趙 興 陳來(lái)華 趙云翔 郭宗義 王楚端 張嘉楠

（1石家莊博瑞迪生物技術(shù)有限公司，河北石家莊 050000；2中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)信息研究所，北京 100081；3佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院生命科學(xué)與工程學(xué)院，廣東佛山 528231；4重慶市畜牧科學(xué)院，重慶 408599；5中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院，北京 100193）

1 地方豬品種特點(diǎn)

1.1 地方豬種質(zhì)資源豐富，但品種數(shù)量有減少的趨勢(shì)

豬的品種資源豐富，全球大約有300多個(gè)豬品種。中國(guó)是養(yǎng)豬大國(guó)，豬種資源眾多，1979年國(guó)家畜禽品種資源調(diào)查會(huì)議曾報(bào)道，我國(guó)地方豬品種包括同種異名或同名異種的，有多達(dá)153個(gè)品種[1]。2004年出版的《中國(guó)畜禽遺傳資源狀況》統(tǒng)計(jì)，國(guó)內(nèi)已認(rèn)定的豬品種數(shù)量有99個(gè)，加上2004年以來(lái)審定的新品種和豬配套系9個(gè)，共計(jì)108個(gè)，99個(gè)豬品種中包括72個(gè)地方品種，19個(gè)培育品種和8個(gè)引入品種[2]。2012年統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示，國(guó)內(nèi)豬的品種有125個(gè)，包括88個(gè)地方品種[3]，約占世界豬品種總數(shù)的30%以上。當(dāng)前，國(guó)內(nèi)共有83個(gè)地方豬種，其中42個(gè)國(guó)家級(jí)保護(hù)品種，39個(gè)省級(jí)保護(hù)品種[4]。

1.2 地方豬品質(zhì)資源世界領(lǐng)先，國(guó)外爭(zhēng)相引進(jìn)

我國(guó)豬種的優(yōu)良品質(zhì)，很早就被國(guó)外養(yǎng)豬界看重。漢代時(shí)期海上交通發(fā)達(dá)，已經(jīng)與羅馬帝國(guó)有貿(mào)易來(lái)往，到隋朝和唐朝已經(jīng)建立了直接的通商通使關(guān)系。當(dāng)時(shí)，羅馬帝國(guó)的本地豬種肉質(zhì)差、成熟晚、生長(zhǎng)慢，而統(tǒng)治階層對(duì)豬肉的品質(zhì)要求較高，在通商貿(mào)易中，他們注意到了早熟且肥美的華南豬種，便大量引入，用于改良當(dāng)?shù)刎i，最終育成了羅馬豬。到18、19世紀(jì)，我國(guó)地方豬種經(jīng)羅馬帝國(guó)進(jìn)入英、美等國(guó)，對(duì)于改良英美等國(guó)的豬品種起了很大作用[5]。

巴克夏豬育成于英國(guó)，由我國(guó)華南豬、英國(guó)本地豬與羅馬豬等雜交后，經(jīng)長(zhǎng)期選育而成。同時(shí)英國(guó)還用中國(guó)白豬雜交育成了約克夏豬。約克夏豬中體型大者稱(chēng)大約克夏即大白豬。大白豬在丹麥的長(zhǎng)白豬育種中起到重要作用。華南豬被引入北美洲后，其后裔育成了波中豬和切斯特白豬。日本引入的我國(guó)地方豬種稱(chēng)為唐豚?？梢哉f(shuō)，中國(guó)優(yōu)秀的豬種基因影響了全球的豬種[6]。

