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        臨床微生物室全流程信息管理系統(tǒng)建設(shè)與應(yīng)用*

        2021-10-11 01:14:38劉文靜陳浩楊文航尹相龍徐英春
        臨床檢驗(yàn)雜志 2021年8期
        關(guān)鍵詞:涂片標(biāo)本報(bào)告

        劉文靜,陳浩,楊文航,尹相龍,徐英春

        (1. 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗(yàn)科 北京市侵襲性真菌病機(jī)制研究與精準(zhǔn)診斷重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京100730;2. 景洪市第一人民醫(yī)院檢驗(yàn)科,云南景洪 666100;3. 北京浩辰星月科技有限公司,北京 102488)

        實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)(laboratory information management system,LIMS)是指利用計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)將條形碼應(yīng)用于流程管理,實(shí)現(xiàn)檢驗(yàn)標(biāo)本分析前、分析中、分析后等各個(gè)環(huán)節(jié)的檢驗(yàn)信息傳遞及質(zhì)量控制,杜絕患者信息及檢測數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄的差錯(cuò)[1]。隨著現(xiàn)代網(wǎng)絡(luò)信息化技術(shù)的快速發(fā)展,醫(yī)院信息化的建設(shè)受到不斷的沖擊。在微生物實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)和發(fā)展、與臨床的交流和溝通中,實(shí)驗(yàn)室全流程信息化管理系統(tǒng)起著至關(guān)重要的作用[2]。

        目前,微生物檢驗(yàn)除自動(dòng)化血培養(yǎng)儀和藥敏檢測系統(tǒng)外,還無法實(shí)現(xiàn)全程自動(dòng)化。微生物檢驗(yàn)手工操作步驟多,涉及標(biāo)本接收、接種、菌種的分純、鑒定、體外藥物敏感性試驗(yàn)、結(jié)果讀取、報(bào)告發(fā)放、結(jié)果查詢及歷史結(jié)果比對(duì)、質(zhì)量控制等多個(gè)環(huán)節(jié),參與人員較多,不同小組分管不同任務(wù)單元,且標(biāo)本的處理周期較長,因此,相比檢驗(yàn)科其他自動(dòng)化檢測平臺(tái)完善的專業(yè)組,微生物檢驗(yàn)較易出現(xiàn)差錯(cuò)。如何能有效地記錄整個(gè)操作過程,保存原始數(shù)據(jù),以便溯源,保證整個(gè)過程的質(zhì)量控制,北京協(xié)和醫(yī)院檢驗(yàn)科微生物室自2011年開始不斷優(yōu)化流程,建立了相應(yīng)的微生物檢測系統(tǒng),獲得了相應(yīng)的專利[3],配套的藥敏測量儀獲得了其他幾項(xiàng)專利[4-6],可以測量分析紙片擴(kuò)散法、微量肉湯稀釋法藥敏并進(jìn)行菌落計(jì)數(shù),現(xiàn)簡單介紹該系統(tǒng)的功能。

        1 材料與方法

        1.1常規(guī)設(shè)備 Intel(R)Core(TM)i3 CPU(內(nèi)存4 G以上)、服務(wù)器(Windows Server 2003~2019,內(nèi)存16 G以上,存儲(chǔ)空間1 T以上)、條形碼打印機(jī)、掃描槍(北京弘信晟達(dá)科技有限公司)。

        1.2聯(lián)網(wǎng)儀器 Vitek 2 Compact細(xì)菌鑒定及藥敏儀、Vitek MS質(zhì)譜儀、Bact/Alert 3D血培養(yǎng)儀、BACT/ALERT VIRTUO全自動(dòng)血培養(yǎng)儀(法國生物梅里埃公司),Bactec FX400全自動(dòng)血液培養(yǎng)儀(美國BD公司),普通光學(xué)顯微鏡和熒光顯微鏡(尼康株式會(huì)社),XMVision機(jī)器視覺鑒定分析及藥敏鑒定儀(北京皓辰星月技術(shù)有限公司)。

