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        黑曲霉GOD基因在枯草芽孢桿菌中的表達(dá)

        2021-11-15 02:57:44于思穎張靜博曹平華李元曉馬彥博
        養(yǎng)殖與飼料 2021年11期
        關(guān)鍵詞:黑曲霉枯草芽孢

        于思穎 程 鵬 張靜博 曹平華 李元曉 馬彥博 李 旺

        河南科技大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院,河南洛陽(yáng) 471023

        葡萄糖氧化酶(glucose oxidase,GOD)是一類含有黃素腺嘌呤二核苷酸(flavine adenine dinucleotide,F(xiàn)AD)的二聚體蛋白酶,能夠特異性催化β-D-葡萄糖被氧化成葡萄糖酸和過(guò)氧化氫[1]。GOD 基于其安全無(wú)毒等特性廣泛地應(yīng)用于飼料添加劑、食品、制藥和化學(xué)等領(lǐng)域[2-7]。

        枯草芽孢桿菌(B.subtilis)作為一種革蘭氏陽(yáng)性菌,已被美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)評(píng)為生物安全(Generally regarded as safe,GRAS)菌株[8],具有易于培養(yǎng)、繁殖速度快、遺傳背景清晰等特點(diǎn)。與大腸桿菌相比,其具有優(yōu)異的蛋白分泌能力,方便下游表達(dá)產(chǎn)物的分離;同時(shí),B.subtilis具有良好的發(fā)酵工藝技術(shù),這為目的產(chǎn)物進(jìn)一步擴(kuò)大生產(chǎn)提供了基礎(chǔ)。B.subtilis表達(dá)系統(tǒng)已表達(dá)了多種產(chǎn)物并廣泛應(yīng)用于制藥、食品和飼料等行業(yè)中[9-13]。

        目前,大部分GOD 為野生菌或誘導(dǎo)菌生產(chǎn),存在酶活力低且后續(xù)純化困難等問(wèn)題,基因工程表達(dá)的GOD宿主多為畢赤酵母,由于畢赤酵母的表達(dá)往往需要甲醇誘導(dǎo),難以直接應(yīng)用于飼料和養(yǎng)殖生產(chǎn)。因此,本研究克隆了來(lái)源于黑曲霉的GOD 基因,以野生型動(dòng)物益生菌為宿主,以期獲得高效表達(dá)GOD 的枯草芽孢桿菌,推動(dòng)其在動(dòng)物養(yǎng)殖中的應(yīng)用。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        1)土樣:采自河南省洛陽(yáng)市某葡萄園,采用多點(diǎn)混合法采集0~10 cm的土壤。

        2)菌株、質(zhì)粒和引物見(jiàn)表1。

        表1 本試驗(yàn)所用菌株、質(zhì)粒和引物

        3)主要試劑:鄰聯(lián)茴香胺、辣根過(guò)氧化物酶、真菌DNA提取試劑盒購(gòu)自上海生工生物有限公司;Taq DNA 聚合酶、dNTPs、DNA Marker、蛋白質(zhì)Marker 購(gòu)自Takara 公司;T4DNA 連接酶、NotI、NdeI、HindⅢ限制性內(nèi)切酶購(gòu)自Sigama 公司;質(zhì)粒小提試劑盒、膠回收試劑盒購(gòu)自天根生化科技(北京)有限公司;其他化學(xué)試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。

        4)培養(yǎng)基。

        ①平板分離培養(yǎng)基:葡萄糖80 g/L、蛋白胨3 g/L、硫酸銨0.4 g/L、磷酸二氫鉀0.19 g/L、硫酸鎂0.16 g/L、碳酸鈣3.5 g/L、可溶性淀粉10 g/L、碘化鉀1.7 g/L、脫氧膽酸鈉0.2 g/L、加入適量鏈霉素(100 μg/mL)、瓊脂粉15 g/L、磷酸緩沖液0.1 mol/L,pH為5.6。

        ②發(fā)酵培養(yǎng)基:葡萄糖80 g/L、蛋白胨3 g/L、磷酸二氫鉀2 g/L、硫酸鎂0.7 g/L、氯化鉀0.5 g/L、硝酸鈉0.4 g/L、碳酸鈣3.5 g/L,自然pH。

