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        全自動核酸提取儀Autrax對病毒核酸檢測的性能評價(jià)

        2022-04-27 09:20:34王少婷姜永瑋曹永彤
        關(guān)鍵詞:正確度內(nèi)標(biāo)精密度

        劉 倩,王少婷,姜永瑋,于 洋,叢 笑,曹永彤,馬 亮

        (中日友好醫(yī)院 檢驗(yàn)科,北京 100029)

        隨著醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,臨床分子生物學(xué)診斷水平在不斷提升,臨床分子生物學(xué)檢測從手工操作發(fā)展為更精準(zhǔn)的自動化操作,可排除人為因素造成的誤差及污染。 根據(jù)臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)研究所(clinical and laboratory standards institute,CLSI)[1,2]以及中國合格評定國家認(rèn)可委員會(China national accreditation service for conformity assessment,CNAS)[3~5]的要求,在新引入儀器進(jìn)行常規(guī)應(yīng)用前,由臨床實(shí)驗(yàn)室對儀器設(shè)備及項(xiàng)目進(jìn)行獨(dú)立驗(yàn)證?,F(xiàn)將全自動核酸提取儀Autrax-192 自動提取高危型人乳頭瘤病毒(HR-HPV)核酸的正確度、精密度、線性范圍、分析靈敏度及攜帶污染結(jié)果報(bào)道如下。

        1 對象與方法

        1.1 研究對象

        上海之江生物科技有限公司可溯源HPV(16+)型企業(yè)參考品 L1 (1.0E7copies/ml)、L2 (1.0E6copies/ml)、L3(1.0E5copies/ml)、L4 (1.0E4copies/ml)、L5(2.5E3copies/ml)、L6(6.25E2copies/ml)。 HR-HPV 15 種分型核酸(16、56、31、18、52、58、68、45、82、33、35、39、51、59、66)陽性質(zhì)控品P4(1.0E4copies/ml)、P5(1.0E3copies/ml)、P6(1.0E2copies/ml)。

        1.2 儀器與試劑

        全自動核酸提取儀Autrax-192,SLAN-96 PCR 儀,5810R 臺式高速冷凍離心機(jī),HR-HPV 核酸15 種分型(16、56、31、18、52、58、68、45、82、33、35、39、51、59、66) 測定試劑盒(上海之江生物科技股份有限公司)。

        1.3 性能評價(jià)方案

        1.3.1 正確度評價(jià)

        選取40 份中日友好醫(yī)院HR-HPV 檢測樣本,采用實(shí)驗(yàn)室已通過室間質(zhì)評的手工法提取核酸作金標(biāo)準(zhǔn),同步使用Autrax-192 提取核酸進(jìn)行平行實(shí)驗(yàn),SLAN-96 PCR 儀進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)。 記錄檢測結(jié)果,進(jìn)行正確度評價(jià)。

        1.3.2 精密度評價(jià)

        參考品L1 和L3, 使用Autrax-192 同日進(jìn)行20 次核酸提取,進(jìn)行熒光PCR,得出批內(nèi)均值、標(biāo)準(zhǔn)差、變異系數(shù)CV 值;參考品L1 和L3 分裝為20 份置于-20℃保存,使用Autrax-192 連續(xù)提取核酸20d,進(jìn)行熒光PCR,得出批內(nèi)以及批間均值、標(biāo)準(zhǔn)差、變異系數(shù)CV 值。

        1.3.3 線性范圍評價(jià)

        參考品L1- L6, 使用Autrax-192 每個濃度進(jìn)行6 次重復(fù)實(shí)驗(yàn),計(jì)算L1- L6 每個濃度均值Ct 值,將測得值與理論值進(jìn)行線性回歸分析,評估其線性區(qū)間。

        1.3.4 分析靈敏度探索

        在準(zhǔn)確度、精密度結(jié)果達(dá)到實(shí)驗(yàn)室要求后,陽性質(zhì)控品P4、P5、P6 使用Autrax-192 提取核酸進(jìn)行分析靈敏度探索,每個濃度5 次重復(fù)實(shí)驗(yàn),記錄檢出率。

