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        基于質(zhì)譜的分子網(wǎng)絡(luò)分析化學(xué)調(diào)控對土曲霉C23-3次生代謝產(chǎn)物及生物活性的影響

        2021-09-14 04:36:34馬小翔劉亞月聶影影黎燕媚王遠(yuǎn)薛欣怡洪鵬志張翼
        生物技術(shù)通報(bào) 2021年8期
        關(guān)鍵詞:誘導(dǎo)劑酪氨酸內(nèi)酯

        馬小翔 劉亞月,,3 聶影影 黎燕媚 王遠(yuǎn) 薛欣怡 洪鵬志,,3 張翼,,3

        (1. 廣東海洋大學(xué)食品科技學(xué)院 廣東省水產(chǎn)品加工與安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 廣東省海洋生物制品工程實(shí)驗(yàn)室 廣東省海洋食品工程技術(shù)研究中心 水產(chǎn)品深加工廣東普通高等學(xué)校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 湛江市腦健康海洋藥物與營養(yǎng)品重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 廣東海洋大學(xué)海洋藥物研究所,湛江 524088; 2. 廣東海洋大學(xué)深圳研究院海洋醫(yī)藥研發(fā)中心,深圳 518120;3. 海洋食品精深加工關(guān)鍵技術(shù)省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心 大連工業(yè)大學(xué), 大連 116034)

        海洋約占地球總面積的71%,蘊(yùn)含著種類多樣、活性豐富的微生物資源[1]。海洋生物尤其是海洋微生物在海洋高鹽、高壓、低氧、寡營養(yǎng)的特殊環(huán)境下,產(chǎn)生獨(dú)特的新陳代謝機(jī)制,進(jìn)而能生成結(jié)構(gòu)新穎、活性豐富的次級(jí)代謝產(chǎn)物,為藥物先導(dǎo)化合物提供豐富來源[2-3]。海洋真菌因遺傳背景復(fù)雜、代謝產(chǎn)物種類豐富、產(chǎn)量高,逐漸成為海洋微生物新天然產(chǎn)物的主要來源,在2010-2013年的統(tǒng)計(jì)里約占64%[4]。而且研究表明真菌含有大量次級(jí)代謝產(chǎn)物生物合成基因簇(biosynthetic gene clusters)[5],但在實(shí)驗(yàn)室或者人工培養(yǎng)條件下,真菌大部分功能基因簇通常處于沉默狀態(tài)。通過改變培養(yǎng)基組成、改變發(fā)酵條件(如培養(yǎng)容器)以及加入小分子化合物(如前體小分子、酶抑制劑等)等豐富真菌代謝產(chǎn)物多樣性的方法越來越受到研究者的關(guān)注[6]。

        新化合物發(fā)現(xiàn)的方法學(xué)研究正在引領(lǐng)海洋微生物天然產(chǎn)物研究的新浪潮?;谫|(zhì)譜的分子網(wǎng)絡(luò)(molecular networking,MN)是一種可視化計(jì)算策略[7]。結(jié)構(gòu)相似的化合物在質(zhì)譜測試中會(huì)裂解產(chǎn)生相似的碎片離子,通過計(jì)算機(jī)算法計(jì)算樣品經(jīng)液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜分析(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)后得到的二級(jí)質(zhì)譜的相似度,依據(jù)相似度將質(zhì)譜信息整合成一種可視化的分子網(wǎng)絡(luò)圖。MN有利于快速、大規(guī)模地鑒定已知化合物、相似化合物以及挖掘新化合物。近年來,隨著全球天然產(chǎn)物社會(huì)分子網(wǎng)絡(luò)(Global Natural Product Social Molecular Networking,GNPS)數(shù)據(jù)庫的開放使用,借助來自全球的化合物及其譜圖積累,GNPS逐漸成為研究天然產(chǎn)物的重要MN工具[8]。如Nie等[9]將生物活性耦合LC-MS/MS和GNPS,高效地評估挖掘來自多種海洋真菌提取物的乙酰膽堿酯酶(acetylcholinesterase,AChE)抑制活性和抗氧化活性化合物。

