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        1例疑似溶血性曼氏桿菌感染的診斷及生物信息學(xué)分析

        2022-08-16 07:38:58梁成孔孫鵬亮李蓮瑞
        現(xiàn)代畜牧獸醫(yī) 2022年6期
        關(guān)鍵詞:分析

        梁成孔,孫鵬亮,李蓮瑞*

        (1.塔里木大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團塔里木畜牧科技兵團重點實驗室,新疆 阿拉爾 843300;2.塔里木大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團南疆動物疫病診斷與防控工程實驗室,新疆 阿拉爾 843300)

        溶血性曼氏桿菌(Manniella hemolyticus)又稱溶血巴氏桿菌,屬巴氏桿菌科曼氏桿菌屬,為革蘭氏陰性且兼性厭氧菌,是一種條件性致病菌。溶血性曼氏桿菌在牛羊鼻咽和扁桃體中屬于正常菌群,當(dāng)機體防御受到各種應(yīng)激因素(如運輸、營養(yǎng)不良、不利的物理、環(huán)境或氣候條件以及之前或同時感染某些呼吸道病毒、支原體或其他類型的細菌)損害時均可致病[1-2]。肺炎性巴氏桿菌病是世界范圍內(nèi)分布的牛、綿羊和山羊的重要呼吸道疾病之一,被認為是一種人畜共患疾病,可導(dǎo)致支氣管擴張、支氣管炎、肺炎、尿路感染、腦膿腫、敗血癥,通常由甲型溶血性曼氏桿菌引起[3-4]。近年來羊群感染溶血曼氏桿菌引起呼吸道疾病時有發(fā)生,對養(yǎng)羊業(yè)造成了一定的威脅[5-9]。目前市場上缺乏規(guī)范的商品化疫苗預(yù)防該病,且該病原菌存在多個抗原,商品化疫苗具有局限性,只能保護部分免疫作用[10]。

        2021年5月,新疆阿克蘇市某養(yǎng)羊場發(fā)生疫情,30日齡的羔羊病死率達到20%以上。發(fā)病羊主要表現(xiàn)為呼吸困難、流鼻涕、咳嗽、拉稀、體溫升高至42℃。本研究剖解發(fā)病羊,取肺、肝、腸、腸系膜淋巴結(jié)等組織,從病原中分離出毒株,通過PCR、16SrRNA鑒定,以期為今后該病的防控工作提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        病料來自新疆阿克蘇市某養(yǎng)羊場30日齡羔羊的肺、肝、腸、腸系膜淋巴結(jié)。

        1.2 試劑與儀器

        主要試劑:DNA純化試劑盒、瓊脂糖、Taq DNA聚合酶、dNTP、DNA Marker(北京全氏金生物技術(shù)有限公司)。

        主要儀器:干式恒溫箱(杭州奧盛儀器有限公司)、DK-8D電熱恒溫水槽(上海精宏實驗設(shè)備有限公司)、伯樂T100梯度PCR儀(北京智杰方遠有限公司)、凝膠成像分析系統(tǒng)(ChemiDoc XRS)。

        1.3 試驗方法

        1.3.1 DNA提取

        精確稱取1 g病料加入1 mL PBS溶液放入打碎機打碎5 min,取200~300μL。按照DNA提取試劑盒說明書提取DNA。引物序列見表1。

        表1 引物序列Tab.1 Primer sequence

        1.3.2 巴氏桿菌PCR擴增

        以提取的DNA為模板進行PCR擴增。

        反應(yīng)體系為:premix Taq(10×Ex Taq Version 2.0)0.5μL、10μmol/L上游引物1μL、10μmol/L下游引物1μL、DNA模板5μL、buffer 2.5μL、dNTP 1μL、RNasefree H2O 14μL。

        PCR反應(yīng)條件:98℃預(yù)變性10 min;95℃變性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸45 s,32個循環(huán);72℃退火10 min。擴增產(chǎn)物跑電泳觀察結(jié)果。

