楊華杰,李蘭,李彬,張冬,張強(qiáng)
骨肉瘤(osteosarcoma,OS),臨床上又稱為成骨肉瘤,是骨骼相關(guān)腫瘤中最常見的惡性腫瘤之一,常見于20歲以下的青少年及兒童,好發(fā)于血運(yùn)豐富的長(zhǎng)管狀骨干骺端,臨床表現(xiàn)為骨端的局部疼痛和腫脹,偶爾合并骨關(guān)節(jié)的功能障礙。在骨相關(guān)的小兒惡性腫瘤中,骨肉瘤最為常見,約占小兒所有惡性腫瘤的百分之五。骨肉瘤的治療現(xiàn)階段主要以外科治療和化療為主,而疾病的預(yù)后與是否合并肺轉(zhuǎn)移具有密切的關(guān)系。近年來(lái),隨著手術(shù)技術(shù)及化療藥物的不斷發(fā)展,原發(fā)骨肉瘤,即不合并肺轉(zhuǎn)移及遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的患者,經(jīng)規(guī)范及有效地治療后,五年生存率能夠達(dá)到百分之七十左右[1],但是既往臨床相關(guān)研究發(fā)現(xiàn),合并遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的患者,尤其是合并肺轉(zhuǎn)移的患者,五年生存率顯著降低,只有百分之三十左右,而骨肉瘤早期合并肺轉(zhuǎn)移的患者預(yù)后更差。綜述相關(guān)文獻(xiàn)后發(fā)現(xiàn):大約有40%的骨肉瘤患者在初診時(shí)就合并遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移,其中以肺轉(zhuǎn)移最常見[2]。目前,骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移的機(jī)制仍不明確,臨床上也沒(méi)有相關(guān)的標(biāo)志物及指標(biāo)予以預(yù)測(cè)及判斷預(yù)后情況,骨肉瘤的發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移仍是其臨床治療的難點(diǎn)及熱點(diǎn)[3]。因此,明確骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移的機(jī)制,對(duì)于探索其新的治療靶點(diǎn)、改善疾病預(yù)后具有重要意義。
MicroRNA-155(miR-155)是新近發(fā)現(xiàn)的非編碼RNA,可以影響轉(zhuǎn)運(yùn)RNA的相關(guān)轉(zhuǎn)錄、基因加工等多種生物過(guò)程。既往研究發(fā)現(xiàn),miR-155參與了很多腫瘤發(fā)生發(fā)展的多種生物學(xué)過(guò)程。miR-155在胃癌、結(jié)直腸癌、乳腺癌等多種腫瘤中發(fā)揮著重要的作用[4],現(xiàn)已知其明確參與調(diào)控腫瘤相關(guān)的細(xì)胞增殖、凋亡、自噬等多種病理生理過(guò)程。通過(guò)相關(guān)文獻(xiàn)查詢發(fā)現(xiàn),miR-155與骨腫瘤的相關(guān)研究亦有許多報(bào)道,有文章指出miR-155對(duì)骨腫瘤細(xì)胞的發(fā)生發(fā)展、復(fù)發(fā)和耐藥性等生物學(xué)過(guò)程具有重要的影響作用[5],但是既往研究大多是miR-155與骨髓瘤細(xì)胞的相關(guān)研究,miR-155與骨肉瘤的相關(guān)研究較少,尤其未見miR-155與骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移的影響及機(jī)制相關(guān)研究。
本研究將初步探究miR-155在骨肉瘤發(fā)生發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移過(guò)程中的作用,并通過(guò)iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)探索其靶蛋白及相關(guān)機(jī)制。
收集2015年12月—2020年12月北京積水潭醫(yī)院骨肉瘤患者臨床標(biāo)本,包括合并肺轉(zhuǎn)移患者12例,無(wú)骨腫瘤疾病患者4例。骨肉瘤患者收集標(biāo)本包括:血清、骨肉瘤組織(osteosarcoma-tissue,OS-T)、骨肉瘤瘤旁組織(osteosarcoma-paratumor tissue,OS-PT)、骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移組織(pulmonary metastasis tumor-tissue,PET-T)和骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移瘤旁組織(pulmonary metastasis tumor-paratumor tissue,PET-PT);健康者收集標(biāo)本為血清。本試驗(yàn)項(xiàng)目通過(guò)北京積水潭醫(yī)院倫理委員會(huì)審查,倫理審查批號(hào)為202103.49。所有患者均簽署知情同意書并予以備案。