國(guó)內(nèi)養(yǎng)豬育種歷來(lái)重視對(duì)繁殖性能的準(zhǔn)確選擇，方法上強(qiáng)調(diào)綜合、全面。自古以來(lái)，我國(guó)地方豬品種中繁殖性能超群者十分常見(jiàn)[6]；也形成了很多頗有地方特色的品種資源，如東北民豬比較抗寒、金華豬適合做腌制火腿，太湖豬（新版的中國(guó)畜禽遺傳資源志（豬志）已經(jīng)取消了太湖豬品種名稱(chēng)的說(shuō)法）產(chǎn)仔數(shù)多等[4]，它們的育成是中國(guó)傳統(tǒng)育種的佐證。嚴(yán)寒的冬季，萊蕪豬在避風(fēng)的墻角下，曬上3～4 h，可使皮膚溫度達(dá)30℃；均重70 kg的八眉豬可在-10℃～-15℃的地坑中露天過(guò)夜，且能無(wú)傷?。蝗R蕪豬可以在冰上睡覺(jué)[7]。1982年2月，江蘇江陰縣月城鎮(zhèn)種豬場(chǎng)一頭第八胎的二花臉母豬產(chǎn)仔42頭，活仔40頭（28♂，12♀），創(chuàng)造了最高的窩產(chǎn)仔數(shù)世界紀(jì)錄。1989年11月，浙江嘉善縣楓南鄉(xiāng)朝南村一農(nóng)戶(hù)飼養(yǎng)的一頭第六胎的嘉興黑母豬產(chǎn)下36頭仔豬，這頭母豬第一胎產(chǎn)仔18頭、二胎產(chǎn)仔26頭、三胎產(chǎn)仔32頭、四胎產(chǎn)仔28頭均成活[8]。

我國(guó)地方豬品種的高產(chǎn)性能受到國(guó)外的關(guān)注。法國(guó)農(nóng)業(yè)部提出用法國(guó)肉牛與中國(guó)交換太湖豬，1979年10月中國(guó)贈(zèng)送法國(guó)3頭梅山豬和3頭嘉興黑豬。1984年美國(guó)一次引進(jìn)太湖豬135頭。1986年開(kāi)始，日本先后引進(jìn)119頭梅山豬。法國(guó)引進(jìn)后，其國(guó)內(nèi)母豬的初產(chǎn)仔數(shù)達(dá)12.3頭（n＝26），經(jīng)產(chǎn)仔數(shù)達(dá)15.1頭（n＝66），而引種前法國(guó)大白豬相應(yīng)初產(chǎn)仔數(shù)和經(jīng)產(chǎn)仔數(shù)分別為9.6頭（n＝43）和10.4頭（n＝138）；日本引進(jìn)后經(jīng)過(guò)擴(kuò)繁，據(jù)5個(gè)場(chǎng)28窩數(shù)據(jù)顯示，初產(chǎn)仔數(shù)11.7頭，經(jīng)產(chǎn)仔數(shù)17.3頭[8]。

2 地方豬品種資源之憂

2.1 地方豬品種遺傳多樣性降低，產(chǎn)仔性能下降

與外來(lái)豬種相比國(guó)內(nèi)地方豬的生產(chǎn)性能處于劣勢(shì)，且生產(chǎn)性能出現(xiàn)一定退化。據(jù)《中國(guó)畜禽遺傳資源狀況》（2004）統(tǒng)計(jì)[9]，1986年以來(lái)全國(guó)有14個(gè)地方豬種相繼被確定為瀕危資源，有5個(gè)品種被確定為瀕臨滅絕資源[10,11]，深縣豬、項(xiàng)城豬、毫桿嘴型內(nèi)江豬、大普吉豬等4個(gè)類(lèi)群品種已滅絕。此外，地方豬還出現(xiàn)了品種內(nèi)血統(tǒng)減少，遺傳多樣性降低[12]。特別是20世紀(jì)80年代后期，大量外來(lái)種豬的引入，使得國(guó)內(nèi)地方豬種的群體數(shù)量大幅減少。近幾年的土地流轉(zhuǎn)、環(huán)保政策等，許多地方更是不允許養(yǎng)豬。同時(shí)，有些國(guó)內(nèi)保種豬場(chǎng)處于有母豬100余頭、公豬5～6個(gè)血統(tǒng)的小群體閉鎖狀態(tài)，血統(tǒng)越來(lái)越近，遺傳多樣性減少。

