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        東北虎源貓免疫缺陷病毒pol基因遺傳進化分析

        2022-02-12 02:11:52劉恩琪馬麗瑩黃舒萍郭立君徐海濤王亞君
        動物醫(yī)學進展 2022年1期
        關鍵詞:東北虎核苷酸毒株

        劉恩琪,馬麗瑩,黃舒萍,尤 丹,郭立君,劉 丹,徐海濤,郜 旭,王亞君*

        (1.東北林業(yè)大學野生動物與自然保護地學院,黑龍江哈爾濱 150040;2.黑龍江東北虎林園,黑龍江哈爾濱 150028;3.黑龍江邊防檢查總站哈爾濱警犬訓練基地,黑龍江肇東 151121)

        貓獲得性免疫缺陷綜合征(Feline acquired immu-nodeficiency syndrome,FAIDS)是由貓免疫缺陷病毒(Feline immunodeficiency virus,FIV)感染引起的主要侵害貓科動物免疫系統,進而導致其他細菌、病毒的繼發(fā)感染,最終造成動物死亡的一種慢性接觸性傳染病。由于它在基因組、生化特性、致病機制等方面均與人類免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)相似,故也稱為貓艾滋病,臨床常把FIV作為HIV研究的動物模型[1-2]。FIV廣泛分布于全世界,自然情況下可感染20多種貓科動物[3-6],基因組全長約為9 500 bp,包括3個主要的開放閱讀框gag、pol和env,通過env基因的V3-V5高變區(qū)可將FIV分為7種亞型(A、B、C、D、E、F和U-NZenv);此外,研究表明gag基因也能證實亞型A-E[7-8]。

        東北虎是世界上體型最大的貓科動物之一,由于數量稀少已被國際自然保護聯盟確認定為瀕危物種[9]。目前,國內關于FIV的研究十分有限,東北虎因為樣本采集難度大,全球可獲取到的虎源FIV序列也僅有1個450 bp的gag基因片段和1個505 bp的pol基因片段[4]。通過本研究,不但可以為東北虎FIV監(jiān)測提供技術支持,還可以豐富貓科動物FIV流行病學數據庫,為野生貓科動物FIV進一步研究提供理論依據。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 樣本來源與儲存 黑龍江省海林市橫道河子東北虎林園東北虎全血50份,置于-80 ℃儲存。

        1.1.2 主要試劑 Baypure通用型磁珠法病毒DNA/RNA快速提取試劑盒,廣州灣區(qū)生物科技有限公司產品;1.1×T3 Super PCR Mix,北京擎科新業(yè)生物技術有限公司產品;RNase抑制劑、DNA標準DL 2 000,寶日醫(yī)生物技術(北京)有限公司產品;M-MLV逆轉錄酶,Promega公司產品;DEPC水、瓊脂糖、TAE(50×)溶液、核酸染料GoldView,Biosharp公司產品。

        1.1.3 儀器設備 微量移液器,Eppendorf公司產品;生物安全柜,上海力辰邦西儀器科技有限公司產品;BBEX-32核酸提取儀,廣州灣區(qū)生物科技有限公司產品;MK-20干式恒溫器,杭州奧盛儀器有限公司產品;SEDI熱循環(huán)儀、GES水平電泳槽、ELITE 300 Plus電泳儀電源,Wealtec公司產品;ZF-4型紫外透射儀,上海光豪分析儀器有限公司產品。

        1.2 方法

        1.2.1 核酸的提取與反轉錄 按照Baypure通用型磁珠法病毒DNA/RNA快速提取試劑盒的說明書從全血中提取病毒核酸。將4 μL隨機引物加入含有核酸的無RNA酶的EP管內,并置于干式恒溫器70 ℃培養(yǎng)5 min,再放入-20 ℃冰浴5 min。之后向EP管加入10 μL M-MLV 5×buffer、8 μL dnTP、 6 μL DEPC水、1 μL M-MLV逆轉錄酶和RNase抑制劑,于37 ℃培養(yǎng)1 h后繼續(xù)-20 ℃冰浴5 min,并置于-20 ℃儲存。

        1.2.2 套式PCR 根據參考文獻[3],選擇pol基因的P3F- P5R和P4F-P4R引物進行套式PCR,引物由北京擎科新業(yè)生物技術有限公司合成。PCR反應體系為:1.1×T3 Super PCR Mix 22 μL,cDNA 1 μL,上游引物(P3F/P4F)和下游引物(P5R/ P4R)各1 μL,總體積為25 μL。擴增程序如下:98 ℃預變性2 min;98 ℃ 10 s,57 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,共35個循環(huán);最后72 ℃延伸5 min。PCR產物凝膠電泳并測序。

