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        非洲豬瘟病毒及其分子檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展

        2021-11-28 23:23:09呂美慧曹際娟李海濤
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)方法

        呂美慧,曹際娟,李海濤,郭 昕,劉 俊

        (1.大連工業(yè)大學(xué) 食品學(xué)院 ,遼寧 大連116000; 2.大連民族大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,遼寧 大連 116605;3.天津市理化分析中心有限公司,天津 300051; 4.成都海關(guān)技術(shù)中心,四川 成都 610041)

        1 流行現(xiàn)狀分析

        ASF最早于1921年在肯尼亞暴發(fā),隨后相繼擴(kuò)散至歐洲、中美洲、非洲和亞洲等多個(gè)國(guó)家。自2018年以來(lái)先后傳播到蒙古、越南、柬埔寨、老撾、朝鮮、菲律賓、緬甸、韓國(guó)、印度尼西亞等亞太國(guó)家。由該疫病的傳播范圍可以發(fā)現(xiàn),此病毒可以不受地域限制進(jìn)行大范圍傳播,傳染性強(qiáng),世界上所有開(kāi)展養(yǎng)豬業(yè)的國(guó)家均有感染該病毒的風(fēng)險(xiǎn)。2018年8月3日,經(jīng)中國(guó)動(dòng)物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心確診,ASF在我國(guó)沈陽(yáng)首次發(fā)現(xiàn)[10]。隨后在江蘇、浙江等各個(gè)省份也陸續(xù)爆發(fā)。目前疫病仍在持續(xù)中[11]。2019年3月起豬肉價(jià)格快速上漲[12],人民生活受到一定影響。由此可見(jiàn),與往年爆發(fā)的生豬疫病、禽流感等不同,ASF的傳播范圍更廣,負(fù)面影響更大、程度更深,人民損失更重。

        據(jù)中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部報(bào)導(dǎo),2020年以來(lái),全球共有26個(gè)國(guó)家和地區(qū)發(fā)生了2197起家豬和7238起野豬共計(jì)9435起非洲豬瘟疫情。可見(jiàn)非洲豬瘟的傳播仍在繼續(xù),對(duì)ASF的防控工作也勢(shì)在必行。

        2 ASF檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展

        由于ASFV的感染機(jī)制極為復(fù)雜,基因型多,目前尚未研制出有效的疫苗,只能通過(guò)捕殺患病豬切斷傳染源,無(wú)害化處理,從而控制疫病傳播[13]。但這一方法會(huì)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失,因此對(duì)可能患病的豬群應(yīng)進(jìn)行早期ASFV檢測(cè)從而避免擴(kuò)大傳染尤為重要。ASFV的快速檢測(cè)主要分為兩大類(lèi):一類(lèi)是分子生物學(xué)檢測(cè),一類(lèi)是免疫學(xué)檢測(cè)。

        2.1 分子生物學(xué)檢測(cè)

        2.1.1 常規(guī)PCR

        PCR即聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),是一種用于擴(kuò)增特定的DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù),它可以看作是生物體外的特殊DNA復(fù)制[14],PCR技術(shù)具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、簡(jiǎn)單、迅速、對(duì)樣品的純度要求低等優(yōu)點(diǎn)。

        LUO Yuzi,Atim Stella A等[15]根據(jù)GenBank中所有ASFV的vp72基因序列的高度保守區(qū),設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物,建立了一種PCR檢測(cè)方法。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,檢測(cè)限為每次反應(yīng)60個(gè)DNA拷貝。特異性實(shí)驗(yàn)未觀察到非ASF的擴(kuò)增信號(hào)。對(duì)來(lái)自不同地理區(qū)域的14株代表I、V、VIII和IX基因型的14株ASFV進(jìn)行檢測(cè)與OIE推薦的方法相比具有足夠的靈敏度與準(zhǔn)群性。多序列比對(duì)表明,本研究中使用的引物具有足夠的保守性,足以覆蓋這些基因II型菌株,可以靈敏、通用地檢測(cè)ASFV。

