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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接探討“黃芪-黃連”藥對(duì)治療兒童肥胖癥的作用機(jī)制

        2022-03-08 00:36:14張桂菊閆文月吳正雪
        食品與藥品 2022年1期
        關(guān)鍵詞:肥胖癥黃連靶點(diǎn)

        劉 維,張桂菊,閆文月,吳正雪

        (1.山東中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院,山東 濟(jì)南 250355;2.山東中醫(yī)藥大學(xué)第一臨床醫(yī)學(xué)院,山東 濟(jì)南 250011)

        肥胖癥是熱量攝入長期超過消耗,體內(nèi)未消耗的熱量以脂肪的形式儲(chǔ)存起來,導(dǎo)致身體脂肪重量超標(biāo)的代謝性疾病。隨著社會(huì)發(fā)展和生活方式改變,肥胖和超重的人群逐年增多。《中國居民營養(yǎng)與慢性病狀況報(bào)告(2020年)》顯示,我國城鄉(xiāng)居民超重肥胖率持續(xù)上升,6~17歲、6歲以下兒童青少年超重肥胖率分別高達(dá)19 %和10.4 %[1]。有研究表明[2],全球近10 %兒童有肥胖癥的困擾。受家庭結(jié)構(gòu)變化的影響[3],國內(nèi)肥胖和超重兒童正逐年增加,如不進(jìn)行干預(yù),兒童肥胖大概率會(huì)持續(xù)到成年,進(jìn)一步誘發(fā)高血壓、糖尿病、高脂血癥、胰島素抵抗、心功能受損、非酒精性脂肪肝等疾病[4]。研究表明,肥胖癥的產(chǎn)生與全身慢性炎癥反應(yīng)[5]、糖耐量異常[6]、腸道菌群[7]、脂肪細(xì)胞的增生與肥大[8]等因素相關(guān)。

        中國傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)《黃帝內(nèi)經(jīng)》對(duì)肥胖進(jìn)行了論述,“人有肥、有膏、有肉”,“肥貴人則膏梁之疾也”。成人肥胖癥的中醫(yī)分型為:(1)胃腑熱盛,(2)脾虛痰濕,(3)脾腎兩虛[9]。通過前期研究[10-12],我們發(fā)現(xiàn)兒童肥胖與成人病因病機(jī)有相似性,又與成人有所不同,不可簡(jiǎn)單將其視為成人的“縮影”。小兒脾土本不足,加之當(dāng)下長期高糖高脂飲食的飲食結(jié)構(gòu),肥甘厚味傷脾,脾主運(yùn)化功能失常,痰濁膏脂內(nèi)生,內(nèi)蘊(yùn)易化熱。兒童肥胖以胃熱濕阻、脾虛濕盛證型最為常見,脾腎兩虛證所占比例相對(duì)較少。

        黃芪是豆科植物蒙古黃芪和膜莢黃芪的干燥根部,性溫味甘,入肺、脾兩經(jīng),可益氣升陽固表、利水行滯通痹;黃連是毛茛科植物黃連的干燥根莖,性寒味苦,入心、脾、胃、肝、膽、大腸經(jīng),可清熱燥濕、瀉火解毒[13]。黃芪與黃連配伍,二者溫寒相宜,補(bǔ)瀉兼施,既能益氣健脾,又能燥濕化痰,與肥胖癥虛實(shí)夾雜的病機(jī)高度契合。本文應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接相關(guān)技術(shù)探討“黃芪-黃連”藥對(duì)治療兒童肥胖癥,以期為臨床廣泛使用提供依據(jù)。

        1 資料與方法

        1.1 “黃芪-黃連”活性成分與靶點(diǎn)預(yù)測(cè)

        以“黃芪”“黃連”作為關(guān)鍵詞在“中國中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)”(http://tcmspw.com/tcmsp.php,TCMSP)進(jìn)行搜索,在“Ingredients”界面以口服利用度(oral bioavailability,OB值)≥30 %,類藥性(drug-like,DL值)≥0.18[14],進(jìn)行ADME(藥代動(dòng)力學(xué)和藥理學(xué))屬性篩選,篩選出黃芪和黃連的主要活性成分;之后在TCMSP網(wǎng)站的“Related Targets”面篩選出黃芪和黃連的預(yù)測(cè)靶點(diǎn)。篩選結(jié)束后,通過Uniprot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫最新版(https://www.uniprot.org)對(duì)預(yù)測(cè)靶點(diǎn)進(jìn)行對(duì)照規(guī)范,去除非人源基因后,將蛋白質(zhì)靶點(diǎn)對(duì)照為標(biāo)準(zhǔn)基因名稱。

