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        基于知識發(fā)現(xiàn)工具Arrowsmith探索甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的潛在機制

        2022-10-20 02:28:04郭永飛于千策曹洪欣
        中國當(dāng)代醫(yī)藥 2022年26期
        關(guān)鍵詞:骨關(guān)節(jié)炎

        湯 琳 郭永飛 于千策 曹洪欣▲

        1.海軍軍醫(yī)大學(xué)圖書館,上海 200433;2.海軍軍醫(yī)大學(xué)附屬長征醫(yī)院骨科,上海 200003

        隨著科學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展, 專業(yè)分工越來越詳細,跨學(xué)科的交流越來越困難,而一個專業(yè)領(lǐng)域的信息可能對另一個專業(yè)領(lǐng)域有價值,存在著一些隱秘和有價值的相關(guān)性,并且常規(guī)方式無法檢索到這種相關(guān)性。 20 世紀(jì)80年代,有研究者提出了一種基于非相關(guān)文獻的知識發(fā)現(xiàn)方法,揭示了尚未在公開發(fā)表文獻中識別或發(fā)現(xiàn)的知識碎片之間的邏輯聯(lián)系,并提出了知識假設(shè), 相應(yīng)設(shè)計了知識發(fā)現(xiàn)工具Arrowsmith,旨在引導(dǎo)科研人員了解和發(fā)現(xiàn)不同學(xué)科與不同研究方向之間的潛在的、有科學(xué)價值的信息,從而進一步證實科學(xué)假設(shè)的可行性,為科研工作提供新的思路和方法。

        骨關(guān)節(jié)炎是一種常見的運動系統(tǒng)退行性病變,又稱退行性骨關(guān)節(jié)病、退行性關(guān)節(jié)炎等,美國第三次全國健康與營養(yǎng)檢查結(jié)果顯示,膝關(guān)節(jié)骨關(guān)節(jié)炎的患病率約為12.1%。在我國,大約有5.7%的男性和10.3%的女性都患有不同程度的骨關(guān)節(jié)炎。 骨關(guān)節(jié)炎好發(fā)于膝、髖等負(fù)重關(guān)節(jié),主要臨床表現(xiàn)為緩慢發(fā)展的關(guān)節(jié)疼痛、壓痛、僵硬、關(guān)節(jié)腫脹、活動受限和關(guān)節(jié)畸形等。 目前尚無有效的治療方法,主要采取非甾體藥物止痛等對癥處理,終末期行關(guān)節(jié)置換術(shù),給患者及家庭、社會均帶來沉重負(fù)擔(dān)。

        甜菜堿是一種從甜菜汁中提取的生物堿,研究表明甜菜堿能降低組織中核因子-κB(nuclear factor κB,NF-κB)、轉(zhuǎn)化生長因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)、基質(zhì)金屬蛋白酶(matrixmetallo proteinase-2,MMP-2)水平,具有抗炎、抗纖維化、抗腫瘤、減輕脂肪肝等多種作用,甜菜堿目前可用于治療非酒精性脂肪肝病、高半胱氨酸尿癥、肝纖維化等。若能證明其能夠抑制骨關(guān)節(jié)炎,則可以開發(fā)甜菜堿的臨床新用途。為了探討甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的可能靶點和作用機制, 本文以PubMed 中的文獻為分析對象,利用非相關(guān)文獻知識發(fā)現(xiàn)工具Arrowsmith,探索甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的潛在可能性,為骨關(guān)節(jié)炎的臨床研究提供新的方向。

        1 資料與方法

        1.1 納入與排除標(biāo)準(zhǔn)

        進入知識發(fā)現(xiàn)工具Arrowsmith 網(wǎng)站http://arrowsmith.psych.uic.edu,選擇Arrowsmith 工具進入其檢索界面,以甜菜堿(Betaine OR Lycine)作為集合A 的檢索詞,以骨關(guān)節(jié)炎(Osteoarthritis)作為集合C 的檢索詞進行檢索。

        1.2 檢索策略

        登陸Arrowsmith 網(wǎng)站,點擊“start”進入檢索界面。 以“Betaine OR Lycine [title/abstract]”為檢索式形成的文獻集作為來源文獻A,以“Osteoarthritis [title/abstract]”為檢索式形成的文獻集作為來源文獻C。 檢索時間范圍為2013年1月1日至2022年1月12日。

        1.3 文獻篩選、資料提取

        對A、C 兩個文獻集合的中間關(guān)聯(lián)詞進行挖掘并進行語義篩選,保留屬于“Chemicals&Drugs”“Genes&Molecular Sequences” 和“Gene&Protein Names”語義類別的關(guān)聯(lián)詞,得到篩選后的關(guān)聯(lián)詞列表B。 按照相關(guān)度的高低排列,通過匯總頻率較高的詞匯得到當(dāng)前研究熱點,并對相關(guān)度排序前40 的詞進行統(tǒng)計。

