張根榮,徐長麗,金俊杰,石 蕓,高 珣,秦昆明,
(1.蘇州市中西結(jié)合醫(yī)院,江蘇 蘇州 215101;2.江蘇海洋大學(xué)藥學(xué)院,江蘇 連云港 222005;3.南京海源中藥飲片有限公司,江蘇 南京 210061;4.南京中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院,江蘇 南京 210046)
蛇床子為傘形科植物蛇床Cnidium monnieri(L)Cuss.的干燥成熟果實(shí),在全國多數(shù)地區(qū)都有分布[1]。蛇床子中含有揮發(fā)油、香豆素類、黃酮類等多種成分[2]?!渡褶r(nóng)本草經(jīng)》中記載:“蛇床子主婦人陰中腫痛,男子陽痿、濕癢,除痹氣,利關(guān)節(jié),癲癇惡創(chuàng);久服,輕身?!鄙叽沧泳哂袦啬I壯陽、祛風(fēng)燥濕和殺蟲止癢等功效,常用于治療腎虛陽痿、皮膚瘙癢及陰癢帶下等疾病[3]。據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道[4],蛇床子揮發(fā)油是其發(fā)揮止癢作用的主要有效成分,且能夠協(xié)同其他成分共同發(fā)揮止癢作用。劉明平等[5]建立了小鼠瘙癢模型,研究了蛇床子水提物、醇提物、揮發(fā)油的止癢作用,結(jié)果顯示蛇床子醇提物和揮發(fā)油能夠有效減輕模型小鼠的瘙癢癥狀,可見蛇床子揮發(fā)油在發(fā)揮止癢作用中占據(jù)重要地位。
氣質(zhì)聯(lián)用技術(shù)(GC-MS)是將色譜的高分離能力和質(zhì)譜的高鑒別能力結(jié)合在一起的在線分離和定性檢測技術(shù)[6],適用于中藥中揮發(fā)油類成分的分離分析[7]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路”多層次復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),研究中藥成分與疾病之間的關(guān)聯(lián)性,從而更直觀深入地了解中藥的藥效成分和作用機(jī)制,為中藥復(fù)雜體系的研究提供了新的思路和方法[8]。本研究運(yùn)用GC-MS技術(shù)結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,研究蛇床子揮發(fā)油中的潛在活性成分,探討其作用通路或機(jī)制,以期為蛇床子進(jìn)一步開發(fā)利用奠定基礎(chǔ)。
1.1 儀器與試藥Agilent5975C氣質(zhì)聯(lián)用儀(安捷倫科技有限公司,配自動(dòng)進(jìn)樣器,附軟件及NIST11.0標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)譜檢索庫);BS142S型電子天平(瑞士Mettler Toledo上海有限公司);超聲波清洗儀(昆山舒美儀器公司);蛇床子藥材原產(chǎn)地安徽,經(jīng)南京海源中藥飲片有限公司丁斐執(zhí)業(yè)中藥師鑒定為正品;無水硫酸鈉(分析純,南京邦諾生物科技有限公司)。
1.2 蛇床子揮發(fā)油的提取稱取蛇床子藥材粉末100 g,置2 000 mL圓底燒瓶中,加10倍量水,按常規(guī)水蒸氣蒸餾法提取揮發(fā)油[9],至揮發(fā)油不再增加,將所得揮發(fā)油經(jīng)無水硫酸鈉干燥,即得。
1.3 氣相色譜-質(zhì)譜條件色譜柱:安捷倫彈性石英毛細(xì)管柱(30 m×0.25 mm,0.25 μm),進(jìn)樣口溫度為260℃。柱室溫度:初始溫度為50℃,保持6 min;以10℃/min升溫速率升至230℃,保持6 min。載氣:高純氦氣,流速:1 mL/min,分流比1∶1,進(jìn)樣量:1 μL,Gas saver:關(guān)閉。
電離方式:EI,電子能量:70 eV,離子源溫度:230℃,接口溫度:260℃,四級桿溫度:150℃,調(diào)諧方式:標(biāo)準(zhǔn)調(diào)諧,質(zhì)量掃描方式:全部,掃描范圍:20~500 amu。樣品進(jìn)樣量為1 μL,每個(gè)樣品進(jìn)樣2針,使用NIST11.0標(biāo)準(zhǔn)譜圖庫進(jìn)行檢索分析[10]。
1.4 蛇床子揮發(fā)油中主要成分及作用靶點(diǎn)的收集將GC-MS分析得到的成分,利用TCMSP平臺(tái)(https://tcmspw.com/tcmsp.php)結(jié)合Swiss ADME[以胃腸道吸收度(GI absorption)和生物利用度得分(Bioavailability Score)兩者均為高分者為依據(jù)]進(jìn)行篩選,得到蛇床子揮發(fā)油主要有效成分及其靶點(diǎn)信息。經(jīng)篩選整理后,在Uniprot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫平臺(tái)(http://www.uniprot.org),限定物種為人,統(tǒng)一將化合物的作用靶點(diǎn)轉(zhuǎn)換為GeneSymbol。