豬群的繁殖性能下降，如1989年調(diào)查時(shí)嘉興黑豬窩產(chǎn)仔數(shù)達(dá)15頭，而在2014年某場(chǎng)報(bào)道，窩產(chǎn)仔數(shù)只有12頭，25年時(shí)間產(chǎn)仔數(shù)下降3頭。據(jù)某二花臉豬保種場(chǎng)材料，該場(chǎng)有120頭母豬，2013年32窩平均產(chǎn)仔數(shù)14.15頭，與1980年相比下降了1.83頭；如果全群統(tǒng)計(jì)，產(chǎn)仔數(shù)更低。梅山豬的情況更甚，據(jù)某梅山豬保種場(chǎng)資料，320頭母豬保種群，2012—2014年窩平均產(chǎn)仔數(shù)12.3頭；與1979—1980年的調(diào)查資料比較，170窩梅山豬平均產(chǎn)仔14.79頭，32年產(chǎn)仔數(shù)減少了2.49頭。

2.2 種群數(shù)量大幅減少，遺傳性能堪憂

對(duì)此，國(guó)內(nèi)畜牧專(zhuān)家學(xué)者發(fā)出疑問(wèn)“再過(guò)50年，我國(guó)的地方豬種會(huì)變成另一個(gè)‘大熊貓’嗎”[13]。目前我國(guó)地方豬仍面臨遺傳資源危機(jī)[14,15]，不少?lài)?guó)家級(jí)和省級(jí)地方豬保護(hù)品種（含類(lèi)群）數(shù)量仍在下降，尤其是公豬頭數(shù)與血統(tǒng)數(shù)，有些甚至成為瀕危品種。近40年來(lái)，國(guó)內(nèi)早期歸并的地方豬品種在分布上已不再連片，相互間也不再有血統(tǒng)交流，處于相對(duì)閉鎖的獨(dú)立群體。20世紀(jì)80年代后，我國(guó)的地方豬種群體數(shù)量急劇減少。如分布于江蘇、上海等太湖流域的太湖豬，1980年統(tǒng)計(jì)產(chǎn)區(qū)共有60余萬(wàn)頭太湖種豬，而2006年調(diào)查，只有5萬(wàn)頭左右；分布于東北地區(qū)的民豬，1982年統(tǒng)計(jì)有2萬(wàn)頭母豬，2006年調(diào)查只有1 000余頭；分布于珠江三角洲的大花白豬，1979年統(tǒng)計(jì)約有44萬(wàn)頭母豬，2006年調(diào)查只有2萬(wàn)余頭；分布于西北地區(qū)的八眉豬，1981年統(tǒng)計(jì)有7萬(wàn)余頭，2006年調(diào)查只有1 700余頭；浙江的金華豬，1980年有6.7萬(wàn)頭母豬，2006年調(diào)查只有1萬(wàn)頭左右[16]。有的豬種或類(lèi)群甚至接近瀕危、沒(méi)有公豬或接近消亡。如河北的深州豬、甘肅的河西豬等；有的豬品種已找不到或未被發(fā)現(xiàn)，如福建的福州黑豬和平潭黑豬，遼、吉、黑三省的東北花豬等[17,18]。據(jù)記載，江蘇東海種豬場(chǎng)1961年存欄55頭淮北豬，1995年為30頭，2002年只剩下26頭[16]。2006年國(guó)內(nèi)啟動(dòng)了地方豬品種遺傳資源調(diào)查，調(diào)查有一些新的資源發(fā)現(xiàn)，但主要品種的數(shù)量下降很多，尤其是公豬數(shù)量太少。許多已不足以維持一個(gè)品種的正常繁衍。數(shù)量下降的同時(shí)，近20年沒(méi)有系統(tǒng)地選育和近交，疊加養(yǎng)殖方式、生態(tài)變化，生產(chǎn)性能沒(méi)有實(shí)質(zhì)性進(jìn)展，還出現(xiàn)了不同程度的退化[19]。

