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        長鏈非編碼RNA在抗肝纖維化中作用的研究進(jìn)展

        2021-11-30 17:02:35梁仁久梁堯李建明黃貴華
        醫(yī)學(xué)綜述 2021年15期
        關(guān)鍵詞:抗肝活化纖維化

        梁仁久,梁堯,李建明,黃貴華

        (1.廣西中醫(yī)藥大學(xué),南寧 530200; 2.廣西中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院脾胃肝病科,南寧 530023)

        肝纖維化是病理學(xué)概念,其是指相關(guān)的細(xì)胞因子激活肝星狀細(xì)胞(hepatic stellate cell,HSC),使之趨化增殖,同時(shí)細(xì)胞外基質(zhì)中的膠原蛋白Ⅰ和膠原蛋白Ⅲ持續(xù)不斷堆積,肝內(nèi)結(jié)締組織異常增生,肝膠原構(gòu)成比發(fā)生改變,導(dǎo)致瘢痕形成進(jìn)而發(fā)展為纖維化[1]。若肝纖維化控制不佳,可發(fā)展為肝硬化、肝衰竭、肝性腦病、肝細(xì)胞癌[2]。近年來隨著基因組RNA測序的發(fā)展,非編碼RNA的豐富性、多樣性得以展現(xiàn),其中長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)成為研究熱點(diǎn);lncRNA與細(xì)胞活化、增殖、凋亡、細(xì)胞周期、細(xì)胞分化等密切相關(guān)[3],參與肝臟發(fā)育、生理過程、纖維化和惡性腫瘤的進(jìn)程,調(diào)控肝纖維化的發(fā)生發(fā)展[4]。lncRNA能調(diào)控目的基因的轉(zhuǎn)錄、剪接、翻譯,此外與微RNA(microRNA,miRNA)之間還存在競爭作用,共同調(diào)控肝纖維化進(jìn)程,但對于lncRNA的研究尚不成熟[5-6]。科研工作者注釋了大量的lncRNA,收錄在多個(gè)數(shù)據(jù)庫中,如RNA-central、NONCODE、GENCODE、LNCipedia、lncRNAdb、GeneCards、Ensembl、OMIM[7-10]等。目前,lncRNA在肝纖維化中的生物學(xué)功能和分子機(jī)制尚未完全清楚?,F(xiàn)就lncRNA在抗肝纖維化中的作用研究進(jìn)展予以綜述,以為肝纖維化的診療、預(yù)后提供新思路。

        1 lncRNA概述

        lncRNA的長度>200個(gè)核苷酸,無啟動(dòng)子保守區(qū)、啟動(dòng)密碼子、開放閱讀框、終止密碼子,所以lncRNA是一種不能編碼蛋白的RNA轉(zhuǎn)錄本。lncRNA幾乎均是由RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄后,再經(jīng)過多聚腺苷酸化生成[11],其是較短的轉(zhuǎn)錄物,包含的外顯子較少[12]。lncRNA是根據(jù)它們相對于帶注釋的蛋白質(zhì)編碼基因的轉(zhuǎn)錄位點(diǎn)進(jìn)行分類[13],人類基因組基因約有90 000個(gè),其中含lncRNA的基因約60 000個(gè),并注釋了超過15 000個(gè)lncRNA[14-15]。目前對lncRNA的功能可總結(jié)為4類:信號、誘餌、引導(dǎo)物和支架,同時(shí)它還可以調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的活性或定位,誘導(dǎo)染色質(zhì)重塑,產(chǎn)生選擇性剪接等[16-17]。lncRNA是基因表達(dá)的重要調(diào)節(jié)因子,調(diào)節(jié)方式主要表現(xiàn)在轉(zhuǎn)錄前后,轉(zhuǎn)錄前包括核結(jié)構(gòu)域構(gòu)象的染色質(zhì)修飾、對轉(zhuǎn)錄機(jī)制的干擾、轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子的激活;轉(zhuǎn)錄后包括針對剪接的調(diào)節(jié)、miRNA的衰變以及蛋白質(zhì)的翻譯[18]。lncRNA通過在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后等層面的介入,實(shí)現(xiàn)在各個(gè)層面對基因和蛋白表達(dá)的調(diào)控。近年來,關(guān)于肝纖維化的諸多研究趨向lncRNA在肝纖維化某些信號通路上的調(diào)控機(jī)制。