        ③PDA 培養(yǎng)基:馬鈴薯200 g(加水1 L,煮沸30 min,紗布過(guò)濾),葡萄糖20 g,補(bǔ)水至1 L,自然pH,配制固體培養(yǎng)基時(shí)加入瓊脂粉20 g/L。

        ④LB 培養(yǎng)基:蛋白胨10 g/L,酵母膏5 g/L,NaCl 10 g/L;pH 7.0,121 ℃下滅菌20 min,配置固體培養(yǎng)基時(shí)加入瓊脂粉20 g/L??剐耘囵B(yǎng)基中Amp的最終質(zhì)量濃度是100 μg/mL。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1)菌株篩選。采用Fiedure.K.J 顯色法,稱取10 g 采集的土樣置于滅菌的裝有100 mL生理鹽水且?guī)в羞m量玻璃珠的250 mL錐形瓶中,28 ℃,160 r/min振蕩培養(yǎng)30 min。然后用無(wú)菌水稀釋上清液至10-3、10-4、10-53個(gè)稀釋度,分別用無(wú)菌槍頭吸取100 μL 涂布于預(yù)先配制且滅菌的平板分離培養(yǎng)基,28 ℃培養(yǎng)3 d 后置于4 ℃冰箱中靜置,觀察藍(lán)紫色顏色圈,選取較大顏色圈中的菌株接種于PDA 斜面培養(yǎng)基,28 ℃培養(yǎng)至長(zhǎng)出成熟孢子,保存于4 ℃。將初篩得到的斜面培養(yǎng)的菌株接種于發(fā)酵培養(yǎng)基中,28 ℃、180 r/min搖床振蕩培養(yǎng)5 d,取發(fā)酵上清液及菌體測(cè)酶活。

        2)酶活力測(cè)定方法。

        ①葡萄糖氧化酶酶活的定義:在pH 5.6,溫度為30 ℃的條件下,每分鐘催化1 μmol葡萄糖轉(zhuǎn)化為葡萄糖酸和過(guò)氧化氫所需的葡萄糖氧化酶的量定義為1個(gè)酶活力單位(U)。

        ②底物體系:吸取1 mL 5%葡萄糖溶液,2 mL 0.07 g/L 鄰聯(lián)茴香胺溶液,0.1 mL 60 U/mg 辣根過(guò)氧化物酶溶液于同一試管中,30 ℃恒溫水浴10 min。

        ③酶活測(cè)定:吸取0.1 mL 稀釋10 倍后的粗酶液于底物中搖勻,于波長(zhǎng)460 nm 處每1 min 記錄1次吸光度值(A460nm),共測(cè)定5 min,以A460nm對(duì)時(shí)間作圖,計(jì)算最大斜率ΔA(min),根據(jù)下式計(jì)算酶活(X):

        X=ΔA*f/(11.3*t*V1/V2)

        式中:f為粗酶液稀釋倍數(shù);11.3 為消光系數(shù);t為感應(yīng)時(shí)間,min;V1為粗酶液體積,mL;V2為反應(yīng)液總體積,mL。

        3)基因組DNA的提取與目的基因的克隆。

        ①菌體的預(yù)處理:采用PDA 培養(yǎng)基平板活化待測(cè)菌株,于28 ℃培養(yǎng)至長(zhǎng)出褐色孢子,之后接種于PDA 液體培養(yǎng)基,30 ℃、180 r/min 振蕩培養(yǎng)2~3 d,過(guò)濾出菌體,-80 ℃凍存。

        ②基因組DNA 的提取與鑒定:取凍存的菌體,在液氮中研磨,稱取0.2 g 研磨后的菌體,參照真菌DNA 抽提試劑盒提取待測(cè)菌株的基因組DNA,-20 ℃保存?zhèn)溆?。采用真菌通用引物ITS1與ITS4 對(duì)5.8S rDNA-ITS 區(qū)序列進(jìn)行PCR 擴(kuò)增(94 ℃3 min,94 ℃30 s,55 ℃30 s,72 ℃2 min,運(yùn)行35 個(gè)循環(huán),72 ℃終延伸10 min),PCR 反應(yīng)產(chǎn)物送至北京六合華大基因公司測(cè)序。

