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        脂必泰膠囊治療高脂血癥的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接分析

        2022-11-04 09:51:48張奕雯駱楊平
        關(guān)鍵詞:分析

        張奕雯,駱楊平

        高脂血癥是指血漿中甘油三酯(TG)和(或)膽固醇(TC)升高,也包括低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)升高和高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)降低,可導(dǎo)致動脈粥樣硬化(AS)、冠心病(CHD)、胰腺炎等。據(jù)統(tǒng)計分析,目前我國成人高脂血癥的患病率高達40.40%[1],預(yù)測從2010~2030年,每年的心血管事件將增加50%[2],因此有效控制血脂水平,對防控心腦血管疾病、降低心血管事件發(fā)生尤為重要。目前廣泛應(yīng)用的他汀類等調(diào)脂藥物,調(diào)脂效果較好,但是作用機制單一、副作用多,在應(yīng)用過程中仍受限,因此開發(fā)更加有效、更加安全的降脂藥物是不可或缺的。

        高脂血癥在中醫(yī)學(xué)屬于“眩暈”“脅痛”范疇,亦有“脂濁”之說,治療原則為消痰化瘀、健脾和胃。脂必泰膠囊是由紅曲、澤瀉、白術(shù)、山楂四味中藥組方[3],其中紅曲有消痰化瘀功效,澤瀉、白術(shù)、山楂有健脾和胃功效,該組方正中高脂血癥的病機,為治療高脂血癥提供新思路。

        脂必泰膠囊的成分較為復(fù)雜、作用靶點不確定,常規(guī)的藥理學(xué)研究方法難以全面闡明其治療高脂血癥的機制,本文主要借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對脂必泰膠囊治療高脂血癥的主要活性成分、作用靶點、作用通路等方面進行探討,進一步明確脂必泰膠囊治療高脂血癥的機制。

        1 材料與方法

        1.1 脂必泰活性成分、靶點篩選使用傳統(tǒng)藥物數(shù)據(jù)庫TCMSP、Herb、SymMap、TCMID和TCM-ID數(shù)據(jù)庫收集脂必泰的活性成分,依次在各數(shù)據(jù)庫中輸入“山楂”、“澤瀉”、“白術(shù)”、“紅曲”四味中藥收集匯總成分,在TCMSP中選擇藥物口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%,類藥性(drug-likeness,DL)≥0.18%作為篩選條件,并在TCMSP篩選相應(yīng)成分的預(yù)測靶點。

        1.2 高脂血癥基因靶點收集通過對CTD、TTD、DisGeNET、OMIM、Genecards和DigSee等多種疾病數(shù)據(jù)庫進行檢索,檢索關(guān)鍵詞為“hyperlipemia”,盡可能收集更為全面的高脂血癥靶點資料,去除重復(fù)的靶點作為高脂血癥靶點資料。

        1.3 脂必泰-高脂血癥共同靶點網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析借助韋恩圖工具(Draw wenn diagram)將脂必泰作用靶點映射到高脂血癥靶點,獲取脂必泰-高脂血癥共同靶點基因。運用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建活性成份-疾病-靶點相互作用的網(wǎng)絡(luò)圖,并進行拓?fù)鋵W(xué)分析。

        1.4 共同靶點蛋白-蛋白(PPI)互作分析運用STRING數(shù)據(jù)分析共同靶點的蛋白-蛋白互作分析,物種選擇“Homo sapiens”,最低相互作用閾值為0.400,其余參數(shù)保持默認(rèn)設(shè)置不變,結(jié)果保存為TSV文本輸出,并將其導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件進一步分析,運用“cytoHubba”插件獲得關(guān)鍵靶蛋白。

        1.5 基因本體論(GO)生物過程分析以及京都基因與基因組百科全書(KEGG)信號通路富集分析使用R的clusterProfiler軟件包(R 4.0.2 for Windows)進行GO富集分析和KEGG通路富集分析,其中GO分析包括生物學(xué)過程(BP)、細(xì)胞學(xué)組分(CC)、生物學(xué)功能(MF),設(shè)置p value Cut-off=0.05,q value Cut-off=0.2為具有意義的富集結(jié)果。

