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        基于核酸適配體檢測食源性致病菌的研究進(jìn)展

        2022-03-16 17:02:31黃利華
        科教導(dǎo)刊·電子版 2022年14期
        關(guān)鍵詞:食源性致病菌核酸

        董 蕾,黃利華

        (廣州城市職業(yè)學(xué)院食品科學(xué)與美食養(yǎng)生學(xué)院,廣東 廣州 510640)

        全球食品安全問題以食源性致病菌導(dǎo)致的疾病為問題之首。根據(jù)WHO統(tǒng)計顯示,每年全球所發(fā)生的食源性疾病可達(dá)數(shù)10億起。僅因為食物所引起的腹瀉性疾病導(dǎo)致的死亡人數(shù)每年就可達(dá)220萬人[1]。食源性致病菌通過污染食品,引起人類疾病,常見的致病菌包括金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、致病性大腸桿菌(尤以出血性大腸桿菌O157:H7為主)、致病性弧菌、志賀氏菌等。這些致病菌污染食品后,會引起食品腐敗變質(zhì)或代謝產(chǎn)生毒素,引起人畜患病。

        傳統(tǒng)食源性致病菌檢測方法包括平板分離法[2]、分子生物學(xué)方法[3-5]、免疫學(xué)方法[6]等。但傳統(tǒng)檢測技術(shù)檢測周期長、靈敏度不高、技術(shù)要求高;分子生物學(xué)技術(shù)則要求技術(shù)條件高、檢測易出現(xiàn)假陽性結(jié)果;免疫學(xué)檢測方法的前期抗體制備周期長、研發(fā)成本高,均不能很好滿足食源性致病菌快速、靈敏、特異的檢測需求[7]。在適配體發(fā)現(xiàn)以后,通過適配體與不同技術(shù)的結(jié)合,使食源性致病菌檢測方法步入新階段。本文主要從核酸適配體的特征以及在不同領(lǐng)域,尤其是食源性致病菌檢驗方面的應(yīng)用作簡要概述。

        1 適配體的特點

        1990年,Tuerk等發(fā)現(xiàn)一類能夠與蛋白結(jié)合,產(chǎn)生高特異性和親和度的單鏈核酸序列,將其定名為適配體(Aptamer)[8]。適配體是一段特異的單鏈DNA或RNA,通過獨特的空間結(jié)構(gòu),可以實現(xiàn)高特異性識別和高親和性的結(jié)合靶物質(zhì)。由于適配體的靶物質(zhì)可以為生物分子、化學(xué)分子及細(xì)胞,且探針具有分子量小、無免疫原性、修飾簡單等優(yōu)點[9][10],故自從發(fā)現(xiàn)以來,涌現(xiàn)出大量針對不同靶物質(zhì)的適配體研究,搭載在不同的材料上制成各種生物傳感器,廣泛應(yīng)用于藥物生產(chǎn)、醫(yī)學(xué)檢測、活體成像等領(lǐng)域[11]。

        適配體通常含有15-40個堿基,分子量為5-25kD。與抗體等傳統(tǒng)免疫檢測原件相比,適配體具有以下幾個特點:

        (1)測環(huán)境要求不高、易做各種修飾:適配體為一類核酸物質(zhì),片段小,性質(zhì)穩(wěn)定,因此能夠耐高溫、耐酸堿環(huán)境,且由于其片段小,易于保存,不易降解,同時可以在序列末端進(jìn)行巰基、生物素或其他生物基團(tuán)的標(biāo)記,用以搭建各種生物傳感器。

        (2)和性高、特異性強:由于適配體是單鏈的寡核苷酸DNA或RNA,可以形成各種空間構(gòu)象(如發(fā)卡結(jié)構(gòu)、口袋結(jié)構(gòu)、G-四聚體等),通過氫鍵、范德華力等作用與相應(yīng)的靶物質(zhì)形成穩(wěn)定的復(fù)合物[12],這一類復(fù)合物的穩(wěn)定契合可以使解離常數(shù)達(dá)到nmol甚至pmol水平,因此具有高結(jié)合能力。

