規(guī)模應用。盡管我國蔬菜生物技術的研究起步較晚,但亦在細胞工程、基因工程、分子生物學等相關領域做了大量工作,不斷縮小了與國際先進水平的差距。
隨著生物技術的快速發(fā)展,蔬菜育種技術取得了長足進步。1934年,番茄的離體培養(yǎng)首次獲得成功,宣告植物組織培養(yǎng)技術誕生。同一時期發(fā)展起來的單倍體技術發(fā)展更為迅猛,被認為是植物育種技術的“黑馬”。1980年,Botesin提出限制性片段長度多態(tài)性可以作為遺傳標記,開創(chuàng)了直接應用DNA多態(tài)性的新階段;1986年,Bernatky和Tanksley構建了世界上第一張蔬菜作物番茄的分子標記連鎖圖譜。此后,蔬菜作物的分子標記研究變得異常活躍,在種質(zhì)資源鑒定、優(yōu)異基因挖掘和輔助育種上展現(xiàn)了無與倫比的優(yōu)勢。2000年,第一個模式植物擬南芥基因組在《Nature》上發(fā)表,各種“組學”技術的發(fā)展使得規(guī)模化標記開發(fā)和全基因組功能基因挖掘成為可能。盡管我國蔬菜育種的歷史很短,但恰逢生物技術的快速發(fā)展階段,通過“跟蹤”和集成創(chuàng)新,近年來在蔬菜生物技術育種方面也取得了舉世矚目的成就。
2009年,我國科學家主持完成了世界上第一個蔬菜作物——黃瓜全基因組的測序和分析。目前測序的蔬菜作物已超過50多種,其中我國科學家主導完成了黃瓜、西瓜、番茄、白菜、甘藍、芥菜、辣椒、茄子、菠菜、南瓜、冬瓜、絲瓜、苦瓜和芹菜等主要蔬菜的基因組測序,發(fā)現(xiàn)了作物馴化和種群分化的遺傳基礎。在此基礎上,通過規(guī)模化重測序,建立了蔬菜作物變異組數(shù)據(jù)庫,揭示了白菜和甘藍類蔬菜抱球和根莖膨大、西甜瓜的“甜蜜基因”、黃瓜苦味、番茄風味物質(zhì)馴化的分子機制。相關成果在《Nature》《Cell》《Science》《Nature Genetics》等權威學術期刊發(fā)表。這些大數(shù)據(jù)為物種進化、功能基因挖掘、全基因組高通量分子標記開發(fā)及各類組學研究提供了全視角、高效的技術方案,奠定了我國在蔬菜基因組研究領域的國際領先優(yōu)勢。
利用遺傳作圖、進化選擇分析、全基因組關聯(lián)分析等挖掘了一批控制抗病、抗逆、品質(zhì)等重要性狀的關鍵基因,如在白菜中,鑒定了多個控制抽薹開花時間和抗霜霉病的基因;在西瓜中,揭示了控制果實含糖量、瓤色等“甜蜜基因”的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡;在黃瓜中,鑒定了控制果長和分枝的功能基因;在番茄中,發(fā)掘了決定番茄風味的關鍵遺傳位點,解釋了番茄風味變差的原因。這些研究為蔬菜作物分子育種平臺的建立提供了基因資源。
建立以全基因組SNP為基礎的全基因組選擇技術平臺是目前蔬菜育種的核心技術。近年來,我國先后引進20多套SNP高通量分型平臺,主要包括Douglas Array Tape和LGC SNPline。北京市農(nóng)林科學院蔬菜研究所基于LGC平臺,在高通量DNA提取、高通量SNP分型、數(shù)據(jù)分析與管理系統(tǒng)研發(fā)等共性關鍵技術上集成創(chuàng)新;開發(fā)了結球白菜、西瓜、黃瓜等主要蔬菜的背景選擇與重要抗病優(yōu)質(zhì)基因的前景選擇標記,構建了國內(nèi)首個蔬菜高通量分子育種公益服務平臺,引領了國內(nèi)蔬菜育種技術的升級;北京通州國際種業(yè)研發(fā)中心基于Douglas系統(tǒng),開發(fā)了番茄和西瓜等蔬菜的抗病優(yōu)質(zhì)性狀選擇標記,為國內(nèi)蔬菜種業(yè)企業(yè)和育種科研單位提供了技術服務。
以CRISPR/Cas為代表的基因編輯技術連續(xù)突破,為實現(xiàn)精準、高效、省時、省力和安全的農(nóng)業(yè)育種技術革命提供了新契機,也為我國蔬菜作物育種實現(xiàn)彎道超越提供了新的機遇。自2013年基因編輯在甘藍中成功報道,蔬菜領域的研究論文逐年增長。我國已經(jīng)在番茄、西瓜、甘藍和黃瓜等多個作物的基因編輯上率先實現(xiàn)了技術落地。番茄作為模式作物,基因編輯最早取得突破,先后在果色、雄性不育等基因的編輯上取得成功;北京市農(nóng)林科學院在國際上發(fā)表了首篇西瓜基因編輯的研究論文,創(chuàng)制了抗除草劑的西瓜新種質(zhì);中國農(nóng)業(yè)科學院蔬菜花卉所在黃瓜基因編輯上取得突破,成功獲得了全雌系新種源;最近,大白菜、辣椒及其他蔬菜作物的基因編輯技術也相繼取得重要進展。