        1.3.5 攜帶污染評價(jià)

        使用Autrax-192 進(jìn)行線性范圍評價(jià),同時將陰性樣本穿插置于樣本孔位,每次放置3 例陰性樣本,提取核酸進(jìn)行熒光PCR,評估Autrax-192 防污染能力。

        1.4 病毒核酸提取

        根據(jù)Autrax-192 操作說明書,自動化核酸提取、試劑分裝及模板加樣,模板DNA 4滋l,聚合酶鏈反應(yīng)檢測混合液36滋l。 同時使用傳統(tǒng)手工煮沸法對40 例臨床樣本進(jìn)行核酸提取,模板DNA 4滋l,聚合酶鏈反應(yīng)檢測混合液36滋l。

        1.5 HR-HPV DNA 分型檢測

        采用HR-HPV 15 種型別的特異性引物以及熒光探針,應(yīng)用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)結(jié)合Taqman 技術(shù),對特異性DNA 核酸片段進(jìn)行分型定性檢測, 共包含4 種反應(yīng)體系,1 為16 型、56 型、31 型以及內(nèi)標(biāo)(internal control),2 為18、52、58、68,3 為45、82、33、35,4 為39、51、59、66。

        SLAN-96 PCR 儀, 設(shè)置循環(huán)參數(shù)為94℃10min;93℃10s→62℃31s,循環(huán)40 次,單點(diǎn)熒光檢測在62℃,熒光通道選擇FAM 和VIC 通道。

        1.6 結(jié)果判讀

        4 種混合液在FAM 和VIC 通道均無Ct 值, 判定為陰性;Ct 值≤38.0 且擴(kuò)增曲線呈典型的S 型,判定為HPV 陽性;Ct 在38.0~40.0 之間,需重復(fù)測定,若仍在38.0~40.0 之間且擴(kuò)增曲線呈典型S 型,則判定為陽性,反之為陰性。

        1.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        應(yīng)用SPSS22.0 進(jìn)行數(shù)據(jù)處理及分析。

        2 結(jié)果

        2.1 正確度

        以通過室間質(zhì)評的手工法為金標(biāo)準(zhǔn),HR-HPV 臨床樣本40 例,其中陽性35 例、陰性5 例; Autrax-192 提取核酸檢測結(jié)果陽性35 例,陰性5 例,與手工法陰陽符合率為100%,符合實(shí)驗(yàn)室要求,見表1。

        表1 全自動核酸提取儀Autrax-192 與手工法比較

        2.2 精密度

        選取高濃度L1 和低濃度L3 進(jìn)行精密度實(shí)驗(yàn),同日進(jìn)行20 次核酸提取進(jìn)行熒光PCR,得出Ct 值。 批內(nèi)變異系數(shù)2.96%~3.36%;參考品分裝為20 份-20℃保存,連續(xù)測定20d,得出批間變異系數(shù)CV 為2.89%~3.41%,見表2。

        表2 批內(nèi)以及批間精密度

        2.3 線性范圍

        L1~L4 進(jìn)行6 個復(fù)孔檢測,L5 及L6 進(jìn)行5 個復(fù)孔檢測,記錄每孔位CT 值。 各孔位CT 值的CV 值均5%,其中L6 濃度水平未檢出。

        以L1~L5 樣本理論濃度對數(shù)值為X,各濃度實(shí)際測定值均值為Y,進(jìn)行線性擬合。 在2.5E3~1.0E7copies/ml 范圍內(nèi),Y=-3.9097X+46.336,線性相關(guān)系數(shù)R2=0.991,線性優(yōu),本系統(tǒng)對于高危型HPV 病毒核酸檢測性能優(yōu)于廠家聲明1.0E4~1.0E7copies/ml。

        2.4 分析靈敏度試驗(yàn)