骨肉瘤患者入組標(biāo)準(zhǔn):均為原發(fā)性骨肉瘤,無(wú)其他合并癥。第一次手術(shù):骨肉瘤根治手術(shù),即腫瘤瘤段截除+關(guān)節(jié)重建手術(shù)。術(shù)前行PET/CT檢查明確骨肉瘤病變情況,確定全身無(wú)骨肉瘤相關(guān)轉(zhuǎn)移病灶;術(shù)前不進(jìn)行新輔助化療、放療、靶向等相關(guān)治療;術(shù)后化療12次,化療方案均為:甲氨蝶呤+順鉑+環(huán)磷酰胺,化療藥物劑量按照藥物說(shuō)明進(jìn)行配制,化療結(jié)束后每3月規(guī)律復(fù)查。手術(shù)前留取血清樣本,術(shù)中留取骨肉瘤及瘤旁組織樣本。
具體骨肉瘤根治手術(shù)方式及例數(shù):8例股骨遠(yuǎn)端骨肉瘤患者均行“股骨遠(yuǎn)端瘤段截除+人工假體關(guān)節(jié)置換手術(shù)”:麻醉滿意后,患者取平臥位,常規(guī)碘酒酒精消毒鋪單,止血帶下手術(shù)。取大腿前內(nèi)側(cè)縱行切口長(zhǎng)20~30 cm,逐層切開皮膚、皮下組織及深筋膜,從股直肌與股內(nèi)側(cè)肌間分離,見軟組織包塊位于股骨下端內(nèi)側(cè)及后側(cè),切除部分骨內(nèi)側(cè)肌、并充分游離股骨下端腫瘤邊緣,與內(nèi)后側(cè)分離并保護(hù)股血管神經(jīng)束,注意保護(hù)腓總神經(jīng),切開關(guān)節(jié)囊,切斷雙側(cè)副韌帶、交叉韌帶和后關(guān)節(jié)囊,距關(guān)節(jié)面15~25 cm截?cái)喙晒牵∠鹿晒悄[瘤瘤段,斷端髓腔未見異常。股骨端擴(kuò)髓,脛骨端擴(kuò)髓,沖洗髓腔,置入股骨下段組配型人工膝關(guān)節(jié)旋轉(zhuǎn)鏈型假體(力達(dá)康公司,重建長(zhǎng)度15~25 cm,髓針長(zhǎng)8~16 cm,直徑8~16 mm),并以骨水泥固定,待凝固后組裝假體。充分止血、沖洗傷口,留置傷口引流管2根,逐層縫合傷口,清點(diǎn)紗布、器械無(wú)誤,術(shù)畢。
3例肱骨近端骨肉瘤患者均行“肱骨近端瘤段截除+肱骨近端人工假體重建術(shù)”:麻醉滿意后,患者平臥位,常規(guī)碘酒酒精消毒鋪單。取上臂上段前側(cè)縱行切口,逐層切開皮膚、皮下組織、深筋膜,切斷胸大肌止點(diǎn)、三角肌于肱骨中上段止點(diǎn),于內(nèi)側(cè)保護(hù)肱血管、保護(hù)后側(cè)橈神經(jīng),充分游離腫瘤瘤段周邊,于距肱骨頭15~18 cm處截?cái)嚯殴牵磺袛嗳羌∮阪i骨及肩峰處起點(diǎn),切斷喙突處肌腱,切斷肩盂周圍肩袖諸肌充分顯露肩盂,于肩胛頸前方、后方用超聲骨刀、骨刀截?cái)嗉珉喂牵嘘P(guān)節(jié)外切除,見肱骨近端連同肩盂完整切除,取下腫瘤瘤段。肱骨遠(yuǎn)端髓腔擴(kuò)髓,沖洗髓腔,用肱骨近端人工假體重建(京航公司,重建長(zhǎng)度15~20 cm,髓針長(zhǎng)度6~8 cm、直徑6~8 mm)置換,假體髓針用骨水泥固定。充分止血、沖洗傷口,近端用Mesh補(bǔ)片修復(fù)關(guān)節(jié)囊,用縫合錨釘入肩峰骨質(zhì)內(nèi),尾端縫線縫合于Mesh補(bǔ)片上,將肱骨頭固定于肩峰下,將胸大肌、三角肌止點(diǎn)縫合于Mesh上,沖洗傷口,放置傷口引流管2根,逐層縫合傷口,清點(diǎn)紗布器械無(wú)誤,術(shù)畢。
1例肱骨近端骨肉瘤患者行“肱骨近端瘤段截除+人工全肱骨置換術(shù)”:麻醉滿意后,患者取平臥位,常規(guī)碘酒酒精消毒鋪單。取左上臂前側(cè)縱行切口,逐層切開皮膚、皮下組織、深筋膜,切斷部分三角肌,切斷胸大肌止點(diǎn)、肱二頭肌及肩袖諸肌,于內(nèi)側(cè)保護(hù)肱血管、保護(hù)后側(cè)橈神經(jīng),充分游離腫瘤瘤段周邊,于肱骨遠(yuǎn)端保護(hù)橈神經(jīng)、正中神經(jīng)及尺神經(jīng),將整個(gè)肱骨完整切除;以人工全肱骨假體(春立公司,重建肱骨長(zhǎng) 28 cm,肱骨頭直徑36 mm,尺骨側(cè)長(zhǎng)度7 cm、直徑6 mm)置換,骨水泥固定尺骨側(cè)髓針,術(shù)中尺骨側(cè)有輕微劈裂,予以鈦纜固定。充分止血、沖洗傷口,以止血紗布及凝血酶填充止血,近端用Mesh補(bǔ)片修復(fù)關(guān)節(jié)囊,放置傷口引流管2根,逐層縫合傷口,清點(diǎn)紗布器械無(wú)誤,術(shù)畢。
第二次手術(shù):經(jīng)胸腔鏡肺楔形切除術(shù)。入組患者為:第一次手術(shù)化療結(jié)束后>12月,新發(fā)肺轉(zhuǎn)移病灶。術(shù)前行PET/CT檢查明確骨肉瘤原發(fā)病變無(wú)復(fù)發(fā),且除肺部轉(zhuǎn)移其余全身均無(wú)轉(zhuǎn)移病灶。術(shù)前不進(jìn)行新輔助化療、放療、靶向等相關(guān)治療。手術(shù)前留取血清樣本,術(shù)中留取骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移及瘤旁組織樣本。