        1.2.3pol基因片段序列分析 將所測序列與同源序列對比分析,選取同源性最高的前15個毒株的序列作為對應病毒基因的參考序列(表1);并運用DNA Star 11軟件的MegAlign程序對所測序列進行同源性及氨基酸突變位點分析;再利用MEGA-X軟件構建進化樹。

        表1 FIV pol基因參考毒株

        續(xù)表1

        2 結果

        2.1 擴增與測序結果

        通過套式PCR技術,從50只東北虎的全血檢測出1株FIV 陽性(命名為HD631),擴增出的pol基因片段大小與預期相符,表明該樣本為FIV陽性,電泳結果見圖1。

        M.DNA 標準DL 2 000;1.PCR產物

        2.2 同源性分析

        HD631毒株與參考毒株pol基因的核苷酸、氨基酸同源性分別為70.0%~99.8%和75.0%~99.4%;且與CHN17毒株的核苷酸、氨基酸同源性最高(圖2)。其中,2株C亞型貓源FIV毒株與獅源FIV毒株核苷酸同源性較A亞型貓源FIV毒株、HD631毒株高,而氨基酸同源性結果相反。

        圖2 FIV pol基因核苷酸序列同源性分析

        2.3 氨基酸突變位點分析

        經剪切對齊后,HD631毒株和參考毒株的pol基因部分核苷酸序列長為504 bp,編碼168個氨基酸;其中Ple-915毒株缺失1個堿基(第191位)。由表2可知,HD631毒株與參考毒株共存在39個氨基酸突變位點,可大致分為3類,確定的氨基酸突變情況(3個)、不確定的氨基酸突變情況(32個)及氨基酸存在多態(tài)性(4個);其中,第2種情況是指不能確定該氨基酸突變的物種來源。

        表2 FIV pol基因編碼氨基酸突變位點分析

        2.4 遺傳進化分析

        由圖3可知,FIVpol基因部分核苷酸序列與國內外參考序列對比分析,系統進化樹分為兩個大分支。就物種而言,HD631毒株與貓源FIV毒株處于同一分支,而與獅源FIV毒株處于另一分支。就亞型而言,HD631毒株與以A亞型毒株親緣關系最近,與C亞型毒株親緣關系稍遠,與B亞型毒株親緣關系最遠。

        ●代表本研究鑒定的FIV毒株

        3 討論

        研究結果顯示,HD631毒株也與CHN17毒株具有最高的核苷酸、氨基酸同源性,分別為99.8%和99.4%;且系統發(fā)育樹顯示該毒株與貓源FIV毒株親緣關系較近,其與A亞型同源性在93%以上、與C亞型同源性在81%以上,而與獅源FIV毒株親緣關系較遠,同源性為70.2%~73.0%。由于該毒株匹配到了兩個物種的同源序列,因此其氨基酸突變位點多達39個;其中Ple-915毒株缺失第191位堿基,翻譯得到的氨基酸數較其他毒株少1個,但不影響結果的分析。就本結果而言,可以確定突變氨基酸的有3個位點,分別是第45、79、162位;氨基酸存在多態(tài)性的有4個位點,分別是第32、34、49、56位;剩下的32個位點不確定氨基酸突變來自貓源還是獅源。有趣的是,盡管C亞型貓源FIV毒株與獅源FIV毒株氨基酸同源性較A亞型貓源FIV毒株、HD631毒株低,但C亞型毒株在部分氨基酸突變中與獅源毒株保持一致。此外,在氨基酸突變位點的分析中也驗證了HD631毒株與CHN17毒株的高度一致性,兩者幾乎在所有突變位點中都為同一種氨基酸。由于這些結果是針對于不同物種分析的,且參考毒株數量有限,可能上述氨基酸在虎這個物種并不存在突變,這一推測還需要獲得更多不同地區(qū)不同樣本的該基因序列進行驗證。

        在眾多關于家貓的FIV研究中均以env基因的V3-V5高變區(qū)鑒定病毒亞型,但在大型貓科動物(如獅子、美洲獅等)中則以高度保守的pol基因進行分型,且pol基因的遺傳進化分析顯示出具有物種特異性[5,8,10]。因此,老虎FIV的亞型鑒定可能也是由pol基因決定的。上述結果顯示,HD631毒株的pol基因核苷酸、氨基酸序列與所有A亞型的貓源FIV毒株同源性分別高達94%、92%以上;而與兩株C亞型的貓源FIV毒株的同源性僅有70%~80%。因而推測HD631毒株可能為A亞型。鑒于本試驗的結果和家貓、流浪貓中慢病毒感染的高發(fā)病率,很有必要對我國圈養(yǎng)東北虎、動物園流浪貓及其他圈養(yǎng)貓科動物進行FIV檢測,以獲取足夠的數據,便于對FIV進一步研究。

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