        2 結(jié)果

        檢索結(jié)果顯示集合A 包含8202 篇文獻,集合C包含25 000 篇文獻, 通過集合A 與集合C 得到與二者均有交集的關(guān)聯(lián)詞列表B。 連接兩個集合的中間詞表B 中共有11 767 個關(guān)聯(lián)詞, 經(jīng)過語義篩選后得到最終的關(guān)聯(lián)詞詞表B,包含2244 個關(guān)聯(lián)詞。 把關(guān)聯(lián)詞按照相關(guān)度進行排序, 選出相關(guān)度≥0.9 的40 個關(guān)聯(lián)詞,結(jié)果見表1。

        表1 關(guān)聯(lián)度≥0.9 的關(guān)聯(lián)詞

        通過對以上關(guān)聯(lián)詞的分析、檢索,選取其中相關(guān)度最高的四個關(guān)鍵詞分別為“脂聯(lián)素(adiponectin,ADP)”“Toll 樣受體4/核因子-κB 信號通路(Toll-like receptor 4/nuclear factor-κB,TLR4/NF-κB)”“高同型半胱氨酸血癥(hyperhomocysteinemia,HHcy)”和“血管內(nèi)皮生長因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)”。

        3 討論

        3.1 甜菜堿可能通過提高血漿脂聯(lián)素水平治療骨關(guān)節(jié)炎

        ADP 是脂肪組織特異性分泌的一種脂肪因子,通過與肝臟ADP 受體相互作用, 抑制肝臟三酰甘油的合成,促進三酰甘油氧化分解。 國內(nèi)有學(xué)者認(rèn)為ADP在骨關(guān)節(jié)炎的進展中起保護作用,檢測關(guān)節(jié)液中ADP水平高低對判斷骨關(guān)節(jié)炎病變的嚴(yán)重程度有幫助,低水平的ADP 患骨關(guān)節(jié)炎的風(fēng)險更大,ADP 可作為一種潛在的評估骨關(guān)節(jié)炎癥狀嚴(yán)重程度的生物標(biāo)記物。

        ADP 具有增加小鼠軟骨細胞增殖、蛋白多糖合成、基質(zhì)礦化,并上調(diào)Ⅱ型和Ⅹ型膠原表達的作用,在軟骨細胞中,ADP 可能通過誘導(dǎo)金屬蛋白酶組織抑制因子-1 和金屬蛋白酶組織抑制因子-2 的產(chǎn)生及抑制血清白介素-1β 所誘導(dǎo)基質(zhì)金屬蛋白酶-13 的產(chǎn)生,起到對抗骨關(guān)節(jié)炎的保護性作用。 國外學(xué)者通過對骨關(guān)節(jié)炎軟骨進行生物化學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)患者關(guān)節(jié)液中的ADP 呈高度表達, 而在血清中的ADP 水平與C-反應(yīng)蛋白水平為負(fù)相關(guān)關(guān)系, 可見ADP 可抑制和減緩骨關(guān)節(jié)炎的炎癥反應(yīng), 證實了ADP 對軟骨的保護作用。

        國內(nèi)有學(xué)者探討了ADP、瘦素和腫瘤壞死因子與酒精性脂肪肝嚴(yán)重程度的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)甜菜堿可以使酒精性脂肪肝甘油三酯減少,血清、肝臟ADP 增高。國外有學(xué)者研究發(fā)現(xiàn), 在高脂飲食中添加甜菜堿可以減輕高脂肪誘導(dǎo)的脂肪組織4-羥基壬烯酸的增加并且減輕血漿ADP 的下降。 因此可以推測,甜菜堿可能通過提高血漿ADP 水平發(fā)揮對骨關(guān)節(jié)炎的保護作用。

        3.2 甜菜堿可能通過抑制TLR4/NF-κB 信號通路治療骨關(guān)節(jié)炎

        TLR4 是一種模式識別受體,識別包括脂多糖在內(nèi)的多種配體,當(dāng)與相應(yīng)配體結(jié)合后,招募下游信號分子觸發(fā)一系列的信號級聯(lián)反應(yīng),最終活化NF-κB,從而促進炎癥因子基因表達的激活、炎癥因子產(chǎn)生和釋放,因此,抑制TLR4/NF-κB 信號通路能降低炎癥因子的釋出,緩解骨關(guān)節(jié)炎病理癥狀。