        1.3微生物L(fēng)IMS研發(fā)及完善 北京協(xié)和醫(yī)院微生物室根據(jù)微生物檢驗(yàn)特點(diǎn)、常規(guī)檢測和質(zhì)量控制等需求不斷完善設(shè)計(jì)思路,由北京浩辰星月科技有限公司編制相應(yīng)軟件,并不斷更新升級(jí)。

        2 結(jié)果

        常規(guī)設(shè)備和聯(lián)網(wǎng)儀器均可與LIMS實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)傳輸,LIMS主要有任務(wù)管理、鑒定管理、質(zhì)控管理、統(tǒng)計(jì)管理和系統(tǒng)設(shè)置五大模塊。

        2.1任務(wù)管理模塊 主要有標(biāo)本接收、不合格標(biāo)本、當(dāng)前任務(wù)、檢驗(yàn)報(bào)告等界面。

        2.1.1標(biāo)本接收界面 接收標(biāo)本時(shí),使用條碼槍掃描標(biāo)本容器上的醫(yī)囑項(xiàng)目條碼,LIMS會(huì)根據(jù)標(biāo)本和檢驗(yàn)項(xiàng)目進(jìn)行分類編號(hào)并自動(dòng)打印帶有實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部唯一樣本編號(hào)檢驗(yàn)ID的條形碼標(biāo)簽紙,將該標(biāo)簽紙貼于待接種的各種培養(yǎng)基瓊脂平板上或涂片檢查用的載玻片上,微生物檢驗(yàn)工作人員在輸入檢測過程信息、檢驗(yàn)結(jié)果或?qū)徍藱z驗(yàn)報(bào)告等操作時(shí),直接掃描培養(yǎng)基或玻片上的條形碼即可實(shí)現(xiàn)標(biāo)本快速定位。

        2.1.2不合格標(biāo)本界面 對(duì)于不合格標(biāo)本,來自住院患者則電話通知醫(yī)生,來自門診患者則電話通知門診辦公室,由專職人員通知患者,同時(shí)在系統(tǒng)內(nèi)直接設(shè)置不合格,登記不合格原因,接聽電話人員工號(hào)和時(shí)間。升級(jí)系統(tǒng)擬實(shí)現(xiàn)醫(yī)生工作站和患者手機(jī)APP端可同步接受到相關(guān)信息,建議重新留取標(biāo)本送檢或退費(fèi),醫(yī)生可根據(jù)病情需要及時(shí)指導(dǎo)患者正確留取合格標(biāo)本,或者撤銷醫(yī)囑。LIMS、醫(yī)生工作站和患者手機(jī)APP端可通過服務(wù)器接口實(shí)現(xiàn)對(duì)接,并定期驗(yàn)證數(shù)據(jù)傳輸?shù)臏?zhǔn)確性和安全性。不合格標(biāo)本登記之后,可自動(dòng)在標(biāo)本鑒定界面標(biāo)注為“不合格標(biāo)本”的過程記錄,方便溯源??砂丛?、季度或年,對(duì)不同科室標(biāo)本不合格率和不合格原因進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,定期反饋,提升檢測質(zhì)量。

        2.1.3當(dāng)前任務(wù)界面 主要有過程記錄和患者列表2個(gè)任務(wù)單元,可快速實(shí)現(xiàn)切換。選擇不同的字段實(shí)現(xiàn)不同的功能,常用的字段為檢驗(yàn)ID、病案號(hào)、病人ID和患者。每個(gè)檢驗(yàn)ID下均有其對(duì)應(yīng)的培養(yǎng)、涂片鏡檢、鑒定、藥敏、既往藥敏、檢驗(yàn)報(bào)告和收費(fèi)管理,掃描培養(yǎng)基瓊脂平板上檢驗(yàn)ID的條形碼,可快速定位到該標(biāo)本的相關(guān)檢測。標(biāo)本過程記錄界面下可實(shí)現(xiàn)以上不同模塊的切換。在病案號(hào)、病人ID和患者下輸入患者信息,在患者列表中可檢測到該患者所有微生物檢測項(xiàng)目,可按照時(shí)間、標(biāo)本類型、檢測項(xiàng)目等進(jìn)行排序。臨床咨詢時(shí),可在電腦端快速準(zhǔn)確回復(fù)相關(guān)內(nèi)容。常規(guī)工作使用頻率高的幾項(xiàng)功能如下。

