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        基于高通量測序診斷馬爾尼菲藍狀菌病1例報道

        2022-08-26 23:27:46王增睿
        檢驗醫(yī)學(xué) 2022年7期
        關(guān)鍵詞:檢測

        王增睿, 楊 霞, 寧 宗

        (1.廣西醫(yī)科大學(xué),廣西 南寧 530000;2.廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院全科醫(yī)學(xué)科,廣西 南寧 530000)

        馬爾尼菲藍狀菌(Talaromyces marneffei)又名馬爾尼菲青霉菌,是一種雙相性深部致病性真菌,最早在竹鼠的病變肝臟中被分離出來,多分布于東南亞、印度東北部和中國南部[1]。馬爾尼菲藍狀菌感染好發(fā)于免疫功能低下或缺陷人群,主要累及單核巨噬細胞,可侵犯人體多個系統(tǒng),臨床表現(xiàn)復(fù)雜多樣,病死率高,早期診斷和治療是降低病死率的關(guān)鍵[2]。目前,馬爾尼菲藍狀菌的主要檢測方法為血液或組織真菌培養(yǎng)、涂片染色、病理學(xué)檢查等,由于檢出率不一、耗費時間較長等缺點,在一定程度上延誤了該病的診斷和治療[3]。高通量測序[又稱下一代測序(next generation sequencing,NGS)]技術(shù)可不依賴于培養(yǎng),直接檢測臨床樣本(血液、腦脊液、肺泡灌洗液、尿液等)中微生物的DNA或RNA,通過分析其特異性基因片段的含量與豐度,通過生物信息學(xué)分析全面鑒定細菌、病毒、真菌、寄生蟲。相較于傳統(tǒng)檢測技術(shù),NGS具有通量高、鑒定譜廣、檢測時間短、敏感性好等優(yōu)點[4-5]。目前,馬爾尼菲藍狀菌引起人類感染的報道較少,此前有個案報道采用NGS診斷馬爾尼菲藍狀菌致中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染[6]?,F(xiàn)就廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院1例基于NGS技術(shù)診斷馬爾尼菲藍狀菌感染的病例進行報道,為此類病例的診療提供參考。

        1 病例資料

        患者,男,49歲,因“左下肢疼痛伴發(fā)熱3月余”,于2020年3月10日急診收入廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院。患者于2019年12月29日無明顯誘因出現(xiàn)左下肢疼痛,進行性加重,多位于左側(cè)髖部、大腿內(nèi)側(cè),伴發(fā)熱,無畏寒、寒戰(zhàn),體溫最高38.5 ℃。2020年1月2日至外院就診,行髖關(guān)節(jié)磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)平掃:左側(cè)髖臼及坐骨異常信號,考慮骨髓水腫,左側(cè)閉孔內(nèi)外肌、上下孖肌、股內(nèi)側(cè)肌、股四方肌、恥骨肌、臀大肌腫脹,水腫。血培養(yǎng)(雙側(cè)):沙門菌,對頭孢他啶、左氧氟沙星等敏感。雙髖關(guān)節(jié)MRI:左大腿上段-左髖關(guān)節(jié)周圍軟組織改變,考慮炎性病變并膿腫形成,擬左側(cè)股骨頸、左側(cè)髖臼骨髓水腫。胸部電子計算機斷層掃描(computed tomography,CT):考慮兩肺炎癥,縱膈及右肺門多發(fā)腫大淋巴結(jié),不排除右肺下葉病變?yōu)檎嘉豢赡?;兩?cè)少量胸腔積液;擬肺氣腫(小葉中心型)改變。骨髓形態(tài)學(xué)檢查:成熟漿細胞占11%,成熟紅細胞呈緡錢狀(多發(fā)性骨髓瘤待排)。胸骨前壁腫物B超:皮下混合性回聲團(膿腫?)。于2020年2月6日行左大腿肌層膿腫切開探查引流及任意皮瓣成形術(shù)。膿液培養(yǎng)示陰溝腸桿菌。曾予氧氟沙星+美羅培南+萬古霉素+復(fù)方磺胺甲噁唑聯(lián)合抗感染治療,治療后患者仍有反復(fù)發(fā)熱,為進一步明確診斷至廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院就診。既往史:否認高血壓、冠心病、糖尿病史,否認肝炎、結(jié)核或其他傳染病史,否認外傷史,有青霉素過敏史。入院查體:體溫36.5 ℃,脈搏107次/min,呼吸22次/min,血壓14.50/9.44 kPa。神志清,貧血面容,皮膚鞏膜無黃染,全身淋巴結(jié)未捫及腫大,頸靜脈正常。胸骨下段可見1塊約4 cm×3 cm的腫物(圖 1),有波動感,無觸痛。左側(cè)大腿內(nèi)可見1條長約 5 cm的陳舊性疤痕。余未見明顯異常。