        (3)選周期短:傳統(tǒng)免疫學(xué)檢測進(jìn)行抗體篩選,需要經(jīng)過一系列體外篩選及動物實驗,實驗周期長。但適配體篩選過程不需要進(jìn)行動物實驗,經(jīng)由最常見的適配體篩選技術(shù)──指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),經(jīng)過8-15輪的篩選后,即可得到與靶物質(zhì)親和度高、特異性強的適配體,整個周期可控制在1-2個月。

        (4)用范圍廣:適配體是一段包含15-40個堿基的隨機(jī)序列,用于進(jìn)行適配體篩選的文庫容量巨大,因此靶物質(zhì)的范圍極廣,包括生物小分子、蛋白質(zhì)、細(xì)胞甚至完整細(xì)胞[13-16]。隨著研究者們的不斷深入和廣泛研究,僅以食品檢測為例,適配體現(xiàn)已在農(nóng)獸藥殘留[17-21]、重金屬[22-24]及食源性致病菌[25][26]等檢測中取得一定成績。

        2 核酸適配體的應(yīng)用

        近年來,隨著對適配體研究的不斷深入,適配體已經(jīng)廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、生物傳感、治療、微生物檢測、細(xì)胞成像分析等相關(guān)領(lǐng)域中[27]。

        2.1 基礎(chǔ)研究領(lǐng)域

        一般的,適配體用于進(jìn)行生命進(jìn)化方面的研究。應(yīng)用SELEX技術(shù)可以方便快捷的進(jìn)行核酸方面的研究。如利用SELEX篩選核酶的特異性寡核苷酸適配體及其剪切位點,用于進(jìn)行生物傳感材料的集成[28]。通過適配體的生物素標(biāo)記、熒光素標(biāo)記等化學(xué)修飾,再與蛋白質(zhì)結(jié)合,也可用于蛋白質(zhì)的細(xì)胞定位以及分離純化等基礎(chǔ)研究。

        2.2 分析檢測領(lǐng)域

        與抗體相比,適配體作為生物傳感器具有可重復(fù)利用性的優(yōu)勢,因此近年來基于適配體的生物分析模式迅猛發(fā)展。一般根據(jù)信號收集方式不同,可將適配體生物傳感器分為電化學(xué)傳感器、光學(xué)傳感器和質(zhì)量敏感傳感器。如Li等人利用適配體修飾金電極表面,從而建立利用電化學(xué)信號檢測凝血酶的方法,其檢測限可達(dá)到1pmol/L[29];Song KM等人將適配體吸附于納米金表面,當(dāng)適配體與目標(biāo)物質(zhì)結(jié)合后,會從納米金表面脫離,引起納米金在鹽溶液中的聚集,溶液可由紅色變?yōu)樗{(lán)色,從而實現(xiàn)肉眼識別檢測卡那霉素,檢測限可達(dá)25nmol/L[30]。

        2.3 食品安全檢測領(lǐng)域

        食源性致病病菌的檢測是食品安全檢測中占比非常高的一部分,傳統(tǒng)食源性致病菌的檢測存在耗時長、技術(shù)要求高、前期研發(fā)或檢測成本等弊端,適配體的發(fā)現(xiàn)彌補了這些常規(guī)技術(shù)的不足。一般進(jìn)行食源性致病菌的靶物質(zhì)篩選分為全細(xì)胞、表面組分以及毒素。已有較多研究對于大腸桿菌[31][32]、沙門氏菌[33-35]、金黃色葡萄球菌[36]、單增李斯特菌[37]等進(jìn)行了適配體序列的篩選。同時,也有相關(guān)報道進(jìn)行生物毒素的檢測,如Cruz-Aguado&Penner首次篩選赭曲霉毒素A(OTA)特異性適配體,并建立OTA適配體為識別模式的熒光偏振檢測技術(shù)[38]。