3 地方豬的保護(hù)和育種

畜禽種質(zhì)資源保護(hù)專(zhuān)項(xiàng)自1995年啟動(dòng)以來(lái)，成功搶救了五指山豬、荷包豬等瀕危豬種，保護(hù)了八眉豬、二花臉豬等一批地方豬品種。通過(guò)種業(yè)提升工程等項(xiàng)目，建成國(guó)家級(jí)地方豬遺傳資源保種場(chǎng)55個(gè)、保護(hù)區(qū)7個(gè)、基因庫(kù)1個(gè)，各地建成省級(jí)場(chǎng)區(qū)庫(kù)80余個(gè)。1999年以來(lái)，國(guó)家審定通過(guò)豬新品種配套系29個(gè)，其中有23個(gè)地方豬種參與培育[20]。截至2019年6月，國(guó)家級(jí)家畜基因庫(kù)已保存了地方豬血樣組織63個(gè)、地方豬精液和體細(xì)胞等遺傳材料14個(gè)，地方豬遺傳資源得到有效保護(hù)。

同時(shí)國(guó)家在政策上也為地方豬的發(fā)展做了規(guī)劃，2021年4月28日，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部發(fā)布《全國(guó)畜禽遺傳改良計(jì)劃（2021—2035年）》，在地方豬品種保護(hù)與利用方面的內(nèi)容包括：以地方豬遺傳資源為素材培育特色品種能充分滿(mǎn)足多元化市場(chǎng)消費(fèi)需求；對(duì)肉質(zhì)好、抗逆性強(qiáng)等特色優(yōu)勢(shì)明顯的地方品種通過(guò)本品種選育培育專(zhuān)門(mén)化新品系；遴選以地方品種或培育品種為核心群的國(guó)家生豬核心育種場(chǎng)20個(gè)；系統(tǒng)評(píng)價(jià)我國(guó)地方豬的種質(zhì)資源特性，發(fā)揮地方品種資源優(yōu)勢(shì)，提升品種創(chuàng)新能力和育種企業(yè)核心競(jìng)爭(zhēng)力；持續(xù)開(kāi)展優(yōu)勢(shì)明顯的地方豬品種選育，培育專(zhuān)門(mén)化新品系；建設(shè)覆蓋全部地方豬遺傳資源的DNA特征庫(kù)和表型庫(kù)，系統(tǒng)挖掘種質(zhì)性狀關(guān)鍵基因，利用地方豬遺傳資源創(chuàng)制育種新素材；不斷提高地方豬遺傳資源開(kāi)發(fā)利用水平，培育新品種及配套系10～15 個(gè)[21]。

目前，世界上畜禽品種資源的保護(hù)與利用存在2種傾向：一是發(fā)達(dá)國(guó)家（地區(qū)）傾向于集約化養(yǎng)殖少量經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高的品種或者相關(guān)品種的雜交種；二是發(fā)展中國(guó)家（地區(qū)）品種資源豐富，但保種不當(dāng)或盲目引種雜交導(dǎo)致原有品種的退化。這2種傾向都導(dǎo)致品種資源減少和遺產(chǎn)多樣性降低。具體到豬上，歐洲飼養(yǎng)杜長(zhǎng)大居多；北美除杜長(zhǎng)大之外，還有一些漢普夏豬。國(guó)內(nèi)種豬場(chǎng)絕大部分都以杜洛克、長(zhǎng)白、大白或杜長(zhǎng)大配套系為主，本土品種占比已不到10%。地方豬的保護(hù)一般有活畜保種和凍胚保種2種主要方式，凍精可以作為一個(gè)補(bǔ)充手段提高保種的效率。保種需要在品種資源調(diào)查的基礎(chǔ)上，通過(guò)充分論證，由國(guó)家或地方提出“重點(diǎn)保存”或“亟待保存”的品種目錄，提供財(cái)力、物力支持，制定保種規(guī)劃，建立品種資源場(chǎng)，分期、分批進(jìn)行地方品種保護(hù)工作。每個(gè)保種場(chǎng)制定保種方案時(shí)重點(diǎn)考慮保種有效群體大小、群體親緣關(guān)系、群體遺傳多樣性、近交系數(shù)、世代間隔、性別比例、系譜留種與交配原則、純繁與雜交等具體指標(biāo)和保種方法。此外，在保種基礎(chǔ)上對(duì)被保畜禽品種有效開(kāi)發(fā)、利用也是目前面臨的難題，部分有經(jīng)濟(jì)效益的品種，采用在“利用中保種”的方法是可行的；對(duì)于一些數(shù)量稀少，性狀有特色，但當(dāng)前經(jīng)濟(jì)效益不高的品種建立保種場(chǎng)進(jìn)行專(zhuān)門(mén)保護(hù)，或進(jìn)入資源保護(hù)庫(kù)保存是解決這種難題的一個(gè)途徑[22]。

