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        應用蛋白質(zhì)組學研究茶葉的品種適制性

        2022-05-05 07:57:38晴,榮,
        大連工業(yè)大學學報 2022年2期
        關鍵詞:生物

        張 晴 晴, 張 艷 榮, 孫 珍

        ( 大連工業(yè)大學 生物工程學院, 遼寧 大連 116034 )

        0 引 言

        茶葉具有抗炎、降血脂、抗氧化、調(diào)節(jié)免疫、延緩衰老等功能[1-2]。茶葉的化學成分非常復雜,包含2 000多種成分[3]。其中,蛋白質(zhì)、氨基酸是茶葉中的重要成分。氨基酸是人體必需的有效化學成分,也是茶葉香氣的前體物質(zhì),能影響茶湯的鮮爽度。茶葉中的某些氨基酸,如茶氨酸,是茶葉中特有的一種游離氨基酸,具有非常強大的生理保健功能,包括緩解人的疲勞感、降低血壓、提高人的記憶能力等[4]。蛋白質(zhì)約占茶葉干重的20%~30%[5],蛋白質(zhì)在茶鮮葉中含量越高,代謝越旺盛,代謝過程中的中間產(chǎn)物和產(chǎn)物含量也越高,能給茶葉帶來良好的滋味和香氣。

        茶樹品種的適制性,是指某一特定茶種適合加工成某種茶類的特性和程度,是形成茶葉優(yōu)良品質(zhì)的前提[6-7]。不同茶樹中成分組成不同,決定了制成不同類別成品茶品質(zhì)的差異[8]。初級代謝產(chǎn)物中的蛋白質(zhì)、糖類、脂肪以及次級代謝產(chǎn)物中的多酚類、色素、茶氨酸、生物堿、芳香物質(zhì)等,都對茶葉的品質(zhì)特性或多或少起著不可替代的作用[9-10]。蛋白質(zhì)參與了這些次級代謝產(chǎn)物的生成過程,推測蛋白質(zhì)與茶葉品種的適制性存在一定的關聯(lián)。

        本實驗采用TCA丙酮法提取了19種茶葉中的蛋白質(zhì)進行組學分析,對所得的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)進行GO注釋對19種茶葉得到的蛋白信息進行KEGG代謝通路分析,并對部分代謝通路進行了OPLS-DA分析。以期將研究結(jié)果用于茶葉新品種的適制性的輔助判斷。

        1 材料與方法

        1.1 主要材料和儀器

        茶葉:悅茗香、黃觀音、毛蟹、鐵觀音、茂綠、安吉白茶、中茶102、鄂茶1號、鳧早2號、龍井43、中茶108、錫茶5號、福安大白、福鼎大白、福鼎大毫、政和大白、皖農(nóng)95、尖波黃13號、櫧葉齊12號,中國農(nóng)科院茶葉研究所資源圃。

        尿素、鹽酸胍、三羥甲基氨基甲烷(Tris),生工生物工程有限公司;硫脲,通用技術集團醫(yī)療健康有限公司;二硫蘇糖醇(DTT)、碘乙酰胺(IAA)、兩性表面活性劑(CHAPS)、β-巰基乙醇、胰蛋白酶(來源于牛胰腺,不小于10 000 U/mg)、糜蛋白酶(來源于牛胰腺,不小于40 U/mg),美國西格瑪奧德里奇公司;丙酮、三氯乙酸(TCA),分析純,天津市科密歐化學試劑有限公司。

        Q ExactiveTM組合型四級桿Orbitrap質(zhì)譜儀,美國賽默飛世爾科技公司;Ultimate 3000 RSLC nano System,美國戴安公司;酶標儀,美谷分子儀器有限公司;化學發(fā)光凝膠成像系統(tǒng),通用技術集團醫(yī)療健康有限公司。

        1.2 方 法

        1.2.1 茶葉蛋白的提取

        取1 g茶葉于研缽中,加液氮研磨成粉狀,轉(zhuǎn)到預冷的6 mL提取液Ⅰ(TCA 5 g,β-巰基乙醇35 μL,丙酮定容至50 mL)中,-20 ℃過夜處理。4 ℃、10 000 r/min離心20 min棄上清,加入6 mL 預冷的提取液Ⅱ(β-巰基乙醇35 μL,丙酮定容至50 mL)后混勻,將溶液于-20 ℃冰箱中靜置2 h,4 ℃、10 000 r/min離心20 min棄上清后加預冷的丙酮重復洗2~3次,將蛋白沉淀風干。

        1.2.2 蛋白濃度的測定

        配制蛋白工作液。儲液:100 mL 95%乙醇,350 mg考馬斯亮藍G-250,200 mL 85% H3PO4;工作液:425 mL ddH2O,15 mL 95%乙醇,30 mL 85% H3PO4,30 mL儲液。