        1.2 預(yù)測(cè)兒童肥胖癥相關(guān)基因靶點(diǎn)

        通過人類基因數(shù)據(jù)庫(Gene Cards,https://www.genecards.org)和人類孟德爾遺傳基因數(shù)據(jù)庫(OMIM,https://omim.org),以“childhood obesity”作為關(guān)鍵詞進(jìn)行搜索,刪除重復(fù)值后,篩選出兒童肥胖癥(childhood obedity)的基因靶點(diǎn)。

        1.3 藥物與疾病共同靶點(diǎn)篩選及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        通過R語言編程,篩選出“黃芪-黃連”藥對(duì)與兒童肥胖癥的共同靶點(diǎn);將共同靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING平臺(tái)[15](https://string-db.org),限定種屬為人類(Homosapiens),構(gòu)建出蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI)。

        1.4 構(gòu)建藥物-化合物-作用靶點(diǎn)-疾病作用網(wǎng)絡(luò)圖

        利用Cytoscape3.7.0軟件(http://www.cytoscape.org),對(duì)篩選出的“黃芪-黃連”藥對(duì)中的藥物、化合物、靶點(diǎn)以及疾病之間的相互關(guān)系構(gòu)建可視化互作網(wǎng)絡(luò)圖。其中藥物、化合物、靶點(diǎn)及疾病用“Node”表示,各節(jié)點(diǎn)之間的聯(lián)系用“Edge”表示。

        1.5 GO基因生物過程與KEGG通路富集分析

        對(duì)核心靶點(diǎn)基因進(jìn)行GO基因生物過程富集(gene ontology)[16]、KEGG信號(hào)通路富集(kyoto encyclopedia of genes and genomes)[17]分析,此過程使用Bioconductor生物信息軟件包(http://www.bioconductor.org)處理。并對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化處理。

        1.6 藥物有效成分和疾病核心靶點(diǎn)分子對(duì)接驗(yàn)證

        從TCMSP數(shù)據(jù)庫下載“黃芪-黃連”藥對(duì)中主要活性物質(zhì)的3D結(jié)構(gòu),以“.mol2”格式保存。PDB數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org)下載核心靶點(diǎn)蛋白的3D結(jié)構(gòu),以PDB格式保存。利用PyMol軟件去除核心靶點(diǎn)蛋白的水分子及小分子配體,AutoDock軟件對(duì)其加氫,加電荷,對(duì)受體和配體進(jìn)行分子對(duì)接,通過結(jié)合能的數(shù)值評(píng)價(jià)其結(jié)合活性。

        2 結(jié)果

        2.1 “黃芪-黃連”活性成分與靶點(diǎn)結(jié)果

        在TCMSP數(shù)據(jù)庫以O(shè)B≥30 %,DL≥0.18為篩選條件進(jìn)行篩選,檢索到“黃芪-黃連”活性成分67個(gè)(見表1)。通過TCMSP查詢,得到“黃芪-黃連”藥對(duì)的作用靶點(diǎn)共364個(gè)。將得到的主要活性成分利用Uniprot數(shù)據(jù)庫進(jìn)行篩選,找到各自對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化的基因名,刪除無效和重復(fù)靶點(diǎn)后,得到作用靶點(diǎn)109個(gè)。

        2.2 兒童肥胖癥的疾病靶點(diǎn)

        通過OMIM 和Gene Cards分別獲取兒童肥胖癥靶點(diǎn)112個(gè)、 6541個(gè),整理后共得到6600個(gè)兒童糖尿病靶點(diǎn)。

        2.3 “黃芪-黃連”藥對(duì)治療兒童肥胖癥共同靶點(diǎn)篩選及互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        將藥對(duì)主要成分靶點(diǎn)和兒童肥胖癥靶點(diǎn)進(jìn)行類比分析,共得到藥物與疾病共同作用靶點(diǎn)95個(gè)(見表2)。

        利用PPI網(wǎng)絡(luò)對(duì)共同作用靶點(diǎn)進(jìn)行分析,得到85個(gè)節(jié)點(diǎn)和350條邊,對(duì)其中蛋白質(zhì)互作頻次最高的30個(gè)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)并繪制圖形(見圖1)。

        圖1 蛋白頻次條形圖

        由圖1可見,“黃芪-黃連”藥對(duì)的中藥成分與絲裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)、表皮生長因子受體(EGFR)、白細(xì)胞介素-6(IL6)有較高的生物結(jié)合活性,可作為其治療兒童肥胖癥的潛在靶點(diǎn)。

        2.4 藥物-化合物-作用靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)