1.5 與止癢相關(guān)疾病靶點(diǎn)的收集在GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)中分別輸入Pruritus(瘙癢癥)和Skin allergy(皮膚過敏)為關(guān)鍵詞,根據(jù)Relevance score篩選大于平均值的靶點(diǎn),最后得到與止癢作用相關(guān)的疾病靶點(diǎn)。
1.6 靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建將成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)進(jìn)行靶點(diǎn)交集,所得交集靶點(diǎn)即為關(guān)鍵靶點(diǎn)。將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(https://STRING-db.org/),構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)圖,下載結(jié)果的TSV文件導(dǎo)入Cytoscape 3.7.1進(jìn)行可視化分析。
1.7 GO和KEGG通路富集分析在David數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)中輸入已篩選好的靶點(diǎn),將物種設(shè)定為人類,分別下載KEGG、生物過程(BP)、分子功能(MF)、細(xì)胞組成(CC)數(shù)據(jù)結(jié)果,得到通路富集分析圖,并對其進(jìn)行分析。
1.8 構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖為了進(jìn)一步更好理解中藥、成分與其相應(yīng)靶點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系,根據(jù)富集的KEGG通路及作用靶點(diǎn),構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖。選擇Degree值高的成分作為主要活性成分,將活性成分、靶點(diǎn)、通路經(jīng)Excel處理后,導(dǎo)入至Cytoscape 3.7.1軟件,構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖,進(jìn)行可視化分析。
1.9 分子對接通過Pubchem數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下載得分較高的潛在活性成分spf格式文件,在Chemdraw軟件中獲取3D結(jié)構(gòu),并另存為mol 2文件。將關(guān)鍵作用靶點(diǎn)導(dǎo)入PDB數(shù)據(jù)庫,尋找關(guān)鍵靶蛋白,下載其數(shù)據(jù)文件。通過Pymol軟件對靶蛋白受體結(jié)構(gòu)進(jìn)行去水等處理后下載相關(guān)文件。通過AutoDockTools對關(guān)聯(lián)度靠前的活性成分和靶蛋白進(jìn)行分子對接。最后將結(jié)合力強(qiáng)的組合導(dǎo)入Pymol軟件進(jìn)行可視化分析展示。
2.1 蛇床子揮發(fā)油化學(xué)成分分析與鑒定按上述氣相色譜-質(zhì)譜分析條件,對蛇床子揮發(fā)性成分進(jìn)行GC-MS分析,以面積歸一化法測定揮發(fā)油中各組分相對百分含量,經(jīng)過NIST11標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)譜檢索庫檢索,并結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)譜圖對照將匹配度≥90的作為揮發(fā)油潛在活性成分,最后鑒定得到15個(gè)主要化學(xué)成分。(見表1)
表1 蛇床子揮發(fā)油化學(xué)成分鑒定表