        所有樣品均采用Bradford法測蛋白濃度,以牛血清蛋白(BSA)作為標準蛋白,配制不同質(zhì)量濃度BSA:0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0 mg/mL,以質(zhì)量濃度為橫坐標,595 nm 處測得的吸光度為縱坐標,作標準曲線。

        1.2.3 質(zhì)譜樣品的制備

        取蛋白樣品20 mg,按質(zhì)量體積比1∶30加入緩沖液(6 mol/L鹽酸胍,50 mmol/L Tris),反應10 min,14 000 r/min離心20 min,取上清測蛋白濃度。取1 mg蛋白液于超濾管中,加入100 mmol/L DTT (終濃度20 mmol/L),于37 ℃ 恒溫箱反應2 h,14 000 r/min離心20 min,加入100 mmol/L IAA (終濃度20 mmol/L)避光反應40 min,離心后加入胰蛋白酶和糜蛋白酶的混合酶液溫育12 h。

        1.2.4 實驗條件1.2.4.1 色譜條件

        預柱,C18 PepMap100(5 μm,10-8m);分析柱,Acclaim PepMapTMRSLC(75 μm×15 cm,3 μm);流動相A,0.1%甲酸溶液;流動相B,80%乙腈和0.1%甲酸溶液;預柱溫度,45 ℃;進樣量,2 μL;體積流量,0.2 μL/min。

        流動相線性洗脫程序:0~10 min,4% B;10~13 min,4%~10% B;13~35 min ,10%~35% B;35~41 min,35%~55% B;41~42 min,55%~95% B;42~ 52 min,95% B;52~53 min,95%~4% B;53~70 min,4% B。

        1.2.4.2 質(zhì)譜條件

        離子源模式,納升級電噴霧(Nano ESI);噴霧電壓,2.5 kV;質(zhì)譜掃描方式:正離子模式,F(xiàn)ull MS/dd-MS2模式;一級質(zhì)譜掃描范圍,350~1 800m/z;Orbitrap檢測完整肽段的分辨率為70 000,檢測離子碎片的分辨率17 500。使用Proteome Discoverer 2.2.0.388處理得到MS/MS數(shù)據(jù),肽段的假陽性鑒定率設為小于1%。根據(jù)實際使用的酶設定切割位點,允許2個漏切位點。前體離子的質(zhì)量誤差設定為10-5,碎片離子的質(zhì)量誤差設定為0.02 u。動態(tài)修飾設為甲硫氨酸上+15.995 u的氧化修飾,靜態(tài)修飾設為半胱氨酸上+57.021 u的酰胺甲基化修飾。使用Proteome Discoverer 2.2.038軟件進行數(shù)據(jù)比對,已測物種包含的蛋白數(shù)據(jù)庫在Uniprot官網(wǎng)(http://www.uniprot.org/)下載。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果

        本實驗共檢測了19種茶葉樣品中的蛋白數(shù)量,如表1所示。每個樣品檢測3次,將所得的3次RAW文件合在一起對比Viridiplantae庫得到相應的蛋白總數(shù)。

        表1 各茶葉中的蛋白總數(shù)Tab.1 Total proteins in each kind of tea

        2.2 四大類茶的GO注釋

        圖1為福安大白、福鼎大白、福鼎大毫、政和大白(均適制白茶)4個品種所檢測到的蛋白個數(shù),福安大白、福鼎大白、福鼎大毫、政和大白分別檢測到8 371、8 335、8 126、8 217種蛋白質(zhì),因后續(xù)比較的是四大類茶之間的差別,故選擇了一大類茶里至少有兩種茶葉里共有的蛋白數(shù)據(jù)進行GO注釋分析(以白茶為例6 326)。同理得到烏龍茶(悅茗香、黃觀音、毛蟹、鐵觀音)、紅茶(皖農(nóng)95、櫧葉齊12、尖波黃13)、綠茶(鄂茶1號、鳧早2號、龍井43、中茶108)的蛋白個數(shù)為5 947、3 919、5 578。

        圖1 4種白茶品種的蛋白韋恩圖Fig.1 Protein Venndiagrams of four kinds of whitetea varieties

        白茶中6 326個蛋白有2 492個蛋白被注釋到生物過程條目;2 639個蛋白被注釋到細胞組分條目;2 115個蛋白被注釋到分子功能條目。烏龍茶中5 947個蛋白有2 373個蛋白被注釋到生物過程條目;2 509個蛋白被注釋到細胞組分條目;2 036個蛋白被注釋到分子功能條目。紅茶中3 919個蛋白有1 601個蛋白被注釋到生物過程條目;1 699個蛋白被注釋到細胞組分條目;1 897個蛋白被注釋到分子功能條目。綠茶中5 578 個蛋白有2 152個蛋白被注釋到生物過程條目;2 311個蛋白被注釋到細胞組分條目;1 842個蛋白被注釋到分子功能條目。

