劉 銳，李江凌，杜華銳,3，楊朝武,3，陳家磊，趙素君，王秋實(shí)

(1.四川省畜牧科學(xué)研究院，成都 610066；2.動(dòng)物遺傳育種四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，成都 610066；3.四川大恒家禽育種有限公司，成都 610066)

烏骨雞作為食藥同源珍禽廣受消費(fèi)者喜愛。四川獨(dú)有的烏雞品種——山地烏骨雞具有“十全烏”特征[1]，且體型較大，其料重比、增重能力和屠宰性能均明顯優(yōu)于絲羽烏骨雞[2]，具有較強(qiáng)的開發(fā)利用價(jià)值，但抗逆性差[3]、成活率較低[4]的缺點(diǎn)嚴(yán)重制約了山地烏骨雞的推廣應(yīng)用。開展雞抗病力研究不僅對(duì)優(yōu)質(zhì)雞資源的推廣十分重要，而且是當(dāng)前家禽業(yè)集約化生產(chǎn)亟待解決的難題。對(duì)病原體的抵抗涉及免疫系統(tǒng)各個(gè)分支的動(dòng)態(tài)合作，這使得識(shí)別抗病基因成為艱巨的任務(wù)，而開發(fā)環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)新功能為抗病力研究提供了新的解決方案。

circRNA是隨著高通量測(cè)序技術(shù)發(fā)展而被重新認(rèn)識(shí)的一類環(huán)狀RNA分子，由于其表達(dá)的特異性和調(diào)控的復(fù)雜性，其在疾病發(fā)生中的重要作用越來(lái)越受到重視[5-6]。據(jù)報(bào)道，circRNA可從多個(gè)水平上調(diào)控基因表達(dá)，在許多生理和病理?xiàng)l件下是必不可少的[7]。Chen等[8]研究發(fā)現(xiàn)，外源circRNA能有效刺激天然免疫相關(guān)基因的表達(dá)，從而防止病毒感染。Li等[9]研究顯示，細(xì)胞感染病毒后內(nèi)源性circRNA表達(dá)減少，主要是由于circRNA和免疫因子形成circRNA-蛋白復(fù)合物(circRNA-protein complexes,circRNPs)來(lái)協(xié)調(diào)抗病毒免疫反應(yīng)。circRNA在免疫系統(tǒng)中發(fā)揮著重要作用，但在家禽上相關(guān)報(bào)道較少。2020年，Liu等[10]在2和20 d雞胚法氏囊中識(shí)別到13 689個(gè)circRNAs分子，其中27個(gè)circRNAs在兩個(gè)不同發(fā)育階段差異表達(dá)，表明circRNA在法氏囊中有豐富的表達(dá)，推測(cè)其對(duì)法氏囊的發(fā)育是必不可少的。

胸腺是雞胚胎期最早發(fā)生的免疫器官，是T細(xì)胞發(fā)生、分化和成熟的場(chǎng)所[11]，在功能性免疫中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用，因此，胸腺是基礎(chǔ)免疫研究的良好模型。本研究以抗病力不同的黃羽肉雞(大恒肉雞)和山地烏骨雞胸腺組織為試驗(yàn)材料，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序篩選免疫相關(guān)的circRNA分子，探討其在雞免疫調(diào)節(jié)中可能的作用機(jī)制，以期為提高雞抗病力研究提供基礎(chǔ)資料。

1 材料與方法

1.1 樣品采集

于四川大恒家禽育種有限公司育種場(chǎng)隨機(jī)選擇相同環(huán)境下以相同條件飼養(yǎng)至10周齡的健康黃羽肉雞(大恒優(yōu)質(zhì)肉雞)和山地烏骨雞公雞各5只，屠宰后取胸腺組織并立即液氮凍存?zhèn)溆谩９灿?jì)獲得10個(gè)雞胸腺組織樣品，黃羽肉雞胸腺組織命名為RT,山地烏骨雞胸腺組織命名為WT。

1.2 主要試劑及儀器

Trizol購(gòu)自Invitrogen公司；反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Perfect Real-time)購(gòu)自TaKaRa公司；SYBR Green qPCR Mix(ROX)購(gòu)自Roche公司。Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time購(gòu)自ThermoFisher Scientific公司；NanoDrop ND-1000購(gòu)自NanoDrop Technologies公司；Agilent2100購(gòu)自Agilent Techno-logies公司；IlluminaHiseq購(gòu)自Illumina公司。

