李娟妮,徐志杰,胡寬
(中南大學(xué)湘雅醫(yī)院1.病理科2.肝臟外科,湖南長(zhǎng)沙410008)
胃癌是是全球最常見(jiàn)的消化道惡性腫瘤之一[1]。而我國(guó)又是胃癌高發(fā)區(qū),患者數(shù)約占全球40%,由于現(xiàn)在生活節(jié)奏、飲食習(xí)慣的改變,胃癌的發(fā)病率呈逐年攀升趨勢(shì),其中年輕人的占比也逐漸升高[2]。目前針對(duì)胃癌的治療已進(jìn)入分子時(shí)代,基因測(cè)序、分子靶向及免疫治療的進(jìn)展使得胃癌的治療日益精準(zhǔn)化[3]。因此,發(fā)現(xiàn)新型胃癌特異性生物標(biāo)志物及治療靶點(diǎn)一直是胃癌相關(guān)研究的熱點(diǎn)方向。
Gasdermin(GSDM)家族成員是近來(lái)鑒定的成孔效應(yīng)蛋白。在人類中,GSDM 家族內(nèi)成員基于同源性鑒定共有6 個(gè),分別是GSDMA、GSDMB、GSDMC、 GSDMD、 DFNA5 (GSDME) 和 PJVK(DFNB59)。GSDM 家族成員在晶體結(jié)構(gòu)中共享一個(gè)高度類似的成孔結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域是GSDM 蛋白發(fā)揮功能的主要結(jié)構(gòu)域,負(fù)責(zé)介導(dǎo)細(xì)胞膜透化和細(xì)胞焦亡[4-6]。細(xì)胞焦亡是一種GSDM 蛋白介導(dǎo)的具有促炎特征的細(xì)胞程序性死亡形式,在生理上對(duì)于人體發(fā)育、免疫反應(yīng)發(fā)揮重要作用[7]。近年來(lái),不斷有研究揭示了焦亡及GSDM 家族分子在多種癌癥類型中存在表達(dá)/功能的失調(diào),為腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)制的進(jìn)一步研究提供了新的思路。例如,單核苷酸多態(tài)性變體rs8067378 能顯著增加GSDMB的表達(dá),從而提高宮頸癌的發(fā)生率[8];GSDMC 在結(jié)直腸癌中是促癌基因,將其敲低將導(dǎo)致結(jié)直腸癌細(xì)胞系的增殖能力減弱[9];GSDMD 在非小細(xì)胞肺癌和轉(zhuǎn)移性黑色素瘤中表達(dá)升高,且腫瘤細(xì)胞侵襲能力越強(qiáng),GSDMD 的表達(dá)越高[10]。然而,GSDM 家族成員在胃癌中的表達(dá)、預(yù)后價(jià)值、功能和潛在機(jī)制研究尚待闡明。
本研究從GSDM 家族這一整體概念出發(fā),通過(guò)多個(gè)生物信息平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù),系統(tǒng)分析了GSDMA、GSDMB、GSDMC、GSDMD、DFNA5、PJVK 這6 個(gè)家族成員在胃癌中的表達(dá)差異、預(yù)后價(jià)值、基因變異情況、參與腫瘤進(jìn)程的潛在功能及信號(hào)通路、與腫瘤免疫的相關(guān)性以及甲基化狀態(tài),旨在加深研究者對(duì)胃癌中GSDM 基因家族的理解,為深入研究胃癌中GSDM 家族各分子提供新的思路。
ONCOMINE 作為腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù),可用于分析基因表達(dá)差異、尋找離群值、預(yù)測(cè)共表達(dá)基因等[11]。UALCAN 是基于TCGA 和GTEx 數(shù)據(jù)庫(kù)資源進(jìn)行腫瘤數(shù)據(jù)在線分析和挖掘的網(wǎng)站[12]。通過(guò)ONCOMINE 和UALCAN 來(lái)比較胃癌和正常組織之間GSDM 家族的mRNA 差異表達(dá)。GSDM 家族成員與TNM 分期及腫瘤分級(jí)之間的相關(guān)性探究由UALCAN完成。GSDM 家族各成員之間的相對(duì)表達(dá)水平和關(guān)聯(lián)分析由GEPIA2 完成[13]。P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
Kaplan-Meier plotter 和GEPIA2 數(shù)據(jù)庫(kù)都可以用于評(píng)估某基因與常見(jiàn)癌癥類型的預(yù)后關(guān)系[14]。本研究使用這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GSDM 家族在胃癌患者中的生存分析,以總生存期(OS)作為主要研究終點(diǎn)。P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