        土曲霉(Aspergillus terreus)屬于子囊菌門(Ascomycota)散囊菌綱(Eurotiomycetes)散囊菌目(Eurotiales)發(fā)菌科(Trichocomaceae)曲霉屬(Aspergillus),是一種廣泛存在于海洋和陸地的真菌。丁內(nèi)酯類和土震素類化合物是土曲霉次級(jí)代謝產(chǎn)物中的特征代謝產(chǎn)物[10],研究者發(fā)現(xiàn)丁內(nèi)酯類化合物具有抗腫瘤、抗氧化、抗病毒、抑制葡萄糖苷酶、抑制葡萄糖醛酸酶等活性[11-13],可通過抗炎、抑制細(xì)胞周期素依賴蛋白激酶5、促進(jìn)軸突生長等多種機(jī)制實(shí)現(xiàn)神經(jīng)保護(hù)作用[14-17];土震素類化合物具有顯著的AChE抑制活性[18]。本實(shí)驗(yàn)室于前期研究篩選出一株分離自南海珊瑚的海洋土曲霉C23-3,其代謝產(chǎn)物具有一定抗氧化、抑菌和AChE抑制活性且高產(chǎn)丁內(nèi)酯Ⅰ[19]??紤]到這株菌的代謝產(chǎn)物及活性可能在抗阿爾茨海默氏癥(Alzheimer’s disease,AD)等神經(jīng)退行性疾病藥物研發(fā)中具有較好研究價(jià)值,值得深入挖掘其代謝潛力。

        考慮到土曲霉主體活性產(chǎn)物丁內(nèi)酯I(butyrolactone I)的生源合成途徑[20-21],本研究選用小分子前體酪氨酸/4-羥基苯丙酮酸的類似物(3-氨基-L-酪氨酸、3-羥基-L-酪氨酸、3-硝基-L-酪氨酸和3,4-二羥基苯丙酮酸)、異戊烯基轉(zhuǎn)移酶的底物(萜類側(cè)鏈供體金合歡醇和法尼焦磷酸銨鹽(farnesyl pyrophosphate ammonium salt,F(xiàn)PP))、L-硒代蛋氨酸以及氧化脅迫劑(H2O2)和亞硫酸氫鈉甲萘醌(menadione sodium bisulfite,MSB)共9種化學(xué)誘導(dǎo)劑對菌株 Aspergillus terreus C23-3 進(jìn)行誘導(dǎo)培養(yǎng),結(jié)合LC-MS/MS和GNPS研究化學(xué)調(diào)控對菌株次級(jí)代謝的影響,以期誘導(dǎo)菌株C23-3產(chǎn)生產(chǎn)量更高或多樣性更豐富的丁內(nèi)酯類等代謝產(chǎn)物,為后續(xù)篩選和開發(fā)利用具有AD活性的先導(dǎo)化合物奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 菌株 海洋真菌土曲霉Aspergillus terreus C23-3(GDMCC No.60316)采自湛江徐聞珊瑚保護(hù) 區(qū),現(xiàn)保存于廣東省微生物菌種保藏中心。

        1.1.2 培養(yǎng)基 海水馬鈴薯培養(yǎng)基:馬鈴薯汁500.0 mL(由馬鈴薯200.0 g煮熟過濾而成)、蔗糖20.0 g、蛋白胨5.0 g、海水晶20.0 g;固體培養(yǎng)基需加入瓊脂20.0 g,加水定容至1.0 L。糙米培養(yǎng)基:糙米833.3 g、海水晶 20.0 g,加水定容至1.0 L。pH均為自然,1×105Pa滅菌20 min備用。

        1.1.3 主要試劑與儀器 誘導(dǎo)劑:3-氨基-L-酪氨酸、3-羥基-L-酪氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、3,4-二羥基苯丙酮酸、L-硒代蛋氨酸、H2O2、MSB、金合歡醇和FPP。用5%稀鹽酸(HCl)或二甲基亞砜(DMSO)或無菌水溶解,于超凈臺(tái)經(jīng)0.22 μmol/L濾膜過濾備用。

        乙酰膽堿酯酶(acetylcholinesterase,AChE)、牛血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)、二苯代苦味酰自由基(1,1-Diphenyl-2-picryl-hydrazyl,DPPH),西格瑪奧德里奇(上海)貿(mào)易有限公司;碘化硫代乙酰膽堿(acetylthiocholine,ATCh)、5,5'- 二硫代二硝基苯甲酸(dithiobisnitrobenzoic acid,DTNB),合肥博美生物科技有限責(zé)任公司;24孔板,無錫耐思生物科技有限公司;薄層層析板Silica gel 60 F254,德國默克公司;LC-MS/MS分析用試劑為Fisher質(zhì)譜純,其他試劑及材料均為國產(chǎn)分析純。