1.3 方法

1.3.1 RNA提取 用Trizol法提取總RNA，按照試劑盒操作說(shuō)明進(jìn)行。用1.0%瓊脂糖凝膠電泳分析樣品RNA完整性及是否存在DNA污染，用NanoDrop ND-1000測(cè)定總RNA的純度和濃度，用Agilent 2100精確檢測(cè)RNA完整性。

1.3.2 測(cè)序和數(shù)據(jù)質(zhì)檢 采用去除核糖體RNA的方法構(gòu)建特異性文庫(kù)，在Illumina PE150平臺(tái)進(jìn)行RNA-Seq測(cè)序。使用軟件Hisat2將有效測(cè)序數(shù)據(jù)(clean reads)比對(duì)到基因組(Gallusgallus_Ensembl_97)，經(jīng)比對(duì)和拼接后得到用于后續(xù)分析的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)。

1.3.3 circRNA鑒定 用circRNA鑒定軟件find_circ和CIRI對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)進(jìn)行circRNA識(shí)別，求取2個(gè)軟件結(jié)果交集，參考基因組比對(duì)結(jié)果對(duì)其序列結(jié)構(gòu)和分布進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，解析雞胸腺circRNA基本特性。

1.3.4 circRNA表達(dá)差異及功能富集分析 用readcount統(tǒng)計(jì)circRNA的表達(dá)水平，并進(jìn)行TPM(Transcripts Per kilobase Million)標(biāo)準(zhǔn)化處理。用DESeq2進(jìn)行表達(dá)水平差異顯著性分析，對(duì)差異顯著circRNA的來(lái)源基因進(jìn)行GO功能和KEGG通路富集分析以完成差異circRNA的功能注釋，從而篩選出與免疫相關(guān)的circRNA。

1.3.5 circRNA編碼潛能預(yù)測(cè) 利用IRESfinder軟件識(shí)別circRNA序列的內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(IRES)，分值>0.5具有IRES元件，分值越高，準(zhǔn)確度越高。利用PFAM軟件識(shí)別circRNA序列的蛋白結(jié)構(gòu)域，綜合2個(gè)軟件分析結(jié)果判定circRNA是否具有編碼潛能。

1.3.6 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 利用Primer Express設(shè)計(jì)引物，注意反向引物設(shè)計(jì)應(yīng)當(dāng)先將circRNA序列3′-端約150 bp截取置于5′-端，將設(shè)計(jì)的引物與NCBI Primer-blast上的序列進(jìn)行比對(duì)，確保特異性，引物信息見表1。利用反轉(zhuǎn)錄試劑盒將總RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA，在Applied Biosystems 7500 Fast Real-time上用SYBR Green qPCR Mix對(duì)部分circRNA進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR，用于驗(yàn)證測(cè)序獲得的基因表達(dá)水平。每個(gè)樣品設(shè)3個(gè)重復(fù)。PCR反應(yīng)體系15 μL：SYBR Green qPCR Mix 7.5 μL，上、下游引物各0.5 μL，cDNA 6.5 μL。PCR反應(yīng)程序：95 ℃預(yù)變性5 min；95 ℃變性15 s，61 ℃ 退火延伸1 min，共40個(gè)循環(huán)。采用2-ΔΔCt法計(jì)算基因相對(duì)表達(dá)量。

1.4 統(tǒng)計(jì)分析

用基于負(fù)二項(xiàng)分布的DESeq2進(jìn)行樣品表達(dá)差異顯著性分析，顯著性檢驗(yàn)的參數(shù)閾值設(shè)置為：log2|FoldChange|>1，P<0.05，即篩選表達(dá)量2倍以上的差異circRNA。

2 結(jié) 果

2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果

由表2可知，10個(gè)胸腺組織circRNA測(cè)序共獲得0.9×109條clean reads，各樣本分別有92.63%～94.64% reads可比對(duì)到參考基因組，共約為0.85 G(93.70%)reads，平均每個(gè)樣本reads數(shù)為84.99 M，說(shuō)明測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)過(guò)濾、測(cè)序錯(cuò)誤率檢查等可滿足后續(xù)分析。