人正常成骨細(xì)胞系CP-H111和人骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B均購(gòu)于武漢普諾賽生命科技有限公司,細(xì)胞培養(yǎng)基、胎牛血清均購(gòu)于美國(guó)Gibco公司,CEBPB抗體和GAODH抗體及標(biāo)記二抗均購(gòu)自賽默飛世爾科技(中國(guó))有限公司,蛋白顯影液、脫脂奶粉等均購(gòu)于上海生工生物科技有限公司,反轉(zhuǎn)錄熒光定量等相關(guān)試劑盒以及QPCR相關(guān)試劑購(gòu)自北京慶凱華豐科技開發(fā)有限公司。
高速低溫離心機(jī)(美國(guó),ABI公司),紫外分光光度儀(日本,Sanyo公司),真空干燥機(jī)(德國(guó),Eppendorf公司);分析天平(瑞士,Sartorius 公司),電熱恒溫水浴鍋(北京長(zhǎng)風(fēng)儀器儀表公司,中國(guó)),高速離心機(jī)(德國(guó),Eppendorf公司),Vortex QL-901 微型渦旋混合儀(瑞士,Tecan公司),超聲波清洗器(日本,JEOL公司),純水系統(tǒng)(美國(guó),Millipore公司),圖像掃描儀(日本,Leica公司),高效液相系統(tǒng)(美國(guó),Agillent公司),質(zhì)譜儀(美國(guó),Thermo Finnigan公司)。
1.3.1 相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)分析 利用Exiqon miRNome平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)分析系統(tǒng)以及GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)中的芯片測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析miR-155在骨肉瘤組織與正常組織、骨肉瘤細(xì)胞HOS-143B與正常成骨細(xì)胞CP-H111中miR-155的差異性。
1.3.2 qPCR技術(shù)檢測(cè)miR-155 利用qPCR技術(shù)檢測(cè)骨肉瘤組織與瘤旁組織、人正常成骨細(xì)胞系CP-H111和人骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B中miR-155的差異性。miR-155相關(guān)檢測(cè),擴(kuò)增產(chǎn)物472 bp,miR-155引物序列如下:Forward primer:5’-AGCTGAAGTCTACCTTGCCT-3’;Reverse primer:5’-TGTGGGCTTGAAGTTGAGATGT-3’,以U6為內(nèi)參。
1.4.1 制備樣品 蛋白樣本選擇組織中的全蛋白質(zhì)進(jìn)行組學(xué)分析。因?yàn)楣侨饬銎鹪从陂g葉組織細(xì)胞,所以骨肉瘤的瘤體組織中摻雜較多的血管、骨組織等不均一組織?;诖嗽?,骨肉瘤實(shí)驗(yàn)組織的取材常采取腫瘤瘤體組織與瘤旁組織進(jìn)行差異性對(duì)比,其實(shí)質(zhì)是多種細(xì)胞及組織的蛋白混合物的相關(guān)對(duì)比。所以本實(shí)驗(yàn)的組織取材為各組骨肉瘤及其瘤旁組織、肺轉(zhuǎn)移瘤及其瘤旁組織、以及骨肉瘤患者的血清及健康者的血清。實(shí)驗(yàn)組為:骨肉瘤組織、骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移組織、骨肉瘤患者的血清;對(duì)照組為:骨肉瘤瘤旁組織、骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移瘤旁組織、健康者的血清。
1.4.2 樣本蛋白的濃度測(cè)定及蛋白分離 本實(shí)驗(yàn)檢測(cè)的是不同組織及血清中蛋白含量的差異性,因此樣品蛋白濃度的測(cè)定對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果至關(guān)重要,本實(shí)驗(yàn)采用的是BCA試劑盒來(lái)測(cè)定蛋白濃度。
蛋白濃度檢測(cè)完成后進(jìn)行蛋白分離實(shí)驗(yàn):配制7 mm厚度為4%~12%的膠SDS-PAGE。等比例將兩種蛋白混合,然后加入等體積的Loading buffer,進(jìn)行混勻,隨后煮沸5 min,進(jìn)而離心(10 000 g,10 min),取上清液,滴加至濃縮膠,蛋白上樣量約為每泳道60 μg。電泳步驟:恒流10 mA,運(yùn)行30 min后,20 mA持續(xù)至分離膠末端,然后進(jìn)行考馬斯亮藍(lán)染色。
1.4.3 蛋白質(zhì)酶切標(biāo)準(zhǔn) 將SDS-PAGE獲得的分離膠按分子量由大到小的順序,分解成15個(gè)部分,再把每部分剪切成1 mm左右的微粒,將微粒浸泡于50%ACN/25 mmol/L碳酸氫銨溶液中,顏色脫洗完全后氮?dú)夂娓?,以便微粒脫水完全,體積減??;滴加DTT溶液,37℃水浴鍋4 h,滴加 55 mmol/L IAA溶液,避光室溫存放1 h,滴加少量酶液,4℃冰箱存放1 h后除去上層酶液,37℃保溫箱內(nèi)存放16 h后,滴加2%TFA,再于60%ACN超聲15 min,取上層清液。再次重復(fù)上述步驟后,兩次上層清液合并。