        多功能紫外透射儀,上海精科實(shí)業(yè)有限公司;霉菌培養(yǎng)箱及生物安全柜,上海博訊實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療器械廠;Thermo Finnigan液相色譜-二極管陣列檢測器- LCQ Advantage MAX離子阱質(zhì)譜聯(lián)用儀,賽默飛世爾科技有限公司;旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀,上海愛朗儀器有限公司;離心濃縮儀,湖南赫西儀器裝備有限公司。

        1.2 方法

        1.2.1 制備種子 將菌株C23-3凍存管置于溫度28℃、濕度80%的霉菌培養(yǎng)箱活化過夜;將菌種接種到預(yù)先裝有200 mL滅菌海水馬鈴薯固體培養(yǎng)基的錐形培養(yǎng)瓶中培養(yǎng)3-4 d,待菌落孢子生長茂盛備用。

        1.2.2 誘導(dǎo)菌株 使用0.85%的無菌生理鹽水將1.2.1培養(yǎng)的菌種孢子洗下,搖勻。海水馬鈴薯培養(yǎng)基和糙米培養(yǎng)基均使用24孔板,每孔加入2 mL培養(yǎng)基和200 μL孢子懸液,28℃、濕度80%培養(yǎng) 3 d。

        3 d后,誘導(dǎo)組根據(jù)設(shè)置的誘導(dǎo)劑濃度(如圖1標(biāo)注所示),向菌株培養(yǎng)物加入化學(xué)誘導(dǎo)劑;對照組根據(jù)誘導(dǎo)劑的溶劑(5% HCl、DMSO和無菌水),向菌株培養(yǎng)物加入與誘導(dǎo)劑等體積的溶劑;空白組為不加誘導(dǎo)劑或溶劑的菌株培養(yǎng)物。每個(gè)條件設(shè)置2個(gè)復(fù)孔,24 孔板置于霉菌培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng),每天觀察培養(yǎng)物形態(tài)并拍照記錄。

        1.2.3 提取次生代謝產(chǎn)物 分別在第14天和28天提取菌株次級(jí)代謝產(chǎn)物。先將用于微量發(fā)酵的24孔板冷凍干燥。對于液體培養(yǎng)物,每孔加入2 mL甲醇浸泡過夜,將孔內(nèi)物質(zhì)全部轉(zhuǎn)移至離心管,加入2 mL甲醇洗凈孔內(nèi)殘留后轉(zhuǎn)移至離心管合并,功率500 W超聲提取30 min,靜置過夜取上清液備用;沉淀則加入4 mL甲醇,超聲提取步驟同上,重復(fù)2次;將總的上清液過濾膜(孔徑0.45 μm)濃縮干燥、稱重,4℃ 冷藏備用。對于固體培養(yǎng)物,每孔加入1 mL甲醇浸泡過夜;將孔內(nèi)容物全部轉(zhuǎn)移至離心管后加3 mL甲醇洗凈孔內(nèi)殘留,剩余操作同液體培養(yǎng)物的提取。

        1.2.4 薄層層析分析、生物活性自顯影及化學(xué)顯色 此部分參考張翼等[22]的方法,不同培養(yǎng)基的發(fā)酵提取物均以三氯甲烷∶甲醇(體積比為20∶1)為薄層層析(thin-layer chromatography,TLC)展開劑,分別記錄254、365 nm的紫外圖像,DPPH自由基清除活性與AChE抑制活性自顯影圖像,茴香醛硫酸顯色及鐵氰化鉀-三氯化鐵顯色圖像。

        1.2.5 LC-MS/MS 將各提取物均用色譜甲醇配成等體積樣品溶液進(jìn)行液質(zhì)分析。

        色譜分析條件:進(jìn)樣量為20 μL,洗脫條件為:0.00-1.00 min,30%的乙腈水溶液(含0.1%甲酸);1.00-8.00 min,30%-99%乙腈水溶液(含0.1%甲酸);8.00-12.00 min,99%的乙腈水溶液(含0.1%甲酸);12.00-12.20 min,99%-30%的乙腈水溶液(含0.1%甲酸);12.20-15.00 min,30%的乙腈水溶液(含0.1%甲酸),流速0.6 mL/min。DAD檢測器信號(hào)采集波長為190-600 nm,監(jiān)測波長為210 nm、254 nm、280 nm、310 nm和360 nm。色譜柱為Phenomenex Kinetex C18 100?反相色譜柱(100×4.60 mm,5 μm)。