2.2 circRNA鑒定

用生物信息學(xué)軟件find_circ和CIRI共識(shí)別到8 015個(gè)circRNAs。與參考基因組的比對(duì)注釋發(fā)現(xiàn)，circRNA在雞染色體上分布廣泛但不均勻，在前10對(duì)大型染色體上數(shù)量相對(duì)較多，而微小染色體上數(shù)量則較少，性染色體Z上共鑒定到369個(gè)circRNAs，甚至超出部分常染色體(表3)，說(shuō)明circRNAs的數(shù)目和染色體的長(zhǎng)度有一定的相關(guān)性。

統(tǒng)計(jì)顯示,雞胸腺circRNA的長(zhǎng)度在300 bp左右(中位數(shù)297)，最長(zhǎng)的超過(guò)800 bp，circRNA的長(zhǎng)度呈現(xiàn)正態(tài)分布(圖1)。序列結(jié)構(gòu)顯示circRNA主要由外顯子組成(圖2)。

根據(jù)與參考基因組的比對(duì)結(jié)果，有550個(gè)(6.9%) circRNAs沒(méi)有發(fā)現(xiàn)相應(yīng)的來(lái)源基因，其他的circRNAs定位到基因組上2 663個(gè)基因中，其中大部分基因(1 357個(gè)，50.96%)產(chǎn)生1個(gè)circRNA；其他多數(shù)基因則產(chǎn)生2～4個(gè)circRNAs(圖3)，說(shuō)明只有1個(gè)亞型的circRNA在胸腺組織中占優(yōu)勢(shì)。

圖1 circRNA長(zhǎng)度分布
Fig.1 Length of circRNA

圖2 circRNA結(jié)構(gòu)組成Fig.2 Structure component of circRNA

圖3 circRNAs來(lái)源基因分布Fig.3 Distribution of circRNAs among genes

2.3 circRNA表達(dá)差異分析

采用DEseq2進(jìn)行circRNA表達(dá)差異分析，結(jié)果顯示，在2個(gè)品種間差異表達(dá)(differential expression，DE)的circRNAs有115個(gè)(1.43%，115/8015)，其中54個(gè)在黃羽肉雞中表達(dá)上調(diào)，61個(gè)表達(dá)下調(diào)(以山地烏骨雞為對(duì)照，圖4)。兩品種間差異比較P值最小的是circ_0002478，其次是circ_0004186，分別是黃羽肉雞中上調(diào)和下調(diào)表達(dá)的差異水平最顯著的2個(gè)位點(diǎn)。這2個(gè)circRNAs來(lái)源于白介素受體1(IL-1R1)和N-myc下游調(diào)控基因3(NDRG3)，前者是細(xì)胞因子引起的免疫和炎癥反應(yīng)的重要介質(zhì)；后者編碼的蛋白與細(xì)胞凋亡、自噬及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)，在許多腫瘤細(xì)胞中可以促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的生存和發(fā)展，均參與免疫系統(tǒng)調(diào)節(jié)。

圖4 兩雞種間差異表達(dá)circRNAs火山圖Fig.4 Volcano plot of differentially expressed circRNAs between two breeds

2.4 差異表達(dá)circRNA功能分析

利用GOseq軟件對(duì)DE circRNA來(lái)源基因進(jìn)行了GO功能富集分析，共得到104個(gè)免疫相關(guān)GO條目，前10個(gè)見圖5，所有免疫相關(guān)GO條目都是屬于生物過(guò)程(biological process)類型，主要涉及細(xì)胞因子調(diào)控(positive regulation of response to cytokine stimulus,regulation of response to cytokine stimulus)、免疫細(xì)胞分化(T-helper 1 cell differentiation,CD4-positive,alpha-beta T cell differentiation)、激活(CD4-positive,alpha-beta T cell activation)以及免疫信號(hào)通路調(diào)控(regulation of cytokine-mediated signaling pathway,positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway)。