2.2 蛇床子揮發(fā)油中潛在活性成分以及相關(guān)作用靶點(diǎn)篩選將上述蛇床子揮發(fā)油中主要成分通過TCMSP平臺(tái)結(jié)合Swiss ADME,以胃腸道吸收度(GI absorption)和生物利用度評分高為篩選依據(jù),最終得到除α-萜烯外其他14個(gè)潛在的活性成分及其靶點(diǎn)信息。利用Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)對上述分析得出的蛇床子揮發(fā)油潛在活性成分進(jìn)行靶點(diǎn)篩選,設(shè)置Probability〉0,篩選得到相關(guān)作用靶點(diǎn)。將兩個(gè)平臺(tái)篩選得到的成分進(jìn)行整合后,通過篩選不重復(fù)選項(xiàng),最終獲得191個(gè)成分靶點(diǎn)。(見圖1)
圖1 蛇床子揮發(fā)油成分-靶點(diǎn)圖
2.3 成分-疾病共有靶點(diǎn)Venny圖的構(gòu)建在GeneCards數(shù)據(jù)庫中分別輸入關(guān)鍵詞Pruritus(瘙癢癥)、Skin allergy(皮膚過敏)獲得與止癢相關(guān)的疾病靶點(diǎn),根據(jù)Relevance score篩選大于平均值的靶點(diǎn),得到瘙癢癥相關(guān)靶點(diǎn)897個(gè),皮膚過敏癥相關(guān)靶點(diǎn)790個(gè)。將蛇床子揮發(fā)油中潛在活性成分作用靶點(diǎn)與疾病相關(guān)靶點(diǎn)導(dǎo)入Venny2.1.0進(jìn)行靶點(diǎn)交集。其中JAK2、OPRM1、SCN9A、G6PD、TRPA1、HRH4等20個(gè)靶點(diǎn)為交集靶點(diǎn),即蛇床子揮發(fā)油發(fā)揮止癢作用的核心靶點(diǎn)。(見圖2)
圖2 蛇床子揮發(fā)油成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)Venny圖
2.4 靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析選擇STRING數(shù)據(jù)庫中的Multiple proteins,輸入交集靶點(diǎn)信息,獲取靶點(diǎn)蛋白之間相互作用關(guān)系,通過結(jié)果分析得到節(jié)點(diǎn)數(shù)為20、邊數(shù)為54的網(wǎng)絡(luò)圖。進(jìn)一步對PPI網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,使節(jié)點(diǎn)大小和顏色隨Degree值變化,節(jié)點(diǎn)越大,顏色越深(藍(lán)色)說明該節(jié)點(diǎn)Degree值越大,則該節(jié)點(diǎn)為重要靶點(diǎn)。(見圖3)從圖中可以得出蛇床子揮發(fā)油中發(fā)揮止癢作用排名靠前的靶點(diǎn)依次為前列腺素G/H合酶2(PTGS2)、表皮生長因子受體(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受體1(ESR1)、ATP依賴性轉(zhuǎn)位酶ABCB1(ABCB1)、細(xì)胞色素p4501A1(CYP1A1)、瞬時(shí)受體電位陽離子通道亞家族V成員1(TRPV1)等,說明這幾個(gè)靶點(diǎn)與其他靶點(diǎn)之間的關(guān)聯(lián)度大,即為重要靶點(diǎn)。
圖3 PPI網(wǎng)絡(luò)圖
2.5 GO功能富集分析利用David數(shù)據(jù)庫,選擇物種為“Homo sapiens”分別對生物過程(BP)、細(xì)胞組成(CC)、分子功能(MF)3個(gè)部分進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選,對富集蛋白靶點(diǎn)較多的條目進(jìn)行分析,以了解靶點(diǎn)蛋白的GO生物學(xué)富集過程。通過結(jié)果分析可知,在關(guān)鍵靶點(diǎn)涉及的生物過程上主要是富集于對脂多糖的反應(yīng)(response to lipopolysaccharide)、一氧化氮生物合成過程的正調(diào)控(positive regulation of nitric oxide biosynthetic process)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(signal transduction)、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的負(fù)調(diào)控(negative regulation of transcription from RNA polymeraseⅡpromoter)、氧化還原過程(oxidation-reduction process)、細(xì)胞增殖的負(fù)調(diào)控(negative regulation of cell