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        產(chǎn)前無創(chuàng)基因檢測在胎兒性染色體非整倍體疾病篩查中的臨床價值

        2022-04-30 03:39:18徐云芝徐雪琴唐少華周麗麗李煥錚
        關(guān)鍵詞:核型羊水預(yù)測值

        徐云芝,徐雪琴,唐少華,周麗麗,李煥錚

        溫州市中心醫(yī)院 產(chǎn)前診斷中心,浙江 溫州 325000

        性染色體非整倍體疾?。╯ex chromosome aneuploidies, SCAs)主要包括Turner綜合征(45,X)、超雌綜合征(47, XXX)、克氏綜合征(47, XXY)、超雄綜合征(47, XYY)。人群發(fā)病率為1/500,活產(chǎn)率為1/350~1/400[1-2]。臨床表現(xiàn)為女性閉經(jīng)、不孕、反復(fù)流產(chǎn),男性無精子癥、不育,可伴有其他臟器結(jié)構(gòu)和功能異常,以及一定程度的智力低下和精神障礙等。性染色體異常很少致死,其中大部分(45,X)胎兒在孕期會自然流產(chǎn),而其他SCAs胎兒很難通過B超檢查發(fā)現(xiàn),以致產(chǎn)前SCAs容易漏診[3]。

        1997年LO等[4]首次在孕婦外周血中發(fā)現(xiàn)胎兒游離DNA,并由此開辟了全新的無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(non-invasive prenatal testing, NIPT)技術(shù)領(lǐng)域。2011年NIPT首次用于21-三體的商業(yè)化檢測,后又用于13-三體、18-三體等。除檢測常染色體疾病外,NIPT對性染色體非整倍體的檢測也有較高的準(zhǔn)確性[5-6]。

        本研究通過分析溫州市中心醫(yī)院行NIPT或擴(kuò)展性NIPT(NIPT PLUS)篩查胎兒SCAs的檢出效能,評價其在胎兒SCAs中的臨床應(yīng)用價值,為提高NIPT在臨床的應(yīng)用提供參考與借鑒。

        1 對象和方法

        1.1 對象 選取2018年1月至2019年12月于溫州市中心醫(yī)院行NIPT普通三項或NIPT PLUS的單活胎孕婦27 116 例為研究對象,其中NIPT普通三項有15 218例,NIPT PLUS有11 948例。納入標(biāo)準(zhǔn):①經(jīng)B超檢查確定孕周12~22+6周;②單胎妊娠;③知情同意下自愿行NIPT或NIPT PLUS檢測。排除標(biāo)準(zhǔn):①孕婦患染色體異常疾??;②孕婦接受過移植手術(shù)、免疫治療等。檢測結(jié)果陽性的孕婦被召回,建議遺傳咨詢,經(jīng)本人及家屬同意行羊膜腔穿刺及羊水染色體核型分析。本研究經(jīng)溫州市中心醫(yī)院倫理委員會審批,所有患者均簽署知情同意書。

        1.2 方法

        1.2.1 NIPT檢查:抽取孕婦10 mL外周血到EDTA抗凝管中,離心,取上層血漿,采用北京貝瑞公司生產(chǎn)的DNA提取試劑盒提取胎兒游離DNA,構(gòu)建文庫,通過Illumina高通量基因測序平臺進(jìn)行樣本測序檢測。下機(jī)后通過計算X或Y染色體reads所占比例和Z值來評估性染色體非整倍體異常情況[Z=(糾正后的樣本%chrN-參考樣本的%chrN平均值)/參考樣本的%chrN的標(biāo)準(zhǔn)差]。判斷規(guī)則[7]如下:chrX的Z值參考范圍設(shè)為-2.91~2.91,chrY的Z值閾值設(shè)為3。對于正常男性胎兒,其chrX的Z值和chrY的Z值呈負(fù)線性相關(guān),因此當(dāng)chrX的Z值為-2.91~2.91,chrY的Z值小于3,則胎兒性別核型為XX;當(dāng)chrX的Z值小于-2.91,chrY的Z值小于3,則胎兒性別核型為X;當(dāng)chrX的Z值大于2.91,chrY的Z值小于3,則胎兒性別核型為XXX;當(dāng)chrX的Z值為-2.91~2.91,chrY的Z值大于3,則胎兒性別核型為XYY;當(dāng)chrX的Z值小于-2.91,chrY的Z值大于3,且符合線性關(guān)系,則胎兒性別核型為XY,否則為XYY。

        1.2.2 NIPT PLUS檢查:同上述方法提取胎兒游離DNA,構(gòu)建文庫,上機(jī),產(chǎn)出的原始測序數(shù)據(jù)量約為NIPT的5倍。下機(jī)后運用RUPA算法進(jìn)行序列比對并剔除含異常GC比例和低覆蓋率的測序數(shù)據(jù),同時通過PCA分析方法提高信噪比以獲取準(zhǔn)確的測序數(shù)據(jù)。評判規(guī)則同上。