1.4.4 蛋白酶切混合物的液相分離 色譜分離需在Agillent系統(tǒng)上進(jìn)行:利用自動(dòng)上樣器進(jìn)行蛋白上樣,蛋白體積約為20 μl,蛋白流速是10 μl/min;色譜洗脫在二元泵系統(tǒng)上進(jìn)行:洗脫后成分通過(guò)ESI離子源進(jìn)入質(zhì)譜系統(tǒng),液相色譜設(shè)置為:流動(dòng)相A:0.1%的FA-98%水溶液;流動(dòng)相B:0.1%的FA-80%ACN溶液;洗脫設(shè)置:0~90 min,流動(dòng)相比例由2%B線性上升到40%B;90~105 min,流動(dòng)相比例由40%B線性上升到100%B;維持15 min后,以100%流動(dòng)相A平衡色譜柱30 min,流速為300 μl/min。
1.4.5 質(zhì)譜分析檢測(cè) 質(zhì)譜分析檢測(cè):質(zhì)譜儀為線性離子阱-傅里葉變換離子回旋共振質(zhì)譜儀(LTQ-FT,Thermo),設(shè)置的磁場(chǎng)強(qiáng)度:7 T。噴霧電壓設(shè)置:1.8 kV;毛細(xì)管溫度設(shè)置:180℃;掃描模式:Ⅰ級(jí)質(zhì)譜依靠的是Ⅱ級(jí)質(zhì)譜檢測(cè);質(zhì)譜Ⅰ級(jí)全掃描質(zhì)荷比范圍為400~2 000 m/z(Mass range,m/z)。依次截?、窦?jí)質(zhì)譜篩選的強(qiáng)度排名前十的離子進(jìn)行Ⅱ級(jí)質(zhì)譜串聯(lián),實(shí)驗(yàn)通過(guò)質(zhì)譜串聯(lián)掃描的動(dòng)態(tài)排除方法,排除時(shí)間為30秒;離子自動(dòng)增益控制設(shè)置為:一級(jí)質(zhì)譜掃描為1×106個(gè)電荷,二級(jí)串聯(lián)質(zhì)譜為1×103個(gè)電荷。Ⅰ級(jí)質(zhì)譜在400 m/z處的分辨率設(shè)置為100 000;Ⅱ級(jí)串聯(lián)質(zhì)譜歸一化碰撞能量設(shè)置為35%。
1.4.6 蛋白檢測(cè)、矯正及定量檢測(cè) 蛋白檢測(cè)、矯正及定量利用MASCOT相關(guān)軟件,通過(guò)對(duì)質(zhì)譜相關(guān)文件的結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)。蛋白質(zhì)檢測(cè)設(shè)置為:酶切點(diǎn)為胰酶切點(diǎn);最長(zhǎng)漏切位點(diǎn)為2;Ⅰ級(jí)相關(guān)離子誤差為12 ppm;Ⅱ級(jí)離子誤差為0.4 Da;存在可變修飾檢測(cè):存在固定修飾檢測(cè);檢測(cè)結(jié)束后再對(duì)相關(guān)蛋白進(jìn)行定量:最小定量的肽段數(shù)為3氨基酸時(shí),蛋白及肽段檢測(cè)的假陽(yáng)性率需降低到1%及以下;最小定量的肽段數(shù)為6氨基酸時(shí),蛋白定量需保證至少有一條非冗余肽及銻刀肽。
實(shí)驗(yàn)參考miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)[6](miRanda、TargetScan和PicTar)進(jìn)行靶蛋白預(yù)測(cè)。將骨肉瘤及肺轉(zhuǎn)移組織中表達(dá)量降低50%以上的蛋白分別與 miR-155數(shù)據(jù)庫(kù)中預(yù)測(cè)的靶基因進(jìn)行對(duì)比分析,查看其是否具有miR-155的結(jié)合位點(diǎn)。
利用Western blot檢測(cè)骨肉瘤組織與瘤旁組織、肺轉(zhuǎn)移瘤與瘤旁組織、人正常成骨細(xì)胞系CP-H111和人骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B中篩選蛋白的差異性。各組細(xì)胞或組織中分別加入RIPA裂解液,冰上裂解20 min,4℃,18 000g,離心20 min(r=10 cm),取上清液并采用BCA試劑盒測(cè)定蛋白含量。取35 μg蛋白液進(jìn)行SDS-PAGE,轉(zhuǎn)膜,用封閉液(質(zhì)量分?jǐn)?shù)2%,BSA)封閉,分別加入一抗4℃過(guò)夜(以GAPDH抗體為參照),洗滌后,再加入二抗室溫孵育1 h。ECL曝光成像,最后采用凝膠成像系統(tǒng)分析結(jié)果。
數(shù)據(jù)采用GraphPad Prism 6軟件處理。采用(±s)表示正態(tài)分布且方差齊的計(jì)量資料,行t檢驗(yàn);采用百分?jǐn)?shù)表示計(jì)數(shù)資料,行χ2檢驗(yàn);P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1.1 臨床樣本miR-155的差異性檢測(cè)結(jié)果 分析骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移患者的血清樣本數(shù)據(jù)(GSE65071),利用Exiqon miRNome平臺(tái)(human panelsⅠ+Ⅱ,V3)對(duì)比來(lái)自10例骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移患者和15例正常對(duì)照的血清中miR-155的表達(dá)水平。結(jié)果提示,正常對(duì)照組血清中miR-155的含量?jī)H為肺轉(zhuǎn)移患者血清中的0.292倍,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.0032),見圖1A。
