何玲鈺,王金帥,祁鈺杰,呂建國(guó),史國(guó)翠,李祥龍,3
(1.河北科技師范學(xué)院動(dòng)物科技學(xué)院,河北 秦皇島 066000;2.唐山市畜牧技術(shù)推廣站,河北 唐山 063000;3.河北省特色動(dòng)物種質(zhì)資源挖掘與創(chuàng)新重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,河北 秦皇島 066000)
近些年來(lái), 中國(guó)市場(chǎng)上逐漸流行一種名為“燕山紅玉”的品種雞,父本為以色列的安卡紅肉雞父母代,母本為法國(guó)巴布考克B380 蛋雞父母代的紅羽純黑尾雞, 其后代為4 系配套肉雜雞,故有別名“紅玉380”和“紅肉雜”之稱。 該品種雞體征明顯,全身為亮紅色,尾巴為黑色,無(wú)雜毛,外表十分美觀。 而且該品種的雞生長(zhǎng)速度也很快,抗病性能也較高,屬于肉食雞,有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,且有不錯(cuò)的抗病能力,在肉雞市場(chǎng)中占有很大的比例。
微衛(wèi)星標(biāo)記, 又稱簡(jiǎn)單重復(fù)序列或串聯(lián)重復(fù)序列, 是均勻分布在真核生物基因組中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列,片段較小,結(jié)構(gòu)較為簡(jiǎn)單,具有1~30 次的重復(fù),可以應(yīng)用于動(dòng)物起源、親緣關(guān)系、遺傳多樣性等研究,如吳信生等、樊斌等、王斌等利用微衛(wèi)星標(biāo)記分別對(duì)雞、豬、牛的遺傳多樣性與親緣關(guān)系進(jìn)行分析,黃勛和等、劉偉等、屠云潔等利用相同技術(shù)分析了不同地方雞種的起源以及遺傳多樣性豐富程度。本試驗(yàn)以燕山紅玉及其親本群體為研究對(duì)象,研究燕山紅玉及其親本群體之間微衛(wèi)星標(biāo)記遺傳多樣性以及與性別、肉用性能之間顯著相關(guān)的微衛(wèi)星標(biāo)記,為燕山紅玉肉雞選育提供科學(xué)依據(jù)。
該試驗(yàn)的試驗(yàn)動(dòng)物燕山紅玉雞苗選自河北振志家禽育種有限公司,室內(nèi)籠養(yǎng),在雞苗25 日齡時(shí)稱重,隨機(jī)選取體重接近的健康公母雛雞各100 羽,并將其平均分為2 組,分別為籠養(yǎng)公雞和籠養(yǎng)母雞。 在120 日齡時(shí),將試驗(yàn)動(dòng)物進(jìn)行屠宰,公母各隨機(jī)選擇30 只,屠宰前,禁食禁水12 小時(shí)。 屠宰時(shí),記錄下來(lái)每只雞的編號(hào),采用頸外放血法,熱水浴進(jìn)行脫毛。 雞血液和肝臟基因組DNA 的提取均采用上海生工Ezup 柱式動(dòng)物組織基因組DNA 抽屜試劑盒提取,型號(hào)B518251。 利用文本文檔進(jìn)行popgene軟件運(yùn)算的編程;利用popgene32 軟件計(jì)算各種值;利用軟件PIC-CALC 0.6 軟件計(jì)算多態(tài)信息含量PIC;利用PHYLIP3.5 軟件包,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。
2.1.1 微衛(wèi)星擴(kuò)增結(jié)果
結(jié)果顯示,20 個(gè)微衛(wèi)星位上,共檢測(cè)出191個(gè)等位基因,并且在這些位點(diǎn)上,每個(gè)位點(diǎn)上都均可檢測(cè)到4~14 個(gè)等位基因,平均等位基因數(shù)為9.6 個(gè)。 呈現(xiàn)出豐富的多態(tài)性,說(shuō)明群體遺傳多樣性比較豐富。
2.1.2 不同群體微衛(wèi)星多樣性
燕山紅玉及其親本群體微衛(wèi)星遺傳多樣性如表1 所示。 由表1 可以看出,燕山紅玉及其雜交親本群體20 個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的I 范圍在1.011 ~1.291, 其 中 最 小 為B380 黑 尾 母 雞(1.011),最大為燕山紅玉公雞(1.291)。 整體差異不大。 Fis 平均值為0.1174,表明群體內(nèi)的近交程度并不嚴(yán)重。 5 個(gè)雞群的觀察雜合度(0.462 ~0.582) 均 低 于 期 望 雜 合 度 (0.533 ~0.645)。 平均觀察雜合度為0.5356,平均期望雜合度為0.6034,均大于0.5,屬于高度多態(tài)。
表1 群體遺傳多樣性
2.1.3 燕山紅玉及其雜交親本群體間的遺傳距離分析
燕山紅玉及其雜交親本群體間的遺傳相似度、 遺傳距離及其聚類關(guān)系圖如表3 和圖1 所示。 由表3 可以看出,不同群體遺傳距離變化幅度0.040~0.271。 燕山紅玉母雞和燕山紅玉公雞之間的遺傳距離最?。?.040), 遺傳多樣性低,B380 白尾母雞與安卡紅公雞及B380 白尾母雞與安卡紅公雞及B380 黑尾母雞和安卡紅公雞之間的遺傳距離最大(0.271)。 遺傳距離可以用來(lái)衡量群體間遺傳變異大小, 群體分化時(shí)間與遺傳距離在某種程度上呈正比關(guān)系。