cBioPortal 是一個(gè)癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),包含常見(jiàn)癌癥類型的基因組數(shù)據(jù),并可供用戶進(jìn)行下載和分析[15]。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)獲得胃癌患者數(shù)據(jù)集的基因改變狀況(TCGA,F(xiàn)irehose Legacy,369 例),以此來(lái)明確GSDM 家族的基因改變頻率和類型。胃癌中GSDM 家族相關(guān)基因的篩選也是通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù),共篩選出186 個(gè)GSDM 家族相關(guān)基因,并通過(guò)Cytoscape 工具繪制蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。
WebGestalt 全稱為WEB-based Gene SeT AnaLysis Toolkit,是一個(gè)基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)的基因集分析工具[16]。本研究中,將186 個(gè)GSDM 家族相關(guān)基因?qū)隬ebGestalt 獲得GO 功能和KEGG 通路的富集分析數(shù)據(jù)。
TIMER 2.0 是一個(gè)基于TCGA 等公共數(shù)據(jù)庫(kù)的綜合分析平臺(tái),提供常見(jiàn)癌癥中基因表達(dá)差異和免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性分析[17]。通過(guò)TIMER 2.0 的“免疫關(guān)聯(lián)”模塊進(jìn)行GSDM 家族基因表達(dá)和CD4+T 細(xì)胞、CD8+T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、樹(shù)突狀細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和中性粒細(xì)胞等免疫細(xì)胞的相關(guān)性分析。
DiseaseMeth 是一個(gè)涵蓋多種癌癥類型的研究甲基化異常的數(shù)據(jù)庫(kù)[18]。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)分析GSDM家族各成員在胃癌組織和正常胃組織中的DNA 甲基化水平的差異。
通過(guò)ONCOMINE 和UALCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)GSDM 基因家族在胃癌中的mRNA 表達(dá)進(jìn)行了分析。ONCOMINE 數(shù)據(jù)庫(kù)的分析結(jié)果顯示:胃癌組織中DFNA5 明顯高表達(dá),其表達(dá)水平較正常組織升高2.479 倍(Cho Gastric 數(shù)據(jù)集);GSDMB 的表達(dá)在胃癌組織中明顯降低,較正常組織下降2.042~2.074 倍(Chen Gastric 數(shù)據(jù)集和DErrico Gastric 數(shù)據(jù)集);其余4 個(gè)成員GSDMA、GSDMC、GSDMD 和PJVK 在胃癌中的表達(dá)較正常組織無(wú)差異(圖1A)。另外,UALCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)的分析結(jié)果顯示: GSDMA、GSDMB、GSDMD、DFNA5 的表達(dá)水平在胃癌中較正常胃組織明顯升高,而GSDMC、PJVK 的表達(dá)無(wú)明顯差異(圖1B)。上述二個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的分析結(jié)果顯示:僅有DFNA5 的表達(dá)在兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中具有一致性,其在胃癌組織中高表達(dá),是潛在的促癌基因。接著,通過(guò)GEPIA2 數(shù)據(jù)庫(kù)比較胃癌中GSDM 家族各成員之間的相對(duì)表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)它們的相對(duì)表達(dá)量從高到低排列依次是GSDMB>GSDMD>DFNA5>PJVK>GSDMA>GSDMC(圖1C)。
圖1 GSDM 基因家族的mRNA 表達(dá)情況 A:GSDM 基因家族各成員在胃癌組織和正常組織中的mRNA 表達(dá)(ONCO‐MINE);B:GSDM基因家族各成員在胃癌組織和正常組織中的mRNA表達(dá)(UALCAN);C:胃癌組織中各GSDM家族成員的相對(duì)表達(dá)水平(GEPIA2)Figure 1 The mRNA expression levels of GSDM family members A: The mRNA expression levels of individual GSDM member in gastric cancer tissues and normal tissues (ONCOMINE); B: The mRNA expression levels of individual GSDM member in gastric cancer tissues and normal tissues(UALCAN);C:Relative mRNA expression levels of each GSDM mem‐ber in gastric cancer tissues(GEPIA2)