共收集骨肉瘤患者12例:肱骨近端骨肉瘤4例,股骨遠(yuǎn)端骨肉瘤8例,男:女=7:5,年齡分布15~43歲,平均年齡28.33±2.87歲。收集入組骨肉瘤患者兩次手術(shù)術(shù)前的血清,以評(píng)估患者在出現(xiàn)肺轉(zhuǎn)移前后血清中miR-155含量的差異性,結(jié)果顯示:miR-155在出現(xiàn)肺轉(zhuǎn)移前為1.87±0.09;肺轉(zhuǎn)移后為2.05±0.11,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.78)。為進(jìn)一步證實(shí)miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程中的差異性,qRT-PCR檢測(cè)骨肉瘤組織與其瘤旁組織、骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移瘤組織與其瘤旁組織中的miR-155含量。病理切片HE染色,確診為骨肉瘤或骨肉瘤轉(zhuǎn)移組織。
結(jié)果顯示,miR-155表達(dá)量在骨肉瘤組織:1.45±0.06;骨肉瘤瘤旁組織:0.78±0.05;肺轉(zhuǎn)移瘤組織:1.71±0.07;肺轉(zhuǎn)移瘤旁組織:0.60±0.05。miR-155含量在骨肉瘤組織和肺轉(zhuǎn)移瘤組織中,較對(duì)照組瘤旁組織均明顯升高,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.0001,P=0.0001);肺轉(zhuǎn)移瘤組織中較骨肉瘤組織中miR-155含量亦出現(xiàn)明顯升高,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.003),見圖1B~C。
圖1 骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程臨床樣本miR-155的差異性檢測(cè)分析結(jié)果Figure 1 Expression of miR-155 in clinical samples of osteosarcoma and its pulmonary metastasis process
2.1.2 骨肉瘤細(xì)胞與正常成骨細(xì)胞中miR-155的差異性檢測(cè)結(jié)果 分析GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)中的芯片測(cè)序數(shù)據(jù)。發(fā)現(xiàn)骨肉瘤細(xì)胞系中miR-155的表達(dá)量顯著上調(diào)。對(duì)比三個(gè)常見的骨肉瘤細(xì)胞系與正常骨組織的microRNAs表達(dá)(Agilent-019118 Human miRNA Microarray 2.0 G4470B,GSE28425),分析發(fā)現(xiàn)在骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B、HOS-MNNG和MG-63中miR-155的表達(dá)水平是正常骨組織中的15.57倍,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.0043,FDR=0.036),見圖2A。
為進(jìn)一步證實(shí)miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程中的差異性,qRT-PCR檢測(cè)結(jié)果顯示,miR-155表達(dá)量在人骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B中為1.61±0.07,在人正常成骨細(xì)胞系CP-H111中為0.46±0.06,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.0003),見圖2B。
圖2 人骨肉瘤細(xì)胞系與人正常成骨細(xì)胞系miR-155的差異性Figure 2 Comparison of miR-155 expression between human osteosarcoma cell lines and human normal osteoblast cell lines
2.2.1 質(zhì)譜鑒定檢測(cè)結(jié)果 利用蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)骨肉瘤組織和正常骨組織進(jìn)行蛋白鑒定,結(jié)果顯示:共檢測(cè)收集到194 867張質(zhì)譜圖,從中鑒定到46 895條肽段,其中10 985條為非冗余肽,肽段的平均質(zhì)量誤差為0.89 ppm。實(shí)驗(yàn)結(jié)果最終鑒定到 3 714個(gè)蛋白組。