        1.2.3 隨訪方法:對檢測結(jié)果提示高風(fēng)險者,召回并進(jìn)行遺傳咨詢,告知侵入性產(chǎn)前診斷風(fēng)險,簽署知情同意書。在超聲指引定位下無菌操作環(huán)境中行經(jīng)腹羊膜腔穿刺術(shù),抽取20 mL羊水,進(jìn)行羊水細(xì)胞培養(yǎng)、收獲、制片、G顯帶。根據(jù)人類國際細(xì)胞遺傳學(xué)命名體系(ISCN2016)進(jìn)行核型計數(shù)和分析。

        2 結(jié)果

        2.1 NIPT普通三項對SCAs的檢測結(jié)果 15 218例孕婦中NIPT普通三項提示SCAs高風(fēng)險125例,篩查陽性率為0.82%(125/15 218)。性染色體數(shù)目減少(45, X)55例,性染色體數(shù)目增多70例,其中超雌綜合征(47, XXX)36例,克氏綜合征(47, XXY)27例,超雄綜合征(47, XYY)7例。

        2.2 NIPT普通三項檢測結(jié)果與染色體核型分析結(jié)果比較 NIPT普通三項提示125例SCAs高風(fēng)險,其中僅70例選擇在我院行羊水穿刺。經(jīng)染色體核型分析,有17例被確診為胎兒患有不同類型的SCAs,陽性預(yù)測值為24.29%(17/70),見圖1。NIPT普通三項提示性染色體數(shù)目減少(45, X)的55例中,34例選擇羊水穿刺,染色體核型結(jié)果符合4例,陽性預(yù)測值11.76%(4/34)。NIPT普通三項提示性染色體數(shù)目增多的70例中,36例選擇羊水穿刺,染色體核型結(jié)果符合13例,陽性預(yù)測值36.11%(13/36),其中(47,XXX)、 (47, XXY)和(47, XYY)的陽性預(yù)測值分別為22.22%(4/18)、46.67%(7/15)、66.67%(2/3)。見表1。

        圖1 NIPT普通三項提示SCAs高風(fēng)險者的羊水核型圖

        表1 NIPT普通三項對胎兒SCAs篩查的效能分析

        2.3 NIPT PLUS對SCAs的檢測結(jié)果 11 948例孕婦中NIPT PLUS提示SCAs高風(fēng)險97例,篩查陽性率為0.81%(97/11 948)。性染色體數(shù)目減少(45, X)41例,性染色體數(shù)目增多56例,其中超雌綜合征(47, XXX)22例,克氏綜合征(47, XXY)28例,超雄綜合征(47,XYY)6例。

        2.4 NIPT PLUS檢測結(jié)果與染色體核型分析結(jié)果比較 NIPT PLUS提示97例SCAs高風(fēng)險,其中70例選擇在我院行羊水穿刺。經(jīng)染色體核型分析,有29例被確診為胎兒患有不同類型的SCAs,陽性預(yù)測值為41.43%(29/70),見圖2。NIPT PLUS提示性染色體數(shù)目減少(45, X)的41例中,29例選擇羊水穿刺,染色體核型結(jié)果符合5例,陽性預(yù)測值17.24%(5/29)。NIPT PLUS提示性染色體數(shù)目增多的56例中,41例選擇羊水穿刺,染色體核型結(jié)果異常24例,陽性預(yù)測值58.54%(24/41),其中(47, XXX)、 (47,XXY)和(47, XYY)的陽性預(yù)測值分別為52.94%(9/17)、 60.00%(12/20)、75.00%(3/4)。見表2。

        表2 NIPT PLUS對胎兒SCAs篩查的效能分析

        圖2 NIPT PLUS提示SCAs高風(fēng)險者的羊水核型圖

        3 討論

        跟常規(guī)的產(chǎn)前篩查相比,NIPT具有更高的敏感度和特異度,對于常見的21-三體、18-三體、13-三體的陽性預(yù)測值較高,尤其是21-三體的陽性預(yù)測值高達(dá)95%。染色體核型分析因其高準(zhǔn)確性等優(yōu)點成為染色體非整倍體產(chǎn)前診斷的金標(biāo)準(zhǔn),但胎兒細(xì)胞的獲得手段均為有創(chuàng)穿刺,存在宮內(nèi)感染、早產(chǎn)、流產(chǎn)等風(fēng)險,難以普及。自NIPT應(yīng)用于臨床以來,大大減少了侵入性產(chǎn)前診斷的數(shù)量。一項回顧性研究顯示,該醫(yī)院自2012年應(yīng)用NIPT之后,羊膜穿刺術(shù)減少了76%,絨毛穿刺術(shù)減少了54%[8]。