4 種豬的育種方法不斷改進(jìn)

有效的育種理論、方法和基因檢測(cè)技術(shù)可以對(duì)豬保種、育種工作進(jìn)行科學(xué)地指導(dǎo)，也可以將中國(guó)地方豬品種資源發(fā)揚(yáng)光大，同時(shí)可以對(duì)豬保種、育種成果進(jìn)行較為全面的評(píng)價(jià)。豬的育種方法大致經(jīng)歷了生產(chǎn)經(jīng)驗(yàn)選擇階段、系譜數(shù)據(jù)直接選擇階段、表型性狀測(cè)定BLUP法、基因組選擇技術(shù)階段、確定效應(yīng)基因與常規(guī)選育結(jié)合的育種技術(shù)等階段等。

20世紀(jì)以前，國(guó)外種豬的選育主要通過(guò)體型外貌評(píng)判。從20世紀(jì)開(kāi)始，育種專(zhuān)家開(kāi)始運(yùn)用生產(chǎn)數(shù)據(jù)進(jìn)行選擇。20世紀(jì)50年代開(kāi)始通過(guò)生產(chǎn)性能和外貌數(shù)據(jù)，建立選擇指數(shù)。加拿大1985年率先使用BLUP法對(duì)豬進(jìn)行育種，使豬的背膘厚、達(dá)100 kg體重日齡等繁殖性能數(shù)據(jù)得到提升[23]。

基因選擇育種能夠?qū)Ρ硇碗y測(cè)定的性狀如抗病性狀或測(cè)定成本高的性狀如肉質(zhì)性狀、飼料轉(zhuǎn)化率、公豬繁殖性狀進(jìn)行選育。但豬的很多生產(chǎn)性狀屬于數(shù)量性狀，不同于質(zhì)量性狀，很難找到明確的基因[24]。2012年以后，在積累了多年常規(guī)BLUP遺傳評(píng)估數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上，結(jié)合高通量分子手段，應(yīng)用全基因組選擇技術(shù)，使選種的準(zhǔn)確率大幅提高。目前，Hypor、PIC、TOPIGS、NUCLUS、DanBred等公司均已應(yīng)用全基因組選擇技術(shù)。據(jù)美國(guó)、丹麥及聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織（FAO）等養(yǎng)豬發(fā)達(dá)國(guó)家和組織預(yù)測(cè)，未來(lái)將通過(guò)分子育種技術(shù)對(duì)全世界商品化生產(chǎn)的豬品種進(jìn)行選育[25]。

隨著全基因組測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，測(cè)序時(shí)間和測(cè)序費(fèi)用將不斷降低，基因組選擇技術(shù)越來(lái)越多地在國(guó)際國(guó)內(nèi)的豬育種公司中使用。基因組選擇將成為我國(guó)種豬企業(yè)選擇育種技術(shù)的中長(zhǎng)期發(fā)展趨勢(shì)[26]。

5 基因分型檢測(cè)技術(shù)與液相基因檢測(cè)芯片

5.1 基因組選擇技術(shù)的概況及特點(diǎn)