單倍體誘導技術對改良蔬菜品種、加速品種選育進程具有重要意義。我國于1970年開始在單倍體育種方面進行研究,先后在辣椒、白菜、茄子、甘藍、蘿卜、芥菜和黃瓜的單倍體研究上取得突破,其中白菜游離小孢子培養(yǎng)、辣椒花藥培養(yǎng)、黃瓜未授粉子房培養(yǎng)等的單倍體誘導技術為我國的首創(chuàng)。以游離小孢子培養(yǎng)、大孢子培養(yǎng)和花藥培養(yǎng)為主要手段,向大規(guī)模、高通量、流程化生產(chǎn)雙單倍體群體的方向發(fā)展。
我國蔬菜種業(yè)的商業(yè)化程度高、進步快,但也帶來育種“根基不穩(wěn)”現(xiàn)象。由于我國絕大多數(shù)蔬菜種業(yè)企業(yè)“小而散”,育種科研單位研究作物種類多、類型豐富,多是“小作坊”和“經(jīng)驗”的育種方式,特別是茄果類和瓜類蔬菜常常采用“短、平、快”的育種方式;而跨國公司育種更多的是建立在“科學”數(shù)據(jù)分析基礎上,規(guī)模大、效率高。另一方面,當前國外利用“雄性不育”等設置技術壁壘,限制了有益性狀或基因的轉(zhuǎn)育,對我國蔬菜種業(yè)原有的“短、平、快”的育種模式造成了極大的沖擊,亟待開展蔬菜種源的原始創(chuàng)新。
蔬菜育種實質(zhì)上是有益基因按設定的目標不斷聚合的過程,變異是育種創(chuàng)新的核心,育種過程即包括發(fā)現(xiàn)變異、創(chuàng)造變異、選擇變異和純化變異4個重要步驟,任一環(huán)節(jié)的缺位都會成為育種的“卡脖子”問題。深入挖掘種質(zhì)資源中蘊含的有益等位基因,突破蔬菜種質(zhì)資源精準鑒定與深度挖掘、全基因組選擇、基因編輯、染色體工程、DH工程化育種等為核心的分子育種關鍵技術,綜合應用于原始性種質(zhì)創(chuàng)新,將是蔬菜育種取得重大突破及解決我國蔬菜種業(yè)“卡脖子”問題的關鍵。
隨著基因組學研究的深入,我國蔬菜基礎研究的步伐開始加快,分子育種也有了長足的進步。盡管在主要作物中已定位了一批重要性狀的QTL或基因,目前克隆的基因還為數(shù)不多,育種技術研究多集中于連鎖標記而不是基因功能標記的開發(fā),基因型鑒定的精準性和通用性遠遠達不到輔助育種的要求,更難實現(xiàn)高效的多基因聚合。此外,分子育種技術創(chuàng)新性、集成性、系統(tǒng)性、規(guī)范性以及檢測效率上與發(fā)達國家還存在較大差距,“小作坊式”的育種模式也極大地限制了新技術的廣泛普及應用效率。充分挖掘基因組大數(shù)據(jù)的利用潛力,從全基因組規(guī)?;诰蚩刂浦匾誀畹墓δ芑?,解析重要性狀形成的基因調(diào)控網(wǎng)絡,從群體遺傳、基因組進化、“再進化”等角度,研究建立核心種質(zhì)的商業(yè)化利用途徑,基于高通量分子檢測技術建立基因型精準鑒定技術體系將是蔬菜育種亟待開展的重要內(nèi)容。
基因編輯技術能夠定點編輯基因組來實現(xiàn)基因序列特異性的遺傳改造,并可以通過遺傳分離等方法獲得不含轉(zhuǎn)基因元件的遺傳改良株系,對于直接食用的蔬菜作物來講,具有特殊的意義。我國蔬菜育種專家抓住這一機遇,在西瓜、大白菜、番茄等蔬菜作物的基因編輯上取得了重要突破,在這一技術上處于第一方陣,但離實際應用還有很大的差距。確定合理的目的性狀、闡釋性狀的功能基因和提高編輯效率仍然是分子育種面臨的挑戰(zhàn)。在技術上必須跟進前沿,向更廣泛的縱深發(fā)展,不斷創(chuàng)制滿足蔬菜產(chǎn)業(yè)發(fā)展需求的抗除草劑、雄性不育、持久抗病、營養(yǎng)強化等新種質(zhì),推動蔬菜育種技術跨越式發(fā)展。據(jù)悉,美國、日本和以色列等國對基因編輯作物品種給予了與常規(guī)育種品種同等市場準入條件,這為基因編輯產(chǎn)品的實用化提供了市場化空間。因此,我國相關部門急需在基因編輯育種上明確政策,盡快推進基因編輯成果的全面應用轉(zhuǎn)化,引領我國蔬菜種業(yè)創(chuàng)新技術更新?lián)Q代。