        質(zhì)譜檢測條件:質(zhì)量掃描范圍設(shè)置為m/z 100-2 000,電噴霧離子化,正離子模式,離子源電壓:4 kV,毛細(xì)管溫度:325℃,二級(jí)質(zhì)譜觸發(fā)信號(hào)強(qiáng)度閾值1×105CPS(Count Per Second),碰撞能量:35 eV,離子傳輸管電壓:10 V。

        1.2.6 分子網(wǎng)絡(luò)的創(chuàng)建和可視化分析 使用Proteo Wizard軟件轉(zhuǎn)換原始液質(zhì)數(shù)據(jù)文件的格式,然后上傳至GNPS數(shù)據(jù)庫計(jì)算分析,將分析結(jié)果導(dǎo)入 Cytoscape 3.7軟件繪制分子網(wǎng)絡(luò)圖。利用GNPS的二級(jí)質(zhì)譜相似度匹配功能可注釋樣品所含的已知化合物,并根據(jù)分子網(wǎng)絡(luò)圖中不同節(jié)點(diǎn)的關(guān)系,結(jié)合質(zhì)譜數(shù)據(jù),來發(fā)現(xiàn)已知化合物的類似物或衍生物。

        2 結(jié)果

        2.1 誘導(dǎo)前后菌株表觀形態(tài)變化

        菌株C23-3在海水馬鈴薯液體培養(yǎng)基條件下,如圖1-C所示,空白組的菌絲體呈現(xiàn)乳白色,邊緣呈現(xiàn)灰黑色;如圖1-A所示,分別添加3-氨基-L-酪氨酸、3-羥基-L-酪氨酸、3-硝基-L-酪氨酸后,隨著誘導(dǎo)劑濃度的增大,菌株的菌絲體生物量無明顯變化,菌絲體由淺黃色變成淺棕色;而添加MSB、H2O2、FPP以及無菌水的組(圖1-B-C),菌膜邊緣黑色部分增加。

        菌株C23-3在糙米培養(yǎng)基條件下,如圖1-C所示,空白組菌絲體呈棕色;如圖1-A所示,分別添加3-氨基-L-酪氨酸和3-羥基-L-酪氨酸后,實(shí)驗(yàn)組各個(gè)濃度的菌絲體生物量變少且顏色變淺;加入3-硝基-L-酪氨酸、3,4-二羥基苯丙酮酸、金合歡醇后,菌絲體生物量減少;如圖1-B所示,添加L-硒代蛋氨酸后,菌株產(chǎn)生少量白色菌絲體。

        圖1 菌株C23-3化學(xué)調(diào)控前后生長形態(tài)(培養(yǎng)28 d)Fig.1 Growth morphology of strain C23-3 before and after chemical regulation(cultured for 28 days)

        同等培養(yǎng)條件下,培養(yǎng)14 d的菌株表現(xiàn)形態(tài)與培養(yǎng)28 d的無明顯差異。綜上所述,在3-氨基-L-酪氨酸、3-羥基-L-酪氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、3,4-二羥基苯丙酮酸、金合歡醇和L-硒代蛋氨酸誘導(dǎo)前后菌株C23-3外觀形態(tài)上產(chǎn)生了明顯變化,而菌株形態(tài)變化與次級(jí)代謝產(chǎn)物通常密切相關(guān)[23-24],為了驗(yàn)證誘導(dǎo)劑引起的次生代謝變化,本文對菌株提取物進(jìn)行了TLC指紋圖譜與生物活性自顯影的分析。

        2.2 誘導(dǎo)前后TLC指紋圖譜比較

        對添加化學(xué)誘導(dǎo)劑前后的菌株提取物進(jìn)行了不同波長下的吸收/熒光斑點(diǎn)、茴香醛顯色斑點(diǎn)、DPPH自由基清除活性斑點(diǎn)、三氯化鐵-鐵氰化鉀顯色斑點(diǎn)和AChE抑制活性斑點(diǎn)的TLC指紋綜合比較,如表1及圖2所示,添加化學(xué)誘導(dǎo)劑前后菌株TLC指紋圖譜發(fā)生了顯著變化。在糙米培養(yǎng)基中,3-氨基-L-酪氨酸(1 mmol/L)、3-羥基-L-酪氨酸(10 mmol/L)、3-硝基-L-酪氨酸(10 mmol/L)、3,4-二羥基苯丙酮酸(1 mmol/L)、金合歡醇(1 μmol/L)、MSB(10 μmol/L)、H2O2(1 mmol/L)、FPP(5 μmol/L)和L-硒代蛋氨酸(61 mmol/L)這9種誘導(dǎo)條件下代謝產(chǎn)物更豐富或發(fā)生變化,且具有一定生物活性。而海水馬鈴薯液體培養(yǎng)基由于代謝產(chǎn)物過少,未做進(jìn)一步分析。