2.2.2 差異表達(dá)蛋白鑒定結(jié)果 在骨肉瘤組織中,根據(jù)FDR<0.05,倍數(shù)變化大于2倍為標(biāo)準(zhǔn),骨肉瘤組織中共篩選出差異表達(dá)蛋白253個(gè),其中上調(diào)144個(gè),下調(diào)109個(gè),見圖3A~B。
圖3 miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程組織中靶蛋白的篩選Figure 3 Screening of target proteins of miR-155 in osteosarcoma and its pulmonary metastasis process
2.2.3 差異表達(dá)蛋白質(zhì)的功能注釋 基因GO注釋分析顯示,差異表達(dá)蛋白主要富集于細(xì)胞骨架、細(xì)胞黏附、細(xì)胞增殖和凋亡、細(xì)胞遷移等注釋,見圖3C~E。差異表達(dá)蛋白中還存在一些參與腫瘤行為調(diào)控的蛋白,如:煙酰胺N-甲基轉(zhuǎn)移酶(nicotinamide N-methyltransferase,NNMT)參與調(diào)控腫瘤細(xì)胞的增殖、分化及凋亡等多種生物學(xué)過(guò)程,在癌細(xì)胞的胞質(zhì)中出現(xiàn)高表達(dá);同源框蛋白CDX-10(Homeobox protein CDX-10)能夠調(diào)控腫瘤相關(guān)的特異性基因表達(dá)和上皮細(xì)胞分化;B淋巴細(xì)胞瘤-2基因(B-cell lymphoma-2,bcl-2),與細(xì)胞凋亡密切相關(guān);基因沉默調(diào)節(jié)蛋白(Sirtuin 1,SIRT1)活化后可以從細(xì)胞質(zhì)進(jìn)入細(xì)胞核內(nèi),進(jìn)而調(diào)節(jié)核轉(zhuǎn)錄因子活性,參與調(diào)節(jié)細(xì)胞的增殖、分化的相關(guān)生物學(xué)過(guò)程;eIF4E(eukaryotic translation initiation factor 4E)可在蛋白質(zhì)翻譯過(guò)程中,通過(guò)與轉(zhuǎn)運(yùn)RNA結(jié)合影響和調(diào)控蛋白質(zhì)的翻譯進(jìn)程;細(xì)胞周期檢測(cè)點(diǎn)激酶1和2(checkpoint kinase 1 and 2,Chk 1 and 2)為絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族相關(guān)成員,廣泛參與細(xì)胞代謝相關(guān)生物學(xué)過(guò)程,尤其是在多種信號(hào)通路中影響及調(diào)節(jié)下游蛋白的表達(dá),進(jìn)而使細(xì)胞代謝出現(xiàn)相關(guān)障礙;EHD2(C-terminal EH domaincontaining protein 2)是一種細(xì)胞膜轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)蛋白,在細(xì)胞膜水平參與蛋白轉(zhuǎn)運(yùn),進(jìn)入細(xì)胞核內(nèi)后,仍影響核內(nèi)的蛋白轉(zhuǎn)錄及翻譯過(guò)程;組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶(SET and MYND domain containing 3,SMYD3)能夠使組蛋白甲基化,進(jìn)而調(diào)控細(xì)胞凋亡相關(guān)代謝周期,在蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控中具有重要作用。
2.2.4 miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程中靶蛋白的篩選 miRanda的預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,有3個(gè)靶基因具有miR-155的靶位點(diǎn):CCAAT增強(qiáng)子結(jié)合蛋白β(C/EBPβ,基因CEBPB),發(fā)現(xiàn)C/EBPβ是細(xì)胞內(nèi)一種重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子,廣泛參與細(xì)胞黏附、細(xì)胞增殖等相關(guān)通路;B淋巴細(xì)胞瘤-10(B-cell lymphoma-10,bcl-10)參與腫瘤細(xì)胞的凋亡調(diào)控等生物學(xué)過(guò)程;異戊二烯基二磷酸合酶亞基2(prenyl/decaprenyl diphosphate synthase 2,PDSS 2)在多種腫瘤細(xì)胞中呈現(xiàn)差異性表達(dá)。