proliferation)等方面;在細(xì)胞組成上主要富集在核(nucleus)、核質(zhì)(nucleoplasm)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜(endoplasmic reticulum membrane)、細(xì)胞表面(cell surface)、膜筏(membrane raft)、細(xì)胞器膜(organelle membrane)、分泌顆粒(secretory granule)等方面;在分子功能上主要富集于酶結(jié)合(enzyme binding)、血紅素結(jié)合(heme binding)、類固醇激素受體活性(steroid hormone receptor activity)、類固醇結(jié)合(steroid binding)、相同的蛋白質(zhì)結(jié)合(identical protein binding)、序列特異性DNA結(jié)合(sequence-specific DNA binding)等方面。(見圖4)
圖4 GO功能富集分析網(wǎng)絡(luò)圖
2.6 KEGG通路富集分析利用David數(shù)據(jù)庫對成分-疾病共有靶點(diǎn)進(jìn)行KEGG通路富集分析,共富集出9個(gè)結(jié)果。蛇床子揮發(fā)油發(fā)揮止癢作用的關(guān)鍵靶點(diǎn)主要通過調(diào)控雌激素信號(hào)通路(Estrogen signaling pathway)、神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路(Neuroactive ligand-receptor interaction)、癌癥中的蛋白多糖(Proteoglycans in cancer)、癌癥中的微小RNA(MicroRNAs in cancer)等通路發(fā)揮療效。(見表2、圖5)
表2 KEGG通路富集結(jié)果
圖5 KEGG通路分析氣泡圖
2.7 成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建利用Excel對前期所得的成分、靶點(diǎn)及通路數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,將所得文件導(dǎo)入到Cytoscape中進(jìn)行可視化分析,見圖6。蛇床子揮發(fā)油中主要潛在活性成分為α-蒎烯、β-羅勒烯、芳樟醇、順二氫香芹酮、乙酸橙花酯、α-胡椒烯、β-紅沒藥烯等。關(guān)鍵靶點(diǎn)為PTGS2、EGFR、CASP3、ESR1、ABCB1、CYP1A1等,并與多個(gè)潛在活性成分有著密切關(guān)聯(lián)。潛在靶點(diǎn)主要調(diào)控神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路、雌激素信號(hào)通路、癌癥中的蛋白多糖、癌癥中的微小RNA等通路,從而揭示了蛇床子揮發(fā)油是通過多種成分、多個(gè)靶點(diǎn)、多個(gè)通路共同發(fā)揮止癢的藥效機(jī)制。
圖6 藥物-成分-靶點(diǎn)-主要通路網(wǎng)絡(luò)圖
2.8 分子對接通過Pubchem數(shù)據(jù)庫下載關(guān)聯(lián)度排名靠前的潛在活性成分β-細(xì)辛腦、α-胡椒烯、L-龍腦、β-紅沒藥烯、β-芹子烯的spf格式文件,在Chemdraw軟件中打開并獲取其3D結(jié)構(gòu),另存為mol 2文件。根據(jù)Dgree值將靠前的靶點(diǎn)導(dǎo)入PDB數(shù)據(jù)庫,下載其數(shù)據(jù)文件。將得到的靶蛋白文件導(dǎo)入Pymol軟件進(jìn)行去水、加氫等操作后,下載處理后的靶蛋白及其配體的pdb文件。通過AutoDockTools-1.5.6對處理后的潛在活性成分和靶蛋白進(jìn)行分子對接,對接結(jié)果見表3。通過分子對接,發(fā)現(xiàn)CYP1A1靶點(diǎn)與β-細(xì)辛腦、β-紅沒藥烯、β-芹子烯結(jié)合力分別均大于7.0 kcal/mol說明CYP1A1與3種成分具有強(qiáng)烈的結(jié)合活性。將其他關(guān)聯(lián)度高的成分與靶蛋白分別進(jìn)行分子對接,通過篩選將有一定結(jié)合力的成分-靶蛋白組合導(dǎo)入Pymol軟件進(jìn)行可視化分析,對接后的三維結(jié)構(gòu)見圖7。
表3 分子對接結(jié)果
圖7 分子對接三維結(jié)構(gòu)圖
本研究采用GC-MS聯(lián)用技術(shù)對蛇床子揮發(fā)油類成分進(jìn)行了分析鑒定,得到15種化合物,其中β-紅沒藥烯、芳樟醇、α-胡椒烯含量最高。β-紅沒藥烯是一種抗腫瘤化合物,對乳腺癌等具有抑制作用;芳樟醇具有抗菌、抗炎等作用[11],常被用于殺蟲止癢;α-胡椒烯具有抗腫瘤、抗炎活性[12],進(jìn)一步證實(shí)了蛇床子揮發(fā)油成分在抗炎、抗腫瘤、止癢等方面的活性作用。