        圖2 菌株 C23-3 化學(xué)調(diào)控前后發(fā)酵產(chǎn)物 TLC 指紋圖譜(糙米培養(yǎng)基)Fig.2 TLC fingerprints of strain C23-3 fermentation products before and after chemical regulation(brown rice medium)

        2.3 誘導(dǎo)前后代謝產(chǎn)物總體多樣性比較

        利用LC-MS/MS對糙米培養(yǎng)基上經(jīng)化學(xué)誘導(dǎo)后菌株微量發(fā)酵代謝產(chǎn)物進(jìn)行分析,結(jié)合GNPS數(shù)據(jù)庫和Cytoscape等軟件做分子網(wǎng)絡(luò)圖。首先使用同一誘導(dǎo)劑的不同條件(改變濃度或培養(yǎng)時(shí)間)及其對應(yīng)空白組和對照組的菌株提取物單獨(dú)做分子網(wǎng)絡(luò)分析,然后從9種誘導(dǎo)劑中匯總次生代謝產(chǎn)物豐富或有明顯變化的培養(yǎng)條件再做分子網(wǎng)絡(luò)(圖3)。基峰圖(base peak chromatograms,BPC)是將每個(gè)時(shí)間點(diǎn)質(zhì)譜圖中最強(qiáng)離子的離子強(qiáng)度連續(xù)描繪而得的圖譜,結(jié)合分子網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)數(shù)量、大小、比例分布等,二者在一定程度上可反映菌株代謝產(chǎn)物的總體多樣性。

        在分子網(wǎng)絡(luò)圖中,一個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一種化合物(不排除為同分異構(gòu)體的集合),實(shí)質(zhì)上是液質(zhì)數(shù)據(jù)中具有相同整數(shù)質(zhì)荷比、視為相同二級(jí)質(zhì)譜圖的所有母離子的集合,其上標(biāo)注的質(zhì)荷比為采集的全部母離子質(zhì)荷比的均值;化合物二級(jí)質(zhì)譜之間的相似性用余弦值(即cosine值,范圍為0-1)表示,余弦值與相似性成正比,節(jié)點(diǎn)之間的連線粗細(xì)與節(jié)點(diǎn)之間的cosine值正相關(guān);節(jié)點(diǎn)不同顏色的扇形分布代表化合物不同來源的相對含量;節(jié)點(diǎn)的大小代表不同化合物的總離子強(qiáng)度。如圖3所示,分子網(wǎng)絡(luò)圖直觀的顯示某些代謝產(chǎn)物在不同的培養(yǎng)條件下分布不同,有的有明顯的偏向性,只在少數(shù)甚至個(gè)別條件下才產(chǎn)生,如最大離子簇中m/z 461.259、459.243、551.168等節(jié)點(diǎn),在Cytoscape軟件中點(diǎn)擊相應(yīng)的節(jié)點(diǎn)可瀏覽詳細(xì)信息。根據(jù)樣品與GNPS數(shù)據(jù)庫里收錄化合物二級(jí)質(zhì)譜的相似性匹配(cosine值大于0.7),判斷菌株C23-3的已知產(chǎn)物主要有丁內(nèi)酯Ⅰ(compound 1)、土震素B(compound 2)、洛伐他?。╟ompound 3)和和一個(gè)相對微量成分洛伐他汀羥酸(compound 4,洛伐他汀內(nèi)酯鍵開環(huán)產(chǎn)物)。

