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        生物活體功能材料研究進展

        2022-09-16 03:00:40王宇翔吳夏泠張文彬
        合成生物學 2022年4期
        關(guān)鍵詞:生物學功能

        王宇翔,吳夏泠,張文彬

        (1北京分子科學國家研究中心,高分子化學與物理教育部重點實驗室,軟物質(zhì)科學與工程中心,北京大學化學與分子工程學院,北京 100871;2集美大學海洋食品與生物工程學院,福建 廈門 361021)

        自1920年Staudinger首次提出高分子的概念以來,高分子已成為材料領(lǐng)域不可或缺的組成部分,逐漸建立了高分子鏈式結(jié)構(gòu)的認知范式,并從中衍生出兩條截然不同的發(fā)展路徑(分別是以聚烯烴為范例的合成高分子工業(yè)和以核酸、蛋白質(zhì)為范例的分子生物學),對人類社會發(fā)展持續(xù)產(chǎn)生著重要、廣泛而深遠的影響。高分子結(jié)構(gòu)的特殊性來自于其隨著分子量增大、分子結(jié)構(gòu)復雜化以及多重分子鏈間次級相互作用而產(chǎn)生的涌現(xiàn)性能,使其不僅可發(fā)生分子鏈纏結(jié),帶來黏度、彈性等宏觀性能的改變,還可通過改變序列成為信息的載體,并經(jīng)由折疊實現(xiàn)多種多樣的功能[1]。線性高分子的交聯(lián)進一步形成網(wǎng)絡結(jié)構(gòu),帶來更為豐富的材料性質(zhì),是包括塑料、橡膠、凝膠等多種高分子材料的實際存在形式。至今,人們已經(jīng)發(fā)展了多種策略,以精準控制從分子參數(shù)(如長度、序列、立體化學、拓撲結(jié)構(gòu)等)到網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)(如互穿網(wǎng)絡、雙網(wǎng)絡、納米復合結(jié)構(gòu)等)的高分子多級結(jié)構(gòu),在相關(guān)材料研發(fā)上取得了長足的進展,促進了對結(jié)構(gòu)-性能關(guān)系的理解。

        近年來,合成生物學的發(fā)展又為材料科學領(lǐng)域增添了新的活力。合成生物學旨在編輯活體生物以實現(xiàn)用戶功能導向的目標。類似于計算機編程,合成生物學通過編輯DNA、蛋白質(zhì)來改變亞細胞層次甚至個體層次的生命活動。2000年,第1個基因?qū)用娴那袚Q開關(guān)[2]和抑制器元件[3]設計成功,揭開了合成生物學的序幕。此后,研究者們陸續(xù)實現(xiàn)了對原核[4]和真核細胞[5]基因回路的編輯,并逐步走向整個基因組的設計和合成[6]。而類似CRISPR/Cas9等先進的基因編輯技術(shù)則使得其應用變得更加簡單和直接[7]。近年來,結(jié)合計算機輔助蛋白質(zhì)設計的進展,研究者們又進一步實現(xiàn)了從用戶需求出發(fā)的、基于蛋白質(zhì)的邏輯回路的從頭設計[8],堪稱合成生物學的又一個里程碑。這些工程化策略使得人們可以賦予細胞特定的材料屬性,發(fā)展相應的生物活體功能材料。2014年,Lu團隊[9]構(gòu)建了工程化細菌與菌毛蛋白CsgA納米纖維組裝體相融合的活體材料,可通過融合表達,方便地調(diào)控活體材料的性能,并和非生物組分組裝,實現(xiàn)器件化。這打開了材料科學嶄新的一頁。相比于傳統(tǒng)材料,活體材料最大的優(yōu)勢在于其兼具生命的特征和材料的功能,不僅可自我生長、自我成形、具有生命體系的諸多復雜功能(如酶活性),還具有對環(huán)境響應、自我修復、易與各種加工技術(shù)(3D打印、器件化)整合等優(yōu)勢。但是,目前多數(shù)活體材料工作都集中在展示其生命特征上,而殊少關(guān)注其材料屬性,尤其在力學性能方面遠遜于傳統(tǒng)高分子材料。要在這方面取得突破就必須借鑒材料科學(尤其是高分子科學)幾十年來的豐碩成果。