        (1)涂片檢查:LIMS與顯微鏡成像系統(tǒng)連接,可直接獲取顯微鏡下圖像,將圖像文件轉(zhuǎn)換成數(shù)字文件存儲(chǔ)至服務(wù)器內(nèi),便于隨時(shí)調(diào)閱。也可通過成像系統(tǒng)將圖像儲(chǔ)存到本地,以加載圖像的方式生成圖文報(bào)告。若同一份標(biāo)本同時(shí)具有涂片和培養(yǎng)項(xiàng)目,鑒定步驟界面會(huì)顯示該標(biāo)本涂片結(jié)果,利于檢驗(yàn)者根據(jù)涂片結(jié)果修正擴(kuò)展正確鑒定思路,例如:不合格痰標(biāo)本則沒必要繼續(xù)進(jìn)行相關(guān)的菌種鑒定和體外藥敏;無菌標(biāo)本若涂片提示存在大量細(xì)菌,而需氧培養(yǎng)無菌生長,則考慮聯(lián)系臨床加送厭氧培養(yǎng);弱抗酸染色陽性但常規(guī)未送檢諾卡菌培養(yǎng)的患者,則可在其相同類型標(biāo)本的普通細(xì)菌培養(yǎng)過程記錄中錄入“該標(biāo)本弱抗酸陽性,請(qǐng)延長培養(yǎng)”的提示,避免漏檢。

        (2)微生物培養(yǎng)鑒定:微生物鑒定過程記錄字典包含了菌數(shù)、鑒定方法、藥敏組合、繼續(xù)培養(yǎng)等常用字段,培養(yǎng)陰性、分純模塊、顯微鏡檢、各種菌特殊鑒定模塊,尤其是真菌模塊、血培養(yǎng)模塊、結(jié)核模塊更具特征性。檢驗(yàn)人員根據(jù)平板上的生長情況,在過程記錄字典中快速選擇所需要的記錄信息,比如:菌落大小、數(shù)量、形態(tài)、輔助試驗(yàn)、無菌生長、無致病菌生長、繼續(xù)培養(yǎng)、分純、藥敏板卡等信息,同時(shí)會(huì)記錄操作者和操作時(shí)間。實(shí)現(xiàn)整個(gè)檢測流程的信息完整傳遞,方便不同的檢驗(yàn)人員在替班或周末及節(jié)假日時(shí)處理標(biāo)本。