        2 lncRNA在抗肝纖維化中的作用

        HSC是肝纖維化研究中的基點(diǎn),是導(dǎo)致肝纖維化的中心細(xì)胞類型[19]。HSC的活化增殖、凋亡、自噬是肝纖維化發(fā)展進(jìn)程中的幾個(gè)重要途徑,lncRNA能調(diào)控這些環(huán)節(jié)的發(fā)展,從而影響肝纖維化的發(fā)生發(fā)展。

        2.1調(diào)控HSC的活化、增殖 HSC的激活是肝纖維化發(fā)展的中心環(huán)節(jié)。而lncRNA實(shí)現(xiàn)抗肝纖維化的途徑主要是調(diào)控信號通路目的基因的轉(zhuǎn)錄和目的蛋白的表達(dá),影響HSC的活化、增殖、凋亡。其主要表現(xiàn)形式為通過與其他分子結(jié)合形成復(fù)合物、競爭性地?fù)屨冀Y(jié)合位點(diǎn)、串聯(lián)不同的信號通路等,最終達(dá)到對HSC的調(diào)控,實(shí)現(xiàn)肝纖維化的逆轉(zhuǎn)。

        2.1.1調(diào)控轉(zhuǎn)化生長因子(transforming growth factor,TGF)-β1/Smad信號通路 HSC的活化是肝纖維化的是始動(dòng)環(huán)節(jié),而TGF-β是激活HSC的重要因子,其通過激活TGF-β1/Smad信號通路來促進(jìn)HSC的活化和增殖,阻礙肝臟的自我修復(fù)[20]。研究表明,在定義的3 692個(gè)lncRNA基因座中,被TGF-β信號誘導(dǎo)的lncRNA基因座有139個(gè),被抑制的lncRNA基因座有242個(gè)[21-22]。通過TGF-β1/Smad信號通路調(diào)控肝纖維化的lncRNA主要分為被TGF-β活化的lncRNA(long non-coding RNA activated by transforming growth factor-β,lncRNA-ATB)、肝纖維化相關(guān)lncRNA1、lncRNA-肺腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄本1(lncRNA-metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,lncRNA-MALAT1)、H19等。

        研究表明,lncRNA-MALAT1以堿基互補(bǔ)配對的方式與miR-101或初級miR-101b結(jié)合形成復(fù)合物,調(diào)控相關(guān)蛋白Rac1的表達(dá)[23]。此外,MALAT1和初級miR-101b互為競爭性內(nèi)源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),過表達(dá)miR-101b會(huì)抑制TGF-β1的表達(dá),所以MALAT1/初級miR-101b/Rac1軸可能是抗肝纖維化的重要途徑[24-26]。由此可見,lncRNA不僅可以與其他分子相互結(jié)合共同發(fā)揮調(diào)節(jié)作用,還可以競爭性地?fù)屨嘉稽c(diǎn)實(shí)現(xiàn)抑制性調(diào)節(jié)。在丙型肝炎病毒相關(guān)肝纖維化患者的肝組織、血清及HSC中,lncRNA-ATB的表達(dá)上調(diào);沉默lncRNA-ATB基因,則HSC的活性減弱[27-28]。lncRNA-ATB可以通過TGF-β1/Smad信號通路和Wnt/β聯(lián)蛋白(β-catenin)信號通路抑制丙型肝炎病毒相關(guān)肝纖維化的進(jìn)展;lncRNA-ATB與β-catenin競爭性結(jié)合miR-200a,影響HSC的活化[29]。lncRNA調(diào)控肝纖維化的同時(shí)也對其他疾病表型起到調(diào)控作用。因此,通過刺激目的lncRNA的表達(dá)抑制或上調(diào)關(guān)鍵分子的結(jié)合、表達(dá),阻斷下游通路或控制其他通路的啟動(dòng),終止肝纖維化的進(jìn)一步發(fā)展,甚至逆轉(zhuǎn)肝纖維化,可能成為一種靶向治療途徑。

