楚宗麗 李亮杰 姬虹 程琴 孫君艷

摘要：為研究小麥Hsp70蛋白的相互作用，利用生物信息學方法，在全基因組范圍內(nèi)對小麥Hsp70基因家族進行鑒定，并進行蛋白互作及可視化分析。結(jié)果表明，在全基因組范圍內(nèi)共鑒定到21個結(jié)構(gòu)域高度保守的Hsp70基因家族成員，亞細胞定位顯示主要分布于細胞質(zhì)，蛋白的二級結(jié)構(gòu)中，α-螺旋與無規(guī)卷曲類型在每個蛋白中所占比重較大，二者之和大于70%，延伸鏈和β-轉(zhuǎn)角所占比重較小，二者之和小于30%?；プ鞣治鼋Y(jié)果表明，TaHsp70-14、TaHsp70-6、TaHsp70-12、TaHsp70-16、TaHsp70-3，TaHsp70-8、TaHsp70-21、TaHsp70-20，TaHsp70-17和TaHsp70-11之間有相互作用，GO分析顯示所鑒定基因主要在分子功能、生物過程及細胞成分方面起作用。

關鍵詞：小麥;Hsp70;熱激蛋白;基因鑒定;蛋白互作

中圖分類號：S512.101 ??文獻標志碼： A

文章編號：1002-1302（2022）10-0037-07

小麥（Triticum aestivum L.）屬禾本科（Gramineae）麥屬（Tritium），是我國重要的糧食作物之一，高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)對保證國家糧食安全和社會穩(wěn)定具有重要意義。在小麥栽培中，常遭受低溫、高溫、水澇和干旱等非生物脅迫[1]，這些脅迫會導致生物膜破壞和蛋白質(zhì)的破壞，植株生理代謝發(fā)生紊亂，限制植株生長，嚴重影響小麥的產(chǎn)量和品質(zhì)[2-3]。

植物在進化過程中形成了一系列應對機制來響應逆境脅迫[4]，熱激蛋白（heat shock proteins，Hsps）是植物由不同逆境脅迫（如高溫、干旱、寒冷、重金屬、過氧化和各種病原體攻擊等）誘導產(chǎn)生的一類分子伴侶類型的應激蛋白[5]，在逆境下大量表達，在植物適應環(huán)境及抵御逆境中發(fā)揮重要作用[4，6]。Hsps廣泛存在于原核細胞和真核細胞中，具有高度的保守性[7]。在正常的生長發(fā)育中，它們負責蛋白質(zhì)的折疊、組裝、易位和降解，具有穩(wěn)定蛋白質(zhì)和膜的功能，并可在應激條件下協(xié)助蛋白質(zhì)折疊[6]，維持細胞穩(wěn)定，在調(diào)控動物、植物代謝和信號傳導等方面發(fā)揮作用[8-9]。

Hsps既是植物的應激蛋白，又是必需蛋白，通常存在于植物的細胞質(zhì)、線粒體、葉綠體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等部位[10]，根據(jù)分子量的不同，可分為HSP100、HSP90、HSP70、HSP60和sHSP 5個家族[5]，這些不同家族的Hsps在不同作物中已經(jīng)被鑒定和研究[11-14]。Hsp70是真核細胞里最豐富的熱激蛋白之一，其表達水平受外界環(huán)境條件影響，擬南芥幼苗在生長溫度發(fā)生急劇變化條件下HSP70家族基因的表達水平迅速增加[9-10]，在40 ℃高溫脅迫下水稻Hsp70基因在極短時間內(nèi)顯著表達[15]，40 ℃熱激小麥幼苗后，TaHSP70在黃化幼苗葉片中的表達增加，但在綠色幼苗中保持穩(wěn)定，并且在與小麥條銹病的不親和和親和互作過程中差異表達[16]，TaHSP70表達能被高溫處理、條銹菌和白粉菌侵染所誘導[17-18]，說明在植物抗逆、抗病方面發(fā)揮著各種脅迫保護作用。HSP70基因家族在水稻[19]、玉米[20]、甘蔗[21]、辣椒[22]、鐵皮石斛[23]等作物中進行了鑒定與分析，Hsp70家族在小麥的逆境等植物中已有研究[23]，但小麥基因組龐大，品種多，抗逆育種是一個復雜的工作，Hsp70基因家族分析研究仍需不斷深入。因此，本研究利用小麥基因組數(shù)據(jù)庫資源，對小麥Hsp70基因家族進行全基因組鑒定，并分析其理化性質(zhì)、蛋白互作關系，以期為小麥Hsp70基因的功能研究提供信息參考，為小麥抗性育種提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 注釋基因組序列獲取與Hsp70基因家族鑒定