        回顧近年關(guān)于NIPT篩查SCAs的研究,發(fā)現(xiàn)其檢測準(zhǔn)確性具有較大差異,陽性率為0.31%~0.65%,陽性預(yù)測值為30%~80%[9-11,13-17]。MARGIOTTI等[11]對9 985 例孕婦進(jìn)行NIPT檢測分析得出SCAs總體陽性預(yù)測值為77.27%(17/22), (45, X)陽性預(yù)測值為69.23%, (47, XXX)陽性預(yù)測值為100%, (47,XXY)陽性預(yù)測值為80%, (47, XYY)陽性預(yù)測值為100%。SONG等[12]研究中SCAs篩查的陽性預(yù)測值為54.55%(24/44), (45, X)的陽性預(yù)測值為23.53%(4/17), (47, XXX)、 (47, XXY)和(47, XYY)的陽性預(yù)測值分別為70%、75%和80%。SUO等[13]研究中SCAs陽性預(yù)測值為46.88%,(45, X)的陽性預(yù)測值為32.43%, (47, XXX)、 (47, XXY)、 (47, XYY)的陽性預(yù)測值分別為55.56%、60%、87.5%。

        在本研究15 218例行NIPT普通三項的單胎孕婦中,SCAs高風(fēng)險者125例,陽性率為0.82%,總體陽性預(yù)測值為24.29%。2017年中旬開始我院試運行NIPT PLUS。與傳統(tǒng)NIPT相比,NIPT PLUS在實驗技術(shù)和數(shù)據(jù)分析上均做了相應(yīng)改進(jìn),以期提高NIPT的檢出效能。對11 948例單胎妊娠孕婦行NIPT PLUS檢測分析得出SCAs陽性率為0.81%,總體陽性預(yù)測值為41.43%。兩者SCAs陽性率基本一致,對性染色體數(shù)目增多的陽性預(yù)測值(NIPT普通三項:36.11%;NIPT PLUS:58.54%)高于性染色體數(shù)目減少者(NIPT普通三項:11.76%;NIPT PLUS:17.24%),與文獻(xiàn)[18-19]報道類似。NIPT或NIPT PLUS對包含Y染色體的SCAs的檢測效能更高,但對(45, X)的檢測準(zhǔn)確性還有待提高。與NIPT普通三項相比,NIPT PLUS大大提高了SCAs總體陽性預(yù)測值,且各類SCAs的陽性預(yù)測值均有提高,但仍存在較高的假陽性。對NIPT或NIPT PLUS結(jié)果提示低風(fēng)險者進(jìn)行電話隨訪,暫未發(fā)現(xiàn)SCAs患兒。目前鮮少有文獻(xiàn)談及NIPT的SCAs陰性預(yù)測值。在采用高通量測序?qū)?70例孕婦進(jìn)行SCAs篩查的研究中,陰性預(yù)測值為100%[20]。LIANG等[7]對412例孕婦進(jìn)行NIPT檢測的研究也提示SCAs陰性預(yù)測值為100%。鑒于此疾病臨床異質(zhì)性強,社會及群眾認(rèn)知不足,但仍無法排除假陰性的可能。關(guān)于造成NIPT結(jié)果與核型結(jié)果不符的原因可能與以下因素相關(guān)[3,21]:①X染色體的胸腺嘧啶和胞嘧啶的偏移及鳥嘌呤和胞嘧啶的測序偏差;②Y染色體跟其他染色體有較多相似片段,降低了測序信噪比;③胎兒游離DNA比例過高或過低;④胎兒嵌合體;⑤胎兒性染色體結(jié)構(gòu)異常;⑥母體染色體核型異常,包括未知的母體嵌合體和拷貝數(shù)異常;⑦母源性腫瘤;⑧局限性胎盤嵌合(confined placental mosaicism,CPM)等。近30%的NIPT假陰性或假陽性是由CPM造成的,約1%的妊娠會發(fā)生CPM,且X染色體單體的CPM多發(fā),那么針對SCAs篩查,NIPT的假陰性或假陽性是無法避免的。

        關(guān)于該項技術(shù)在SCAs上的應(yīng)用問題,美國醫(yī)學(xué)遺傳與基因組學(xué)會曾在2016年發(fā)表聲明指出,應(yīng)告知孕婦NIPT可用于SCAs篩查,但其假陽性較高[22]。

        綜上,NIPT可做為SCAs產(chǎn)前篩查方法,具有較高的臨床應(yīng)用價值,但其檢測效能仍有待提高。在檢測前應(yīng)充分告知該項技術(shù)的優(yōu)勢和局限性,對于高風(fēng)險病例需進(jìn)一步產(chǎn)前診斷,對于低風(fēng)險病例要警惕漏診可能。由于SCAs患者可能無明顯表型,確診者均應(yīng)進(jìn)行詳細(xì)的遺傳咨詢,慎重考慮胎兒的去留。

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