        通過cytoscape3.7.0軟件構(gòu)建藥物-化合物-作用靶點(diǎn)-疾病調(diào)控網(wǎng)絡(luò),共得到135個(gè)節(jié)點(diǎn)(藥對(duì)1個(gè),疾病1個(gè),核心活性成分38個(gè),靶點(diǎn)95個(gè))和415條線(見圖2)。

        圖2 藥物-化合物-作用靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)圖

        通過“NetworkAnalyzer”工具進(jìn)行“度值(degree)”分析,選取度值前5的有效成分作為主要活性成分為:quercetin(槲皮素,drgree:73)、kaempferol(山柰酚,drgree:31)、isorhamnetin(異鼠李素,drgree:15)、7-O-methylisomucronulatol(黃芪異黃烷苷,drgree:15)、formononetin(刺芒柄花素,drgree:11)。

        2.5 GO基因生物過程富集分析和KEGG信號(hào)通路富集分析

        使用GO基因生物過程富集分析,得到106條生物過程, P值從小到大排列,取前20條生物過程可視化(見圖3)。

        圖3 GO功能富集分析圖

        由圖3可見,protein heterodimerization activity(蛋白質(zhì)異二聚活性)、DNA-binding transcription activator activity,RNA polymerase II-specific(DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活劑活性,RNA聚合酶II特異性)、proximal promoter sequence-specific DNA binding(近端啟動(dòng)子序列特異性DNA結(jié)合)、RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding(RNA聚合酶II近端啟動(dòng)子序列特異性DNA結(jié)合)、chromatin binding(染色質(zhì)結(jié)合)、ubiquitin-like protein ligase binding(泛素樣蛋白連接酶結(jié)合)等生物過程中靶點(diǎn)較為集中。

        通過KEGG富集分析,一共得到信號(hào)通路119條,取P值最小的25條信號(hào)通路可視化(見圖4)。

        由圖4可見,PI3K/Akt signaling pathway(PI3K/Akt信號(hào)通路)、Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection(卡波西肉瘤相關(guān)皰疹病毒感染)、human cytomegalovirus infection(人巨細(xì)胞病毒感染)、MAPK signaling pathway(MAPK信號(hào)通路)等是靶基因主要集中的信號(hào)通路。

        圖4 KEGG通路分析

        2.6 藥對(duì)主要活性成分和核心蛋白靶點(diǎn)的分子對(duì)接

        通過AutoDock1.5.6軟件對(duì)藥對(duì)主要活性成分核心蛋白靶點(diǎn)分別進(jìn)行對(duì)接,對(duì)接結(jié)合能見表3。

        表3 藥對(duì)主要活性成分和核心蛋白靶點(diǎn)對(duì)接

        其中isorhamnetin(異鼠李素)、formononetin(刺芒柄花素)同絲裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)的結(jié)合能<-5 kcal/mol。表明異鼠李素(isorhamnetin)和刺芒柄花素(formononetin)與MAPK8具有較好的結(jié)合活性[18]。其對(duì)接圖見圖5。

        圖5 有效成分分子對(duì)接圖

        3 討論

        本文利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接,構(gòu)建了藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)、有效成分分子對(duì)接圖,對(duì)“黃芪-黃連”藥對(duì)治療兒童肥胖的作用機(jī)制進(jìn)行了預(yù)測(cè)。在篩選出的67個(gè)活性成分中,quercetin(槲皮素)、kaempferol(山柰酚)、isorhamnetin(異鼠李素)、7-O-methylisomucronulatol(黃芪異黃烷苷)、formononetin(刺芒柄花素)、hydroxytyrosol(羥基酪醇)、Calycosin(毛蕊異黃酮)等化合物在藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮重要作用。槲皮素可促進(jìn)巨噬細(xì)胞的吞噬功能,影響細(xì)胞因子和炎癥介質(zhì)的分泌,發(fā)揮抗炎作用[19]。山柰酚通過抑制IKKβ的活化和IκBα的磷酸化來阻止NF-κB(p65)進(jìn)入細(xì)胞核內(nèi),使相關(guān)炎癥介質(zhì)的釋放受影響,抑制肥大細(xì)胞炎癥反應(yīng);山柰酚還使骨骼肌PI3K/Akt-GLUT信號(hào)通路閾值增高,改善兒童肥胖癥的主要并發(fā)癥胰島素抵抗,起到降低血糖的作用[20-22]。異鼠李素可通過激活PI3K/Akt信號(hào)通路影響葡萄糖代謝,進(jìn)而改善肥胖[23]。刺芒柄花素可通過調(diào)節(jié)血脂代謝,減少脂肪沉積[24-25]。羥基酪醇可減少氧化應(yīng)激反應(yīng)和抑制NF-κB的機(jī)制調(diào)節(jié)脂肪細(xì)胞基因表達(dá)譜,進(jìn)而減少巨噬細(xì)胞聚集并改善兒童肥胖癥炎癥[26]。毛蕊異黃酮可通過adiponectin-AMPK-eNO途徑影響周圍血管周圍脂肪組織功能[27]。作為藥物的潛在作用成分,如hederagenin(常春藤苷)、berlambine(氧化小檗堿)等,可作為未來藥理學(xué)作用研究的方向。