        1.3.3 16SrRNA擴增

        以提取的DNA為模板進行PCR擴增。

        反應(yīng)體系為:2×Pro Taq Master Mix 25μL、10μmol/L 27F 1μL、10μmol/L 1492R 1μL、DNA模板5μL、ddH2O 10μL。

        PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性30 s;98℃變性20 s,53℃退火1 min,72℃延伸1 min,33個循環(huán);72℃延伸2 min。擴增產(chǎn)物跑電泳觀察結(jié)果。

        1.3.4 生物信息學(xué)分析

        使 用 程 序ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1Server、NetPhos 3.1 Server和TMHMM Serverv2.0分析溶血曼氏桿菌蛋白的理化性質(zhì)、疏水性、信號肽、磷酸化位點與跨膜結(jié)構(gòu)域及溶血曼氏桿菌蛋白的二級結(jié)構(gòu)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 臨床癥狀及病理變化結(jié)果(見圖1、圖2)

        圖1 肺臟組織病變Fig.1 Pathological changes of lung tissue

        圖2 腸系膜淋巴結(jié)腫大Fig.2 Enlarged mesenteric lymph nodes

        患病綿羊體溫升高42℃,流漿液性、黏液性鼻液,呼吸困難、咳嗽、運動量減少,經(jīng)常躲在墻角,被毛粗亂,角膜潮紅、濕潤。

        由圖1、圖2可知,發(fā)病羊肺臟充血、出血、實變,肝臟瘀血、出血,腸道出血、膽囊充盈、腸系膜淋巴結(jié)腫大、出血,胃內(nèi)含有未消化的乳凝塊。

        2.2 巴氏桿菌PCR檢測結(jié)果(見圖3)

        由圖3可知,陽性對照和肺臟在750 bp處出現(xiàn)明亮的條帶,與預(yù)期相符;肝臟、腸、腸系膜淋巴結(jié)均未出現(xiàn)明亮的條帶,初步說明該病羊感染了巴氏桿菌。

        圖3 巴氏桿菌PCR檢測結(jié)果Fig.3 PCRtest results for Pasteurella

        2.3 16SrRNA檢測結(jié)果(見圖4)

        自瓊脂平板上挑取一個單個菌落作純培養(yǎng)測序。由圖4可知,發(fā)病羊感染溶血性曼氏桿菌。

        圖4 16S rRNA檢測結(jié)果Fig.4 16SrRNA test result

        2.4 溶血性曼氏桿菌蛋白親疏水性分析(見圖5)

        圖5 溶血性曼氏桿菌蛋白親疏水性分析Fig.5 Hydrophilicity and hydrophobicity analysis of proteinsof M.haemolyticus

        由圖5可知,溶血性曼氏桿菌蛋白由450個氨基酸組成,正負電氨基酸分別為59和47;不穩(wěn)定系數(shù)是46.39,當(dāng)不穩(wěn)定系數(shù)大于40時,說明該蛋白為不穩(wěn)定性蛋白。平均親水值(CRAVY)為-0.580,脂肪族系數(shù)為46.14。PoatScale程序?qū)θ苎月蠗U菌蛋白的親疏水性分析和平均親水值判斷,該蛋白為親水性蛋白。

        2.5 溶血性曼氏桿菌信號肽、磷酸化位點及跨膜域結(jié)構(gòu)域的預(yù)測分析(見圖6、圖7)

        由圖6、圖7可知,溶血曼氏桿菌無信號肽和跨膜結(jié)構(gòu)域,有54個磷酸化位點,其中33個絲氨酸、17個蘇氨酸和4個酪氨酸磷酸化位點。

        圖6 溶血性曼氏桿菌蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)域Fig.6 Transmembrane domain of proteins of M.haemolyticus

        圖7 溶血性曼氏桿菌蛋白的磷酸化位點Fig.7 Phosphorylation sitesof proteinsof M.haemolyticus

        2.6 溶血性曼氏桿菌二級結(jié)構(gòu)預(yù)測(見圖8)