        2.1.2 實(shí)時(shí)熒光定量PCR

        我國(guó)在一段時(shí)期中的經(jīng)濟(jì)發(fā)展理念是先發(fā)展,之后再進(jìn)行治理,這種模式雖然能夠取得一定的經(jīng)濟(jì)效益,但是這也在一定程度上對(duì)生態(tài)造成了破壞。而隨著生態(tài)環(huán)境的進(jìn)一步惡化、水土流失和土地荒漠化的問(wèn)題更加突出。因此,應(yīng)該采取一定的措施進(jìn)行營(yíng)林護(hù)林工程的建設(shè)。在十八大的會(huì)議上,我國(guó)提出了“五位一體”建設(shè)規(guī)劃,其中比較重要的內(nèi)容是綠色發(fā)展的理念,這個(gè)理念的提出充分體現(xiàn)了我國(guó)進(jìn)行生態(tài)文明建設(shè)的決心和改善生態(tài)環(huán)境建設(shè)的目標(biāo)。對(duì)林地進(jìn)行管理的強(qiáng)化不僅能夠提升林場(chǎng)的經(jīng)濟(jì)效益,同時(shí)還能在一定程度上實(shí)現(xiàn)林業(yè)規(guī)模的擴(kuò)大,為實(shí)現(xiàn)生態(tài)文明和經(jīng)濟(jì)建設(shè)提供堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

        實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,最后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法[16]。實(shí)時(shí)熒光PCR有效解決了常規(guī)PCR只能終點(diǎn)監(jiān)測(cè)的問(wèn)題,使PCR技術(shù)得到進(jìn)一步優(yōu)化[17]。

        曾少靈[18]等,依據(jù)ASFV的VP73基因保守序列,設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物建立了ASFV實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法。與OIE推薦用于檢測(cè)ASFV的實(shí)時(shí)熒光PCR和普通PCR方法進(jìn)行比對(duì),靈敏度與OIE熒光PCR方法相當(dāng),但比普通PCR方法高出至少10倍,最低檢測(cè)限可達(dá)10拷貝/uL。通過(guò)對(duì)大量樣品的檢測(cè)得到此方法對(duì)ASF的各基因型具有普遍適用性。臨床試驗(yàn)結(jié)果與OIE結(jié)果一致。

        多重?zé)晒舛縋CR,是在PCR反應(yīng)體系中加入2對(duì)或2對(duì)以上引物,達(dá)到同時(shí)擴(kuò)增出多個(gè)DNA片段的目的,反應(yīng)原理,反應(yīng)試劑和操作過(guò)程與PCR大致相同[19]。多重?zé)晒舛縋CR為臨床樣品中多重病毒基因的同時(shí)檢測(cè)提供了一種快速、敏感和特異的技術(shù)手段。多種病原體在同一反應(yīng)管內(nèi)同時(shí)檢出,既節(jié)約了時(shí)間又避免了大量試劑的浪費(fèi)[20]。

        Felicity J Haines等[21],建立了一種單步、多重、實(shí)時(shí)的多聚酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)方法,用于同時(shí)鑒別診斷豬瘟病毒(CSFV)和非洲豬瘟病毒(ASFV)以及外源性內(nèi)控RNA(IC-RNA)。結(jié)合單一提取方法引物和探針組合檢測(cè)三種靶核酸CSFV、ASFV和IC-RNA。實(shí)驗(yàn)優(yōu)化后檢測(cè)限為5個(gè)豬瘟病毒基因組拷貝數(shù)和22個(gè)單鏈抗體基因組拷貝數(shù)。這種檢測(cè)方法針對(duì)目前所描述的24種ASFV基因型中的8種進(jìn)行檢測(cè),有良好的特異性與敏感性。

        直擴(kuò)熒光定量PCR即一種無(wú)需提取DNA,直接從樣品中擴(kuò)增ASFV靶基因的一種熒光定量PCR方法。直擴(kuò)熒光定量PCR采用了高耐受性的DNA聚合酶,不容易受樣品中抑制因子的影響,無(wú)需提取核酸,因此從一定程度上降低了交叉污染的可能性,增強(qiáng)了該技術(shù)的檢測(cè)實(shí)用性能。