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        對于這四種特征化合物,根據(jù)GNPS提取的化合物的出峰時(shí)間和分子量信息,在BPC(圖4)中可找到對應(yīng)的色譜峰及質(zhì)譜信息(丁內(nèi)酯Ⅰ:[M+H]+m/z 425,保留時(shí)間在8.35 min;土震素B:[M+H]+m/z 527,保留時(shí)間8.84 min;洛伐他?。海跰+H]+m/z 427,保留時(shí)間10.39 min;洛伐他汀羥酸:[M+H]+m/z 445,保留時(shí)間9.43 min;其二級(jí)質(zhì)譜見圖5-7),發(fā)現(xiàn)在不同培養(yǎng)條件下它們的產(chǎn)量有較大變化。

        除了上述已知代謝產(chǎn)物的變化外,實(shí)驗(yàn)中也觀察到一些未知成分的變化,在圖4中用箭頭標(biāo)注了相應(yīng)樣品中較獨(dú)特的成分。

        圖4 菌株C23-3不同培養(yǎng)條件下代謝產(chǎn)物的液質(zhì)聯(lián)用基峰色譜圖Fig.4 Base peak chromatograms of the metabolites of strain C23-3 under different culture conditions

        如加入3-氨基-L-酪氨酸(1 mmol/L)后,在12.63 min產(chǎn)生基峰為m/z 736.43的化合物;加入3-羥基-L-酪氨酸(10 mmol/L)后,在13.07 min產(chǎn)生基峰為m/z 338.80的化合物;加入3-硝基-L-酪氨酸(10 mmol/L)后,在7.71 min產(chǎn)生基峰為m/z 513.04的化合物;加入3,4-二羥基苯丙酮酸(1 mmol/L)后,在10.05 min和11.12 min分別產(chǎn)生基峰為m/z 520.30和529.25的化合物;而空白組、試劑對照組以及其他誘導(dǎo)組在相同保留時(shí)間則沒有,推測這些前體小分子可能對菌株的代謝產(chǎn)物產(chǎn)生影響。

        添加FPP(5 μmol/L)后,在7.33 min(基峰m/z 422.99)和11.24 min(基峰m/z 429.25)的化合物強(qiáng)度比其他組略高;添加了金合歡醇的實(shí)驗(yàn)組在13.49 min的化合物(基峰m/z 409.24)與其他組有所區(qū)別,由此推斷萜類側(cè)鏈供體FPP和金合歡醇可能刺激菌株C23-3提高部分化合物的產(chǎn)量。

        添加MSB(10 μmol/L)后,在10.64 min產(chǎn)生基峰為m/z 459.26的化合物;添加H2O2(1 mmol/L)后,在12.84 min產(chǎn)生基峰為m/z 338.21的化合物,推測氧化劑MSB和H2O2對菌株C23-3可能造成氧化脅迫,刺激其代謝產(chǎn)物發(fā)生變化。

        加入L-硒代蛋氨酸(61 mmol/L)的實(shí)驗(yàn)組與其他組的BPC無顯著差異,與TLC結(jié)果有一定差異,推測可能某些代謝產(chǎn)物在正離子條件下未能檢測到。

        綜上所述,這9種化學(xué)誘導(dǎo)劑可對菌株C23-3代謝產(chǎn)物的種類或產(chǎn)量產(chǎn)生不同程度的影響。

        2.4 誘導(dǎo)前后特征代謝產(chǎn)物衍生物分析

        除了通過與數(shù)據(jù)庫收錄的二級(jí)質(zhì)譜匹配以指認(rèn)已知化合物,GNPS還可利用二級(jí)質(zhì)譜相似性來分析樣品中各代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系,由已知化合物節(jié)點(diǎn)來發(fā)現(xiàn)其可能的同族化合物。

        根據(jù)圖3中通過對已知化合物Compounds 1-4相連的主要節(jié)點(diǎn)的二級(jí)質(zhì)譜(圖5-圖7)的分析,主要是其母離子和碎裂離子與已知化合物相應(yīng)離子質(zhì)荷比的關(guān)系,推測這些化合物可能為相應(yīng)已知化合物異構(gòu)體或由其脫水、脫氫、脫氧或降碳而來。與質(zhì)荷比為m/z 425.027的丁內(nèi)酯Ⅰ結(jié)構(gòu)相似的節(jié)點(diǎn)有4個(gè)(Compounds 5-8),質(zhì)荷比依次為m/z 425.028(和丁內(nèi)酯I二級(jí)質(zhì)譜相似又有顯著不同,雖未與其聚在同簇,但推測可能為其異構(gòu)體)、m/z 423.01(丁內(nèi)酯I脫氫產(chǎn)物)、m/z 441.046(Compound 5加氧產(chǎn)物)和m/z 407.021(丁內(nèi)酯I脫水產(chǎn)物);與質(zhì)荷比為m/z 527.166的土震素B結(jié)構(gòu)相似的節(jié)點(diǎn)有2個(gè)(Compounds 9-10),質(zhì)荷比分別為m/z 511.169(土震素B脫氧產(chǎn)物)和m/z 513.128(土震素B降碳產(chǎn)物,如甲氧基變?yōu)榱u基);與質(zhì)荷比為m/z 427.236的洛伐他汀結(jié)構(gòu)相似的節(jié)點(diǎn)有3個(gè)(Compounds 11-13),依次是m/z 409.247(脫水產(chǎn)物)、m/z 411.184(脫氧產(chǎn)物)和m/z 429.256(加氫產(chǎn)物)。其中部分化合物在上文BPC譜圖比較中也是獨(dú)特色譜峰。