        圖8 溶血性曼氏桿菌二級結(jié)構(gòu)預(yù)測Fig.8 Prediction of thesecondary structureof M.haemolyticus

        由圖8可知,利用SOPMA分析溶血性曼氏桿菌蛋白由α-螺旋、β-轉(zhuǎn)角、無規(guī)則卷曲以及延伸鏈4種結(jié)構(gòu)組成二級結(jié)構(gòu)。無規(guī)則卷曲蛋白表結(jié)構(gòu)松散容易與抗體結(jié)合,可作為抗原表位,優(yōu)勢區(qū)段為:22~24、32~35、60~64、71~75、83~90、108~113、121~131、140~159、164~167、174~180、186~189、196~200、215~217、229~241、249~259、265~273、275~283、288~291、296~300、307~312、325~333、342~358、262~364、378~386、408~436、440~446、448~450。

        3 討論

        溶血性曼氏桿菌是一種球狀短桿菌,菌體兩端鈍圓,周圍可見明顯的莢膜,為無鞭毛、無芽孢的革蘭氏陰性菌,通常以單一、成對散在排列;瑞氏染色、革蘭氏染色或美藍染色后呈兩極濃染。溶血性曼氏桿菌形態(tài)與巴氏桿菌相似[1,11-13],只在反芻動物體內(nèi)才能夠分離到,牛在運輸過程中更易發(fā)生該病[14]。因此,可推斷在應(yīng)激環(huán)境的刺激下可誘發(fā)溶血性曼氏桿菌病。溶血曼氏桿菌具有大量的血清型,A1和A2是最優(yōu)勢菌株。A2是導(dǎo)致綿羊發(fā)病的最為常見的血清型,A7血清型也可引起綿羊中急性暴發(fā)。此次引起羔羊死亡的是血清型A2還是A7,或是其他未被發(fā)現(xiàn)的致病性血清型仍需進一步研究。

        溶血曼氏桿菌在免疫系統(tǒng)中可與其他微生物合作,強化機體的防御功能。當(dāng)外界環(huán)境由于各種原因發(fā)生變化,機體的防御系統(tǒng)下降,導(dǎo)致維持機體與共生菌的平衡能力失去平衡,溶血性曼氏桿菌感染機體導(dǎo)致發(fā)病[11]。溶血性曼氏桿菌大量繁殖的過程中產(chǎn)生毒力因子,如莢膜、脂多糖、白細胞毒素外膜蛋白等,形成肺靜脈、毛細血管和淋巴管血栓,導(dǎo)致肺缺血性壞死和纖維素性滲出物沉積的炎癥反應(yīng),引發(fā)纖維素性肺炎,發(fā)病羊出現(xiàn)呼吸困難、流鼻涕和咳嗽等癥狀,與本研究中患病羊的臨床癥狀相符。

        本試驗利用PCR技術(shù)成功擴增出目的基因,得到目的基因片段大小為750 bp,與預(yù)期大小相符;通過16SrRNA進行進一步確定,測序結(jié)果顯示為溶血性曼氏桿菌。從生物信息學(xué)分析,溶血曼氏桿菌蛋白揭示,該蛋白無信號肽、跨膜結(jié)構(gòu)域。信號肽標記蛋白質(zhì)分泌途徑和蛋白質(zhì)目標位置,溶血曼氏桿菌蛋白無信號肽,說明此蛋白無分泌功能。該蛋白為混合性蛋白,穩(wěn)定性差,發(fā)生盤旋和扭曲概率高,和抗體分子結(jié)合比例大。因此,該區(qū)域可能存在B細胞抗原表位[15-18]。但其他區(qū)域或許還存在更多的抗原表位,仍需進一步試驗加以確認。

        4 結(jié)論

        本研究通過分子生物學(xué)診斷技術(shù)和臨床癥狀觀察,確定阿克蘇某羊場羊可能感染溶血性曼氏桿菌,并利用生物信息學(xué)分析該蛋白的特性,為進一步研究該病提供參考。

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