        四類茶中蛋白的GO功能注釋如圖2所示。生物過程中的前15個條目(圖2(a))中,四類茶蛋白涉及的生物過程之間差異不大,核酸代謝過程占比較大,其他過程依次遞減。細胞組分的前15個條目(圖2(b))中,四類茶蛋白涉及的細胞組分差異并不大,其中核和質(zhì)體的占比較大,其他組分略低。分子功能的前10個條目(圖2(c))中,四類茶中紅茶蛋白涉及的分子功能略低于其他三類。

        2.3 KEGG通路分析

        對19種茶葉進行KEGG代謝通路分析,對部分代謝通路進行OPLS-DA分析,如圖3(a)所示。19種茶葉被劃分成四大類,這些通路中起主要貢獻值的前十條通路包括00941類黃酮生物合成,00620丙酮酸代謝,04626植物與病原體的相互作用,00260甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝,00410 β-丙氨酸代謝,00270半胱氨酸和蛋氨酸代謝,00071脂肪酸降解,00280纈氨酸、亮氨酸和異亮氨酸的降解,00195光合作用,00900萜類骨架的生物合成。對10條通路中檢測到的蛋白進行統(tǒng)計,通過無標記定量方法得到每種蛋白在19種茶葉里的含量,對蛋白含量進行OPLS-DA分析,結(jié)果如圖3(b)所示。根據(jù)通路里涉及的蛋白含量,可將19種茶葉區(qū)分開,這些蛋白中起主要貢獻作用的前15個蛋白如表2所示。

        1,核酸代謝過程;2,細胞蛋白質(zhì)代謝過程;3,細胞大分子生物合成過程;4,含核堿基的化合物的生物合成過程;5,基因表達調(diào)控;6,細胞生物合成過程的調(diào)控;7,蛋白質(zhì)修飾過程;8,高分子生物合成過程的調(diào)控;9,含核堿基的化合物代謝過程的調(diào)控;10,對其他生物的防御反應;11,羧酸代謝過程;12,磷酸化;13,對鎘離子的反應;14,對脫落酸的反應;15,大分子代謝過程的負調(diào)控(a) 生物過程

        1,核;2,質(zhì)體;3,核腔;4,液泡;5,胞間連絲;6,線粒體;7,葉綠體包膜;8,液泡膜;9,核仁;10,內(nèi)質(zhì)網(wǎng);11,核糖體;12,質(zhì)體類囊體膜;13,高爾基體;14,染色體;15,細胞骨架

        1,焦磷酸酶活性;2,蛋白激酶活性;3,mRNA結(jié)合;4,過渡金屬離子結(jié)合;5,核酸內(nèi)切酶活性;6,序列特異性DNA結(jié)合;7,核糖核苷酸結(jié)合;8,無機陽離子跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性、嘌呤核苷酸結(jié)合、ATP酶偶聯(lián)的跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性

        (a) 茶葉分類

        (b) 茶葉蛋白

        3 結(jié) 論

        提取了19種不同茶葉樣品中的蛋白進行組學分析,研究表明,19種茶葉中有4種(福安大白、福鼎大白、福鼎大毫、政和大白)適制白茶,4種(悅茗香、黃觀音、毛蟹、鐵觀音)適制烏龍茶,3種(皖農(nóng)95、櫧葉齊12、尖波黃13)適制紅茶,4種(鄂茶1號、鳧早2號、龍井43、中茶108)適制綠茶。提取蛋白經(jīng)質(zhì)譜檢測表明,19種茶葉中蛋白總數(shù)相差不大。白茶、烏龍茶、紅茶、綠茶這4類得到的數(shù)據(jù)進行GO注釋結(jié)果表明,生物過程中主要包括核酸代謝過程、細胞蛋白質(zhì)代謝過程、細胞大分子生物合成過程、含核堿基的化合物的生物合成過程、基因表達調(diào)控等;細胞組分中主要包括核、質(zhì)體、核腔、液泡、胞間連絲等;分子功能主要包括焦磷酸酶活性、蛋白激酶活性、mRNA結(jié)合、過渡金屬離子活性和核酸內(nèi)切酶活性等。對19種茶葉得到的蛋白信息進行KEGG代謝通路分析,對感興趣的部分代謝通路進行了OPLS-DA分析,將19種茶葉劃分為四大類,與之前的研究相符,其中起主要貢獻作用的通路有類黃酮生物合成、丙酮酸代謝、植物與病原體相互作用、甘氨酸,絲氨酸和蘇氨酸代謝、β-丙氨酸代謝、半胱氨酸和蛋氨酸代謝、脂肪酸降解、纈氨酸,亮氨酸和異亮氨酸的降解、光合作用和萜類骨架的生物合成。

        表2 19種茶葉中貢獻值較大的前15個蛋白Tab.2 The top 15 proteins with larger contributions in 19 kinds of teas

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