        (3)藥敏試驗(yàn):LIMS可根據(jù)美國臨床和實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(huì)(CLSI)的藥敏標(biāo)準(zhǔn)更新設(shè)置折點(diǎn)和相應(yīng)的專家規(guī)則,系統(tǒng)可根據(jù)細(xì)菌鑒定結(jié)果和標(biāo)本來源等患者相關(guān)信息進(jìn)行合理邏輯判斷,自動(dòng)勾選應(yīng)報(bào)告的藥敏譜,進(jìn)行藥敏結(jié)果耐藥(R)或中介(I)或敏感(S)的判讀,自動(dòng)屏蔽天然耐藥和根據(jù)標(biāo)本類型不該報(bào)的藥敏結(jié)果(如:非尿液標(biāo)本不報(bào)告“呋喃妥因”、“磷霉素”等),對(duì)一些耐萬古霉素腸球菌(vancomycin resistant Enterococcus,VRE)、耐萬古霉素金黃色葡萄球菌(vancomycin resistantStaphylococcusaureus,VRSA)、碳青霉烯類抗菌藥物耐藥的腸桿菌科細(xì)菌(carbapenem resistant Enterobacteriaceae,CRE)等特殊藥敏及其他罕見的藥敏結(jié)果會(huì)用紅色背景標(biāo)識(shí),以期提醒報(bào)告發(fā)布者注意復(fù)核,發(fā)放準(zhǔn)確報(bào)告。紙片瓊脂擴(kuò)散法(Kirby Bauer paper dispersion method,K-B法)自動(dòng)化藥敏成像系統(tǒng),工作原理基于計(jì)算機(jī)視覺與機(jī)器學(xué)習(xí)等人工智能(artificial intelligence,AI)技術(shù)的應(yīng)用,AI系統(tǒng)攝像頭自動(dòng)感應(yīng)培養(yǎng)皿置放動(dòng)作,識(shí)別速度小于1 s,采集設(shè)備自動(dòng)拍攝檢測圖像,對(duì)藥敏紙片類型與劑量進(jìn)行自動(dòng)識(shí)別,同時(shí)自動(dòng)測量抑菌圈直徑。測量精度:重復(fù)精度<0.02 mm,旋轉(zhuǎn)精度<0.05 mm。獲得檢測數(shù)據(jù)后,數(shù)據(jù)傳入檢測專家系統(tǒng),系統(tǒng)根據(jù)CLSI折點(diǎn),自動(dòng)給出藥敏結(jié)果判定。此AI系統(tǒng)內(nèi)置機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng),在更換藥敏紙片類型或有新抗菌藥物紙片應(yīng)用后,仍可以通過機(jī)器學(xué)習(xí)獲得認(rèn)知。對(duì)CRE、VRE、甲氧西林耐藥/敏感、多重耐藥等的情況會(huì)自動(dòng)識(shí)別,確認(rèn)耐藥預(yù)警后,會(huì)直接傳輸?shù)皆焊斜O(jiān)測系統(tǒng),對(duì)CRE、VRE還需電話通知院感辦和臨床,落實(shí)院感防控。采集的圖像可保存在藥敏試驗(yàn)界面上,隨時(shí)調(diào)閱審查。

        (4)既往藥敏:患者7 d內(nèi)藥敏結(jié)果(銅綠假單胞菌或其他臨床關(guān)注藥敏變化的菌除外),不分標(biāo)本類型,通過系統(tǒng)設(shè)置均可在既往藥敏模塊顯示,掃描標(biāo)本號(hào)時(shí)定位在既往藥敏模塊,則可直接看到該患者7 d內(nèi)的藥敏結(jié)果,檢驗(yàn)人員識(shí)別同一標(biāo)本類型分離出的相同菌株,避免同一患者同一部位同一細(xì)菌短時(shí)間內(nèi)重復(fù)做藥敏,實(shí)現(xiàn)節(jié)約成本和減少患者的醫(yī)療負(fù)擔(dān)。