        張彩虹等[22],根據(jù)ASFV的VP72基因序列,設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物和探針,建立了免提取DNA直接檢測(cè)樣品中ASFV的熒光定量PCR方法。結(jié)果顯示,對(duì)ASFV檢測(cè)敏感性可達(dá) 1×10-6,與OIE推薦的熒光PCR的檢測(cè)敏感相似。特異性實(shí)驗(yàn)與6種其他病毒未出現(xiàn)交叉反應(yīng)。分別用建立的直擴(kuò)熒光定量PCR方法和OIE推薦的傳統(tǒng)的熒光定量PCR方法對(duì)240 份豬全血臨床樣品進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果顯示,240份臨床樣品均未檢出ASFV,該結(jié)果與OIE推薦的傳統(tǒng)的熒光PCR的檢測(cè)結(jié)果一致。由于未對(duì)24種基因型進(jìn)行覆蓋率檢測(cè),此種方法仍有待進(jìn)一步研究。

        2.1.3 微滴式數(shù)字PCR

        微滴式數(shù)字PCR是在PCR擴(kuò)增前對(duì)樣品進(jìn)行微滴化處理,每個(gè)微滴經(jīng)PCR擴(kuò)增后,對(duì)每個(gè)微滴逐個(gè)進(jìn)行檢測(cè),根據(jù)陽(yáng)性微滴的個(gè)數(shù)與比例和泊松分布原理即可得出靶分子的起始拷貝數(shù)[23]。新型的微滴數(shù)字PCR完全可以應(yīng)用于ASFV的檢測(cè)并且具有更高的靈敏度,并且不依賴(lài)內(nèi)參基因與Ct值即可確定靶分子的數(shù)目。

        原霖等[24]根據(jù)ASFV的P72基因序列,設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物和探針,建立了微滴數(shù)字PCR技術(shù),并與OIE提供的PCR技術(shù)進(jìn)行對(duì)比。結(jié)果顯示,該方法的最低檢測(cè)限可達(dá)0.8拷貝·μL-1,敏感性高于PCR,特異性實(shí)驗(yàn)顯示不與豬常見(jiàn)的6種病毒發(fā)生交叉反應(yīng),而且重復(fù)性較好。用微滴數(shù)字PCR與qPCR技術(shù)分別對(duì)78份臨床病料進(jìn)行ASFV的檢測(cè),兩種檢測(cè)方法得到的結(jié)果相同,此方法同樣未對(duì)24種基因型進(jìn)行覆蓋率檢測(cè),所以仍有待進(jìn)一步研究。

        2.1.4 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增法(LAMP)

        環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增法是一種新型的恒溫核酸擴(kuò)增方法,是針對(duì)靶基因的6個(gè)區(qū)域設(shè)計(jì)4種特異引物,利用一種鏈置換DNA聚合酶在等溫條件下(63 ℃左右)保溫30~60分鐘,即可完成核酸擴(kuò)增[25]。LAMP與PCR相比,LAMP不需要模板的熱變性、溫度循環(huán)等過(guò)程,是一種全新的核酸擴(kuò)增方法,具有簡(jiǎn)單、快速、特異性強(qiáng)等特點(diǎn)。可不依賴(lài)任何專(zhuān)門(mén)的儀器設(shè)備而實(shí)現(xiàn)快速檢測(cè),檢測(cè)成本遠(yuǎn)低于熒光定量PCR。

        WANG Deguo,YU Jianghan等[26],通過(guò)設(shè)計(jì)了以ASFV 的P10基因?yàn)榘悬c(diǎn)的引物,優(yōu)化反應(yīng)體系,建立了ASFV的LAMP技術(shù)。結(jié)果表明,LAMP技術(shù)能夠準(zhǔn)確、特異地檢測(cè)出ASFV,檢出限為6拷貝·μL-1。此技術(shù)可對(duì)ASFV的一部分基因Ⅱ型與一些未在基因庫(kù)中查到的基因型有特異性。采集了240份烹調(diào)豬肉樣品。其中,我們研制的ASFV核酸實(shí)時(shí)燈檢測(cè)法和目測(cè)燈法均未檢測(cè)出陽(yáng)性,與OIE推薦的傳統(tǒng)的熒光PCR的檢測(cè)結(jié)果一致。

        2.1.5 重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)與重組酶介導(dǎo)核酸擴(kuò)增(RAA)

        重組酶聚合酶擴(kuò)增,重組酶與引物結(jié)合形成的蛋白-DNA復(fù)合物。當(dāng)引物定位了同源序列,就會(huì)發(fā)生鏈交換反應(yīng)形成并啟動(dòng)DNA合成,對(duì)模板上的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行指數(shù)式擴(kuò)增。整個(gè)過(guò)程進(jìn)行得非常快,一般可在十分鐘之內(nèi)獲得可檢出水平的擴(kuò)增產(chǎn)物[27]。