從低通量、且耗時(shí)的限制性片段多態(tài)標(biāo)記（RFIP）到如今高通量、高密度、短周期的單核苷酸多態(tài)性（SNP）標(biāo)記，基因分型檢測(cè)效率有了大幅提高?；蛐酒夹g(shù)在分子標(biāo)記輔助選擇和全基因組選擇育種研究中逐漸得到廣泛應(yīng)用，成為畜禽遺傳育種中的新手段和新熱點(diǎn)[27]。

目前市場(chǎng)上已成功開(kāi)發(fā)出多款商業(yè)化的豬基因檢測(cè)芯片，包括 Porcine SNP60（60K）、AxiomRPorcine Genotyping Array（658K）、Porcine LD（10K）、Genomic Profiler Porcine HD（80K）、GeneSeek Genomic Profilor HD（50K，GGP50K）、中芯一號(hào)、GenoBaitsaPorcine 50K Panel等，在豬的遺傳機(jī)制研究及育種工作中發(fā)揮了重要作用。

5.2 液相基因檢測(cè)芯片

靶向測(cè)序基因型分型（Genotyping by Targeted Sequencing,GBTS）技術(shù)也稱(chēng)液相芯片，是通過(guò)降低文庫(kù)豐度實(shí)現(xiàn)僅對(duì)目標(biāo)位點(diǎn)進(jìn)行深度重測(cè)序的技術(shù)[28]。該技術(shù)具有檢測(cè)效率高、成本低、適應(yīng)性廣、應(yīng)用靈活、開(kāi)發(fā)靈活等特點(diǎn)，適合于動(dòng)物、植物和微生物等所有生物遺傳變異和基因型的檢測(cè)，目前該技術(shù)已經(jīng)在玉米[29-32]、小麥[33,34]、水稻[35]、黃瓜[36,37]、辣椒、牛、雞、羊、對(duì)蝦等60個(gè)物種上應(yīng)用，累計(jì)檢測(cè)樣本超30萬(wàn)份。且廣泛應(yīng)用于遺傳資源評(píng)價(jià)、基因組選擇、分子標(biāo)記輔助選擇、基因定位和克隆、分子標(biāo)記輔助選擇、知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)、生物檢測(cè)和安全評(píng)價(jià)等領(lǐng)域。

該技術(shù)體系由基于多重PCR的GBTS技術(shù)Geno-Plexs和基于液相探針雜交的GBTS技術(shù)GenoBaits組成。GenoBaits工作原理是基于目標(biāo)探針與靶向序列互補(bǔ)結(jié)合進(jìn)行定點(diǎn)捕獲（圖1）。第一步，對(duì)要測(cè)試的樣本進(jìn)行g(shù)DNA重測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建，同時(shí)根據(jù)DNA互補(bǔ)原理，在每個(gè)待測(cè)位點(diǎn)設(shè)計(jì)覆蓋目標(biāo)SNP的探針，采用生物素（Biotin）對(duì)合成探針進(jìn)行修飾。第二步，在液態(tài)中利用生物素標(biāo)記的目標(biāo)探針與基因組目標(biāo)區(qū)域雜交形成雙鏈。第三步，利用鏈霉親和素包衣的磁珠對(duì)攜有生物素標(biāo)記的目標(biāo)探針進(jìn)行分子吸附，從而捕獲與探針雜交的靶點(diǎn)。最后，對(duì)捕獲的靶點(diǎn)序列進(jìn)行洗脫、靶點(diǎn)擴(kuò)增、建庫(kù)和測(cè)序，最終獲得目標(biāo)SNP的基因型。