104個(gè)免疫相關(guān)GO條目中富集了21個(gè)來(lái)源基因，很多來(lái)源基因在不同的GO條目中重復(fù)出現(xiàn)。21個(gè)來(lái)源基因共產(chǎn)生23個(gè)DE circRNAs，其中12個(gè)在黃羽肉雞中表達(dá)上調(diào)，11個(gè)表達(dá)下調(diào)(表4)。21個(gè)來(lái)源基因主要在免疫反應(yīng)過(guò)程、免疫信號(hào)通路傳導(dǎo)、免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用。大部分基因只檢測(cè)到1個(gè)差異表達(dá)的circRNA，只有淋巴增強(qiáng)子結(jié)合因子(LEF1)和細(xì)胞質(zhì)分裂付出蛋白1(DOCK1)有2個(gè)差異circRNAs，來(lái)源于LEF1基因的2個(gè)cricRNAs表達(dá)均上調(diào)，而來(lái)源于DOCK1基因的2個(gè)circRNAs表達(dá)均下調(diào)。

KEGG通路分析結(jié)果顯示，來(lái)源基因主要參與細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體互作、FoxO信號(hào)通路、NOD樣受體信號(hào)通路、TLR樣受體信號(hào)通路等生物學(xué)通路，其中與免疫相關(guān)的通路有7個(gè)，共富集了7個(gè)來(lái)源基因，涉及7個(gè)DE circRNAs,其中在黃羽肉雞中有3個(gè)表達(dá)上調(diào)，4個(gè)表達(dá)下調(diào)(表5)。

由表4、5可知，GO功能和KEGG通路富集分析篩選出來(lái)的與免疫相關(guān)的來(lái)源基因中有5個(gè)是相同的，分別是MAPK11、IL-1R1、STX8、RIPK2和BRAF，其中來(lái)源于STX8和BRAF的circRNA在黃羽肉雞中表達(dá)上調(diào)(circ_0001674、circ_0003590)，其余均表達(dá)下調(diào)。STX8通過(guò)囊泡融合和胞吐參與蛋白運(yùn)輸；BRAF通過(guò)免疫相關(guān)信號(hào)通路影響細(xì)胞分裂、分化和分泌；MAPK11和RIPK2與細(xì)胞活動(dòng)有關(guān)，MAPK11基因調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、分化和發(fā)育；RIPK2影響細(xì)胞凋亡；IL-1R1在細(xì)胞因子活動(dòng)中提供介質(zhì)，這5個(gè)基因分別參與體液免疫和細(xì)胞免疫，相應(yīng)的5個(gè)circRNAs可能在雞胸腺免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用。

圖5 差異circRNA來(lái)源基因GO功能富集(前10)Fig.5 Go function enrichment of source genes from differentially expressed circRNA (top 10)

表4 免疫相關(guān)GO功能富集的基因及其circRNA

表5 免疫相關(guān)KEGG通路中富集的來(lái)源基因及其circRNA

2.5 編碼潛能預(yù)測(cè)

從表6可知，在GO功能和KEGG通路富集分析中共有14個(gè)circRNAs具有IRES元件，其中有編碼潛能的有7個(gè)，而這7個(gè)circRNAs中只有來(lái)源于IL-1R1基因的circ_0002478在GO功能和KEGG通路中重復(fù)出現(xiàn)。

表6 免疫相關(guān)circRNA編碼潛能預(yù)測(cè)

2.6 實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證

為了驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)鑒定到的circRNAs的表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果見圖6。由圖6可知，經(jīng)測(cè)序數(shù)據(jù)識(shí)別的circRNAs可用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)檢測(cè)，其中circ_0002478、circ_0003208和circ_0005105在黃羽肉雞中的表達(dá)量極顯著或顯著低于山地烏骨雞(P<0.01；P<0.05)；而circ_0001674和circ_0003590在黃羽肉雞中的表達(dá)量極顯著高于山地烏骨雞(P<0.01)，這5個(gè)差異表達(dá)的circRNAs在2個(gè)雞品種中差異趨勢(shì)同測(cè)序結(jié)果是一致的。

*，差異顯著(P<0.05)；**，差異極顯著(P<0.01)*，Significant difference (P<0.05)；**，Extremely significant difference (P<0.01)圖6 差異表達(dá)circRNAs實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證Fig.6 Real-time quantitative PCR verification of differentially-expressed circRNAs

