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        SRAP標(biāo)記的野生油茶種質(zhì)遺傳多樣性研究

        2022-01-01 13:51:48張濤朱孝天肖立宏安徽東旭大別山農(nóng)業(yè)科技有限公司安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
        食品界 2022年12期
        關(guān)鍵詞:標(biāo)記技術(shù)相似性條帶

        文 張濤 朱孝天 肖立宏 .安徽東旭大別山農(nóng)業(yè)科技有限公司;.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)

        目的:研究野生油茶種質(zhì)遺傳的多樣性。方法:選取分辨力較強(qiáng)、多態(tài)性較高的19對(duì)引物組合,利用相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性分子標(biāo)記技術(shù)(SPAP)對(duì)65份油茶種資源進(jìn)行遺傳多樣性分析。結(jié)果:19對(duì)引物共擴(kuò)增出281條帶,多態(tài)性條帶為238條,多態(tài)性頻率為84.70%。此外,65份油茶種質(zhì)資源間的遺傳相似性變化范圍在0.59-0.96之間,在經(jīng)過(guò)聚類分析后發(fā)現(xiàn),當(dāng)相似系數(shù)為0.64時(shí),可以將65份資源分為6個(gè)類群。結(jié)論:野生油茶種植物種之間具有較為豐富的遺傳多樣性,在油茶育種、保護(hù)方面有著十分重要的作用。

        山茶科山茶屬的油茶是我國(guó)特有的一種食用油本植物,其栽培的歷程較長(zhǎng),大約有兩千年之久。同時(shí),它也是世界上四大木本油料植物之一。此外,這種油茶中含有較多的不飽和脂肪酸,這些都是人體極其需要的物質(zhì),這種油茶還有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值、保健價(jià)值、藥用價(jià)值。因此,對(duì)這種野生種植油茶的遺傳多樣性研究十分重要。

        相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性是一種基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)的新型分子標(biāo)記技術(shù)。對(duì)于這種技術(shù)而言,其穩(wěn)定性相對(duì)較高,在油茶的SRAP-PCR體系建立與優(yōu)化中應(yīng)用較為廣泛,在天然群體、優(yōu)良無(wú)性系的遺傳多樣性、種質(zhì)資源研究中較為常見(jiàn)。本文利用相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性分子標(biāo)記技術(shù)(SPAP)對(duì)65份野生油茶種質(zhì)資源進(jìn)行了分析,旨為充分利用和挖掘油茶種質(zhì)資源提供參考依據(jù),這對(duì)油茶品種的培育和栽培有重要作用。

        1 .材料與方法

        1.1 供試材料

        選取具有代表性的65株野生油茶單株為實(shí)驗(yàn)材料。

        1.2 CTAB法提取植物DNA

        采用植物DNA的提取方法CTAB法提取油茶中的DNA,并使用稀釋的方式將其稀釋為100ng/μL,保存溫度為-20℃。

        1.3 SRAP擴(kuò)增PCR反應(yīng)體系

        采用PTC-100PCR儀器來(lái)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并采用25μL反應(yīng)體系:1.25μL引物(25ng/μL)、1.25μL模板DNA(100ng/μL)、12.5μLMix、ddH2O補(bǔ)足25μL。

        反應(yīng)程序:首先94℃5min繼續(xù)94℃1min,35℃1min,72℃1.5min,5個(gè)循環(huán),94℃1min,50℃1min,72℃1.5min,循環(huán)35次后,72℃延伸7min,在4℃溫度下保存。

        1.4 篩選多態(tài)性引物組合

        在篩選過(guò)程中,應(yīng)選擇擴(kuò)增條帶相對(duì)較好、重復(fù)性較高的143對(duì)SPAP引物來(lái)完成SPAP擴(kuò)增。

        1.5 數(shù)據(jù)分析

        用“1”和“0”分別表示SRAP擴(kuò)增譜的有和無(wú),并用多態(tài)性計(jì)算所獲取的數(shù)據(jù);采用NTSYS-pc9(Version2.10e)計(jì)算相應(yīng)的遺傳相似系數(shù)和遺傳距離;聚類圖的建立要按照非加權(quán)平均法(unweighted pairgroup method with arithmetic means,UPGMA)進(jìn)行建立。

        2 .結(jié)果與分析

        2.1 SRAP擴(kuò)增分析

        在143對(duì)引物中篩選出19對(duì)SRPA引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,篩選的擴(kuò)增帶需豐富,并且具有較高的清晰度。在進(jìn)行相應(yīng)的PCR擴(kuò)增后,得到相應(yīng)的擴(kuò)增帶,詳見(jiàn)表1,并條帶的大小范圍在250-2000bp之間。其中,平均每條引物可以獲得擴(kuò)增條帶為14.9條,多態(tài)性條帶為238條,多態(tài)性頻率為84.70%,詳見(jiàn)表2。當(dāng)引物為E1/M11和E4/M7時(shí),擴(kuò)增出的多態(tài)性條帶為20條,相比較其他引物較多,如圖1所示。當(dāng)引物為E5/M7時(shí),擴(kuò)增出的多態(tài)性條帶為8條,相比較其他引物較少。經(jīng)過(guò)上述的分析表明:在經(jīng)過(guò)SRAP標(biāo)記后,其多態(tài)性相對(duì)較高、清晰度較好,在評(píng)價(jià)野生油茶種植資源多樣性方面有十分重要的作用。

        圖1 以E4/M7為擴(kuò)增引物的SRAP圖譜

        表1 用于野生油茶種質(zhì)SRAP分析的引物序列

        表2 SRAP的引物擴(kuò)增條帶統(tǒng)計(jì)