表1 國(guó)內(nèi)市場(chǎng)常見(jiàn)的幾種豬基因芯片

豬50K液相芯片由中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)/山東農(nóng)業(yè)大學(xué)張勤教授團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)，設(shè)計(jì)并優(yōu)化最終確定52 000個(gè)核心SNP位點(diǎn)，適用于國(guó)內(nèi)、外高度選育商用豬種（大白豬、長(zhǎng)白豬和杜洛克）的基因組選擇技術(shù)研究與應(yīng)用。該液相芯片設(shè)計(jì)時(shí)為了更好地兼容已有商業(yè)芯片，選取了紐勤GGP 50K和中芯一號(hào)中的部分位點(diǎn)（圖2）。為了評(píng)價(jià)液相50K芯片的數(shù)據(jù)質(zhì)量，開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)選取了570份豬的樣本同時(shí)進(jìn)行了GGP 50K和液相芯片50K檢測(cè)，并對(duì)公共位點(diǎn)進(jìn)行了一致率評(píng)測(cè)，結(jié)果顯示共有位點(diǎn)在570份材料中的一致率達(dá)到了99.08%，一致率最大值為99.33%，一致率最小值為98.11%。

圖2 3款主流芯片的位點(diǎn)重疊情況

邱奧等[38]采用直接填充和合并填充2種策略，比較3款不同豬50K SNP芯片互相進(jìn)行基因型填充后的效果。直接填充中，相同參考群體規(guī)模下，液相50K作為基因型填充參考群體最理想，Geneseek和中芯一號(hào)填充至液相50K準(zhǔn)確性最高；合并填充中，Geneseek和中芯一號(hào)、液相50K和中芯一號(hào)組合時(shí)，合并填充有助于提升Geneseek和液相50K填充的準(zhǔn)確性，相同位點(diǎn)多的Geneseek和液相50K芯片合并填充效果最好；增加參考群體規(guī)模能夠提高直接填充和合并填充的準(zhǔn)確性[39,40]。

基因組選擇技術(shù)的大規(guī)模產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用需要更低的基因型檢測(cè)成本，液相芯片在保持技術(shù)參數(shù)不弱于國(guó)際巨頭的情況下，通過(guò)試劑國(guó)產(chǎn)化、產(chǎn)品參數(shù)優(yōu)化、設(shè)備自動(dòng)化不斷降低應(yīng)用成本，在國(guó)內(nèi)種豬基因芯片檢測(cè)市場(chǎng)具有較強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)力，同時(shí)也能促進(jìn)國(guó)內(nèi)全基因組選擇育種技術(shù)在豬遺傳改良中發(fā)揮更大的作用。在地方豬的選育工作中，液相芯片的靈活性為針對(duì)特定豬種開(kāi)發(fā)專(zhuān)用液相芯片提供可能，可以更好地幫助地方豬種進(jìn)行基因組選擇育種，提高地方豬的育種速度。

6 展望

我國(guó)地方豬資源豐富，豬的肉質(zhì)好、抗逆性強(qiáng)、耐粗飼，是生產(chǎn)特色豬肉的基礎(chǔ)。但地方豬資源的開(kāi)發(fā)利用不足，且豬種普遍存在生長(zhǎng)緩慢、屠宰率偏低、背膘較厚、瘦肉率低等缺陷。需要選育或雜交利用，目前養(yǎng)豬企業(yè)更多地重視雜交，對(duì)選育重視不夠。“十四五”期間，在豬的育種方面應(yīng)基于基因組、轉(zhuǎn)錄組、代謝組等多組學(xué)手段下，結(jié)合基因編輯技術(shù)，系統(tǒng)解析肌肉生長(zhǎng)、脂肪沉積、抗病抗逆形成等方面的遺傳機(jī)理，挖掘重要經(jīng)濟(jì)性狀的功能基因或分子元件，為我國(guó)豬優(yōu)質(zhì)、抗病抗逆新品種培育提供支撐。利用引進(jìn)、地方兩類(lèi)品種資源，堅(jiān)持自主選育，培育肉質(zhì)優(yōu)良、抗逆新品種豬，滿(mǎn)足我國(guó)優(yōu)質(zhì)肉產(chǎn)業(yè)發(fā)展對(duì)高端品種的需求。