        本次共篩選出95個(gè)共同作用靶點(diǎn),其中有絲裂原激活蛋白激酶-8(MAPK-8)、表皮生長因子受體(EGFR)、雌激素受體(ESR-1)、血管內(nèi)皮生長因子(VEGFA)、白細(xì)胞介素-6(IL-6)等為關(guān)鍵靶點(diǎn)。研究表明MAPK-8對(duì)關(guān)鍵靶點(diǎn)為表皮生長因子受體(EGFR)、有絲裂原激活蛋白激酶-8(MAPK-8)、雌激素受體(ESR-1)細(xì)胞的增殖、分化、凋亡等過程有影響,進(jìn)而抑制脂肪細(xì)胞分化[28]。EGFR則可以影響細(xì)胞的生長、增殖和分化等生理過程[29]。Khristi等[30]發(fā)現(xiàn)缺失ESR-1的小鼠更易肥胖。IL-6作為炎癥反應(yīng)的主要介質(zhì),與內(nèi)分泌也有密切關(guān)系。Margareta等[31]發(fā)現(xiàn)人肥大細(xì)胞功能異??僧a(chǎn)生IL-6。有研究表明[32-34]促進(jìn)新的血管生成有利于健康的脂肪組織擴(kuò)張,并減少脂肪組織炎癥。PDGF/VEGF生長因子家族在血管生成和內(nèi)皮細(xì)胞生長中發(fā)揮著重要作用,可通過ERK、PI3K/Akt通路誘導(dǎo)內(nèi)皮細(xì)胞增殖、促進(jìn)細(xì)胞遷移、抑制凋亡等[35-36]。統(tǒng)上,“黃芪-黃連”藥對(duì)可能通過抑制炎癥反應(yīng)、抵抗細(xì)胞凋亡、促進(jìn)細(xì)胞增殖、血管生成等主要途徑發(fā)揮作用。

        通過GO富集篩選出的“黃芪-黃連”藥對(duì)的106生物過程主要以蛋白質(zhì)異二聚活性、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活劑活性,RNA聚合酶II特異性、近端啟動(dòng)子序列特異性DNA結(jié)合、RNA聚合酶II近端啟動(dòng)子序列特異性DNA結(jié)合、染色質(zhì)結(jié)合、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合等為主。通過KEGG富集篩選出的119條信號(hào)通路中的靶點(diǎn)富集的前幾條通路中,基因數(shù)目主要集中在PI3K/Akt signaling pathway、hepatitis B、Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection、human cytomegalovirus infection、MAPK signaling pathway等信號(hào)通路。PI3K/Akt通路與代謝關(guān)系密切[37-38],其廣泛參與和調(diào)節(jié)合成糖原、脂肪、蛋白質(zhì),細(xì)胞的存活、增殖和代謝的過程[36]。“黃芪-黃連”藥對(duì)的有效成分可通過直接作用于PI3K/Akt通路或通過雌激素受體等靶點(diǎn)激活A(yù)MPK和mTORC2,進(jìn)而激活PI3K/Akt通路調(diào)節(jié)葡萄糖和脂質(zhì)的代謝[39-41],改善兒童肥胖。

        分子對(duì)接顯示,藥對(duì)的主要活性成分同細(xì)胞有絲分裂、抑制炎癥有較好的結(jié)合活性,表明“黃芪-黃連”藥對(duì)通過影響細(xì)胞有絲分裂和抑制炎癥反應(yīng)影響兒童肥胖癥的發(fā)展。

        本文利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接的技術(shù)方法,對(duì)“黃芪-黃連”藥對(duì)治療兒童肥胖癥的可能作用機(jī)制進(jìn)行了闡述,對(duì)其潛在的作用成分、作用靶點(diǎn)、關(guān)鍵生物學(xué)過程、關(guān)鍵通路和可能的分子成分進(jìn)行了論述,為今后中醫(yī)藥治療兒童肥胖癥的研究提供思路。

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