        國外有學(xué)者分別對源于類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎和健康人滑膜組織中的TLR 水平進行免疫熒光測定, 結(jié)果發(fā)現(xiàn)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎滑膜組織中TLR 表達水平最高,骨關(guān)節(jié)炎滑膜組織中亦有升高,但幅度小于類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎,而正常人滑膜中幾乎沒有檢測到TLR表達, 說明TLR 存在并過度表達于骨關(guān)節(jié)炎滑膜組織。 國外另有學(xué)者分別檢測了類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎和健康人滑膜組織中成纖維細胞的TLR mRNA表達情況,發(fā)現(xiàn)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎滑膜組織中成纖維細胞的TLR3mRNA 和TLR4mRNA 表達明顯升高,結(jié)果表明骨關(guān)節(jié)炎患者廣泛表達TLR4。TLR4表達于骨關(guān)節(jié)炎組織且其表達水平較正常軟骨組織明顯提高,NF-κB 通路可通過CD14/TLR4 早期激活進而觸發(fā)滑膜分泌炎癥因子血清白介素-1β、α 型腫瘤壞死因子、基質(zhì)金屬蛋白酶-13、血小板反應(yīng)蛋白及整合素金屬肽酶4,Ⅲ型前膠原氨基端和透明質(zhì)酸增加并介導(dǎo)骨關(guān)節(jié)炎的發(fā)生。

        甜菜堿可以顯著減少促炎細胞因子的產(chǎn)生,增加抗炎細胞因子的釋放,通過減少誘導(dǎo)型一氧化氮合酶和CD16/32 抗體的表達, 增加CD206 和精氨酸酶-1的表達, 促進小膠質(zhì)細胞從M1 表型向M2 表型的轉(zhuǎn)化, 通過抑制TLR4-Myd88 的表達來抑制TLR4/NFκB 通路。 因此可以推測,甜菜堿可能通過抑制TLR4/NF-κB 通路,降低炎癥因子水平,發(fā)揮治療骨關(guān)節(jié)炎的功效。

        3.3 甜菜堿可能通過抑制HHcy 的發(fā)生降低骨關(guān)節(jié)炎發(fā)病風(fēng)險

        同型半胱氨酸(homocysteine,Hcy)是體內(nèi)甲硫氨酸代謝的中間產(chǎn)物。 正常情況下,Hcy 的生成和代謝保持著動態(tài)平衡,先天或后天因素導(dǎo)致代謝途徑中的酶缺乏或失活,或輔助因子葉酸、維生素B、維生素B等缺乏可導(dǎo)致HHcy 的發(fā)生。

        甜菜堿可有效地抑制由胍基乙酸添加、胱硫醚—合成酶缺乏、葉酸缺乏導(dǎo)致的HHcy 的發(fā)生。甜菜堿降低血漿中Hcy 的濃度,抑制HHcy 發(fā)生的作用機制可能是以下兩條代謝通路協(xié)同作用的結(jié)果:一是甜菜堿的添加有效地恢復(fù)了由蛋氨酸導(dǎo)致的體內(nèi)甜菜堿的過度消耗, 同時激活肝臟甜菜堿Hcy 甲基轉(zhuǎn)移酶,直接促進了同型半胱氨酸在其催化下的再甲基化,從而降低了肝臟和血液中Hcy 的濃度;二是甜菜堿通過促進肝臟S-腺苷甲硫氨酸濃度升高, 激活肝臟胱硫醚-β-合成酶,進而促進胱硫醚的合成,降低肝臟和血液中Hcy 的濃度,從而抑制HHcy。

        發(fā)表在SCI 期刊《Redox Biology》的論文指出Hcy通過抑制SIRT1/AMPK 通路導(dǎo)致軟骨細胞功能障礙和氧化應(yīng)激,提示HHcy 和骨關(guān)節(jié)炎之間可能存在聯(lián)系。 Hcy 的異常表達可能會誘導(dǎo)線粒體功能障礙和骨代謝紊亂,沉默信息調(diào)節(jié)因子1(silence information regulator 1,sirtuin 1,SIRT1)和AMP 激活蛋白激酶是調(diào)節(jié)線粒體生物合成的兩個關(guān)鍵傳感器,已被公認(rèn)是骨關(guān)節(jié)炎的治療靶點,Hcy 抑制SIRT1/AMPK/PGC-1α/PPAR-γ 通路后,NF-κB 和基質(zhì)金屬蛋白酶-13 的表達升高, 從而對軟骨細胞造成有害影響, 而Hcy SIRT1 低表達可能有助于軟骨的降解過程,這為骨關(guān)節(jié)炎的病因提供了線索。 綜上所述,可以推測甜菜堿可能通過降低血漿中Hcy 的濃度, 抑制HHcy 發(fā)生,從而降低骨關(guān)節(jié)炎的發(fā)病風(fēng)險。