        1.6 成分-靶蛋白分子對接在PDB數(shù)據(jù)庫和ZINC數(shù)據(jù)庫中下載相應(yīng)的蛋白的PDB文件和化合物成分的mol2格式文件,運用AutoDock軟件完成分子對接,對接使用Lamarckian genetic algorithm(LGA)算法。計算結(jié)合能(BE)(kJ mol-1)來評估脂必泰活性成分與高脂血癥靶蛋白的結(jié)合活性,一般小于-5.0 kal/mol的對接結(jié)合能被認(rèn)為具有良好的結(jié)合相互作用,最后運用PyMOL軟件進行可視化。

        2 結(jié)果

        2.1 脂必泰活性成分、靶點篩選在設(shè)置“OB≥30,DL≥0.18”的條件下共獲得山楂9種,澤瀉9種,白術(shù)15種,紅曲暫未收集具備條件的成分,去除重復(fù)及無靶點的成分后共獲得23種有效活性成分,210個靶點,具體活性成分見表1,由表可知,生物口服利用度最高的是百部堿(stemonine),類藥性最高的是澤瀉醇C醋酸酯(alisol C monoacetate)。

        表1 脂必泰活性成分列表

        2.2 脂必泰-高脂血癥共同靶點網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

        2.2.1 高脂血癥基因靶點收集對CTD、TTD、DisGeNET等疾病數(shù)據(jù)庫檢索,去除重復(fù)靶點后共獲得1833個高脂血癥相關(guān)度較高的靶點基因,通過韋恩圖工具將脂必泰潛在作用靶點映射到獲得的高脂血癥相關(guān)靶點中,共獲得129個共同靶點(圖1)。

        圖1 脂必泰與高脂血癥靶點韋恩圖

        2.2.2 共同靶點網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析運用Cytoscape 3.7.2構(gòu)建“成分-靶點”網(wǎng)絡(luò)圖(圖2),該網(wǎng)絡(luò)圖中包含共 154個節(jié)點和302條作用線。通過網(wǎng)絡(luò)分析得出,活性成分中度值最高的是槲皮素,其次是山奈酚、異鼠李素、芒柄花素。

        圖2 成分-靶點網(wǎng)絡(luò)圖

        2.3 共同靶點PPI互作分析運用Cytoscape 3.7.2軟件中分析蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的TSV文件,該網(wǎng)絡(luò)中包含128個節(jié)點,2443條邊,結(jié)果見圖3,節(jié)點代表Degree值的大小,Degree值越大,說明這個節(jié)點作用越大。運用“cytoHubba”插件進一步分析,根據(jù)發(fā)現(xiàn)TOP10的核心靶點為絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL-6)、腫瘤壞死因子(TNF)、血管內(nèi)皮生長因子(VEGFA)、腫瘤蛋白P53(TP53)、半胱天冬蛋白酶3(CASP3)、前列腺素內(nèi)過氧化物合酶2(PTGS2)、絲裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、AP-1轉(zhuǎn)錄因子(JUN)、絲裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)。

        圖3 PPI互作網(wǎng)絡(luò)圖

        2.4 GO和KEGG富集分析應(yīng)用R中的clusterProfiler分析GO富集和KEGG通路富集,相關(guān)基因靶點主要富集了2322條生物學(xué)過程,43條細(xì)胞組成分,161條生物學(xué)功能,根據(jù)P值的8-*顯著性取各前10的條目見圖4。顯而易見,BP涉及對脂多糖反應(yīng)(response to lipopolysaccharide)、對細(xì)菌源分子反應(yīng)(response to molecule of bacterial origin)、活性氧代謝過程(reactive oxygen species metabolic process)、營養(yǎng)水平(response to nutrient levels)、氧氣水平反應(yīng)(response to oxygen levels)等,CC涉及膜筏( membrane raft)、膜微結(jié)構(gòu)域(membrane microdomain)、質(zhì)膜筏(plasma membrane raft)、RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合物(RNA polymerase Ⅱ transcription factor complex)等,MF涵蓋核受體活性(nuclear receptor activity)、轉(zhuǎn)錄因子活性(transcription factor activity),直接配體調(diào)控序列特異性DNA結(jié)合(direct ligand regulated sequencespecific DNA binding)、類固醇激素受體活性(steroid hormone receptor activity)、細(xì)胞因子活性(cytokine activity)、絲氨酸水解酶活性(serine hydrolase activity)等。

