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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的潛在機(jī)制

        2021-10-30 06:06:14容偉明袁長(zhǎng)深梅其杰郭錦榮盧智賢
        關(guān)鍵詞:信號(hào)

        容偉明 袁長(zhǎng)深 段 戡 梅其杰 郭錦榮 盧智賢

        1.廣西中醫(yī)藥大學(xué)研究生院,廣西南寧 530000;2 廣西中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院骨三科,廣西南寧 530023

        痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎是一種代謝性疾病,體內(nèi)過(guò)多的尿酸可在滑液或軟骨中積聚并形成尿酸單鈉晶體,引起關(guān)節(jié)炎的發(fā)生[1],其是導(dǎo)致疼痛和致殘的主要疾病之一[2],影響患者的生活質(zhì)量。隨著人們生活水平的提高,發(fā)病率也逐年上升[3]。雖然此病是良性疾病,但仍未得到充分治療。目前多使用非甾體類抗炎藥、秋水仙堿和皮質(zhì)類固醇激素等對(duì)癥治療,療效一般且副作用較大,由于西藥治療的局限性,迫切需要探索中藥治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的可行性[4]。

        四妙散是由蒼術(shù)、黃柏、牛膝、薏苡仁四味中藥組成,在治療急性期的痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎中,可獲得較好的臨床效果[5-6],但其潛在的作用機(jī)制尚未清楚。因此,通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,分析四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵基因和信號(hào)通路,為進(jìn)一步明確四妙散對(duì)痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的作用機(jī)制奠定基礎(chǔ)。

        1 資料與方法

        1.1 有效成分及其作用靶標(biāo)

        通過(guò)中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)以“蒼術(shù)”“黃柏”“牛膝”“薏苡仁”為檢索詞分別檢索四妙散中四味中藥的化學(xué)成分,篩選出同時(shí)符合“口服生物利用度(oral bioavailability,OB)>30%”和“類藥 性(drug likeness,DL)>0.18”的化合物,即為中藥的有效成分,并檢索出其作用的靶標(biāo)。

        1.2 基因名的注釋

        通過(guò)UniProt 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋出靶標(biāo)相對(duì)應(yīng)的基因名,再利用Cytoscape 軟件建立藥物-有效成分-作用靶標(biāo)網(wǎng)絡(luò)。

        1.3 疾病相關(guān)基因

        在GeneCards 和OMIM 數(shù)據(jù)庫(kù)中以“gouty arthritis”為檢索詞篩選出與痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎相關(guān)的基因。

        1.4 復(fù)方直接作用的靶基因

        將篩出的四妙散作用靶標(biāo)和痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎相關(guān)基因進(jìn)行交集,相交的結(jié)果即為四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的直接靶基因。

        1.5 GO 和KEGG 富集分析

        將靶基因?qū)隕nrichr 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO 和KEGG途徑富集分析,其中GO 包括生物過(guò)程(biological process,BP)、細(xì)胞成分(cell component,CC)和分子功能(molecular function,MF);再利用R 軟件繪制富集分析的氣泡圖。

        1.6 關(guān)鍵基因

        使用STRING 數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建靶基因交互系數(shù)為0.4的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(proteinprotein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò),再通過(guò)Cytoscape 軟件中“cytohubba”插件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龊Y選出關(guān)鍵基因。

        1.7 藥物-基因-通路網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        為了更直觀地了解四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵基因和重要途徑,通過(guò)Cytoscape 構(gòu)建藥物-基因-通路網(wǎng)絡(luò)圖。

        2 結(jié)果

        2.1 有效成分

        通過(guò)TCMSP 得到四妙散中65 個(gè)獨(dú)立的有效成分,其中蒼術(shù)9 個(gè)、黃柏37 個(gè)、牛膝20 個(gè)、薏苡仁9 個(gè);有靶標(biāo)的有效成分是40 個(gè)。

        2.2 有效成分-靶標(biāo)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)

        40 個(gè)有效成分可作用的靶標(biāo)共有197 個(gè)(圖1),通過(guò)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治鲲@示,有效成分較為重要的是槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)和漢黃芩素(wogonin),被作用最多的靶標(biāo)是PTGS2、PTGS1 和NCOA2。

        圖1 藥物-有效成分-作用靶標(biāo)圖

        2.3 復(fù)方直接作用的靶基因

        與痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎相關(guān)的獨(dú)立基因215 個(gè),再與四味藥作用靶標(biāo)交集得到27 個(gè)靶基因(圖2),其中四味藥物與疾病相關(guān)共有的基因3 個(gè),三味藥物與疾病相關(guān)的基因10 個(gè),兩味藥物與疾病相關(guān)的基因13 個(gè),一味藥物與疾病相關(guān)的基因1 個(gè)。

        圖2 藥物作用靶標(biāo)與疾病基因交集

        2.4 富集分析

        利用Enrichr 數(shù)據(jù)庫(kù)分析27 個(gè)靶基因,在P <0.05條件下,得到622 個(gè)GO 條目,其中BP 有551 個(gè)、MF有63 個(gè)和CC 有8 個(gè),KEGG 途徑分析共有109 條信號(hào)通路。根據(jù)P 值選出BP、MF 前10 個(gè)顯著通路和KEGG 前30 條較為顯著的信號(hào)通路。BP 結(jié)果顯示靶基因顯著富集于細(xì)胞對(duì)細(xì)胞因子刺激的反應(yīng)和細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路;MF 揭示靶基因在細(xì)胞因子活性和趨化因子活性中顯著富集;CC 顯示靶基因在富含ficolin-1 的顆粒內(nèi)腔和富含ficolin-1 的顆粒中較為豐富(圖3A~C,見(jiàn)封三)。KEGG 途徑富集分析結(jié)果顯示,靶基因在IL-17 信號(hào)通路、TNF 信號(hào)通路顯著富集(圖3D,見(jiàn)封三)。