        3.4 甜菜堿可能以血管內(nèi)皮生長因子為靶點通過抗血管生成治療骨關(guān)節(jié)炎

        VEGF 是1989年由Ferrara 等在牛垂體濾泡星形膠質(zhì)細胞體外培養(yǎng)液中分離純化出來的,是作用于血管內(nèi)皮細胞的生長因子,也是目前發(fā)現(xiàn)的最強烈的增加血管通透性物質(zhì)之一,其增加血管通透性是通過增加內(nèi)皮細胞的間隙實現(xiàn)的。 在整個骨關(guān)節(jié)炎的病理過程中,VEGF 起到促進血管生成和增加血管通透性的作用, 它是骨關(guān)節(jié)炎發(fā)展過程中滑膜細胞增殖、血管新生、滑膜炎形成的重要炎癥遞質(zhì),在骨關(guān)節(jié)炎患者中,滑膜的增生、浸潤以及后來出現(xiàn)的軟骨和骨破壞均依賴于滑膜內(nèi)血管的生成。 骨關(guān)節(jié)炎血管生成不僅可導(dǎo)致炎癥,更重要的是通過新生血管轉(zhuǎn)運炎癥因子致使炎癥反應(yīng)得以持續(xù), 在軟骨發(fā)育的過程中,VEGF 不僅在促進新生血管形成上有重要意義,還在維持軟骨細胞的存活及加快骨轉(zhuǎn)換等方面發(fā)揮十分重要的作用。 關(guān)節(jié)軟骨由于能夠產(chǎn)生血管生成抑制劑, 促血管生成因子與抗血管生成因子存在動態(tài)平衡,所以正常的關(guān)節(jié)軟骨是沒有血管分布的,骨關(guān)節(jié)炎狀態(tài)下, 骨/軟骨接合處及滑膜中血管生成明顯增多,均表明VEGF 參與了這一過程。

        另有研究表明,甜菜堿可顯著抑制微血管內(nèi)皮細胞中VEGF 誘導(dǎo)Akt 和ERK 通路磷酸化。 甜菜堿通過抑制活性氧介導(dǎo)的VEGF 信號傳導(dǎo),對新生血管形成發(fā)揮抗血管生成的作用。 甜菜堿可能是一種有效的抗血管生成藥物。 綜上可以推測,甜菜堿有抑制新生血管生成的作用, 可能以VEGF 及其受體為靶點,通過抗血管治療達到對骨關(guān)節(jié)炎的抗炎效果。

        3.5 小結(jié)

        隨著互聯(lián)網(wǎng)和信息技術(shù)的高速發(fā)展,科研人員的文獻獲取能力正逐步加強,已經(jīng)不滿足于單純的相關(guān)文獻分析方法。 Arrowsmith 作為一種能夠識別不同學(xué)科、不同研究領(lǐng)域之間潛在關(guān)聯(lián)的非相關(guān)文獻知識發(fā)現(xiàn)工具, 可以挖掘看似不相關(guān)的文獻之間的隱藏關(guān)聯(lián),拓展了知識發(fā)現(xiàn)的邊界,可提高科研工作效率、縮短科研周期,對于輔助科研具有重要意義。

        在PubMed 中檢索“(Betaine OR Lycine)AND Osteoarthritis”僅有5 篇文獻(檢索日期范圍是2013年1月1日—2022年1月12日),其中1 篇主要論述了甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的機制, 于2021年9月已發(fā)表于SCI 期刊《Frontiers in Pharmacology》,該論文研究發(fā)現(xiàn),甜菜堿可通過抑制軟骨下骨破骨細胞生成和血管生成來減輕骨關(guān)節(jié)炎。 而本文應(yīng)用非相關(guān)文獻知識發(fā)現(xiàn)的方法, 利用Arrowsmith 工具對PubMed 中甜菜堿和骨關(guān)節(jié)炎的英文文獻進行分析,探討了甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的可能機制。甜菜堿治療骨關(guān)節(jié)炎的機制可能與血漿脂聯(lián)素水平、TLR4/NF-κB 通路、HHcy以及VEGF 相關(guān)。

        然而非相關(guān)文獻知識發(fā)現(xiàn)方法也存在著一些不足, 此方法只是基于文獻挖掘所推測得出的結(jié)論,是基于文獻證據(jù)的假設(shè),不能取代科研實驗。 它實質(zhì)上可以理解為是對傳統(tǒng)檢索的一種補充,引導(dǎo)專業(yè)人員進一步深入檢索相關(guān)領(lǐng)域的知識。 Arrowsmith 工具中的關(guān)聯(lián)詞B 集合存在著數(shù)量龐大、相關(guān)度準(zhǔn)確性不夠高的問題,且詞與詞之間的聯(lián)系要依賴原文背景才能解讀其實際意義,因此想要深入研究非常困難。 盡管Arrowsmith 工具有不足之處,但它從某種角度上講可以直接促使新知識的產(chǎn)生, 促進知識構(gòu)建與傳承,對科研創(chuàng)新具有重要意義,除了在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域運用以外,在其他學(xué)科領(lǐng)域也將會有廣泛的應(yīng)用價值和發(fā)展?jié)摿Α?/p>

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