雜交種選育的關鍵在于優(yōu)異自交系的選育速度和質(zhì)量。基于游離小孢子培養(yǎng)的雙單倍體技術是縮短育種年限的有效途徑,曾被孟山都公司、先正達公司、瑞克斯旺有限公司等譽為育種技術的“黑馬”。盡管該項技術已在部分蔬菜作物中相繼取得了突破,但限于基因型限制、誘導率低等技術壁壘,即使在成功率較高的大白菜上也無法大規(guī)模應用。近年來,利用CRISPR/Cas9基因編輯突變失活MATL、DMP等基因創(chuàng)造單倍體誘導系,相繼在擬南芥、水稻、玉米、小麥、油菜等重要農(nóng)作物中取得成功,并突破品種的限制,實現(xiàn)了單倍體誘導的規(guī)?;透咝Щ@也為蔬菜作物的規(guī)?;瘑伪扼w誘導,實現(xiàn)快速“純化變異”提供了高效的解決方案。
育種技術的滯后是目前我國蔬菜種業(yè)研發(fā)技術與跨國公司相比最大的短板,其關鍵在于育種的各項技術環(huán)節(jié)之間缺乏系統(tǒng)、科學、有效的分工協(xié)作,造成育種原始創(chuàng)新的儲備不足,育成的品種在品質(zhì)、產(chǎn)量、抗病性等方面難以兼?zhèn)?,更缺乏高產(chǎn)、綠色、營養(yǎng)、安全的突破性新品種。集成各項高效育種技術,建立規(guī)?;⒘鞒袒?、訂單式的蔬菜分子育種平臺,對于打造蔬菜種業(yè)核心引擎、快速縮短與跨國公司的差距具有重要意義。
縱觀育種技術發(fā)展歷程,每一次技術的革新都與基礎理論的突破密切相關。近些年,分子生物學、生物信息學、基因組、蛋白組、代謝組等組學理論進展催生了新型生物技術,并正在全面改寫蔬菜作物育種的理論與策略??茖W家預言,在不久的未來以下幾個技術方向?qū)行碌陌l(fā)展。
第一,QTL-seq、GWAS、多組學和高通量轉(zhuǎn)基因等技術的集成應用將會加速功能基因的克隆,深層次解析基因的遺傳效應、基因間以及基因與環(huán)境間的互作等信息。
第二,高通量分子標記檢測系統(tǒng)和工程化單倍體等技術逐漸成熟,這將會大大提高分子標記輔助育種和聚合育種的速度和精度。
第三,基因編輯技術和納米轉(zhuǎn)化等技術的集成應用將會促進傳統(tǒng)轉(zhuǎn)基因技術的升級和細胞器基因組編輯技術的成熟,加快雄性不育系、雌性系、單性結實、持久抗病、營養(yǎng)強化、自交親和與自交不親和系等突破性種質(zhì)創(chuàng)制。
第四,表型組學、人工智能、育種信息系統(tǒng)等的發(fā)展會促進蔬菜育種體系的完善和優(yōu)化。
總之,隨著大量目標性狀基因被克隆、基因間互作網(wǎng)絡被解析,以及多層次多維度技術集成,科學家可以在實驗室內(nèi)模擬、篩選和優(yōu)化品種選育過程,實現(xiàn)從傳統(tǒng)“經(jīng)驗”育種到設計“精準”育種的轉(zhuǎn)變,極大地提高育種效率。育種理論和技術的發(fā)展,特別是基因編輯等前沿技術的突破與規(guī)?;瘧糜型铀傩袠I(yè)洗牌,重視研發(fā)投入、創(chuàng)新能力強、技術儲備豐富的蔬菜育種團隊有望獲得更強的競爭力,獲得更大的市場份額。
結語:種業(yè)是農(nóng)業(yè)的“芯片”。良種作為集聚農(nóng)業(yè)科技的重要載體,是帶有根本性的生產(chǎn)要素,也是農(nóng)業(yè)發(fā)展的內(nèi)生動力。農(nóng)業(yè)轉(zhuǎn)型,品種先行,品種作為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、農(nóng)產(chǎn)品供給、種植結構調(diào)整的起點,在農(nóng)業(yè)供給側結構性改革中具有基礎性、先導性作用。本刊下期將邀請北京市農(nóng)林科學院蔬菜研究所張鳳蘭、李常寶等老師就蔬菜種業(yè)發(fā)展成效及趨勢展開探討,并以番茄為例介紹蔬菜種業(yè)發(fā)展情況,敬請關注。