3 討 論

目前，全球肉類消費(fèi)已轉(zhuǎn)向家禽，根據(jù)FAO統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，2020年禽肉占全球肉類蛋白總量的39.5%，超過(guò)豬肉(32.5%)、牛肉(21.2%)和羊肉(4.8%)，位居第一。中國(guó)受消費(fèi)習(xí)慣和文化的影響，豬肉一直作為肉類蛋白的主要來(lái)源，但近兩年在非洲豬瘟的影響下，雞肉消費(fèi)需求增長(zhǎng)明顯。但禽業(yè)發(fā)展面臨著諸多挑戰(zhàn)，如疾病風(fēng)險(xiǎn)、食品安全、動(dòng)物福利等，特別是消費(fèi)者關(guān)注的抗生素和藥物殘留直接影響生物安全和食品安全。培育出滿足市場(chǎng)需求的品種，提高動(dòng)物的抗病力，完善生物安全體系，才能推動(dòng)家禽產(chǎn)業(yè)的持續(xù)健康發(fā)展。

circRNA分子的發(fā)現(xiàn)更新了RNA領(lǐng)域的研究深度，其廣泛性、保守性、特異性和穩(wěn)定性預(yù)示著它在許多生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮作用。近幾年研究發(fā)現(xiàn)，circRNA分子可參與來(lái)源基因順式調(diào)控[12]、與miRNA(microRNA,微小RNA)分子結(jié)合發(fā)揮海綿作用[13]及與蛋白結(jié)合形成功能復(fù)合物[9]，是基因表達(dá)調(diào)控中的重要因子。隨著研究的深入，circRNA功能將進(jìn)一步被揭示，特別是circRNA與免疫系統(tǒng)的互作。Liu等[14]研究發(fā)現(xiàn)，circRNA通過(guò)結(jié)合雙鏈RNA依賴的蛋白質(zhì)激酶(double-stranded RNA-dependent protein kinase，PKR)調(diào)控先天性免疫，致病性雙鏈RNA激活RNA酶L(RNase L)可降解circRNA從而釋放PKR，發(fā)揮抗病毒作用，在先天性免疫缺陷的患者中circRNA數(shù)量銳減且PKR活性異常，相同序列的circRNA和線性RNA相比，circRNA與PKR的結(jié)合強(qiáng)度要高很多，證實(shí)circRNA在先天性免疫中的重要性。Li等[9]認(rèn)為，circRNA能調(diào)節(jié)病毒感染后的免疫反應(yīng)，因?yàn)榧?xì)胞感染病毒后內(nèi)源性circRNA數(shù)量減少。Chen等[8]用外源circRNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞后，先天性免疫調(diào)節(jié)因子和細(xì)胞因子被強(qiáng)烈誘導(dǎo)，細(xì)胞產(chǎn)生明顯的免疫反應(yīng)信號(hào)，且這種反應(yīng)比同一序列的線性RNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞時(shí)更強(qiáng)烈。以上研究表明，circRNA可影響免疫系統(tǒng)調(diào)節(jié)。

本研究利用RNA-Seq技術(shù)在胸腺這個(gè)雞最早發(fā)育的免疫器官中鑒定到對(duì)雞免疫力有影響的circRNA分子。黃羽肉雞(大恒肉雞)是經(jīng)過(guò)多年選育的培育品種，聚合了地方雞優(yōu)良基因，抗病力強(qiáng)，其10周齡成活率超過(guò)98%[15]，而山地烏骨雞是自然選育形成的，未經(jīng)過(guò)目的明確的人工選擇，抗病力較差，其10周齡成活率低于80%[3]，二者差異明顯。RNA-Seq數(shù)據(jù)顯示，2個(gè)品種間有115個(gè)差異表達(dá)circRNAs。通過(guò)GO功能注釋篩選出免疫相關(guān)GO條目104個(gè)，共富集了21個(gè)基因，表明許多基因有相同或相似的免疫調(diào)節(jié)功能。這21個(gè)基因產(chǎn)生的circRNAs中有23個(gè)在2個(gè)品種間差異表達(dá)。在所有的DE cricRNA中免疫相關(guān)cricRNA占比高達(dá)20%(23/115),說(shuō)明了circRNA對(duì)機(jī)體免疫體系是必不可少的。KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)有7個(gè)基因在免疫相關(guān)的通路富集，這些通路包括細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用、FoxO信號(hào)通路，Toll樣受體信號(hào)通路、RIG-Ⅰ樣受體信號(hào)通路和囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)中SNARE蛋白互作等。免疫相關(guān)通路涉及7個(gè)DE circRNAs，其中有5個(gè)circRNAs與GO功能注釋中DE circRNA相同，分別是circ_0002478(IL-1R1)、circ_0003208(MAPK11)、circ_0001674(STX8)、circ_0005105(RIPK2)及circ_0003590(BRAF)，推測(cè)它們可能在免疫系統(tǒng)調(diào)節(jié)中扮演著重要角色。