        2021年6月8日,中國科學院深圳技術(shù)研究院的戴卓君研究員團隊和杜克大學的游凌沖團隊在《自然·通訊》上合作發(fā)表了以“Living fabrication of functional semi-interpenetrating polymeric materials”為題的研究。該研究以殼聚糖微凝膠為基質(zhì)材料,設計包裹含有工程化大腸桿菌的生物活體功能材料,可自發(fā)表達、原位形成具有錨定功能蛋白的半互穿網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)(圖1)。當功能蛋白為β-內(nèi)酰胺酶(Bla)時,該活體材料可保護小鼠在抗生素擾動下維持較為穩(wěn)定的腸道菌群組成,并有效減少給藥次數(shù)。

        圖1 半互穿網(wǎng)絡活性材料的制備和應用Fig.1 Preparation and application of semi-interpenetrating network living materials

        在材料設計方面,該工作將高分子科學的半互穿網(wǎng)絡理念成功引入活體材料中,其第一網(wǎng)絡由三聚磷酸鈉和殼聚糖通過靜電作用交聯(lián)所得,而第二互穿組分則由工程化細菌產(chǎn)生和釋放的反應性功能蛋白原位聚合而得。不同于傳統(tǒng)高分子材料的加工制備,該工作的難點在于如何原位實現(xiàn)蛋白質(zhì)單體的可控釋放與有效聚合。研究者將具有密度誘導細菌自主裂解特點的ePop回路引入該體系,通過表達一種來源于噬菌體的、可阻礙其細胞壁合成的E蛋白毒素,使得當細菌密度生長至一定水平時,即自發(fā)裂解、釋放出蛋白質(zhì)單體。同時,研究者選用可基因編碼的蛋白質(zhì)反應對諜標簽(SpyTag)和諜捕手(SpyCatcher)分別修飾蛋白質(zhì)單體,使其在釋放后局部濃度較高的情況下自發(fā)聚合,通過與第一組分的互穿,一方面實現(xiàn)蛋白質(zhì)單體的固定化,一方面促進了其力學性能的提升,抑制了微凝膠在細菌生長過程中的塌縮。值得注意的是,半互穿網(wǎng)絡的儲能模量能達到2 kPa,遠高于非互穿凝膠網(wǎng)絡以及單純的諜網(wǎng)絡水凝膠[10]或殼聚糖微凝膠。

        在材料功能方面,該工作將可降解β-內(nèi)酰胺類抗生素的Bla作為功能蛋白質(zhì)單體融入半互穿網(wǎng)絡,以期保護腸道菌群組成免受抗生素擾動。實驗結(jié)果表明,半互穿網(wǎng)絡的存在對于Bla的酶活具有非常重要的保護作用。得益于工程菌具有不斷產(chǎn)生Bla的功能以及互穿網(wǎng)絡對酶穩(wěn)定性的提升,在體外實驗中,即使在抑制劑長時間作用下,其酶活性依然可在撤除抑制劑后快速恢復;在體內(nèi)實驗中,該活體材料被灌胃輸送至小鼠腸道內(nèi),在靜脈輸入抗生素后,該小鼠腸道的菌群總量和菌群結(jié)構(gòu)整體上展現(xiàn)出比對照組(無材料組、無互穿網(wǎng)絡組以及無細胞組)更加顯著的穩(wěn)定性,較好地解決了Bla易受到環(huán)境影響而失活的問題。