TargetScan的預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,有2個(gè)基因具有miR-155的靶位點(diǎn):C/EBPβ(與 miRanda 相同);細(xì)胞因子信號(hào)傳導(dǎo)抑制蛋白1(suppressor of cytokine signaling 1,SOCS 1)能夠阻斷部分腫瘤細(xì)胞的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)因子,進(jìn)而降低腫瘤相關(guān)代謝進(jìn)程。PicTar的預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,有2個(gè)基因具有miR-155的靶位點(diǎn):C/EBPβ(與miRanda和TargetScan均相同);PDSS2(與miRanda相同)。其余蛋白未找到相匹配的結(jié)果,這可能是因?yàn)閙iR-155通過(guò)間接調(diào)節(jié)的方式抑制了某些基因及蛋白的表達(dá),或者通過(guò)其他非結(jié)合的方式進(jìn)而影響相關(guān)蛋白的表達(dá)。
與瘤旁組織相比,骨肉瘤及肺轉(zhuǎn)移瘤組織中C/EBPβ的表達(dá)顯著降低,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.0003,P=0.0002),見圖4A;與人正常成骨細(xì)胞系CP-H111相比,人骨肉瘤細(xì)胞系HOS-143B中C/EBPβ表達(dá)亦顯著降低,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.004),見圖4B。
圖4 miR-155篩選蛋白C/EBPβ的Western blot驗(yàn)證結(jié)果Figure 4 Western blot validation results of miR-155 screening protein C/EBP β
骨肉瘤因其發(fā)病年齡偏小且預(yù)后不佳,一直是骨相關(guān)腫瘤研究的熱點(diǎn)及難點(diǎn)。近年來(lái),隨著科學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展,miRNAs對(duì)腫瘤的相關(guān)影響研究逐漸進(jìn)入人們的視野[7]。miRNAs是廣泛存在于真核生物中的非編碼小RNAs,長(zhǎng)度為19~24個(gè)核苷酸序列,能在轉(zhuǎn)錄后水平影響靶基因的表達(dá)及翻譯,通過(guò)與mRNA的不完全堿基配對(duì),從而影響其生物學(xué)過(guò)程[8]。近年來(lái),miRNAs越來(lái)越受到重視,研究發(fā)現(xiàn)其在機(jī)體生理及病理學(xué)過(guò)程中發(fā)揮重要作用,廣泛參與調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、凋亡、自噬、腫瘤復(fù)發(fā)等多種生物學(xué)過(guò)程[9]。
miR-155是一類多功能的miRNA,參與了包括炎性反應(yīng)、細(xì)胞調(diào)控、腫瘤復(fù)發(fā)、自噬、細(xì)胞凋亡等[10]多種生物學(xué)過(guò)程。綜述相關(guān)文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn):miR-155在多種腫瘤的發(fā)生發(fā)展及轉(zhuǎn)移中發(fā)揮重要作用[11]。Shi等[12]發(fā)現(xiàn)膜蛋白可以通過(guò)調(diào)控miR-155抑制胃癌細(xì)胞中Smad2的表達(dá);Ulivi等[13]研究發(fā)現(xiàn)miR-155能夠作為判斷貝伐單抗治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌療效的相關(guān)預(yù)測(cè)因子之一;Santos等[14]指出外泌體介導(dǎo)的miR-155移位能夠影響乳腺癌化療的藥物耐受性;Wei等[15]研究發(fā)現(xiàn)miR-155可以阻斷TGF-β1信號(hào)通路,進(jìn)而緩解肺癌細(xì)胞的纖維化進(jìn)程;Xue等[16]研究發(fā)現(xiàn)miR-155能夠降低SOCS1、SOCS6和PTEN的表達(dá),進(jìn)而加速非小細(xì)胞肺癌的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移。
研究表明miR-155能夠影響與腫瘤相關(guān)的多種生理病理過(guò)程。Yu等[17]利用miR-155基因敲除小鼠建立骨髓瘤相關(guān)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型,發(fā)現(xiàn)通過(guò)抑制骨髓中miR-155基因能夠顯著增加腫瘤的復(fù)發(fā)及轉(zhuǎn)移;Wang等[18]利用miR-155基因敲除小鼠建立骨髓瘤相關(guān)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型,通過(guò)沉默miR-155基因顯著促進(jìn)了骨髓腫瘤的發(fā)生發(fā)展及生長(zhǎng)。