        重組酶介導(dǎo)核酸擴(kuò)增技術(shù),是一種利用重組酶、單鏈結(jié)合蛋白和DNA聚合酶在等溫條件下進(jìn)行核酸擴(kuò)增的技術(shù),5-20分鐘就可實(shí)現(xiàn)儀器擴(kuò)增。與RPA不同的是,RAA擴(kuò)增法使用的是從細(xì)菌或真菌中獲得的重組酶[28]。

        FAN Xiaoxu, LI Lin等[29],以ASFV的 B646L基因p72為靶點(diǎn)分別設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物,對(duì)兩種基于重組酶的等溫?cái)U(kuò)增法RPA法和RAA法進(jìn)行了評(píng)價(jià)。結(jié)果表明,RPA和RAA的分析靈敏度分別為每次反應(yīng)93.4和53.6拷貝,且不與其他非ASFV有交叉反應(yīng)。它們對(duì)所有24種ASFV基因型都具有普遍的特異性。收集了152份ASFV樣本。比較了實(shí)時(shí)RPA/RAA檢測(cè)與實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)的性能。實(shí)時(shí)RPA/RAA與實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)結(jié)果的一致。但相較于PCR,RAA與RPA仍存在假陽(yáng)性的結(jié)果并且靈敏度較低。

        2.2 免疫學(xué)檢測(cè)

        ELISA法即酶聯(lián)免疫吸附技術(shù),利用抗原抗體之間專(zhuān)一的共價(jià)結(jié)合的特性,對(duì)檢體進(jìn)行檢測(cè)[30]。此方法適合于大量動(dòng)物群體樣本檢測(cè)的需要,是當(dāng)前在動(dòng)物疫病的檢疫和監(jiān)測(cè)中應(yīng)用最為廣泛的免疫學(xué)檢測(cè)技術(shù)[31]。

        膠體金試紙條技術(shù)是采用膠體金免疫層析技術(shù)研制而成,該技術(shù)是在免疫滲透技術(shù)的基礎(chǔ)上建立的一種簡(jiǎn)易快速的免疫學(xué)檢測(cè)技術(shù)[32]。通過(guò)抗原抗體結(jié)合,并利用膠體金呈現(xiàn)顏色反應(yīng),檢測(cè)抗原抗體。但是,目前為止,未見(jiàn)采用免疫學(xué)方法檢測(cè)非洲豬瘟病毒的研究報(bào)道。

        3 結(jié) 語(yǔ)

        ASF是一種急性、熱性的傳染病,在豬群中可大范圍傳染,為防止此疫病在中國(guó)進(jìn)一步流行,加強(qiáng)對(duì)此病毒檢測(cè)調(diào)查和主動(dòng)監(jiān)測(cè)排查工作刻不容緩。OIE推薦的檢測(cè)方法包括病毒分離、熒光抗體檢測(cè)以及常規(guī)和實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)[33]。由于病毒分離過(guò)程復(fù)雜、耗時(shí)長(zhǎng),通常用于確證診斷和分子研究。中國(guó)流行的ASFV屬于強(qiáng)毒株,感染豬一般在未產(chǎn)生抗體或少量抗體時(shí)已經(jīng)死亡,并且在臨床癥狀出現(xiàn)的兩天前,受ASF感染的豬大量散播病毒[34],所以當(dāng)前檢測(cè)主要針對(duì)抗原進(jìn)行。在病原學(xué)檢測(cè)技術(shù)中,LAMP需要四個(gè)甚至更多的引物,引物設(shè)計(jì)通常十分復(fù)雜。PCR技術(shù)具有高靈敏度,特異性,快速的優(yōu)點(diǎn),可以在癥狀出現(xiàn)前完成檢測(cè),是目前實(shí)驗(yàn)室常用的檢測(cè)方法[35]。

        隨著國(guó)家的嚴(yán)格管控與人民安全意識(shí)的提高,大量養(yǎng)殖企業(yè)對(duì)ASF疫情進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)控[36],這將使ASF在中國(guó)傳播速度逐漸放緩。

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