        圖4 GO富集分析氣泡圖

        KEGG通路富集分析獲得了168條通路,圖5展示了前20條顯著性較高的通路,由圖可知,脂必泰治療高脂血癥涉及的通路有脂質(zhì)與動脈粥樣硬化通路(Lipid and atherosclerosis)、糖尿病并發(fā)癥中AGE-RAGE信號通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、流體剪切應(yīng)力與動脈粥樣硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)、IL-17信號通路(IL-17 signaling pathway)、TNF信號通路(TNF signaling pathway)、HIF-1信號通路(HIF-1 signaling pathway)等。

        圖5 KEGG通路富集條形圖

        2.5 成分-靶蛋白分子對接選擇PPI結(jié)果的10個核心靶點與之對應(yīng)成分?jǐn)?shù)較多的7種關(guān)鍵成分進行分子對接,運行AutoDock軟件共進行70次。對接結(jié)果分析,所有對接結(jié)合能均小于-5.0 kal/mol,部分結(jié)果見表2,由表可知,豆甾醇與AKT1結(jié)合度最高,β-谷甾醇與多種關(guān)鍵靶點結(jié)合度高。取結(jié)合能較高的8對結(jié)果在Pymol軟件中進行可視化。由圖6可知,豆甾醇與AKT1有氫鍵相連,并于ARG-273、TYR-272殘基相互作用,β-谷甾醇與PTGS2、TNF、TP53等具有氫鍵連接,與AKT1的HIS-180有π鍵-烷基相互作用。所有成分與核心蛋白的殘基均有氫鍵連接,進一步說明分子與蛋白之間結(jié)合緊密,進而表明,脂必泰的治療作用可能是通過調(diào)節(jié)這些核心靶點來實現(xiàn)。

        圖6 脂必泰有效成分與靶點蛋白分子對接

        表2 脂必泰有效成分與靶點蛋白分子對接結(jié)合能

        3 討論

        作為心血管疾病的一項主要危險因素,高脂血癥與遺傳易感性、飲食攝入、機體代謝、胰島素抵抗、氧化應(yīng)激、促炎性脂肪因子等因素密切相關(guān)。血脂和脂蛋白的水平、氧化應(yīng)激、炎癥、內(nèi)皮細(xì)胞損傷等因素是高脂血癥影響AS進程中的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。脂必泰膠囊目前廣泛應(yīng)用于臨床治療,且與他汀類等西藥相比,被證明綜合調(diào)脂作用強、不良反應(yīng)少、安全高[4],由于脂必泰膠囊是由四種中藥組成,而中藥的成分復(fù)雜、靶點眾多等原因,其作用機制一直是研究的重難點,目前脂必泰膠囊是如何調(diào)節(jié)血脂水平仍尚未闡明,本文通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對可能的作用靶點及機制一一闡述。

        本研究得出脂必泰膠囊的活性成分有槲皮素、山奈酚、異鼠李素、芒柄花素等,其調(diào)節(jié)血脂的核心靶點包括AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3、PTGS2、MAPK1、JUN、MAPK8等,涉及炎癥因子、轉(zhuǎn)錄因子、脂質(zhì)代謝相關(guān)因子等方面。目前已有相關(guān)研究[5-7]發(fā)現(xiàn)與脂質(zhì)代謝相關(guān)靶點有AKT1、TP53、TNF、IL-6等,與本研究結(jié)果相同。其中AKT參與多種生物學(xué)過程,包括代謝、胰島素信號傳導(dǎo)、血管生成等信號,通過刺激碳水化合物反應(yīng)性元素結(jié)合蛋白(ChREBP)的活性來調(diào)節(jié)葡萄糖轉(zhuǎn)運和胰島素敏感性,及脂肪細(xì)胞的合成[8],一項實驗研究表明鹽誘導(dǎo)激酶2(SIK2)可通過PI3K/AKT信號通路促進膽固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白1c(SREBP1c)和SREBP2的上調(diào),促進脂肪酸和膽固醇的合成[9],推斷脂必泰膠囊可能是抑制PI3K/AKT通路,從而降低脂質(zhì)水平。IL-6、TNF是兩種細(xì)胞因子,它們生物學(xué)功能豐富,主要參與免疫應(yīng)答、炎癥反應(yīng)等,已成為衡量高脂血癥的指標(biāo)。炎癥反應(yīng)可刺激脂肪細(xì)胞的氧化應(yīng)激反應(yīng),影響其增殖分化、細(xì)胞因子分泌及對胰島素敏感性等生物學(xué)過程,進而導(dǎo)致血脂異常和脂肪蓄積[10]。相關(guān)研究表明,槲皮素、山奈酚可通過抑制TNF和IL-6的水平、核因子κB(NF-κB)的活化,阻斷主動脈組織和人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞(HUVECs)中的NFκB/AP-1信號通路、Nrf2/HO-1信號通路,保護血管調(diào)節(jié)氧化應(yīng)激、炎癥和細(xì)胞凋亡[11,12]。CASP3作為一種凋亡蛋白酶在AS斑塊中表達,與細(xì)胞凋亡和動脈粥樣硬化相關(guān)。高脂血癥可促進脂質(zhì)過氧化形成ox-LDL,在CASP3介導(dǎo)下升高NF-κB水平,加速內(nèi)皮細(xì)胞的損傷,加重AS程度[13]。其中山奈酚可通過下調(diào)TP53,激活CASP3/9和聚ADP核糖聚合酶(PARP)的水平來減弱細(xì)胞凋亡[12]。以上研究說明,脂必泰膠囊可能通過上述核心成分共同作用于相關(guān)靶點來調(diào)節(jié)脂質(zhì)的合成和代謝,從而發(fā)揮降脂、抗氧化、抗炎等豐富的作用,同時脂必泰膠囊的其他活性成分也可能通過其他靶點起到調(diào)脂作用。