本實(shí)驗(yàn)闡釋miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程中的作用,并利用iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),篩選miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移進(jìn)程中潛在的靶蛋白,最終鑒定到蛋白3 714個(gè),骨肉瘤組織中差異表達(dá)蛋白253個(gè)。通過(guò)與miRNA靶基因的數(shù)據(jù)庫(kù)的匹配分析,經(jīng)臨床樣本實(shí)驗(yàn)與細(xì)胞相關(guān)實(shí)驗(yàn)的蛋白定量驗(yàn)證,提示C/EBPβ是miR-155潛在的作用靶蛋白。
C/EBPβ是堿性亮氨酸拉鏈蛋白(bZIP)的家族成員之一。CEBPB的轉(zhuǎn)運(yùn)RNA能夠經(jīng)過(guò)差異性剪切形成4種蛋白異構(gòu)體(LAP、LIP、LAP2及14 kDa的蛋白)。C/EBPβ也被發(fā)現(xiàn)在許多組織及器官內(nèi)廣泛表達(dá),參與調(diào)控許多病理生理進(jìn)程,其中包括細(xì)胞分化及增殖、組織及細(xì)胞再生、腫瘤、炎性反應(yīng)等。另外,C/EBPβ已被證實(shí)與乳腺癌、胰腺癌、軟骨肉瘤等多種腫瘤的復(fù)發(fā)及轉(zhuǎn)移相關(guān)[19],尤其是能夠參與調(diào)控腫瘤細(xì)胞的上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial mesenchymal transition,EMT)過(guò)程。Zhang等[20]研究發(fā)現(xiàn)C/EBPβ參與調(diào)控尼古丁誘發(fā)的乳腺上皮細(xì)胞的EMT激活過(guò)程,從而影響乳腺癌的發(fā)展;Cheng等[21]研究指出C/EBPβ能夠激活CDKN2A轉(zhuǎn)錄并抑制胰腺腫瘤細(xì)胞EMT,進(jìn)而抑制胰腺導(dǎo)管腺癌的發(fā)生及發(fā)展;Lu等[22]研究發(fā)現(xiàn)對(duì)骨肉瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)染C/EBPβ可以下調(diào)CLEC5A,進(jìn)而緩解骨肉瘤細(xì)胞的增殖,但對(duì)其作用機(jī)制并未作深入的相關(guān)研究。
骨肉瘤為惡性骨腫瘤之一,腫瘤切除術(shù)后需進(jìn)行化療等進(jìn)一步治療。臨床上需首先保證患者得到有效且及時(shí)的治療,故在本實(shí)驗(yàn)中無(wú)法收集無(wú)化療的肺轉(zhuǎn)移瘤及瘤旁組織樣本,因此不能完全避免化療對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。但是本項(xiàng)目制定了嚴(yán)格的入組標(biāo)準(zhǔn)及實(shí)驗(yàn)方案,以減少實(shí)驗(yàn)結(jié)果的偏移。首先,所有入組的骨肉瘤患者,第一次手術(shù)前均無(wú)新輔助化療等相關(guān)治療,術(shù)后化療的方案、劑量、次數(shù)均無(wú)差異,以保證實(shí)驗(yàn)過(guò)程的均一性;其次,入組為化療后>12月新發(fā)肺轉(zhuǎn)移的患者,保證新發(fā)肺轉(zhuǎn)移瘤與化療治療具有較長(zhǎng)的時(shí)間間隔,以減輕化療治療因素的干擾和偏移;最后,肺轉(zhuǎn)移瘤手術(shù)前不進(jìn)行化療等相關(guān)治療,且PET/CT明確骨肉瘤無(wú)復(fù)發(fā)且除肺轉(zhuǎn)移外無(wú)其他轉(zhuǎn)移,以排除化療及其他因素對(duì)肺轉(zhuǎn)移瘤體的影響。項(xiàng)目初期進(jìn)入臨床觀察的患者96例,因入組標(biāo)準(zhǔn)較嚴(yán)格,最后入組的僅有12例患者。本實(shí)驗(yàn)結(jié)果雖然不能完全避免化療治療對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響,但是通過(guò)嚴(yán)格的入組管理和長(zhǎng)時(shí)間的臨床隨訪最大限度地降低其對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的偏移,實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有較高的可信性及準(zhǔn)確性。
本研究揭示了miR-155在骨肉瘤發(fā)生發(fā)展及其肺轉(zhuǎn)移過(guò)程中的作用,并成功篩選其靶向蛋白C/EBPβ?;诖搜芯?,進(jìn)而探究在骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移過(guò)程中miR-155及其相關(guān)靶蛋白具體的通路及相關(guān)機(jī)制,不但可以明確miR-155在骨肉瘤及其肺轉(zhuǎn)移中的生物學(xué)分子基礎(chǔ),而且對(duì)開發(fā)其新的治療策略具有重要意義。