        圖1 胸骨下段腫物

        2 實驗室及影像學(xué)檢查

        血常規(guī)示:白細胞計數(shù)20.21×109/L,血紅蛋白60.60 g/L,中性粒細胞百分比85.4%。尿常規(guī)示:潛血(+)。肝功能:直接膽紅素19.40 μmol/L,總膽紅素33.40 μmol/L,白蛋白19.6 g/L,球蛋白47.5 g/L,γ-谷氨?;D(zhuǎn)移酶215.0 U/L。腎功能檢測示:肌酐116 μmol/L,尿酸440 μmol/L。D-二聚體6 436 ng/mL。高敏C反應(yīng)蛋白(全程)210.70 mg/L。降鈣素原2.170 ng/mL。細菌內(nèi)毒素測定:228.60 pg/mL。真菌β-葡聚糖測定(G 試驗)264.20 pg/mL。副流感病毒抗體Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型-IgM 陽性(+)。葡萄糖6-磷酸脫氫酶活性(速率法)1 766 IU。血培養(yǎng):未培養(yǎng)出細菌和真菌。腹部及泌尿系超聲:肝大,肝右葉囊腫,脾大,前列腺鈣化灶。骨發(fā)射型計算機斷層掃描(emission computed tomography,ECT):顱骨、胸骨下段、多根肋骨、右側(cè)恥骨、左側(cè)髖臼、左側(cè)坐骨及雙側(cè)肩關(guān)節(jié)骨代謝活躍(圖 2)。顱腦CT:顱骨多發(fā)病灶,符合朗格漢斯細胞組織細胞增多癥改變;右頂部軟組織腫脹(圖 3)。胸部CT:雙肺多發(fā)病變,朗格漢斯細胞組織細胞增生癥肺部浸潤?肺炎?雙肺小葉中心型肺氣腫;胸骨柄下端、兩側(cè)肋骨多發(fā)骨質(zhì)破壞及周圍軟組織腫脹,符合朗格漢斯組織細胞增生改變(圖 4)。

        圖2 全身骨掃描結(jié)果

        圖3 頭顱CT結(jié)果

        圖4 胸部CT結(jié)果

        患者于2020年3月12日行胸骨前壁腫物穿刺檢查,采用Nextseq550 DX測序平臺(英國Illumina公司)行高通量測序(測序策略SE75,總測序核苷酸序列2 000萬條),經(jīng)FastQC軟件進行數(shù)據(jù)基本過濾后去除人相關(guān)reads,剩下的reads與優(yōu)化后其專屬的病原微生物數(shù)據(jù)庫(包括15 000余個醫(yī)學(xué)微生物信息)進行比對分析。3月15日病原微生物宏基因檢測報告示:馬爾尼菲青霉菌感染。2020年3月15日開始予兩性霉素B脂質(zhì)體10 mg qd治療。2020年3月17日行左鎖骨頭囊性包塊穿刺,抽液后接種在沙氏培養(yǎng)基(本實驗室制備,原料為蛋白胨10 g、瓊脂20 g、葡萄糖40 g、蒸餾水),分別在25和37 ℃環(huán)境下培養(yǎng),動態(tài)觀察各培養(yǎng)物不同溫度、不同培養(yǎng)基、不同培養(yǎng)時間的菌落形態(tài)及特點。5 d后用透明膠帶先粘取一定量菌絲,再粘在預(yù)先滴加乳酸酚棉蘭染液(本實驗室制備,原料為苯酚、乳酸、甘油、棉藍、蒸餾水)的載玻片上,顯微鏡下觀察菌絲的形態(tài)、特征、大小、排列等。3月23日顯微鏡下觀察真菌特點符合馬爾尼菲藍狀菌(25 ℃培養(yǎng)菌落呈青霉相,在高倍鏡下可以看到特征性結(jié)構(gòu)帚狀枝;37 ℃培養(yǎng)菌落呈酵母相,培養(yǎng)物可見圓形或卵圓形的酵母樣菌體),鑒定方法及結(jié)果與相關(guān)文獻報道[8]一致。結(jié)合患者臨床表現(xiàn)、影像學(xué)檢查、實驗室檢查及NGS結(jié)果,最終診斷為播散型馬爾尼菲藍狀菌?。ǚ?、骨及皮膚)。