        在KEGG通路富集分析中,其中脂質(zhì)與動脈粥樣硬化通路是顯著性最高的,主要是由于血管中LDL進入血管內(nèi)皮細(xì)胞氧化修飾成ox-LDL,巨噬細(xì)胞吞噬受損內(nèi)皮上的ox-LDL,并轉(zhuǎn)變?yōu)榕菽?xì)胞,誘發(fā)炎癥反應(yīng)并合成和分泌更多的生長因子及促炎介質(zhì),進而促進斑塊生長及加重炎癥反應(yīng)[14]。Jia等[15]研究表明槲皮素通過調(diào)節(jié)PCSK9、CD36、PPAR+、LXR+和ABCA1的表達,從而防止AS在apoE-/-小鼠中的發(fā)展。在AGE-RAGE信號通路中,晚期糖基化終末產(chǎn)物(AGE)在氧化應(yīng)激、炎癥反應(yīng)、AS中發(fā)揮重要作用,AGE與其受體RAGE參與并介導(dǎo)的NADPH氧化酶等多種信號通路促使NOS生成,激活NF-κB,并分泌大量炎性因子,最終會加快AS的進展[16]。血脂異常加重炎癥反應(yīng),導(dǎo)致血管內(nèi)皮損傷,同時血管內(nèi)皮細(xì)胞損傷又使抗炎因子和促炎因子失衡,包括TNF信號通路、IL-17通路等被激活,進一步加重血管內(nèi)皮的損傷,促進AS斑塊的形成[17]。HIF-1是作為缺氧傳感器,缺氧環(huán)境下HIF-1通過轉(zhuǎn)錄因子PPARγ和增加脂肪酸結(jié)合蛋白(FABPs 3、4、7)的表達,促進細(xì)胞外脂肪酸(FA)攝取,上調(diào)低密度脂蛋白受體相關(guān)蛋白1(LRP1)和極低密度脂蛋白受體(VLDLR)促進脂蛋白的內(nèi)吞作用,最終導(dǎo)致缺氧條件下的脂質(zhì)積累[18]。以上分析可以推測出脂必泰膠囊可以通過脂質(zhì)與動脈粥樣硬化通路、AGE-RAGE信號通路、TNF信號通路,達到抗AS、調(diào)節(jié)內(nèi)分泌代謝、介導(dǎo)炎癥反應(yīng)來調(diào)節(jié)血脂水平。

        綜上所述,本文基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)揭示了多成分、多靶點、多通路之間的緊密相互作用,并增加了對于脂必泰膠囊治療高脂血癥的作用機制了解。但是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是根據(jù)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫分析的,可能受到數(shù)據(jù)庫的完整性影響,同時也未能考慮藥物活性成分在人體中藥代動力學(xué)中的改變,在該分析的基礎(chǔ)上仍需完善體內(nèi)外實驗進一步驗證結(jié)果。

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