        (5)“快捷報(bào)告發(fā)布”和“批量鑒定報(bào)告發(fā)布”界面:各種涂片檢查和培養(yǎng)陰性結(jié)果分別可通過“快捷報(bào)告發(fā)布”和“批量鑒定報(bào)告發(fā)布”界面進(jìn)行快速發(fā)布,在各自界面下選擇對(duì)應(yīng)的陰性報(bào)告模板;在條碼掃描位置掃描標(biāo)本二維碼信息,即可快速生成并發(fā)布檢驗(yàn)結(jié)果,同時(shí)可在過程記錄中記錄相應(yīng)的檢測結(jié)果、操作者和操作時(shí)間等信息。并且涂片結(jié)果可自動(dòng)化審核,自動(dòng)審核與報(bào)告發(fā)放間隔時(shí)間可根據(jù)實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部流程等情況進(jìn)行設(shè)置,遇到急查等情況可個(gè)性化處理,直接審核并發(fā)放,審核后可發(fā)布到醫(yī)生工作站和患者手機(jī)APP端。這兩項(xiàng)功能實(shí)現(xiàn)前,所有涂片及培養(yǎng)陰性常規(guī)報(bào)告均需分別在涂片鏡檢和鑒定模塊,選擇相應(yīng)報(bào)告模板,至少需要鼠標(biāo)點(diǎn)擊打開相應(yīng)界面選擇相應(yīng)字段操作5步才能發(fā)布報(bào)告,過程繁瑣,且有可能手誤發(fā)錯(cuò)報(bào)告。批量報(bào)告則可避免這種問題,并且在報(bào)告模板與醫(yī)囑不符時(shí)會(huì)自動(dòng)進(jìn)行錯(cuò)誤提示,極大提高了工作效率。

        (6)血培養(yǎng)的聯(lián)機(jī)模式:臨床送檢血培養(yǎng)標(biāo)本,通過掃描醫(yī)院管理信息系統(tǒng)(hospital information system,HIS)的醫(yī)囑條碼、血培瓶身序號(hào),LIMS可自動(dòng)提取患者信息、醫(yī)囑信息和血培養(yǎng)瓶信息打印檢驗(yàn)ID條形碼,粘貼在血培養(yǎng)瓶上,進(jìn)行上機(jī)。LIMS可實(shí)現(xiàn)與自動(dòng)化血培養(yǎng)儀的雙向傳輸,實(shí)時(shí)接收血培養(yǎng)儀上血培養(yǎng)瓶的相關(guān)信息:包括血培養(yǎng)陽性的報(bào)陽時(shí)間、普通血培養(yǎng)3 d、真菌血培養(yǎng)14 d、結(jié)核血培養(yǎng)42 d等初步陰性報(bào)告等。LIMS對(duì)血培養(yǎng)陰性結(jié)果,可選擇批量生成報(bào)告及自動(dòng)審核,極大節(jié)省了陰性瓶報(bào)告發(fā)放的時(shí)間。培養(yǎng)模塊可快速查詢標(biāo)本對(duì)應(yīng)的培養(yǎng)瓶序號(hào),最終培養(yǎng)結(jié)果及陽性報(bào)警時(shí)間。

        (7)危急值管理:血培養(yǎng)陽性涂片后,目前為電話通知臨床并記錄到LIMS中,內(nèi)容包括:血培養(yǎng)類型、報(bào)陽時(shí)間、涂片結(jié)果、通知時(shí)間、接收人、報(bào)告人、臨床目前經(jīng)驗(yàn)使用抗菌藥物等信息。這些信息可保存在LIMS中,隨時(shí)調(diào)閱核實(shí),并可定期導(dǎo)出相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。LIMS正在升級(jí),以后可實(shí)現(xiàn)以上相關(guān)信息直接網(wǎng)絡(luò)回報(bào),但此功能的實(shí)現(xiàn)一定得確保臨床醫(yī)生能夠及時(shí)收到相關(guān)信息,并反饋LIMS,如未在規(guī)定的時(shí)間內(nèi)反饋則需再次進(jìn)行電話回報(bào)。血培養(yǎng)報(bào)陽后立即通知臨床,此為一級(jí)報(bào)告,如果第2天初步藥敏結(jié)果支持患者目前的抗菌藥物使用,可不做二級(jí)電話報(bào)告,只在過程記錄中登記,若初步藥敏結(jié)果不支持患者目前的抗菌藥物使用,則必須做二級(jí)報(bào)告,再次電話通知臨床,并將接聽電話人員工號(hào)等信息錄入過程記錄。最終向臨床正式報(bào)告細(xì)菌種或?qū)勹b定結(jié)果及標(biāo)準(zhǔn)抗菌藥物敏感試驗(yàn)結(jié)果。分級(jí)報(bào)告結(jié)果不一致的處理:如在標(biāo)本處理過程中,發(fā)現(xiàn)前一級(jí)回報(bào)結(jié)果錯(cuò)誤,或標(biāo)本延長培養(yǎng)呈陽性,經(jīng)確認(rèn)后應(yīng)盡快與臨床進(jìn)行溝通,如實(shí)說明前一級(jí)報(bào)告結(jié)果存在的問題,并進(jìn)行更正。