        這一研究成果為生物活體功能材料的構(gòu)建提供了新的思路,提示活體材料的發(fā)展應多多借鑒和應用傳統(tǒng)的高分子材料工程策略。在該工作中,高分子互穿網(wǎng)絡通過機械互鎖限制了兩個組分的相對運動趨勢,不僅使其兼具每個組分獨特的性能優(yōu)勢,如環(huán)境響應性與特定功能,更達到了提高材料力學性能、改善其耐受性的效果。事實上,高分子網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)調(diào)控還包括雙網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)、化學-物理交聯(lián)協(xié)同、滑環(huán)交聯(lián)點、納米復合結(jié)構(gòu)等諸多策略,均有其獨特優(yōu)勢。例如,雙網(wǎng)絡水凝膠通過第一網(wǎng)絡的斷裂作為“犧牲鍵”耗散能量,而通過稀疏交聯(lián)的高分子量第二網(wǎng)絡維持其整體性,從而協(xié)調(diào)兩個組分,實現(xiàn)大幅增韌、有效提升力學性能[11]。類似地,化學-物理交聯(lián)協(xié)同的網(wǎng)絡中,動態(tài)的物理交聯(lián)在外力下不斷斷開并重新形成,高效耗散能量,而化學交聯(lián)則維持了整體結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性[12]?;h(huán)交聯(lián)點則是獨特的可變交聯(lián)點結(jié)構(gòu),可以像滑輪一樣導致網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)的重組,重新分散應力,帶來增韌的效果[13]。引入納米材料作為多價交聯(lián)點則可以制備納米復合物,大幅提高材料的力學性能[14]。首先,靈活利用這些策略可有效改善活體材料的力學性能和耐用性。其次,雖然活體材料的一個亮點在于可自發(fā)成型,但如果它兼容目前已經(jīng)非常成熟的各種高分子加工方案,不失為更為便捷的應用途徑。最后,生物體系所能夠應用和提供的大分子構(gòu)建相對有限,為了拓展活體材料的功能多樣性,必須向傳統(tǒng)高分子化學學習,引入并整合非天然的高分子組分。然而,在活體材料中應用高分子的相關(guān)策略并非易事,需要使用合成生物學的語言和工具[15]。例如,要控制單體的釋放和聚合,在這里就不能簡單套用傳統(tǒng)的高分子聚合反應,而是要用到新的、可基因編碼的蛋白質(zhì)偶聯(lián)化學(如諜化學);而要協(xié)調(diào)各個過程的時空次序,則不能簡單通過外部操作的時序性來實現(xiàn),更多應該是通過程序化控制基因回路來實現(xiàn)。這樣的交叉融合不僅僅是理念上的,還需要研究工具、研究方法以及具體基元和分子模塊上的融會貫通(圖2)。

        圖2 合成生物學與材料科學的交叉與融合Fig.2 Intersection and integration between materials science and synthetic biology

        總之,合成生物學與材料科學尤其是高分子科學的交叉融合是大勢所趨。傳統(tǒng)高分子是以追求靜態(tài)結(jié)構(gòu)的極限性能為目標,生命體是以追求特定環(huán)境壓力下的最適生存為目標,而活體材料有望結(jié)合兩者的主要優(yōu)勢,帶來材料科學的變革。雖然生命體總是將生存作為第一優(yōu)先權(quán),總是要在滿足這個要求的前提下來實現(xiàn)所有其他的功能屬性,平添了不少限制,但同時也帶來了包括自修復性、可再生性、超高活性、功能多樣性等諸多優(yōu)勢。生命體本身也在進化過程中形成許多的活體功能材料。天然活體材料的成功啟示我們:材料科學的發(fā)展應借鑒這些生命特征,不僅要注重單一的材料性質(zhì),還要追求多組分體系中復雜的相互作用網(wǎng)絡所帶來的涌現(xiàn)性質(zhì)。毫不夸張地說,生物活體功能材料既是材料在人類智慧出現(xiàn)之前的自然選擇,也是人造材料的理想未來。它既是起源,也是未來。為了更好地發(fā)展生物活體功能材料,我們認為應著重:①通過發(fā)展新穎的工具,融合合成生物學和高分子科學的理念和基元,廣開思路,拓展現(xiàn)有的研究范式與思維;②仔細甄別兩個體系的優(yōu)勢和劣勢,設計可同時發(fā)揮兩者長處的體系,將惰性成分和活性成分融合成為一個密不可分的功能整體;③針對特定應用場景,展示其“殺手锏”級應用。其中,蛋白質(zhì)作為生命中心法則中功能的主要承載者,也是活體材料的重要主體。以蛋白質(zhì)為核心,結(jié)合蛋白質(zhì)工程,有望擺脫傳統(tǒng)天然蛋白質(zhì)作為材料的局限性,既可詮釋序列、結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系,又有望實現(xiàn)目的導向的可設計性,尋找到合適的切入點,迅速取得突破。合成生物學與材料科學在現(xiàn)階段的諸多不同恰恰為兩者在未來的合作和融合提供了廣闊的發(fā)展空間。

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