接下來(lái),利用UALCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)探究GSDM 家族的表達(dá)與臨床TNM 分期的相關(guān)性,結(jié)果顯示:GSDMA、GSDMB、GSDMD、DFNA5 的mRNA 表 達(dá)在多個(gè)TNM 分期間存在明顯差異(圖2)。筆者前期結(jié)果顯示:僅有DFNA5 的mRNA 表達(dá)在兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中具有一致性,均在胃癌組織中高表達(dá)。于是本研究進(jìn)一步探究DFNA5 與TNM 分期或腫瘤分級(jí)的關(guān)系,結(jié)果顯示:DFNA5 在TNM 2、3、4 期的表達(dá)水平較TNM 1 期及正常組織明顯升高,提示DFNA5 可能是反映進(jìn)展期胃癌的有效指標(biāo)(圖2A)。同時(shí)DFNA5 也被發(fā)現(xiàn)與腫瘤分級(jí)密切相關(guān),DFNA5 在腫瘤分級(jí)2、3 級(jí)中的表達(dá)明顯升高,表明DFNA5 與較差的分化程度可能相關(guān)(圖2B)。
圖2 GSDM基因家族的表達(dá)與胃癌患者臨床分期及腫瘤分級(jí)的關(guān)系(UALCAN) A:GSDM基因家族各成員與臨床分期的關(guān)系;B:DFNA5的表達(dá)與腫瘤分級(jí)的關(guān)系Figure 2 The relationship between the mRNA expression of GSDM family members and clinical cancer stage in patients with gastric cancer(UALCAN) A:The relationship between individual GSDM member and clinical cancer stage;B:The re‐lationship between DFNA5 expression and tumor grade
本研究中,采用Kaplan-Meier plotter 數(shù)據(jù)庫(kù)評(píng)估GSDM 家族在胃癌中的預(yù)后價(jià)值,分析結(jié)果顯示:高表達(dá)GSDMC(P=0.028)和DFNA5(P=0.0013)的胃癌患者具有更差的總OS,而高表達(dá)GSDMD(P=0.007)的胃癌患者具有更好的OS(圖3)。綜合上述GSDM 家族成員在胃癌中的表達(dá)趨勢(shì)及與患者預(yù)后關(guān)系,結(jié)果發(fā)現(xiàn):只有DFNA5 在胃癌中的表達(dá)趨勢(shì)和預(yù)后關(guān)系相一致,即DFNA5 在胃癌中高表達(dá),并與患者的更差預(yù)后相關(guān),提示DFNA5 可能是胃癌患者潛在的預(yù)后標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)。
圖3 GSDM基因家族的表達(dá)與胃癌患者OS的相關(guān)性(Kaplan-Meier plotter)Figure 3 The relationship between the mRNA expression of GSDM family members and OS in patients with gastric cancer(Kaplan-Meier plotter)
通過(guò)cBioPortal 數(shù)據(jù)庫(kù)分析胃癌患者數(shù)據(jù)集的基因改變狀況(TCGA, Firehose Legacy,369 例),結(jié)果顯示:在369 例胃癌患者中,共有167 例(45%)患者存在GSDM 家族基因改變,其中基因變異率GSDMD最高(19%),GSDMA、GSDMB、GSDMC 次之(14%),DFNA5 (8%) 和PJVK 最低(6%)(圖4A)。此外,通過(guò)GEPIA2 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)GSDM 家族分子之間的相關(guān)性進(jìn)行分析并繪制成熱圖,結(jié)果顯示: GSDMB 和GSDMD, GSDMA 和GSDMB 之間明顯正相關(guān),而GSDMD 與PJVK 間明顯負(fù)相關(guān)(圖4B)。