        2.3.1 基于適配體的光學(xué)傳感器

        熒光適配體生物傳感器利用熒光基團(tuán)標(biāo)記核酸適配體,當(dāng)目標(biāo)菌與適配體結(jié)合,產(chǎn)生熒光偏振或熒光強度的改變,進(jìn)行食源性致病菌的檢測[39][40];或?qū)晒饣鶊F(tuán)或淬滅基團(tuán)標(biāo)記在適配體兩端,當(dāng)目標(biāo)均與適配體結(jié)合后,會引起適配體構(gòu)象發(fā)生改變,引起熒光信號差異[41]。當(dāng)探針加入納米材料氧化石墨烯后,熒光探針由于吸附在氧化石墨烯上而導(dǎo)致熒光淬滅。當(dāng)目標(biāo)菌出現(xiàn)時,適配體與靶物質(zhì)結(jié)合,使熒光信號重新激發(fā),通過對熒光信號的強弱進(jìn)行測定,可實現(xiàn)鼠傷寒沙門氏菌的定量檢測,其檢出限為102CFU/ml。利用熒光適配體生物傳感器在沙門氏菌O8[42]、單增李斯特菌[43]、金黃色葡萄球菌[44]等均已有很好應(yīng)用。

        2.3.2 基于適配體的電化學(xué)傳感器

        電化學(xué)技術(shù)操作簡便、靈敏度高、成本低廉[45]。將適配體與電化學(xué)活性傳感原件固定于電極上,當(dāng)加入靶物質(zhì)時,適配體與靶物質(zhì)結(jié)合會導(dǎo)致電極表面修飾物結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,通過檢測電化學(xué)信號或電流變化,即可實現(xiàn)目標(biāo)菌的定性和定量檢測。目前,通過電化學(xué)傳感器檢測大腸桿菌O111[46]、大腸桿菌O55:B5[47]、葡萄球菌腸毒素B[48]等食源性致病菌或腸毒素已獲得成功。

        2.3.3 基于適配體的壓電晶體傳感器

        壓電晶體是一種非中心對稱晶體,在機(jī)械力夏可發(fā)生形變,帶電質(zhì)點發(fā)生相對位移,使晶體表面出現(xiàn)正、負(fù)束縛電荷,兩側(cè)的電勢差就可作為檢測信號。Ozalp等將能識別沙門氏菌的適配體修飾石英晶體微天平(QCM)傳感器上,當(dāng)出現(xiàn)目標(biāo)菌時,兩者結(jié)合會導(dǎo)致QCM傳感器發(fā)生形變,引起電勢差,檢出限為100CFU/ml[49]。

        3 結(jié)語與展望

        核酸適配體具有特異性強、穩(wěn)定性好、靈敏度高、親和力強、易于修飾等特點,能夠識別多種目標(biāo)物,與納米金、熒光、電化學(xué)、流式、表面增強拉曼等技術(shù)相結(jié)合,可進(jìn)一步提高檢測的靈敏度,降低檢測成本,縮短檢測時間,因此在食源性致病菌檢測中得到廣泛應(yīng)用。然而,適配體技術(shù)在食源性致病菌檢測相關(guān)技術(shù)依然存在適配體篩選效率低,高通量與多重同時檢測關(guān)鍵技術(shù)欠缺,相關(guān)儀器設(shè)備體型龐大、價格昂貴等瓶頸,難以滿足現(xiàn)場快速檢測需求。在未來的技術(shù)發(fā)展中,對于核酸適配體的篩選可以考慮基于石墨烯技術(shù)、細(xì)胞芯片技術(shù)或高保真適配體篩選技術(shù),從而提高適配體的篩選效率;同時在檢驗檢測領(lǐng)域,核酸適配體可與環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增技術(shù)、重組酶介導(dǎo)等溫擴(kuò)增技術(shù)等相結(jié)合,降低檢測食源性致病菌的檢出限。

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