        2.1.2調(diào)控Wnt/β-catenin信號通路 Wnt/β-catenin信號通路是近年來的研究熱點(diǎn),它參與HSC的活化和肝纖維化的形成,因此抑制、阻斷Wnt/β-catenin信號通路是抗肝纖維化的重要途徑[30]。Wnt是一種配體蛋白,能激發(fā)多個(gè)下游信號靶基因,其中β-catenin介導(dǎo)的Wnt/β-catenin信號通路是經(jīng)典的Wnt通路。當(dāng)Wnt被激活并與細(xì)胞膜表面的卷曲蛋白和低密度脂蛋白受體相關(guān)蛋白家族受體結(jié)合使細(xì)胞內(nèi)蓬亂蛋白Dsh及其同源物被激活,才能避免胞質(zhì)內(nèi)β-catenin蛋白被磷酸化,在胞質(zhì)中積累的β-catenin與轉(zhuǎn)錄因子T細(xì)胞因子/淋巴增強(qiáng)因子結(jié)合,進(jìn)入細(xì)胞核后激活靶基因[31]。

        在Wnt/β-catenin信號通路中,lncRNA通過競爭性結(jié)合miRNA的方式來調(diào)節(jié)肝纖維化,如lncRNA小核RNA宿主基因7(long non-coding RNA small nuclear RNA host gene 7,lncRNA-SNHG7)。lncRNA-SNHG7的長度為2 157 nt,其可上調(diào)HSC的表達(dá);有學(xué)者發(fā)現(xiàn),miR-378a3p可通過與蓬亂蛋白Dsh同源物2結(jié)合,抑制Wnt/β-catenin信號通路[32-33]。然而,lncRNA-SNHG7和miR-378a3p互為ceRNA,lncRNA-SNHG7的存在使得細(xì)胞內(nèi)游離的蓬亂蛋白Dsh同源物2增加,β-catenin在胞質(zhì)內(nèi)累積,進(jìn)而調(diào)控肝纖維化相關(guān)基因,促進(jìn)肝纖維化。同樣,lncRNA-p21也可通過ceRNA途徑競爭性結(jié)合miR-175p,從而上調(diào)HSC中糖原合成酶激酶3β的表達(dá),加速胞內(nèi)β-catenin降解,使Wnt/β-catenin信號通路被抑制,HSC的激活受阻[34]。

        此外,lncRNA-SNHG7還可與miR-29b結(jié)合影響miR-29b下游靶基因DNA甲基轉(zhuǎn)移酶3A的表達(dá),控制HSC的活化、增殖,以達(dá)到抗肝纖維化的目的[35]??梢?,lncRNA-SNHG7能調(diào)控HSC的激活、增殖,可作為抗肝纖維化的靶點(diǎn)。lncRNA對肝纖維化的調(diào)控不僅是單一的作用于某條信號通路上的分子,而是形成了一張相互交織的網(wǎng),可以利用這種相互作用關(guān)系去規(guī)避一些難以突破的環(huán)節(jié),以達(dá)到抗肝纖維化的目的。

        2.2介導(dǎo)HSC凋亡 被激活的HSC呈現(xiàn)兩種狀態(tài):一是回歸靜止?fàn)顟B(tài),二是通過凋亡途徑程序性死亡;其中靜態(tài)HSC可轉(zhuǎn)分化為肌成纖維細(xì)胞樣對應(yīng)物,從而增強(qiáng)細(xì)胞增殖和遷移能力以及α平滑肌肌動(dòng)蛋白的表達(dá),然后誘導(dǎo)細(xì)胞外基質(zhì)沉積并導(dǎo)致肝纖維化[36]。細(xì)胞凋亡是一種重要的肝損傷機(jī)制,lncRNA通過調(diào)控HSC的凋亡影響肝纖維化的發(fā)展;目前,研究較為普遍的凋亡因子和信號通路有血清促凋亡Fas蛋白及其配體、腫瘤壞死因子-α、抗凋亡肝細(xì)胞生長因子、胱天蛋白酶等。