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對蛇床子中揮發(fā)油成分進(jìn)行篩選,最終得到14種化合物,獲得191個(gè)成分靶點(diǎn);通過GeneCards數(shù)據(jù)庫得到瘙癢癥相關(guān)靶點(diǎn)897個(gè),皮膚過敏癥相關(guān)靶點(diǎn)790個(gè)。將成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)進(jìn)行交集,得到20個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)。將關(guān)鍵靶點(diǎn)通過蛋白-蛋白相互作用得到PPI網(wǎng)絡(luò)圖,關(guān)聯(lián)最多的靶點(diǎn)為PTGS2、EGFR、CASP3、ESR1、ABCB1、CYP1A1等,這些可能是蛇床子揮發(fā)油發(fā)揮止癢作用的主要靶點(diǎn)。其中PTGS2為前列腺素G/H合酶2,參與前列腺素生物合成途徑,主要在炎癥方面發(fā)揮作用;EGFR為表皮生長因子受體,在炎癥性皮膚病中,EGFR基因的缺少或丟失起著關(guān)鍵作用[13]。
在KEGG富集分析中,蛇床子揮發(fā)油通過關(guān)鍵靶點(diǎn)調(diào)控雌激素信號(hào)通路、神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路、癌癥中的蛋白多糖、癌癥中的微小RNA等通路發(fā)揮療效。雌激素信號(hào)通路參與炎癥反應(yīng)[14],在老年性陰道炎的治療中通過調(diào)節(jié)雌激素,改善陰道內(nèi)菌群微環(huán)境減輕炎癥引起的瘙癢[15]。神經(jīng)活性配體-受體相互作用信號(hào)通路參與多種神經(jīng)遞質(zhì)及其受體傳遞,蛇床子揮發(fā)油成分通過在神經(jīng)系統(tǒng)中發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用從而參與瘙癢過程[16]。
在分子對接研究中,CYP1A1與蛇床子揮發(fā)油主要成分結(jié)合力較強(qiáng)。CYP1A1在自身免疫性疾病和過敏性皮膚炎癥中發(fā)揮著重要作用,調(diào)節(jié)CYP1A1可以激活皮膚中的AHR通路產(chǎn)生抗炎作用[17]。研究表明TRPV1參與組胺依賴性瘙癢癥,TRPV1能夠被花生四稀酸類、組胺等多種介質(zhì)激活,在瘙癢性疾病及皮膚神經(jīng)源炎癥產(chǎn)生重要影響[18]。ABCB1參與各種皮膚病的發(fā)病機(jī)制,范圍從皮膚惡性腫瘤到炎癥性皮膚病[19]。分子對接研究結(jié)果與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究結(jié)果一致,進(jìn)一步證實(shí)了蛇床子揮發(fā)油治療瘙癢的機(jī)制是通過多成分、多靶點(diǎn)、多通路共同起效的。
本研究通過GC-MS技術(shù)鑒定出蛇床子揮發(fā)油中15種成分,結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法進(jìn)行篩選最終從蛇床子揮發(fā)油中得到14個(gè)潛在活性成分;通過構(gòu)建Venny圖得到成分-疾病交集的20個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn),進(jìn)一步通過KEGG富集分析得到9條關(guān)鍵通路,其中α-蒎烯、β-羅勒烯、β-紅沒藥烯等潛在活性成分與PTGS2、CASP3、ABCB1、CYP1A1等關(guān)鍵靶點(diǎn)通過調(diào)控雌激素信號(hào)通路、神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路等通路發(fā)揮藥效的相互作用關(guān)系,通過分子對接進(jìn)行驗(yàn)證,結(jié)果表明蛇床子揮發(fā)油中主要成分β-紅沒藥烯、α-胡椒烯與ABCB1、CYP1A1等關(guān)鍵靶點(diǎn)之間結(jié)合力較強(qiáng),從而驗(yàn)證了預(yù)測結(jié)果的準(zhǔn)確性。在下一步研究中,筆者將對得到的潛在活性成分與信號(hào)通路進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證研究,從而為蛇床子的開發(fā)利用與合理用藥提供指導(dǎo)。