        2.2 遺傳多樣性分析

        物種之間的基因變化情況可以通過(guò)分析遺傳多樣性指標(biāo)來(lái)確定。為了明確物種的起源以及預(yù)測(cè)物種的生長(zhǎng)趨勢(shì),首先需對(duì)物種的遺傳多樣性進(jìn)行相應(yīng)的研究,這對(duì)物種的保存和培育有重要作用。

        本次研究采用19對(duì)SRAP引物對(duì)65份野生油茶種質(zhì)資源進(jìn)行PCR擴(kuò)增,在經(jīng)過(guò)相應(yīng)的擴(kuò)增以后,得到其平均多肽頻率,大約為84.70%。其中,有兩對(duì)的多肽頻率相對(duì)較高,高達(dá)100%。在對(duì)E2/M9、E3/M8、E12/M10進(jìn)行擴(kuò)增分析后發(fā)現(xiàn),其多肽頻率相對(duì)其它物種較低,發(fā)生這種情況的原因可能是與提供的材料有關(guān)。但是總體來(lái)說(shuō),SRAP在評(píng)價(jià)油渣資源的遺傳多樣性方面十分關(guān)鍵,其評(píng)價(jià)的準(zhǔn)確性相對(duì)較高。對(duì)于一些差異相對(duì)較大的遺傳多樣性而言,其充分證明了本次研究具有相對(duì)較大的遺傳變異性,為油茶資源的收集提供了重要的依據(jù),對(duì)后續(xù)的油茶資源培育和雜交育種有重要作用。

        2.3 65份油茶種質(zhì)資源遺傳相似性分析

        就遺傳相似性而言,其能夠準(zhǔn)確的判斷出油茶物種之間的親緣關(guān)系。在通過(guò)19對(duì)引物組合對(duì)65份油茶種質(zhì)資源進(jìn)行分析以后,發(fā)現(xiàn)其遺傳相似性的變化范圍在處于0.59-0.96之間。其中遺傳相似性最高的達(dá)到0.96,說(shuō)明兩種材料之間的親緣關(guān)系相對(duì)較近,而遺傳相似性最低為0.59,說(shuō)明兩材料之間的親緣關(guān)系相對(duì)較遠(yuǎn)。

        2.4 遺傳聚類分析

        經(jīng)上述研究結(jié)果表明:在進(jìn)行的相應(yīng)的PCR擴(kuò)增試驗(yàn)后,發(fā)現(xiàn)野生油茶的遺傳相似性似系數(shù)位于0.59-0.96范圍內(nèi)。其中,在系數(shù)為0.64時(shí),可將其分為6各種群。此時(shí),來(lái)自同一區(qū)域A的野生油茶主要是聚集在Ⅰ類種群中;來(lái)自區(qū)域B的野生油茶分別集中在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ類種群;C區(qū)域的野生油茶集中在Ⅰ、Ⅱ類種群中,區(qū)域D的野生油茶集中在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ類種群中。經(jīng)過(guò)相應(yīng)的研究表明,區(qū)域A、B中的野生油茶遺傳多樣性相比較C、D較低,但是卻具有較高的親緣關(guān)系。

        3 .討論

        本次研究選取分辨力較強(qiáng)、多態(tài)性較高的19對(duì)引物組合,利用相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性分子標(biāo)記技術(shù)(SPAP)對(duì)65份油茶種資源進(jìn)行擴(kuò)增。在進(jìn)行擴(kuò)增以后,得到的多態(tài)性條帶較為豐富,并且清晰度和重復(fù)性較高,這充分說(shuō)明了野生油茶種質(zhì)資源的遺傳多樣性比較豐富,并且容易育種和進(jìn)行遺傳改良。在進(jìn)行聚類分析后,發(fā)現(xiàn)野生油茶的遺傳相似性系數(shù)在0.59-0.96范圍內(nèi),聚類結(jié)果充分說(shuō)明了野生油茶樣品之間存在相應(yīng)的遺傳差異性。此外,從分析結(jié)果中可以看出,當(dāng)植株屬于同一類群時(shí),植株可能是來(lái)源于相同的區(qū)域中,也有可能是來(lái)自不同區(qū)域中,此種結(jié)果充分表明了野生油茶聚類分析并沒(méi)有考慮到植株的來(lái)源地,導(dǎo)致植株的親緣關(guān)系具有一定的復(fù)雜性。產(chǎn)生這種情況的原因主要有以下幾點(diǎn):(1)不同植株之間進(jìn)行授粉、偶然的基因突變、在長(zhǎng)期的自然條件下,油茶為了更好的適應(yīng)環(huán)境,因此具有了多樣性的特征;(2)一部分的樣品沒(méi)有根據(jù)其地理區(qū)域進(jìn)行聚合,這可能是由于油茶自然分化時(shí)地理區(qū)域的影響小于遺傳漂移數(shù)量不均導(dǎo)致聚類結(jié)果不夠均勻。

        綜上所述,本次研究選取的野生油茶種質(zhì)資源生產(chǎn)區(qū)域氣候比較適合油茶的生長(zhǎng)。但是在品種混亂以及粗放式管理的經(jīng)營(yíng)模式下,導(dǎo)致野生油茶的收益并不理想。因此,在未來(lái)的野生油茶育種和保護(hù)的過(guò)程中,需充分利用現(xiàn)有的野生油茶資源,并將其收入到資源庫(kù)中,使得其選擇基地規(guī)模變大。

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