值得注意的是，在25個(gè)免疫相關(guān)circRNAs中circ_0002478(IL-1R1)在兩品種間差異極顯著，可能通過(guò)細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體通路參與免疫和炎癥反應(yīng)。在Guo等[16]構(gòu)建的雞應(yīng)激誘導(dǎo)免疫抑制模型中細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用信號(hào)通路被高度激活，說(shuō)明該通路對(duì)于免疫反應(yīng)調(diào)節(jié)十分重要。Neyt等[17]研究發(fā)現(xiàn)，缺乏IL-1R1的小鼠病毒清除延遲，病毒復(fù)制時(shí)間延長(zhǎng)，導(dǎo)致疾病嚴(yán)重程度增加。因此，circ_0002478(IL-1R1)的存在對(duì)于應(yīng)對(duì)病毒或炎癥反應(yīng)可能是必需的。

circRNA早期被認(rèn)為是異常剪接產(chǎn)物，多年后在人和動(dòng)植物組織中發(fā)現(xiàn)數(shù)百個(gè)circRNAs時(shí)，其生物學(xué)功能才被重視。circRNA作為miRNA海綿或與來(lái)源基因mRNA競(jìng)爭(zhēng)參與基因表達(dá)調(diào)控已被證明，但關(guān)于circRNA翻譯成蛋白并發(fā)揮生物學(xué)功能的機(jī)制引起了熱烈的討論[18-20]。Wesselhoeft等[21]用生物工程技術(shù)合成外源性circRNA并使其在細(xì)胞中穩(wěn)定表達(dá)蛋白；Costello等[22]使用結(jié)構(gòu)化內(nèi)含子表達(dá)載體在活的哺乳動(dòng)物細(xì)胞中從質(zhì)粒DNA(pDNA)中穩(wěn)定地產(chǎn)生circRNA,并通過(guò)滾環(huán)翻譯產(chǎn)生大量分泌蛋白。Zhang等[23]鑒定了1個(gè)由circRNA編碼的87個(gè)氨基酸的肽PINT87aa，在功能上，PINT87aa而非其相應(yīng)的circRNA部分控制癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖和腫瘤發(fā)生。以上研究表明，circRNA能夠編碼蛋白，且在其翻譯的肽的生物學(xué)意義和對(duì)疾病生理的影響方面潛力巨大。本研究對(duì)篩選出的與免疫相關(guān)的circRNA進(jìn)行了編碼潛能預(yù)測(cè)，有7個(gè)circRNAs具有IRES位點(diǎn)和蛋白域，其中circ_0002478(IL-1R1)在功能注釋和通路分析中重復(fù)出現(xiàn)，說(shuō)明circ_0002478(IL-1R1)在免疫調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用，且可能以多種方式發(fā)揮功能，如與IL-1R1競(jìng)爭(zhēng)從而調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)，或者翻譯成多肽調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)，具體作用機(jī)制尚需進(jìn)一步研究。

4 結(jié) 論

本研究采用高通量測(cè)序揭示了雞胸腺組織circRNA表達(dá)特征，差異分析結(jié)果顯示雞胸腺組織有豐富的circRNA，且circRNA對(duì)機(jī)體免疫調(diào)節(jié)是必不可少的，在篩選出的5個(gè)與免疫相關(guān)的circRNAs(circ_0002478(IL-1R1)、circ_0003208(MAPK11)、circ_0001674(STX8)、circ_0005105(RIPK2)和circ_0003590(BRAF))中，circ_0002478(IL-1R1)可能通過(guò)多種方式參與免疫調(diào)節(jié)，可作為雞免疫力研究的重點(diǎn)關(guān)注靶點(diǎn)。