        Yang等[37]發(fā)現(xiàn),胸腺素β4通過抑制磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,PKB/Akt)-核因子κB通路抑制lncRNA-p21介導(dǎo)的肝纖維化、肝細(xì)胞凋亡;lncRNA-p21高表達(dá)能促進(jìn)HSC凋亡加速肝病理性損傷、纖維化,而抑制lncRNA-p21表達(dá)能阻斷這一途徑,減輕肝纖維化。在此調(diào)控途徑中,lncRNA-p21的過表達(dá)升高纖維化相關(guān)蛋白(Ⅰ型膠原、α平滑肌肌動(dòng)蛋白和金屬蛋白酶組織抑制物)水平,并誘導(dǎo)丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶、羥脯氨酸的產(chǎn)生。Yu等[38]發(fā)現(xiàn),lncRNA-p21通過miR-181b和人第10號染色體缺失的磷酸酶及張力蛋白同源基因調(diào)節(jié)肝纖維化;Tu等[39]研究表明,lncRNA-p21過表達(dá)會(huì)加重肝纖維化。Zheng等[40]研究發(fā)現(xiàn),lncRNA-p21也參與HSC的激活過程,提示lncRNA-p21可以誘導(dǎo)肝纖維化??梢?,lncRNA-p21不僅可以通過凋亡途徑調(diào)控肝纖維化,還可與miRNA競爭性結(jié)合位點(diǎn)來控制HSC的活化,進(jìn)而影響肝纖維化進(jìn)展。細(xì)胞的活化和凋亡不是處于一個(gè)絕對、單一的發(fā)展模式,活化后的HSC會(huì)靜息或進(jìn)入凋亡形成一個(gè)代謝周期,所以過度凋亡也會(huì)啟動(dòng)負(fù)反饋調(diào)節(jié),刺激HSC活化,促進(jìn)細(xì)胞外基質(zhì)沉積,加重纖維化。

        lncRNA-母系表達(dá)基因3(lncRNA-maternally expressed gene 3,lncRNA-MEG3)是一種lncRNA,主要功能為抑制腫瘤細(xì)胞生長、上調(diào)抑癌基因p53蛋白表達(dá)、選擇性激活p53靶基因[41]。p53參與凋亡途徑是通過干預(yù)凋亡小體形成的固有線粒體,最終激活胱天蛋白酶;胱天蛋白酶與真核細(xì)胞凋亡密切相關(guān),并參與細(xì)胞的生長、分化與凋亡,是細(xì)胞凋亡的經(jīng)典途徑[42]。He等[22]研究發(fā)現(xiàn),lncRNA-MEG3過表達(dá)能促進(jìn)細(xì)胞凋亡抑制細(xì)胞增殖,減少α平滑肌肌動(dòng)蛋白和Col1A1基因的表達(dá);部分lncRNA-MEG3可通過增加線粒體細(xì)胞色素C的釋放導(dǎo)致胱天蛋白酶活化來實(shí)現(xiàn)。此外,p53的線粒體凋亡途徑參與lncRNA-MEG3誘導(dǎo)的人肝星形細(xì)胞LX-2凋亡。lncRNA的調(diào)控作用不僅局限于凋亡或活化的單一途徑,還可作為一個(gè)工具性分子調(diào)整目的基因、蛋白、細(xì)胞的表達(dá)來影響某個(gè)疾病的發(fā)展,從而達(dá)到診療的目的。

        2.3調(diào)控HSC自噬 自噬是細(xì)胞為維持穩(wěn)態(tài)而發(fā)生的自我降解,是一種細(xì)胞分解代謝機(jī)制,主要通過溶酶體降解大分子和受損的細(xì)胞器[43]。在HSC的活化過程中,自噬也參與其中,但潛在的分子機(jī)制較復(fù)雜,尚未闡述清晰。研究表明,自噬釋放的脂質(zhì)可通過激活HSC促進(jìn)纖維化;抑制自噬可以逆轉(zhuǎn)HSC的活化[44-45]。