從Ensembl Plants數(shù)據(jù)庫（http：//plants.ensembl.org/）中獲取小麥基因組數(shù)據(jù)，下載小麥Hsp70的cds序列、DNA序列、蛋白質(zhì)序列、基因組注釋信息gff3文件。從Pfam（http：//pfam.xfam.org/）數(shù)據(jù)庫中下載Hsp70的隱馬爾科夫模型（Hidden Markov Model，簡稱HMM）文件，Pfam編號為PF00012。使用擬南芥和水稻Hsp70蛋白質(zhì)序列進行BLASTPP搜索。使用Hummer Search 3.0軟件，在小麥基因組序列中通過隱馬爾科夫模型比對，篩選小麥中含有Hsp70結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)序列搜索。將上述方法篩選到的候選基因蛋白質(zhì)序列合并，利用SMART、NCBI-CDD數(shù)據(jù)庫和Pfam對候選蛋白序列進行檢測，去掉不含有Hsp70保守結(jié)構(gòu)域或保守結(jié)構(gòu)域不完整序列和冗余序列，得到小麥Hsp70結(jié)構(gòu)域高度保守的蛋白成員。

1.2 小麥Hsp70的亞細胞定位和染色體定位

利用生物信息學在線分析軟件PSORT （https：//www.genscript.com/wolf-psort.html）預測小麥Hsp70蛋白的亞細胞定位，TBtools （http：//www.tbtools.org/）進行Hsp70基因的染色體定位與基因結(jié)構(gòu)分析。

1.3 小麥Hsp70蛋白的保守基序motif分析和蛋白二級結(jié)構(gòu)分析

利用在線工具MEME（http：//meme-suite.org/）進行小麥Hsp70蛋白序列中保守基序分析（motif），SOPMA（http：//bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/htm;/）進行蛋白的二級結(jié)構(gòu)分析。

1.4 小麥Hsp70蛋白互作網(wǎng)絡分析及可視化

將上述得到的小麥Hsp70蛋白序列利用string數(shù)據(jù)庫（https：//string-db.org/）以擬南芥Hsp70蛋白模型構(gòu)建小麥Hsp70的蛋白互作網(wǎng)絡。

1.5 小麥Hsp70基因成員的基因本體GO分析

基因本體（gene ontology）論分析即GO分析，是基因按功能進行富集分析的重要平臺，其包括生物學過程（biological process），細胞成分（cellular component），分子功能（molecular function）三大類。首先將小麥Hsp70編碼的蛋白氨基酸殘基序列與擬南芥參考蛋白序列數(shù)據(jù)庫進行Blast比對，獲得對應的參考序列，然后把參考序列對應的基因IDmapping到AmiGO數(shù)據(jù)庫中（（http：//amigo.geneontology.org），從而獲得小麥Hsp70基因成員對應的GO條目，設置e-value<10-5。

2 結(jié)果與分析

2.1 小麥Hsp70基因成員的篩選鑒定及亞細胞定位

HMM模型和本地BLAST 2種搜索比對，從小麥全基因組中獲得109個Hsp70候選基因，Pfam和SMART、NCBI-CDD等在線網(wǎng)站對篩選，舍去不含有Hsp70蛋白結(jié)構(gòu)域或保守結(jié)構(gòu)域不完整的序列，鑒定到21個小麥Hsp70（TaHsp70）家族成員（表1）。亞細胞定位結(jié)果顯示，小麥Hsp70蛋白主要位于細胞質(zhì)。

2.2 小麥Hsp70基因成員的染色體定位

為明確Hsp70基因在染色體上的位置情況，數(shù)據(jù)分析和利用TBtools（http：//www.tbtools.org/）進行染色體定位結(jié)果顯示，小麥Hsp70在小麥12條染色體上呈不均等分布，1A、2B、4D染色體分別有3個Hsp70基因基，2D、3B、4B染色體上分別有2個Hsp70基因，2B、4A、5A、5B、5D、6A染色體都只有1個Hsp70基因（圖1）。

2.3 小麥Hsp70蛋白的保守基序分析

利用在線工具MEME（http：//meme-suite.org/）對小麥Hsp70蛋白序列進行Motif保守元件的預測分析，搜索10個不同的保守基序，命名為Motif1-Motif10 （圖2）。Hsp70一般含有5～10個保守基序，其中motif 2（18/21）、motif 4（17/21）、motif 9（17）、motif 8（16）、motif 10（16）、motif 7（15）、motif 5（15）、motif 1（15）和motif 3（15）出現(xiàn)的頻率較高，motif 6出現(xiàn)頻率最低，為9次。其中第1條和第4條，第6～9條，第11～13條，第17～18條都具有相同的基序數(shù)量和順序。

2.4 小麥Hsp70的蛋白二級結(jié)構(gòu)分析

利用在線軟件SOPMA（http：//npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page=npsa_sopma.html）對TaHsp70蛋白進行二級結(jié)構(gòu)分析。結(jié)果表明，Hsp70蛋白α-螺旋與無規(guī)螺旋卷曲的占比較大，二者之和大于70%，延伸鏈和β-轉(zhuǎn)角類型的氨基酸所占比重較小，二者之和小于30%（圖3、表2）。