        2 討論

        馬爾尼菲藍狀菌感染起病隱匿,好發(fā)于免疫功能低下或缺陷人群,尤其多見于獲得性免疫缺陷綜合征(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)患者。馬爾尼菲藍狀菌感染可以侵犯人體多個系統(tǒng),臨床表現(xiàn)主要有發(fā)熱、咳嗽、咳痰、腹痛、腹瀉、淋巴結(jié)及肝脾腫大、貧血、皮膚丘疹或結(jié)節(jié)及骨質(zhì)破壞(罕見)等。本例患者免疫功能正常,既往體健,臨床表現(xiàn)為發(fā)熱、貧血、脾大、淋巴結(jié)腫大、皮下膿腫、多發(fā)溶骨性損傷等,但由于臨床癥狀不典型,缺乏特異性,易與結(jié)核病、多發(fā)性骨髓瘤等血液系統(tǒng)疾病相混淆,臨床診斷較困難[7]。另外,隨著AIDS及其他免疫性疾病發(fā)病率的增高,馬爾尼菲藍狀菌病發(fā)病率逐年上升,病死率較高,因此早期診斷,及早應(yīng)用抗真菌藥物治療是降低病死率的關(guān)鍵。

        目前,血液及膿腫穿刺等臨床樣本的微生物培養(yǎng)仍是診斷該病的金標(biāo)準(zhǔn)。但微生物培養(yǎng)耗時長,需要1~2周,且樣本取材不易,陽性率較低,導(dǎo)致馬爾尼菲藍狀菌病早期診斷困難。有文獻報道馬爾尼菲藍狀菌可以侵入血液及骨組織,累及骨髓,且取材簡單、耗時較短,因此骨髓細胞學(xué)檢查也是診斷該病的重要方法[3,9]。但目前馬爾尼菲藍狀菌導(dǎo)致骨損傷較罕見,且程度不一,如本例患者感染后導(dǎo)致骨質(zhì)被破壞,但骨髓細胞學(xué)及病理檢查未見異常,提示骨髓細胞學(xué)檢查等傳統(tǒng)檢測技術(shù)存在敏感性差、時效性差和誤差大等缺點,且往往對臨床罕見的病原微生物無法識別。

        NGS可直接提取臨床樣本中的基因組DNA進行測序,將所測序列與專業(yè)數(shù)據(jù)庫進行對比,得出樣本中所含病原體的信息,并可直接分析樣本中的病原體譜、豐度及分布情況。與傳統(tǒng)病原體檢測技術(shù)相比,NGS具有測序通量高(可檢測范圍包括基因序列已知的細菌3 233余種、真菌265余種、病毒4 192余種、寄生蟲及其他病原體274余種)、檢測時間短(1~2 d)、敏感性較高、檢測譜廣(犬咬二氧化碳嗜纖維菌、波瓦桑病毒、豬皰疹病毒等特殊、少見病原體亦可檢出)等優(yōu)點[4,10],可以實現(xiàn)對未知病原體的快速鑒定,有助于疾病的早期診斷和治療。目前,NGS在臨床中的應(yīng)用正處于發(fā)展階段,仍存在一定的問題,如難以有效分辨致病菌和背景菌,且成本較高。但應(yīng)認識到NGS的臨床價值,使其成為臨床診斷的有效工具,促進精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展[11]。

        綜上所述,當(dāng)患者出現(xiàn)不明原因的發(fā)熱、貧血、脾大、淋巴結(jié)腫大、皮下膿腫及溶骨性損害時,應(yīng)高度懷疑特殊病原體感染。臨床工作中,如遇到病原學(xué)診斷不明或高度懷疑特殊病原體感染的患者,使用常規(guī)檢驗方法難以有效查出病原體,應(yīng)盡早考慮采用NGS進行病原體檢測,以提高早期診斷準(zhǔn)確率,避免漏診、誤診,降低患者病死率。

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