        圖3 GO 與KEGG 富集的氣泡圖

        2.5 關(guān)鍵基因

        靶基因的PPI 網(wǎng)絡(luò)包括27 個(gè)節(jié)點(diǎn)和171 條關(guān)系邊數(shù),再根據(jù)Degree 得分篩選出前10 位較為重要的基因,包括CXCL8、IL-6、PTGS2、CCL2、IL-1B、PPARG、IL-10、MMP9、MAPK1 和MMP2(圖4);再結(jié)合藥物作用靶點(diǎn)與疾病相關(guān)基因的交集,可發(fā)現(xiàn)PTGS2、PPARG、CCL2、IL-6、CXCL8 等是四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵基因。

        圖4 靶基因蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)

        2.6 有效成分-基因-通路網(wǎng)絡(luò)

        構(gòu)建有效成分-基因-通路網(wǎng)絡(luò),如圖5(見(jiàn)封四)所示,淺藍(lán)色圓圈代表關(guān)鍵基因,深藍(lán)色圓圈代表剩下的靶基因,紫色倒三角代表主要有效成分,綠色倒三角代表另外的有效成分,紅色正方形代表重要的信號(hào)通路。

        圖5 有效成分-基因-通路網(wǎng)絡(luò)

        3 討論

        痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎屬中醫(yī)的“痹癥”“歷節(jié)”“風(fēng)痹”等范疇。大部分學(xué)者認(rèn)為濕、熱、瘀三者的相互作用主導(dǎo)著痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的發(fā)展[7-8],治療以清熱祛濕、祛瘀止痛為主;而方選四妙散切中其病機(jī)[5-6]。

        本研究篩選到四妙散中40 個(gè)有效成分,其中槲皮素、山柰酚和漢黃芩素較為重要,均屬于黃酮類化合物,其中槲皮素能降低炎癥因子的水平起到抗炎作用[9],但其不能降低血尿酸的含量[10]。山柰酚則可通過(guò)與嘌呤分解代謝中的關(guān)鍵酶-黃嘌呤氧化酶競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合,減少尿酸的形成[11]。

        為明確四妙散在治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎過(guò)程中主要的生物功能和信號(hào)通路,對(duì)復(fù)方可直接作用的靶基因進(jìn)行富集分析及篩選發(fā)現(xiàn)其主要富集在細(xì)胞對(duì)細(xì)胞因子刺激的反應(yīng)、細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路等生物學(xué)過(guò)程中和IL-17、TNF 信號(hào)通路中。研究發(fā)現(xiàn),在痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎患者血液中多種細(xì)胞因子的差異表達(dá)[12],這可能是沉積的尿酸單晶體觸發(fā)促炎性細(xì)胞因子IL-1β的釋放,進(jìn)而引起其他細(xì)胞因子的反應(yīng)導(dǎo)致痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的發(fā)生[13],因此通過(guò)降低IL-1β 的表達(dá)可明顯減輕炎癥反應(yīng)[14]。IL-17 信號(hào)通路主要是通過(guò)內(nèi)在的NF-κB 和MAPK通路來(lái)調(diào)節(jié)細(xì)胞中炎癥基因的表達(dá)進(jìn)而控制炎癥[15]。IL-17 作為關(guān)鍵炎癥細(xì)胞因子,在急性痛風(fēng)性患者血清中呈高表達(dá)[16],降低其含量可消腫和減少白細(xì)胞的浸潤(rùn),因此阻斷IL-17 信號(hào)通路是治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的一種新策略[17]。TNF 信號(hào)通路是在TNF-α 刺激下引起的途徑,其可激活NF-κB 并進(jìn)一步促使炎癥的發(fā)生[18]。

        最后分析可知PTGS2、PPARG、CCL2、IL-6、CXCL8等是四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵基因。PTGS2(即COX-2)在調(diào)節(jié)炎癥和緩解疼痛中發(fā)揮重要作用,是非甾體抗炎藥的治療目標(biāo)[19],其在急性痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎中呈高表達(dá),阻滯其表達(dá)可有效抑制炎癥的發(fā)生[20]。PPARG 是由PPARγ 編碼的基因,其可降低痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎滑膜中TNF-α 和IFN-γ 的表達(dá)而減輕炎癥反應(yīng)[21]。CCL2、IL-6 和CXCL8(即IL-8)是引起炎癥反應(yīng)重要因子;外周血中CCL2 的甲基化不足是導(dǎo)致痛風(fēng)的危險(xiǎn)因素之一[22],同時(shí)血清中IL-6、IL-8 及其他細(xì)胞因子在痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎發(fā)展中發(fā)揮重要作用[23]。

        本研究是通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,挖掘四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎可能的靶基因及信號(hào)通路,為進(jìn)一步研究四妙散治療痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎提供理論依據(jù),但其可能性仍需更多的實(shí)驗(yàn)加以驗(yàn)證。

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