2.5 小麥Hsp70蛋白互作網(wǎng)絡分析及可視化

利用string數(shù)據(jù)庫（https：//string-db.org/），進行小麥Hsp70蛋白的互作分析。結(jié)果顯示，TaHsp70-14、TaHsp70-6、TaHsp70-12、TaHsp70-16、TaHsp70-3，TaHsp70-8、TaHsp70-21、TaHsp70-20，TaHsp70-17、TaHsp70-11共10個蛋白參與互作，存在35條互作關系（圖4）。其中線條顏色越深，互作強度越強，線條顏色越淺，互作強度越弱。為了探究其相關功能，進一步做基因本體論分析。

2.6 小麥Hsp70基因成員的基因本體分析

基因本體注釋可實現(xiàn)與基因有關的數(shù)據(jù)庫挖掘、轉(zhuǎn)化和整合，利用Blast2GO對小麥Hsp70基因家族進行分析，設置e-value<10-5，結(jié)果表明，在生物過程方面，主要集中于應激反應、脅迫反應、熱反應、無機反應、多組織過程、蛋白質(zhì)折疊、對金屬離子的反應、對細菌的反應、先天免疫反應等。在細胞成分方面，主要集中于細胞質(zhì)、細胞內(nèi)膜、細胞核內(nèi)發(fā)生反應。在分子功能中，主要集中于雜環(huán)化合物的結(jié)合、離子結(jié)合、ATP結(jié)合、藥物結(jié)合、蛋白結(jié)合等（圖5）。

3 討論與結(jié)論

蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎，也是生命活動的主要承擔者，Hsps是生物體在受到脅迫時的一種應激蛋白，廣泛存在于各種生物體內(nèi)，參與細胞信號轉(zhuǎn)導、增殖、凋亡等過程[24]，其中Hsp70是提高植物高溫耐受力的重要因子之一，在植物生長及抵御多種非生物脅迫中發(fā)揮作用[17，25-26]。隨著基因組學的快速發(fā)展隨著植物基因組測序的逐漸完成，Hsps及Hsp70家族在擬南芥[10]、玉米[20]、水稻[19]、大麥[12，27]、葡萄[28]、煙草[29]等多種植物中進行了全基因組范圍內(nèi)鑒定和逆境條件下的表達分析研究，亞細胞定位主要位于細胞質(zhì)，結(jié)構(gòu)域高度保守[5]。

小麥Hsps家族基因進行了鑒定、克隆和表達[5]，本研究在全基因組范圍內(nèi)對小麥Hsp70基因家族進行鑒定，共內(nèi)鑒定到21個結(jié)構(gòu)域高度保守的Hsp70基因家族成員，不均等分布在12條染色體上，對蛋白進行亞細胞定位分析，結(jié)果顯示主要分布于細胞質(zhì)，結(jié)構(gòu)域高度保守，與前人研究結(jié)果[5]一致。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析顯示，α-螺旋與無規(guī)卷曲類型在每個蛋白中所占比重較大，二者之和大于70%，延伸鏈和β-轉(zhuǎn)角類型的氨基酸所占比重較小，二者之和小于30%。

研究發(fā)現(xiàn)，蛋白質(zhì)通過互相作用發(fā)揮生物功能[30]，蛋白互作分析及可視化分析結(jié)果表明，TaHsp70-14、TaHsp70-6、TaHsp70-12、TaHsp70-16、TaHsp70-3、TaHsp70-8、TaHsp70-21、TaHsp70-20、TaHsp70-17、TaHsp70-11共10個蛋白參與互作，存在35條互作關系。GO分析結(jié)果表明，所鑒定基因主要在分子功能、生物過程及細胞成分方面起作用。在生物過程方面，主要集中于熱反應、應激反應、抗壓反應、有機反應、無機反應、蛋白質(zhì)折疊、對金屬離子的反應、先天免疫反應、對細菌的反應等。在細胞成分方面，主要集中于細胞質(zhì)、細胞內(nèi)膜、發(fā)生反應。在分子功能中，主要集中于雜環(huán)化合物的結(jié)合、離子束縛、蛋白結(jié)合、結(jié)合ATP、藥物結(jié)合等。

Hsps參與植物的多種代謝過程，在植物的逆境響應起主要作用，抗性育種是小麥育種中重要課題之一。隨著小麥基因組測序的完成和不斷完善，為深入研究這些基因的功能以及上游和下游的調(diào)控蛋白提供了基礎，對TaHsps家族的分析，為通過分子手段改良小麥的耐熱性提供理論依據(jù)，TaHsp家族的功能及通過何種途徑提高小麥的抗性仍需進一步研究闡明。

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