羅 芬
(中南民族大學生物醫(yī)學工程學院 湖北·武漢 430074)
阿爾茲海默癥(Alzheimer’s Disease,AD)是一種慢性的神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病,在患病早期表現(xiàn)為輕度認知障礙(Mild Cognitive Impairment,MCI),健康個體發(fā)展為阿爾茨海默病患者之間的過渡態(tài)即為MCI。隨著時間的推移一類MCI會保持相對穩(wěn)定,不會發(fā)展為AD,被稱為stable MCI(sMCI);反之,具有較大發(fā)展為AD可能性的發(fā)展型MCI稱為develop MCI(pMCI)。對于醫(yī)生來講,在這個時期很難僅通過影像對患者的發(fā)展情況做預判。如果可以在早期階段就能診斷該疾病,對于發(fā)掘阿爾茲海默癥的基本患病原理和機制研究,以及控制病情的發(fā)展具有重大意義。
針對以往采用傳統(tǒng)機器學習的方法計算量較大,獲得的預測精度不高,可靠性較低等問題,本研究采用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與高效通道注意模塊融合的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),對MCI患者的結(jié)構(gòu)核磁共振圖像(sMRI)和統(tǒng)計學和神經(jīng)心理學信息組合后進行分析。
針對三維醫(yī)學圖像單個樣本數(shù)據(jù)量較大的特點,同時受Xception[1](Chollet,2017;Velickovic et al,2016)提出的深度可分離卷積層,以及ECA-Net[2](Qilong Wang et al,2020)提出的有效通道注意模塊的啟發(fā)。本研究采用三維卷積與有效通道注意模塊結(jié)合的模式,三維卷積的使用可以降低將近2倍的計算量,有效通道注意模塊可以為與患者發(fā)病相關(guān)的腦區(qū)分配更多的權(quán)重,有助于提高分類精度。
近年來,有效的通道注意機制在提高深度卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的性能方面顯示出了巨大的潛力。有效通道注意模塊如圖1所示。
圖1:有效通道注意模塊
設(shè)卷積塊的輸入為 X∈RW×H×C,W、H、C 分別為寬度、高度和通道維度(即濾波器數(shù)量)。因此,SE模塊(squeeze and excitation networks,即SENet)中通道的權(quán)值可以這樣計算
本研究使用的數(shù)據(jù)均來自阿爾茲海默病神經(jīng)影像計劃(ADNI)數(shù)據(jù)庫(http://adni.loni.usc.edu/),在分類之前,所有的T1加權(quán)MRI圖像首先進行顱骨剝離操作,以去除不相干組織。接下來,進行偏置場矯正,以消除圖像亮度差異。最后進行配準操作,將圖像配準到公共模板上(即MNI152_T1_1mm)。我們的預處理后的圖像如圖2所示,本研究處理后的圖像尺寸為:182*218*182*1。
圖2:預處理圖像截圖
本研究為二分類,結(jié)果計為正例(positive)和負例(negtive),True positives(TP),F(xiàn)alse positives(FP),F(xiàn)alse negatives(FN),True negatives(TN).正確率(ACC)是很常見的評價指標,一般正確率越高,分類器越好。靈敏度(SEN)表示分類器對正例的識別能力。特異性(SPE)表示分類器對負例的識別能力。
ROC(receiver operating characteristic curve),又稱為感受性曲線,是衡量靈敏度和特異性連續(xù)變量的綜合指標。AUC(Area Under roc Curve)是ROC曲線下面積的簡稱。
共計5個實驗組:(1)Clinical features(僅臨床特征組);(2)MRI(僅醫(yī)學圖像組);(3)MRI+ECA(加入ECA模塊的醫(yī)學圖像組);(4)MRI+Clinical features(醫(yī)學圖像和臨床特征結(jié)合組);(5)MRI+Clinical features+ECA(醫(yī)學圖像和臨床特征以及ECA模塊組合組)。
本研究所取得實驗組的AUC,ACC,SEN,SPE參數(shù)如表1所示,在僅使用患者年齡,性別,MMSE分數(shù)作為輸入時取得的AUC為0.680,準確度為77.2%;僅使用預處理后的核磁圖像作為輸入采用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的情況下獲得的AUC為0.740;MRI與臨床特征相結(jié)合的情況下采用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)取得的AUC結(jié)果為0.890,在此神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上加入ECA模塊后分類結(jié)果取得了最佳值A(chǔ)UC達到0.930,準確度為89.1%。
表1:本研究使用的模型組合在pMCI vs sMCI分類任務上的性能指標的比較表
神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)參數(shù)設(shè)置保持不變,這包括所有層和塊的輸出率設(shè)為0.1,卷積和全連接層中所有參數(shù)的L2范數(shù)懲罰設(shè)為0.00005;卷積核權(quán)值初始化.采用Adam優(yōu)化器,以指數(shù)衰減學習率最小化目標函數(shù)損失。
實驗證明,本研究開發(fā)的融合有效通道注意模塊的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),在識別出3年內(nèi)可能發(fā)展為AD的pMCI患者取得了較好的效果,在預測輕度腦疾病發(fā)展方面具有很大的潛力。