        圖3 菌株C23-3不同培養(yǎng)條件下代謝產(chǎn)物基于二級(jí)質(zhì)譜聯(lián)系的分子網(wǎng)絡(luò)圖及局部放大圖Fig.3 Molecular network and its partial enlarged diagram of the metabolites of strain C23-3 under different cultural conditions based on MS2 relationships

        圖5 Compound 1及其可能衍生物的二級(jí)質(zhì)譜圖Fig. 5 MS2 spectra of compound 1 and its possible derivatives

        圖7 Compounds 3、4及其可能衍生物的二級(jí)質(zhì)譜圖Fig.7 MS2 spectra of compounds 3,4 and their possible derivatives

        為了進(jìn)一步分析9種誘導(dǎo)劑對菌株C23-3丁內(nèi)酯類、土震素類及洛伐他汀類特征代謝產(chǎn)物多樣性及產(chǎn)量的影響,對上述GNPS注釋或推測的該三類化合物Compounds 1-13的提取離子色譜圖(Extracted ion chromatogram,EIC)相應(yīng)化合物峰面積進(jìn)行了計(jì)算和比較。

        圖6 Compound 2及其可能衍生物的二級(jí)質(zhì)譜圖Fig.6 MS2 spectra of compound 2 and its possible derivatives

        結(jié)果(圖8)顯示,添加誘導(dǎo)劑金合歡醇(1 μmol/L)的丁內(nèi)酯Ⅰ產(chǎn)量相對最多,F(xiàn)PP(5 μmol/L)以及MSB(10 μmol/L)誘導(dǎo)組代謝產(chǎn)物中的丁內(nèi)酯Ⅰ略少于金合歡醇組,但FPP組和MSB組的丁內(nèi)酯類的種類和產(chǎn)量更豐富;FPP(5 μmol/L)誘導(dǎo)組的土震素B產(chǎn)量和種類在這九組里相對較優(yōu),其次是3-氨基-L-酪氨酸(1 mmol/L)誘導(dǎo)組。而洛伐他汀類代謝產(chǎn)物在3,4-二羥基苯丙酮酸(1 mmol/L)、3-氨基-L-酪氨酸(1 mmol/L)和硒代蛋氨酸(61 mmol/L)組中產(chǎn)量與多樣性較優(yōu)。綜上所述,菌株C23-3在不同化學(xué)誘導(dǎo)劑的作用下,菌株的特征產(chǎn)物(丁內(nèi)酯Ⅰ、土震素B和洛伐他?。┘捌淇赡苎苌锏姆N類和產(chǎn)量發(fā)生了較大變化。

        圖8 菌株C23-3不同化學(xué)調(diào)控條件下的代謝物中特征產(chǎn)物及其衍生物的含量Fig.8 Contents of the characteristic products and their derivatives in the metabolites of strain C23-3 under different chemically regulated conditions

        3 討論

        研究表明,很多微生物雖然具有豐富的次生代謝產(chǎn)物合成基因簇,但在實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)條件下相當(dāng)部分處于沉默狀態(tài)[25],活性菌株的潛力有待進(jìn)一步挖掘。前體導(dǎo)向生物合成技術(shù)有利于在已知的先導(dǎo)化合物基礎(chǔ)上開展結(jié)構(gòu)優(yōu)化與改造,如黃婷婷[26]向吡啶霉素鏈霉菌NRRL B-2517的野生型菌株飼喂與天然底物3-羥基吡啶羧酸結(jié)構(gòu)類似的芳香羧酸和氨基酸,分離得到幾種新的吡啶霉素結(jié)構(gòu)類似物。本研究考慮了不同基礎(chǔ)培養(yǎng)基和多類型化學(xué)調(diào)控手段(包括化合物骨架的小分子前體類似物、萜類側(cè)鏈供體類似物、氧化脅迫及硒代氨基酸)的綜合運(yùn)用,以利于發(fā)現(xiàn)更好的誘導(dǎo)條件。