表2 群體間遺傳相似度和遺傳距離
圖1 遺傳聚類圖
表3 給出了具有不同顏色尾羽的群體間基因頻率和基因型頻率差異達(dá)顯著水平的微衛(wèi)星標(biāo)記。 一般情況下,兩個(gè)群體在某一位點(diǎn)等位基因頻率分布相同,說(shuō)明其之間遺傳距離為零;反之, 則說(shuō)明遺傳距離較大。 由表3 可知, 位點(diǎn)LEI0094 中,安卡紅(黑尾)與B380 白尾基因頻率差異最小,安卡紅黑尾與紅玉公雞(黑尾)基因頻率差異最大;位點(diǎn)MCW0165 中,B380 白尾與紅玉母雞(黑尾為主)基因頻率差異最小,安卡紅(黑尾)與紅玉母雞(黑尾)基因頻率差異最大。
表3 微衛(wèi)星標(biāo)記基因頻率在群體之間差異顯著性
表4 給出了不同性別之間基因頻率和基因型頻率差異達(dá)顯著水平的微衛(wèi)星標(biāo)記。
表4 微衛(wèi)星在不同性別之間的顯著性
2.4.1 與屠宰性能顯著相關(guān)的微衛(wèi)星位點(diǎn)
與屠宰性能顯著相關(guān)的微衛(wèi)星標(biāo)記如表5所示。 MCW0330 位點(diǎn)與全凈膛率存在顯著性差異;ADL0112 位點(diǎn)與半凈膛率存在顯著性差異;ADL0278 位點(diǎn)與爪和腺胃存在極顯著性差異;LEI0166 位點(diǎn)與腺胃存在顯著性差異;MCW0014 位點(diǎn)與屠宰率、心、腺胃、肌胃均存在顯著性差異;MCW0206 位點(diǎn)與腿肌存在極顯著性差異, 與腿肌率、 翅膀存在顯著性差異 ;MCW0248位點(diǎn)與肝存在顯著性差異。 本次試驗(yàn)中, 共有7 個(gè)位點(diǎn)與屠宰性能存在顯著差異,這表明,這些微衛(wèi)星標(biāo)記位點(diǎn)可能與屠宰性能指標(biāo)之間存在一定連鎖關(guān)系。 上述結(jié)果表明,MCW0330、 ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、 MCW0248 位點(diǎn)與燕山紅玉肉雞的部分屠宰性能指標(biāo)之間均存在顯著性差異,即它們之間存在一定連鎖關(guān)系。
表5 模型中達(dá)顯著水平的標(biāo)記
2.4.2 顯著相關(guān)微衛(wèi)星位點(diǎn)的基因型分析
表6 給出了與屠宰性能顯著相關(guān)微衛(wèi)星位點(diǎn)各基因型的比較最終結(jié)果。 結(jié)果表明,MCW0330 位點(diǎn)CC 型個(gè)體全凈膛率最大,MCW0014 位點(diǎn)DD 型屠宰率最大,MCW0206位點(diǎn)GG 型腿肌率最大;
表6 微衛(wèi)星標(biāo)記與屠宰性能的多重比較結(jié)果
ADL0112 位點(diǎn)BD 型半凈膛最大;
ADL0278 位點(diǎn)EE 型爪最大,AI 型腺胃最大;
LEI0166 位點(diǎn)EE 型腺胃最大,MCW0014位點(diǎn)AA 型心臟最大,MCW0206 位點(diǎn)FF、AF 型腿肌及翅膀均為最大,MCW0248 位點(diǎn)CF、CH型肝臟最大。
2.4.3 微衛(wèi)星標(biāo)記的不同基因型與屠宰性能的關(guān)聯(lián)性及多重比較
本次試驗(yàn)共得到7 個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記與屠宰性能之間存在顯著差異, 分別MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、MCW0248 位點(diǎn), 而這些差異的存在則說(shuō)明:這些微衛(wèi)星標(biāo)記位點(diǎn)可能與屠宰性能指標(biāo)之間存在著一定連鎖關(guān)系。
將微衛(wèi)星標(biāo)記的基因型與具有顯著性差異的性狀進(jìn)行多重比較,結(jié)果表明:微衛(wèi)星中的位點(diǎn)MCW0330 中CC 型對(duì)全凈膛率有顯著性影響;位點(diǎn)MCW0014 中DD 型對(duì)屠宰率有顯著影響,AA 型對(duì)心臟及腺胃均有顯著性影響,EE 型對(duì)肌胃有顯著性影響;位點(diǎn)MCW0206 中GG 型和BG 型均對(duì)腿肌率、腿肌及翅膀均有顯著性影響; 位點(diǎn)ADL0112 中BD 型對(duì)半凈膛有顯著影響; 位點(diǎn)ADL0278 中EI 型對(duì)爪有顯著性影響,AI 型對(duì)腺胃有顯著性影響;位點(diǎn)LEI0166 中EE型對(duì)腺胃有顯著性影響; 位點(diǎn)MCW0248 中CF型、CH 型對(duì)肝臟均有顯著性影響。
3.1 燕山紅玉及其雜交親本群體具有豐富的遺傳多樣性。
3.2 微 衛(wèi) 星 位 點(diǎn) MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206 和MCW0248 與屠宰性能存在顯著相關(guān)。
3.3 微衛(wèi)星位點(diǎn)LEI0094、MCW0165 與尾羽顏色顯著相關(guān)。
3.4 微 衛(wèi) 星 位 點(diǎn)MCW0034、MCW0123 和MCW0295 與性別存在顯著相關(guān)。