        在精密度、正確度試驗(yàn)結(jié)果達(dá)到實(shí)驗(yàn)室要求后,使用陽性質(zhì)控品P4、P5、P6 對HPV 15 種型別進(jìn)行檢測。 18、33、35、39、45、51、52、58、59、66、68、82 型分析靈敏度可達(dá)1.0E3copies/ml,優(yōu)于生產(chǎn)廠家聲明1.0E4copies/ml;16 型、31型、56 型分析靈敏度達(dá)到生產(chǎn)廠家聲明。

        2.5 攜帶污染

        共檢測陰性樣本18 例,結(jié)果均為No Ct,攜帶污染率為0。

        3 討論

        HR-HPV 持續(xù)反復(fù)感染與子宮頸癌[6]及其癌前病變密切相關(guān),2014年WHO 及2015年美國FDA 提出用HPV分型檢測[7]作為宮頸癌篩查的首選方法,各醫(yī)院對于HRHPV 核酸檢測的質(zhì)量以及效率要求越來越高。 因此選擇更為客觀且標(biāo)準(zhǔn)化,不易受人為因素干擾的全自動核酸提取儀, 對于提升核酸提取及檢測的效率及質(zhì)量尤為重要。因此,本研究在正確度、精密度、線性范圍、分析靈敏度、攜帶污染[8,9]對Autrax-192 進(jìn)行了評價(jià)。

        精確度,又稱準(zhǔn)確度,指測得值與“真值”的接近程度以及測得值之間的一致程度。本次正確度實(shí)驗(yàn)以通過室間質(zhì)評的手工法為金標(biāo)準(zhǔn), 同步Autrax-192 進(jìn)行核酸檢測,結(jié)果與手工法陰陽符合率符合實(shí)驗(yàn)室要求; 精密度評價(jià),選兩個水平參考品進(jìn)行多次重復(fù)實(shí)驗(yàn),批內(nèi)精密度和總精密度均達(dá)到ISO15189 要求, Autrax-192 具有良好的精密度以及重復(fù)性。

        線性范圍是反映實(shí)驗(yàn)室方法性能的重要指標(biāo),在2.5E3~1.0E7copies/ml 濃度內(nèi),線性回歸相關(guān)系數(shù)R2>0.99,說明儀器對于高危型HPV 病毒核酸檢測性能良好, 并且優(yōu)于廠家聲明的線性濃度范圍(1.0E4~1.0E7copies/ml)。

        分析靈敏度評價(jià)中,高危型HPV-16、56、31 型分析靈敏度達(dá)到廠家聲明1.0E4copies/ml, 其余亞型可達(dá)1.0E3copies/ml。 本試劑盒使用的是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)結(jié)合Taqman 技術(shù), 引入內(nèi)標(biāo) (internal control) 作為熒光PCR 反應(yīng)的內(nèi)參,排除掉管間差異及避免假陰性結(jié)果。 學(xué)者[10]發(fā)現(xiàn)內(nèi)標(biāo)在一定程度上會導(dǎo)致PCR 檢測靈敏度下降,尤其當(dāng)兩種模板的起始拷貝數(shù)相差較大時,競爭會表現(xiàn)得更為顯著。 本研究中,高危型HPV-16、56、31 型與內(nèi)標(biāo)在同一反應(yīng)體系中,分析靈敏度雖然達(dá)到了廠家聲明,但與其余3 個體系相比,分析靈敏度下降,說明內(nèi)標(biāo)與靶模板存在競爭抑制,待測模板的擴(kuò)增受一定干擾。 為保證低濃度待測模板的檢出, 對于內(nèi)標(biāo)基因的濃度還需后續(xù)探索。實(shí)驗(yàn)過程中未發(fā)現(xiàn)儀器存在攜帶污染。

        綜上所述,Autrax-192 可以滿足臨床工作需要, 全程自動化提取及加樣過程標(biāo)準(zhǔn)化操作,減少了不同人員之間的差異,在保證了檢測結(jié)果準(zhǔn)確性的前提下,提升了檢測效率,實(shí)驗(yàn)室可以用于常規(guī)HR-HPV 核酸檢測。

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