        (8)檢驗(yàn)樣本周轉(zhuǎn)時(shí)間(turnaround time,TAT)管理:LIMS后臺(tái)專家系統(tǒng)提前設(shè)置好每一類檢測項(xiàng)目的TAT,當(dāng)標(biāo)本接近或超過TAT時(shí)間時(shí),在標(biāo)本過程記錄左下方的小模塊會(huì)出現(xiàn)帶顏色的患者信息提示,分為TAT預(yù)警和TAT超期。TAT時(shí)間管理功能的設(shè)計(jì),有效地保證了檢驗(yàn)結(jié)果回報(bào)的及時(shí)性,避免了報(bào)告的漏審。

        (9)檢驗(yàn)報(bào)告可瀏覽該份標(biāo)本正式的涂片、鑒定和藥敏報(bào)告。

        (10)收費(fèi)管理可補(bǔ)收或者減去多收費(fèi)用,為醫(yī)保自查提供依據(jù)。自動(dòng)根據(jù)鑒定和藥敏的實(shí)際數(shù)據(jù),按照相應(yīng)物價(jià)進(jìn)行計(jì)算,初始若這些自動(dòng)劃價(jià)的項(xiàng)目被刪除了,會(huì)自動(dòng)產(chǎn)生一條負(fù)數(shù)計(jì)費(fèi),通過接口將計(jì)費(fèi)項(xiàng)目、計(jì)費(fèi)人員等信息發(fā)送給HIS完成相應(yīng)患者的計(jì)費(fèi)。相關(guān)記錄需人工進(jìn)行退費(fèi)處理,并進(jìn)行審核后才能實(shí)現(xiàn)退費(fèi)。

        (11)檢驗(yàn)報(bào)告界面:可按報(bào)告發(fā)放日期、發(fā)布報(bào)告者等進(jìn)行報(bào)告的批量查詢、審核、打印等。

        2.2質(zhì)控管理模塊 可實(shí)現(xiàn)對(duì)K-B法藥敏按照不同質(zhì)控菌株對(duì)不同抗菌藥物允許的質(zhì)控范圍,按月繪制月質(zhì)控報(bào)表等可視化管理,質(zhì)控菌株藥敏結(jié)果讀取同標(biāo)本,出現(xiàn)失控情況即用紅色背景進(jìn)行提示,以方便操作者及時(shí)查找原因,進(jìn)行復(fù)核更正。細(xì)菌室相關(guān)的其他質(zhì)控,尚為填寫紙質(zhì)表格,按月進(jìn)行匯總統(tǒng)計(jì)。有待進(jìn)步開發(fā)為LIMS管理。