圖4 GSDM基因家族的基因改變及各成員之間的相關(guān)性 A:GSDM基因家族各成員的基因改變頻率(cBioPortal;TCGA,F(xiàn)irehose Legacy);B:GSDM家族各成員之間的相關(guān)性分析(GEPIA2)Figure 4 The genetic alteration of individual GSDM family member and the correlation among its members A:The genetic alteration frequency of each GSDM member(cBioPortal;TCGA,Firehose Legacy);B:Correlation analysis among the GS‐DM family members(GEPIA2)
進(jìn)一步探究GSDM 基因家族相關(guān)共表達(dá)基因的作用,有助于更好地了解GSDM 基因家族的功能。通過(guò)cBioPortal 中的胃癌患者數(shù)據(jù)集(TCGA,F(xiàn)irehose Legacy)獲得369 例胃癌患者信息,并篩選出186 個(gè)GSDM 相關(guān)的共表達(dá)基因,并根據(jù)它們之間的共表達(dá)關(guān)系使用Cytoscape 工具繪制成蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖發(fā)現(xiàn): CXCL8、 CXCL1、 PF4、PPARG 是GSDM 基因家族功能最密切相關(guān)的主要分子(圖5A)。接著,通過(guò)WebGestalt 數(shù)據(jù)庫(kù)的GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析,進(jìn)一步探討GSDM 相關(guān)分子的生物學(xué)功能,結(jié)果顯示:GSDM基因家族相關(guān)分子主要富集分布于細(xì)胞膜、囊泡、細(xì)胞核、內(nèi)膜系統(tǒng)中,主要負(fù)責(zé)生物調(diào)節(jié)和代謝調(diào)控等生物學(xué)過(guò)程,分子功能主要涉及蛋白質(zhì)結(jié)合、離子結(jié)合、核酸結(jié)合以及轉(zhuǎn)移酶活性調(diào)節(jié)等(圖5B);KEGG 通路富集分析結(jié)果顯示:GSDM 基因家族相關(guān)分子在胃癌中的差異表達(dá)主要涉及炎癥細(xì)胞凋亡、趨化因子反應(yīng)、急性炎癥反應(yīng)相關(guān)的信號(hào)通路(圖5C)。
圖5 GSDM 基因家族相關(guān)共表達(dá)基因的功能分析 A:蛋白相互作用圖展示胃癌中與GSDM 基因家族共表達(dá)的186 個(gè)基因(cBioPortal,Cytoscape);B:GO功能富集分析預(yù)測(cè)與GSDM基因家族共表達(dá)分子相關(guān)的生物過(guò)程、細(xì)胞成分、分子功能(WebGestalt);C:KEGG通路富集分析GSDM基因家族共表達(dá)分子主要涉及的相關(guān)信號(hào)通路(WebGestalt)Figure 5 Functional analysis of related co-expressed genes of GSDM family members A:The protein-protein interaction dia‐gram showing 186 genes co-expressed with the GSDM family members in gastric cancer (cBioPortal, Cytoscape); B: GO functional enrichment analysis predicting the biological processes, cellular components and molecular functions related to the GSDM family co-expression molecules (WebGestalt); C: KEGG pathway enrichment analysis predicting the main sig‐nal pathways related to the GSDM family co-expression molecules(WebGestalt)
胃癌組織周圍的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)是重要的腫瘤微環(huán)境組成部分。本研究為了進(jìn)一步探討GSDM 基因家族成員是否參與免疫相關(guān)調(diào)節(jié)機(jī)制,通過(guò)TIMER 2.0 數(shù)據(jù)庫(kù)分析GSDM 基因家族各成員與CD8+T 細(xì)胞、CD4+T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性,結(jié)果顯示:GSDMA、GSDMC、GSDMD、DFNA5 與CD8+T 細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān);GSDMA、PJVK 與CD4+T 細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān);GSDMB、GSDMD 與B 細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān);GSDMA、GSDMC、DFNA5 與中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān);GSDMA、GSDMD、DFNA5 與巨噬細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān),而PJVK 與之呈負(fù)相關(guān);GSDMA、GSDMC、GSDMD、DFNA5 與樹(shù)突細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān),而PJVK 與之呈負(fù)相關(guān)(圖6)。