        ③目的基因的克?。焊鶕?jù)NCBI GenBank 上已公布的黑曲霉GOD 基因序列(登錄號(hào):MH593586.1),設(shè)計(jì)克隆GOD 基因所用的特異性引物F、R。以黑曲霉基因組DNA 為模板,F(xiàn)、R 為引物進(jìn)行PCR 擴(kuò)增(98 ℃10 s,55 ℃30 s,72 ℃2 min,運(yùn)行30 個(gè)循環(huán)),PCR 產(chǎn)物經(jīng)純化回收后得到GOD 基因片段,連接pGEM-T Easy 載體,并轉(zhuǎn)化E.coliDH5α,通過(guò)藍(lán)白斑篩選,挑取白斑單菌落經(jīng)菌落PCR 鑒定獲得陽(yáng)性克隆子,提取pGEM-T-GOD 質(zhì)粒雙酶切驗(yàn)證后送測(cè)序,保存測(cè)序正確的菌株。

        4)重組表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建。結(jié)合枯草芽孢桿菌密碼子偏好性,對(duì)黑曲霉GOD編碼序列進(jìn)行密碼子優(yōu)化,優(yōu)化后的氨基酸序列及核酸序列如下,在N端加上了34 個(gè)氨基酸信號(hào)肽(綠色部分),C 端加上了His-tag(紅色部分)。在核酸序列兩端添加NdeI(黃色序列)和HindⅢ(灰色序列)酶切位點(diǎn),核酸序列全長(zhǎng)1 902 bp,編碼629 個(gè)氨基酸,蛋白分子量約68.44 ku,序列交由公司(南京金斯瑞)合成。

        氨基酸序列:MFAKRFKTSLLPLFAGFLLLFHLVLAGPAAASAE-Protein-HHHHHH..

        核酸序列 pGOD:CATATGTTTGCAAAACGATTCAAAACCTCTTTAC

        TGCCGTTATTCGCTGGATTTTTATTGCTGTTTC ATTTGGTTCTGGCAGGACCGGCGGCTGCGAGTGCTGAA-DNAsequence-CACCACCATCATCATCATTAATGAAAGCTT

        分別酶切目的片段GOD 和載體質(zhì)粒pT7M,用膠回收試劑盒將片段GOD 的酶切產(chǎn)物和質(zhì)粒pT7M的酶切產(chǎn)物回收純化。在T4 DNA 連接酶的作用下構(gòu)建重組質(zhì)粒pT7M-GOD,轉(zhuǎn)化E.coli DH5α,經(jīng)Amp(氨芐青霉素)抗性平板篩選和雙酶切鑒定,同時(shí)送至華大基因公司測(cè)序驗(yàn)證,保存測(cè)序正確的菌株。

        5)枯草芽孢桿菌的轉(zhuǎn)化及誘導(dǎo)表達(dá)。將鑒定正確的重組質(zhì)粒pT7M-GOD通過(guò)化學(xué)轉(zhuǎn)化的方式轉(zhuǎn)入枯草芽孢桿菌7024E感受態(tài)中,在37 ℃、200 r/min搖床復(fù)蘇培養(yǎng)60 min 后涂于含有12.5 μg/mL 四環(huán)素的LB瓊脂平板上,37 ℃培養(yǎng)過(guò)夜。選取3株長(zhǎng)勢(shì)良好的單菌落,分別接種于含有12.5 μg/mL 四環(huán)素的4 mL LB 培養(yǎng)基中,分為3 組,37 ℃、200 r/min 振蕩培養(yǎng)至OD600值達(dá)0.6~0.8 時(shí),第1 組作為陰性對(duì)照,不添加誘導(dǎo)劑;第2組加入終濃度為2%木糖誘導(dǎo)表達(dá),25 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng)16 h;第3 組加入終濃度為2%木糖誘導(dǎo)表達(dá),37 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng)4 h。