        2.3統(tǒng)計(jì)管理模塊 統(tǒng)計(jì)功能集成到系統(tǒng)內(nèi)的全部查詢檢索模塊,系統(tǒng)內(nèi)的臨床檢驗(yàn)數(shù)據(jù)均可進(jìn)行排序、交叉表統(tǒng)計(jì)、分組計(jì)算、匯總等操作。鑒定管理模塊可實(shí)現(xiàn)按菌名進(jìn)行不同菌種、藥敏等數(shù)據(jù)的查詢統(tǒng)計(jì)管理。統(tǒng)計(jì)管理模塊可計(jì)算工作量和血培養(yǎng)送檢、陽性率及污染率等,導(dǎo)出TAT超期、危急值和不合格標(biāo)本等相關(guān)指標(biāo)??蛇M(jìn)行WHONET數(shù)據(jù)格式導(dǎo)出進(jìn)一步進(jìn)行藥物敏感性分析。接口設(shè)置:按照菌屬分類、WHONET實(shí)驗(yàn)室方案自動(dòng)配置導(dǎo)出規(guī)則。通過日期區(qū)間、病區(qū)、性別、年齡區(qū)間等條件組合篩選藥敏數(shù)據(jù),對(duì)藥敏檢測結(jié)果進(jìn)行分類計(jì)數(shù),并導(dǎo)出到對(duì)應(yīng)的WHONET實(shí)驗(yàn)室文件,為國家耐藥監(jiān)測網(wǎng)提供監(jiān)測數(shù)據(jù)。

        2.4字典管理和系統(tǒng)管理 可實(shí)現(xiàn)對(duì)新增細(xì)菌、藥物等數(shù)據(jù)字典、過程記錄字典、微生物分類和人員權(quán)限等進(jìn)行維護(hù),對(duì)系統(tǒng)日志、報(bào)告打印日志等進(jìn)行查詢,以便出現(xiàn)問題時(shí)能回顧解決。并對(duì)自定義的規(guī)則,如涂片和血培養(yǎng)陰性報(bào)告從生成到自動(dòng)化審核之間的時(shí)間、非敏感菌株及多重耐藥的菌株的預(yù)警提示等規(guī)則,進(jìn)行設(shè)置。

        全流程實(shí)驗(yàn)室檢測及相應(yīng)LIMS功能流程,見圖1。

        圖1 全流程實(shí)驗(yàn)室檢測及相應(yīng)LIS功能流程

        3 討論

        隨著數(shù)字信息化的快速發(fā)展,微生物信息管理數(shù)字化平臺(tái)為微生物檢驗(yàn)流程的優(yōu)化和發(fā)展提供了堅(jiān)實(shí)的技術(shù)基礎(chǔ)[7]。相比大部分基層醫(yī)院的內(nèi)部條形碼為一維碼,只能橫向、縱向或定點(diǎn)一個(gè)方向識(shí)別信息,本實(shí)驗(yàn)室使用的二維條形碼是以平面規(guī)律分布的黑白色幾何圖形來記錄信息,信息容量大、編碼范圍廣,可表示漢字及圖像等多種信息,條碼部分損壞也不影響信息的讀取[8],極大地提高了工作效率。另外,大部分基層醫(yī)院尚未實(shí)現(xiàn)對(duì)不合格標(biāo)本的LIMS管理,只能電話通知并手工記錄,給后續(xù)不合格標(biāo)本科室與原因等統(tǒng)計(jì)帶來諸多不便,嚴(yán)重影響了該指標(biāo)的持續(xù)改進(jìn)。

        細(xì)菌鑒定過程包含多個(gè)檢測步驟,耗時(shí)長,可能要經(jīng)過不同的檢驗(yàn)人員才能完成。本實(shí)驗(yàn)室微生物L(fēng)IMS可按時(shí)間節(jié)點(diǎn)記錄不同的操作者的操作步驟,任一操作者通過標(biāo)本的過程記錄信息可實(shí)時(shí)查看標(biāo)本狀態(tài)并完成后續(xù)相關(guān)操作。將檢驗(yàn)周期長、檢驗(yàn)流程復(fù)雜、操作人員個(gè)性化強(qiáng)的檢測全過程有條理地、完整地記錄下來,實(shí)現(xiàn)了檢測流程的實(shí)時(shí)監(jiān)控,有效地保證了工作質(zhì)量和患者安全[9]。