        Xie等[35]研究發(fā)現(xiàn),lncRNA-SNHG7在肝纖維化模型小鼠HSC中的表達(dá)明顯增加,通過沉默lncRNA-SNHG7可以抑制HSC的活化和自噬相關(guān)因子以及HSC的增殖;敲除lncRNA-SNHG7可抑制DNA甲基轉(zhuǎn)移酶3A和HSC活化因子(SMA、Coll1)以及自噬相關(guān)因子(微管相關(guān)蛋白1輕鏈3、Beclin1)的表達(dá),進(jìn)而實(shí)現(xiàn)抗肝纖維化。而miR-29b與SNHG7互為ceRNA,可逆轉(zhuǎn)這種效應(yīng),影響HSC的自噬、激活、增殖。

        lncRNA-H19是最早發(fā)現(xiàn)的lncRNA之一,lncRNA-H19在正常肝臟中的表達(dá)被抑制,但在肝纖維化時(shí)表達(dá)顯著增加;lncRNA-H19參與自噬調(diào)節(jié),其促進(jìn)自噬并與PI3K/Akt/哺乳動(dòng)物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信號通路相關(guān)[46-49]。PI3K/Akt/mTOR信號通路是細(xì)胞暴露于饑餓、感染等特定條件下自噬的典型負(fù)調(diào)控通路[50]。TGF-β1可促進(jìn)HSC自噬和活化,其中胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白相關(guān)蛋白1可能與TGF-β1相互作用影響HSC的活化和自噬效應(yīng),加重肝纖維化[51];Huang等[52]發(fā)現(xiàn),H19與PI3K/Akt/mTOR信號通路相互調(diào)節(jié)促進(jìn)自噬,從而參與胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白相關(guān)蛋白1誘導(dǎo)的HSC活化。

        lncRNA X染色體失活特異性轉(zhuǎn)錄本(X inactive specific transcript,XIST)可能含有miR-29b結(jié)合位點(diǎn);研究表明,miR-29b-3p靶向并抑制高遷移率族蛋白B1(high mobility group box 1 protein,HMGB1)的表達(dá)[53];而HMGB1可誘導(dǎo)自噬,從而促進(jìn)HSC活化和肝纖維化。研究表明,lncRNA-XIST作為海綿狀miR-29b的ceRNA促進(jìn)HMGB1的表達(dá),從而誘導(dǎo)自噬同時(shí)也促進(jìn)HSC的活化[54]。所以,lncRNA-XIST通過miR-29b/HMGB1軸增強(qiáng)乙醇誘導(dǎo)的HSC活化和自噬。HSC激活后自噬增加,這是因?yàn)樽允僧a(chǎn)生的能量底物驅(qū)動(dòng)了HSC的激活[46,55],所以自噬效應(yīng)被抑制可減輕HSC的激活強(qiáng)度,甚至減輕肝損傷。

        lncRNA通過自噬途徑調(diào)控HSC的自噬和活化不是單純的細(xì)胞器或蛋白質(zhì)的消耗清除,而是多個(gè)途徑介導(dǎo)并有miRNA參與。如TGF-β1既參與HSC的活化又參與自噬;但自噬又是活化所必需的一個(gè)環(huán)節(jié),自噬的產(chǎn)物為HSC的激活提供能量底物。因此,HSC的活化增殖、凋亡、自噬形成了一個(gè)相互影響的反饋鏈,而lncRNA在其中扮演重要角色。

        3 小 結(jié)

        HSC是肝纖維化的中心細(xì)胞,lncRNA通過介導(dǎo)諸多信號通路來調(diào)控HSC的活化增殖、凋亡、自噬;HSC的活化、自噬、凋亡之間相互影響可能與lncRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)相關(guān),且miRNA也參與調(diào)控形成一個(gè)復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)體系。在這個(gè)網(wǎng)絡(luò)體系中,lncRNA除直接調(diào)控信號通路上相關(guān)基因、蛋白的表達(dá)外,還可以作為ceRNA發(fā)揮作用。這類作為ceRNA的lncRNA具有miRNA“種子序列”,與miRNA樣海綿結(jié)合,從而阻止miRNA與靶信使RNA結(jié)合,這種海綿結(jié)合是最普遍的[56]。lncRNA作為一種ceRNA,與miRNA、通路、特定結(jié)構(gòu)域或蛋白質(zhì)等分子相互作用;在轉(zhuǎn)錄組中形成了一個(gè)大規(guī)模ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),如傳統(tǒng)的ceRNA/信使RNA/miRNA。目前,對lncRNA的研究尚處于初級探索階段,ceRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控體系規(guī)模龐大,lncRNA在肝纖維化發(fā)生和發(fā)展過程中的作用還需深入研究。

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