        6)目的基因的表達(dá)。收集培養(yǎng)物上清與菌體沉淀,在沉淀中加入裂解液(50 mmol/L Tris,150 mmol/L NaCl,5%甘油,pH 8.0),用超聲波破碎儀破碎。分別取培養(yǎng)物上清,全細(xì)胞裂解液,破碎液上清與沉淀,加入5×loading buffer 混勻,煮沸10 min,通過(guò)SDSPAGE 檢測(cè)粗蛋白的表達(dá)情況,通過(guò)制備單克隆抗體,利用Westen-blot檢測(cè)目的基因的表達(dá)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 產(chǎn)酶菌株的篩選與鑒定

        通過(guò)對(duì)采集的土樣進(jìn)行初篩和復(fù)篩,得到4 株產(chǎn)胞內(nèi)GOD 酶活較高的菌株,測(cè)得酶活力如表2所示,由表2可以看出,菌株P(guān)-1 產(chǎn)酶性能較好,發(fā)酵5 d 后發(fā)酵液中GOD 酶活為2.820 U/mL,選定菌株P(guān)-1為出發(fā)菌株進(jìn)行后續(xù)研究。

        表2 分離菌株產(chǎn)GOD酶活測(cè)定結(jié)果

        分析菌株P(guān)-1 的生長(zhǎng)及形態(tài)特征,與曲霉鑒定手冊(cè)中黑曲霉比較接近。利用真菌通用引物ITS1/ITS4,擴(kuò)增菌株P(guān)-1 的ITS 區(qū)基因,PCR 產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果與理論編碼序列大小相符,如圖1所示。將測(cè)序得到的菌株P(guān)-1 IST 區(qū)基因序列在NCBI 中進(jìn)行BLAST 分析,并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)見(jiàn)圖2。由圖2可知,與GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中曲霉菌相關(guān)菌株的ITS 區(qū)基因序列的5.8S rDNA-ITS 區(qū)序列比較分析,發(fā)現(xiàn)其與曲霉屬(Aspergillussp.)的黑曲霉菌(Aspergillus niger)親緣關(guān)系最近。綜合菌株的菌落形態(tài)、生長(zhǎng)特性及5.8S rDNA-ITS 區(qū)序列系統(tǒng)進(jìn)化分析,確定菌株P(guān)-1為黑曲霉。

        圖1 菌株P(guān)-1的IST區(qū)基因PCR產(chǎn)物

        圖2 菌株P(guān)-1的5.8S rDNA ITS區(qū)序列系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

        2.2 目的基因的克隆與鑒定

        以黑曲霉P-1基因組DNA為模板,利用引物F、R 進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果如圖3A。質(zhì)粒pGEM-T-GOD 經(jīng)酶切,結(jié)果如圖3B。測(cè)序結(jié)果顯示,目的基因片段全長(zhǎng)1 818 bp,編碼605 個(gè)氨基酸,將其序列與GenBank 中公布的GOD 基因序列進(jìn)行比對(duì),相似度為81%~99%,證明成功擴(kuò)增了黑曲霉GOD基因,命名為pGOD。

        圖3 pGOD基因的PCR 擴(kuò)增(A)和pGEM-T-pGOD的酶切鑒定(B)

        2.3 重組表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建與鑒定

        重組質(zhì)粒pT7M-GOD 經(jīng)雙酶切驗(yàn)證,結(jié)果顯示GOD 基因已經(jīng)插入到表達(dá)載體pT7M 中(圖4)。重組質(zhì)粒的測(cè)序結(jié)果顯示,目的基因序列與優(yōu)化后pGOD 的序列完全一致,重組表達(dá)載體pT7M-pGOD構(gòu)建正確。

        圖4 pT7M-GOD的雙酶切鑒定

        2.4 目的基因的表達(dá)

        將鑒定正確的重組質(zhì)粒pT7M-pGOD 轉(zhuǎn)入枯草芽孢桿菌7024E 感受態(tài)中,經(jīng)2%木糖誘導(dǎo)發(fā)酵培養(yǎng)后的SDS-PAGE 分析結(jié)果見(jiàn)圖5。結(jié)果顯示,1,2泳道和7,8泳道可見(jiàn)約68 ku大小的條帶,與理論上pGOD蛋白的分子質(zhì)量大小一致。且2、8泳道明顯比1、7泳道的表達(dá)量高。結(jié)果表明,pGOD 基因能夠在枯草芽孢桿菌中表達(dá),且在37 ℃培養(yǎng)4 h 表達(dá)量較高。