DNA 甲基化是常見(jiàn)的癌癥相關(guān)基因調(diào)控途徑。本研究通過(guò)DiseaseMeth 數(shù)據(jù)庫(kù)分析胃癌中GSDM 基因家族各成員的表達(dá)與其DNA 甲基化水平的關(guān)系,結(jié)果顯示:GSDMA、GSDMC、GSDMD 在胃癌中的甲基化水平較正常胃組織中顯著降低。結(jié)合前期研究結(jié)果:GSDMA、GSDMD 的mRNA 水平在胃癌中 顯 著 高 表 達(dá)(UALCAN), 提 示: GSDMA、GSDMD 在胃癌組織中的異常高表達(dá)的調(diào)控機(jī)制可能與它們的低甲基化水平有關(guān)。DFNA5 在胃癌組織中高表達(dá), 但其甲基化水平無(wú)明顯改變(圖7)。
圖7 GSDM基因家族各成員在胃癌組織和正常胃組織中的DNA甲基化水平分析(DiseaseMeth)Figure 7 DNA methylation levels of individual GSDM family members between gastric cancer tissues and normal tissues(Dis‐easeMeth)
焦亡作為一種促炎性程序性細(xì)胞死亡,主要由GSDM 家族成員介導(dǎo),發(fā)生過(guò)程中伴有多種炎癥和免疫反應(yīng)[19-20]。近年來(lái)的研究表明,GSDM 家族的表達(dá)失調(diào)與多種癌癥生物學(xué)行為相關(guān),是非常有前景的研究新方向。以GSDMC 為例,Watabe等[21]發(fā)現(xiàn)GSDMC 過(guò)表達(dá)可以促進(jìn)B16 黑色素瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)移。在結(jié)直腸癌中,研究者發(fā)現(xiàn)GSDMC 通過(guò)抑制TGFBR2 的活性來(lái)增強(qiáng)結(jié)直腸癌細(xì)胞的增殖能力從而促進(jìn)腫瘤發(fā)生[9]。在胃癌中,有文獻(xiàn)[22]報(bào)道GSDMC 可以作為抑癌基因明顯抑制胃癌細(xì)胞的生長(zhǎng)。以上報(bào)道說(shuō)明GSDMC 在不同癌癥中的作用具有異質(zhì)性,甚至可以是截然相反的。
目前尚未有關(guān)于GSDM 家族在胃癌中的整體系統(tǒng)性研究。本研究首先通過(guò)多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)探討了GSDM 家族成員在胃癌組織與正常胃組織中的表達(dá)差異。雖然GSDMA、GSDMB、GSDMD、DFNA5 在單個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)(UALCAN)中顯示出表達(dá)的差異性,但僅有DFNA5 的表達(dá)模式在多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中具有一致性,即在胃癌組織中高表達(dá),這表明DFNA5 是較為合適的潛在的促癌基因,值得研究者進(jìn)行深入探索。GSDM 家族成員在Oncomine 及UALCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)中表達(dá)不一致的原因,一方面可能是因?yàn)閁ALCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)主要收納的是TCGA level 3 級(jí)的RNA 測(cè)序數(shù)據(jù),而Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)來(lái)源主要為已經(jīng)發(fā)表的癌癥基因芯片數(shù)據(jù);另一方面,當(dāng)來(lái)自不同數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)果不一致時(shí),提示可能有多重復(fù)雜的深層機(jī)制導(dǎo)致矛盾結(jié)果的產(chǎn)生,或者是樣本量不足或者是高度異質(zhì)性導(dǎo)致的偏倚。而其他GSDM 基因家族成員在消除偏倚、細(xì)化胃癌研究對(duì)象標(biāo)準(zhǔn)后也可能具有重要的研究意義。