        鑒定和藥敏模塊可與生物梅里埃MS、Vitek 2、BD鳳凰鑒定藥敏系統(tǒng)數(shù)據(jù)傳輸,避免人工錄入導(dǎo)致的誤差。藥敏系統(tǒng)設(shè)置為只接受自動(dòng)化藥敏儀器的數(shù)值結(jié)果,不接收其藥敏判讀結(jié)果,因其沒有考慮標(biāo)本類型及是否為最新藥敏折點(diǎn)等問題。部分特殊情況例如:非腦脊液標(biāo)本分離的肺炎鏈球菌青霉素、頭孢吡肟等藥敏結(jié)果需要分別按照腦脊液折點(diǎn)和非腦脊液折點(diǎn)進(jìn)行判斷后發(fā)放報(bào)告。系統(tǒng)可以進(jìn)行個(gè)性化設(shè)置。

        將計(jì)算機(jī)圖像識(shí)別、機(jī)器學(xué)習(xí)等先進(jìn)的人工智能技術(shù)引入實(shí)驗(yàn)室,如XMVision紙片擴(kuò)散法藥敏測量儀的應(yīng)用。實(shí)驗(yàn)室科研在用的XMVision MIC法藥敏機(jī)器視覺鑒定分析系統(tǒng)和紫外熒光法菌落智能識(shí)別及拍照系統(tǒng):前者對(duì)標(biāo)準(zhǔn)微量肉湯稀釋法及Sensititre YeastOne藥敏板卡MIC結(jié)果自動(dòng)判讀,后者可進(jìn)行菌落計(jì)數(shù)及拍照,及對(duì)常見絲狀真菌的基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的人工智能識(shí)別功能檢測(系統(tǒng)研發(fā)中)可解決由人工視覺疲憊后造成的漏診和錯(cuò)診,大幅降低勞動(dòng)強(qiáng)度,提高工作效率?;谖⑸镉跋翊髷?shù)據(jù)與卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng)與圖像理解技術(shù),使機(jī)器可以獲得與人近似甚至高于人的圖像鑒別能力,通過復(fù)制可快速普及到各級(jí)醫(yī)院,利于國家分級(jí)診療政策的執(zhí)行,減少人員投入,降低診療成本,實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療等目標(biāo)。

        LIMS在實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理方面具有重大作用[10]。本實(shí)驗(yàn)室微生物L(fēng)IMS可以實(shí)現(xiàn)對(duì)TAT、不合格標(biāo)本、危急值通知率、K-B法質(zhì)控電子月報(bào)表、血培養(yǎng)污染率、血培養(yǎng)采血量等指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)。另外,圖像檔案管理、日志管理、過程記錄等功能為檢驗(yàn)結(jié)果溯源提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ),特殊耐藥表型的預(yù)警提示、細(xì)菌和藥敏等方面的統(tǒng)計(jì)功能及與WHONET軟件的對(duì)接為科研和院感防控等提供了基礎(chǔ)。

        總之,如果臨床微生物L(fēng)IMS能夠規(guī)范優(yōu)化微生物全過程的工作流程,包括自動(dòng)化接種系統(tǒng)、自動(dòng)化鑒定系統(tǒng)和質(zhì)量控制系統(tǒng)等[11-13],實(shí)現(xiàn)全流程信息化、智能化的精準(zhǔn)管理,可提高工作效率和質(zhì)量,降低人工操作的錯(cuò)誤發(fā)生率,可將微生物工作人員解放更多的時(shí)間開展其他業(yè)務(wù),如疑難菌株的鑒定和藥敏,加強(qiáng)臨床溝通、參加臨床感染病例會(huì)診、指導(dǎo)床旁采樣等,或進(jìn)行與臨床密切相關(guān)的一些科研等。微生物L(fēng)IMS的有效開發(fā)和升級(jí)非常有意義,本實(shí)驗(yàn)室將在實(shí)際工作中不斷總結(jié)、創(chuàng)新、改進(jìn),以求更好滿足臨床微生物實(shí)驗(yàn)室檢測的需求。

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