        圖5 pGOD蛋白表達(dá)產(chǎn)物的SDS-PAGE

        制備單克隆抗體,利用Westen-blot對(duì)表達(dá)的粗蛋白進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果如圖6所示,在樣品3、4、5、6 中出現(xiàn)明顯的目的基因產(chǎn)物。大小與預(yù)期pGOD蛋白分子質(zhì)量一致,說(shuō)明該表達(dá)系統(tǒng)成功表達(dá)了pGOD基因,屬于胞內(nèi)表達(dá)的可溶性蛋白。

        圖6 表達(dá)產(chǎn)物Western-blot檢驗(yàn)

        3 討 論

        GOD 作為一種新型的酶制劑,近年來(lái)在養(yǎng)殖行業(yè)應(yīng)用廣泛,GOD 可以改善動(dòng)物腸道環(huán)境,增強(qiáng)腸道有益菌群,降低霉菌毒素中毒損傷,提高內(nèi)源酶活,提高飼料消化率。大量的文獻(xiàn)報(bào)道表明產(chǎn)GOD的菌種主要是曲霉屬(Aspergillus)和青霉屬(Penicillium)[14-16],本研究從土壤樣品中篩選到產(chǎn)GOD 的微生物,經(jīng)鑒定為黑曲霉,也驗(yàn)證了這一結(jié)論,說(shuō)明霉菌是產(chǎn)GOD的主要微生物菌種。

        但天然菌株發(fā)酵生產(chǎn)GOD 的酶活性低,且純化工藝復(fù)雜。因此,構(gòu)建高效表達(dá)GOD的重組菌株成為主要研究方向。近十幾年來(lái),多種來(lái)源的GOD基因被克隆[17-18],本研究所擴(kuò)增的GOD 基因片段全長(zhǎng)1 818 bp,編碼605 個(gè)氨基酸,將其序列與GenBank中公布的GOD 基因序列進(jìn)行比對(duì),相似度為81%~99%,部分位點(diǎn)的堿基出現(xiàn)差異,其主要原因是不同物種的編碼基因有差異。所克隆的GOD 基因在大腸桿菌(Escherichia coli)、里氏木霉(Trichoderma reesei)、釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和畢赤酵母(P. pastoris)等宿主中成功表達(dá)[19-22],并且酶活性得到顯著提高。如陳楠等[23]利用具有AOX1 強(qiáng)啟動(dòng)子的表達(dá)載體pPICZαA,在畢赤酵母SMD1168 中成功表達(dá)了黑曲霉PCTC GOD 基因,并對(duì)重組菌進(jìn)行產(chǎn)酶條件優(yōu)化,優(yōu)化后酶活達(dá)32 U/mL,提高了27倍。然而在動(dòng)物益生菌枯草芽孢桿菌中表達(dá)GOD基因的未見(jiàn)報(bào)道,B. subtilis屬于動(dòng)物益生菌,發(fā)酵條件簡(jiǎn)單,目前已有很多的研究報(bào)道使用B.subtilis作為高效生產(chǎn)的工程菌株[24-25]。加之為了更好地服務(wù)于養(yǎng)殖和飼料,本研究將GOD基因在野生型枯草芽孢桿菌中進(jìn)行了表達(dá),成功獲得了表達(dá)產(chǎn)物。但由于是異源表達(dá),需對(duì)目的基因的密碼子進(jìn)行優(yōu)化[26-27],通過(guò)密碼子優(yōu)化構(gòu)建表達(dá)載體pT7M-pGOD,使枯草芽孢桿菌成功地表達(dá)了來(lái)源于黑曲霉的GOD基因,為構(gòu)建高效表達(dá)GOD的基因工程菌提供了新的思路。

        4 結(jié) 論

        從土壤樣品中篩選出1 株高產(chǎn)葡萄糖氧化酶(GOD)的黑曲霉菌株,將黑曲霉菌的GOD基因克隆到載體pT7M,重組質(zhì)粒pT7M-pGOD 轉(zhuǎn)化到枯草芽孢桿菌中異源表達(dá),獲得了產(chǎn)GOD的枯草芽孢桿菌工程菌株。

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