隨后,生存分析結(jié)果顯示:GSDMC 和DFNA5高表達(dá)提示更差的患者預(yù)后,而GSDMD 高表達(dá)提示更好的預(yù)后。同樣,只有DFNA5 在兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的生存分析結(jié)果是一致的,且其表達(dá)趨勢(shì)與預(yù)后作用相符合,這進(jìn)一步證明了DFNA5 作為胃癌促癌基因的可能性。值得注意的是:DFNA5 在某些其他類型腫瘤中被認(rèn)為是腫瘤抑制基因。例如,在乳腺癌中,DFNA5 通過(guò)介導(dǎo)腫瘤細(xì)胞的焦亡而發(fā)揮腫瘤抑制作用[23]。在肺癌細(xì)胞中,KRAS、EGFR 等小分子抑制劑能通過(guò)DFNA5 發(fā)揮抗腫瘤效果[24]。綜上所述,通過(guò)進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)證明和機(jī)制探索,DFNA5 很可能作為新的腫瘤標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)改善胃癌患者的診治與生存。
本研究篩選了胃癌中與GSDM 基因家族功能相關(guān)的差異表達(dá)分子,并進(jìn)行了功能和通路富集分析,以期望能促進(jìn)研究者們對(duì)GSDM 家族與胃癌之間關(guān)系的理解。GSDM 基因家族相關(guān)分子主要涉及炎癥細(xì)胞凋亡、趨化因子反應(yīng)、急性炎癥反應(yīng)相關(guān)的信號(hào)通路,這與病原體衍生或宿主衍生的危險(xiǎn)信號(hào)介導(dǎo)caspase 切割GSDM 家族蛋白,從而同時(shí)發(fā)揮焦亡及凋亡功能的理論相一致。GSDM 基因家族可以通過(guò)觸發(fā)細(xì)胞焦亡來(lái)抑制腫瘤生長(zhǎng),具體機(jī)制被認(rèn)為與免疫相關(guān),即細(xì)胞焦亡通過(guò)增強(qiáng)腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞對(duì)腫瘤細(xì)胞的吞噬作用,以及影響腫瘤浸潤(rùn)性CD8+T 細(xì)胞的數(shù)量和功能來(lái)激活抗腫瘤免疫[25]。本研究揭示了胃癌中GSDM 基因家族各分子的表達(dá)與多種免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)多數(shù)GSDM 家族成員的表達(dá)與CD4+T 細(xì)胞、CD8+T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞的浸潤(rùn)存在不同程度的顯著正相關(guān),僅PJVK 在巨噬細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞浸潤(rùn)中呈負(fù)相關(guān),說(shuō)明胃癌中GSDM 家族的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)譜存在特征性,并在一定程度上與GSDM 家族的焦亡機(jī)制密切相關(guān),有作為新的生物標(biāo)志物和免疫治療療效評(píng)估標(biāo)志物的潛力。
DNA 甲基化是經(jīng)典的表觀遺傳學(xué)修飾過(guò)程,在調(diào)節(jié)多種人類癌癥相關(guān)基因的表達(dá)方面發(fā)揮關(guān)鍵作用[26]。Upchurch 等[27]發(fā)現(xiàn)異常的啟動(dòng)子低甲基化狀態(tài)會(huì)顯著影響血液系統(tǒng)惡性腫瘤中多種癌基因的表達(dá)水平; 磷酸核糖氨基咪唑羧化酶(PAICS)的啟動(dòng)子區(qū)域在肺癌中經(jīng)常處于低甲基化狀態(tài),這導(dǎo)致了PAICS 的激活從而發(fā)揮腫瘤啟動(dòng)子的作用[28]。DFNA5 是caspase-3 介導(dǎo)的細(xì)胞焦亡的執(zhí)行者,它在胃癌、乳腺癌和結(jié)直腸癌中通過(guò)甲基化在表觀遺傳上沉默,從而發(fā)揮腫瘤抑制因子的功能[29]。本研究發(fā)現(xiàn),GSDMA、GSDMD 在胃癌組織中的異常高表達(dá)的調(diào)控機(jī)制可能與它們的低甲基化水平有關(guān)。另外,胃癌中DFNA5 的甲基化水平無(wú)明顯改變,這與已有的文獻(xiàn)存在不相符之處,可能是由于樣本量不足的原因,或者是納入的患者存在偏倚因素,需經(jīng)過(guò)更多和更大樣本量的研究進(jìn)行驗(yàn)證。
本研究有以下幾點(diǎn)局限性。首先,本研究用于分析的數(shù)據(jù)來(lái)自多個(gè)在線數(shù)據(jù)庫(kù),需要進(jìn)一步的體內(nèi)及體外來(lái)驗(yàn)證。此外,對(duì)單個(gè)GSDM 成員在胃癌中的具體機(jī)制缺乏了解,后續(xù)的研究工作將通過(guò)具體實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步探究GSDM 各成員在胃癌發(fā)生發(fā)展中的作用。