        實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明不同類型的化學(xué)誘導(dǎo)劑可對菌株C23-3代謝產(chǎn)物和生物活性的確能產(chǎn)生不同程度的影響,特別是丁內(nèi)酯類、土震素類和洛伐他汀類化合物的多樣性和產(chǎn)量發(fā)生了較大的變化,丁內(nèi)酯類和土震素類化合物被發(fā)現(xiàn)具有一定的抗氧化、神經(jīng)保護(hù)、抗神經(jīng)炎癥和乙酰膽堿酯酶抑制活性[15-18],本研究為抗阿爾茨海默氏癥等活性的新化合物發(fā)現(xiàn)提供了基礎(chǔ)。

        另一方面,本研究中不同的調(diào)控條件包括一些前體類似物雖然改變了菌株的代謝,但在質(zhì)譜中并未明顯檢測到含有特定飼喂前體結(jié)構(gòu)片段的預(yù)期丁內(nèi)酯衍生物,推測可能是由于培養(yǎng)基中原有的天然前體(如酪氨酸、苯丙氨酸、對羥基苯丙酮酸和二甲基烯丙基二磷酸)與相應(yīng)合成酶系的親和力更強(qiáng),故菌株的特征代謝產(chǎn)物丁內(nèi)酯Ⅰ仍是主產(chǎn)物,可能抑制了目標(biāo)化合物的產(chǎn)生,實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)的代謝產(chǎn)物改變可能是調(diào)控物對菌株代謝產(chǎn)生了間接影響。如李亞偉等[27]利用真菌有機(jī)相粗提物誘導(dǎo)纖維堆囊菌,發(fā)現(xiàn)加入的誘導(dǎo)物對該菌生長和營養(yǎng)利用無顯著影響,而可能通過小分子信號(hào)物質(zhì)改變關(guān)鍵酶的活性,調(diào)整代謝途徑,進(jìn)而影響目標(biāo)產(chǎn)物埃博霉素的產(chǎn)量。在今后的研究中通過改變前體類似物的加入時(shí)間或加入相應(yīng)的酶抑制劑,有可能會(huì)促進(jìn)相應(yīng)衍生物產(chǎn)生,這有待進(jìn)一步研究。

        本研究也顯示基于LC-MS/MS的GNPS分子網(wǎng)絡(luò)對于挖掘菌株多樣性次生代謝產(chǎn)物的優(yōu)點(diǎn),可對已知化合物進(jìn)行注釋,并基于二級(jí)質(zhì)譜相似性發(fā)現(xiàn)多樣化的衍生物,比較不同條件下代謝產(chǎn)物差異。但我們也注意到,這一研究工具還有待繼續(xù)完善,有些情況下仍需要輔以人工判斷,但隨著數(shù)據(jù)庫中特定類型化合物二級(jí)質(zhì)譜的積累,它的識(shí)別、聚類能力也會(huì)越來越強(qiáng)。

        4 結(jié)論

        菌株C23-3在不同化學(xué)誘導(dǎo)劑作用下,其TLC紫外斑點(diǎn)、化學(xué)顯色及生物活性斑點(diǎn)對比空白組和對照組有顯著變化;利用GNPS和LC-MS/MS分析其代謝產(chǎn)物,發(fā)現(xiàn)9種誘導(dǎo)劑可刺激菌株C23-3代謝產(chǎn)物的種類和產(chǎn)量發(fā)生不同程度的變化,其中金 合 歡 醇(1 μmol/L)、FPP(5 μmol/L)、MSB(10 μmol/L)和3-氨基-L-酪氨酸(1 mmol/L)等 4 種誘導(dǎo)劑效果較好,可刺激菌株產(chǎn)生多樣化的丁內(nèi)酯類化合物和土震素類化合物。這為抗氧化或乙酰膽堿酯酶抑制活性化合物的深入研究提供基礎(chǔ),對抗AD藥物的研發(fā)具有一定的科學(xué)意義。

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