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        白術(shù)芍藥散作用靶點(diǎn)及分子機(jī)制的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究

        2021-08-31 07:02:58陸麗娟通訊作者
        醫(yī)藥前沿 2021年19期
        關(guān)鍵詞:分析

        陸麗娟,史 敏(通訊作者)

        (1蘇州大學(xué)附屬兒童醫(yī)院藥劑科 江蘇 蘇州 215003)

        (2南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬蘇州市中醫(yī)醫(yī)院<蘇州市吳門醫(yī)派研究院中藥臨床藥學(xué)實(shí)驗(yàn)室> 江蘇 蘇州 215009)

        白術(shù)芍藥散由白術(shù)、白芍、陳皮、防風(fēng)4味藥組成,因其治療腹痛泄瀉效果較好又得名“痛瀉要方”,具有補(bǔ)脾柔肝,調(diào)和氣機(jī),祛濕止瀉之功效[1]。臨床常用來治療各種原因?qū)е碌母篂a、腸炎等消化系統(tǒng)疾病?,F(xiàn)代藥理學(xué)發(fā)現(xiàn)白術(shù)芍藥散有鎮(zhèn)痛、抗炎、止瀉、抗腫瘤等作用。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)從中藥多成分、多靶標(biāo)、多途徑方面闡釋藥物作用機(jī)制,有助于在系統(tǒng)層次和分子水平揭示藥效物質(zhì)基礎(chǔ)與作用機(jī)理[2]。本文基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)白術(shù)芍藥散藥物作用機(jī)制進(jìn)行分析。

        1.方法

        1.1 篩選化學(xué)成分并預(yù)測(cè)靶蛋白

        借助中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)TCMSP Version: 2.3,分別以“白術(shù)、白芍、陳皮、防風(fēng)”為關(guān)鍵詞,得到化合物白術(shù)55種,白芍85種,陳皮63種,防風(fēng)173種。以生物利用度(OB)和類藥性(DL)為篩選閾值得到候選化合物。基于TCMSP服務(wù)器預(yù)測(cè)其潛在靶點(diǎn),同時(shí)使用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),獲得相關(guān)靶點(diǎn)蛋白信息。

        1.2 構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)及蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)

        為了進(jìn)一步分析靶點(diǎn)蛋白在整體水平上的作用,將1.1中得到的120個(gè)基因上傳至STRING11.0(https://string-db.org/)數(shù)據(jù)庫(kù)。物種設(shè)為“人”,最低相互作用選擇confidence≥0.7,其余參數(shù)保持默認(rèn)設(shè)置。將互作關(guān)系數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape3.2.1軟件,利用Cytohubba插件獲得度值前5的關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白作進(jìn)一步分析,靶點(diǎn)的度值表示相互作用的靶點(diǎn)個(gè)數(shù)。

        1.3 GO-BP和KEGG通路富集分析

        本研究采用David 6.8數(shù)據(jù)庫(kù)(https://david.ncifcrf.gov/)對(duì)靶點(diǎn)蛋白進(jìn)行GO-BP富集分析和KEGG通路富集分析。以“P<0.01,基因數(shù)大于13”作為篩選條件,得到白術(shù)芍藥散靶點(diǎn)主要的生物功能及可能性較大的信號(hào)通路,并且利用R軟件對(duì)GO-BP富集分析中的GO條目和KEGG通路繪制氣泡圖。

        2.結(jié)果

        2.1 獲取候選化合物及靶點(diǎn)

        根據(jù)1.1篩選條件共得到的40種化合物。其中MOL000358為防風(fēng)、白芍共有成分,MOL000359為防風(fēng)、陳皮、白芍共有成分。通過TCMSP服務(wù)器預(yù)測(cè)靶點(diǎn)可獲得33種化合物與其匹配的120個(gè)靶點(diǎn)蛋白。

        2.2 構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)及PPI網(wǎng)絡(luò)圖

        網(wǎng)絡(luò)圖中每條邊表示方藥與化合物、化合物與靶點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系。節(jié)點(diǎn)的度(Degree)表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點(diǎn)相連路線的條數(shù),隨著度值增大,節(jié)點(diǎn)的形狀變大。構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)見圖A,化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖共包括153個(gè)節(jié)點(diǎn)(33種化合物、120個(gè)靶點(diǎn))和489條邊。白術(shù)中度值較高的化合物為MOL000049(3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮,度=21),MOL000072(8β-乙氧基蒼術(shù)內(nèi)酯Ⅲ,度=13),白芍中度值較高的化合物為MOL000422(山奈酚,度=56)、MOL000358(β-谷甾醇,度=53);防風(fēng)中度值較高的化合物為MOL000173(漢黃芩素,度=37);此外陳皮中的MOL004328(柚皮素,度=38),MOL005828(川陳皮素,度=35)。由此可以推測(cè)出這些度值高的化合物可能是白術(shù)芍藥散中的核心藥效物質(zhì)。另外在120個(gè)靶點(diǎn)中,有61個(gè)靶點(diǎn)與1個(gè)活性成分連接,有59個(gè)靶點(diǎn)與2個(gè)以上活性成分連接。33種活性成分都至少與2個(gè)作用靶點(diǎn)相連接,提示白術(shù)芍藥散作用于生物網(wǎng)絡(luò)具有多成分、多靶點(diǎn)的復(fù)雜性。

        將120個(gè)靶蛋白對(duì)應(yīng)的基因輸入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)獲取PPI網(wǎng)絡(luò)并將獲得的數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape3.2.1軟件中,得到120個(gè)節(jié)點(diǎn)和1 305條邊,見圖B。用cytohubba插件基于degree算法篩選出得分前5的蛋白作為Hub蛋白。這5個(gè)Hub蛋白分別為絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶1(serine/threonine kinase 1,AKT1),白介素-6(interleukin-6,IL6),絲裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3),腫瘤抑制因子p53(tumor protein p53,TP53),轉(zhuǎn)錄因子激活蛋白1(transcription factor AP-1,JUN),分別聯(lián)系72、65、62、60、55個(gè)蛋白。

        圖1 白術(shù)芍藥散靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖、生物過程及通路分析氣泡圖

        2.3 GO-BP生物過程和KEGG信號(hào)通路富集分析

        本研究從GO-BP富集分析定位白術(shù)芍藥散靶點(diǎn)蛋白最主要的生物學(xué)過程。GO-BP富集分析獲得428個(gè)條目,下載DAVID BP富集結(jié)果,分析PValue值。具有顯著意義的(P<0.01)條目有176條(PValue<0.0095),從中篩選基因數(shù)目大于13個(gè)基因的條目,共得到11條富集條目見圖C。參與對(duì)藥物的應(yīng)答、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、增殖凋亡、衰老和氧化還原等生物過程。KEGG通路富集分析共獲得127條通路,下載DAVID KEGG富集結(jié)果,分析PValue值具有顯著意義(P<0.01)的有91條,其中基因數(shù)目大于13的通路共18條(PValue<0.0021)見圖D。涉及結(jié)直腸癌、前列腺癌等腫瘤信號(hào)通路、神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路、PI3K-AKT以及cAMP、TNF、肺結(jié)核、肝炎等信號(hào)通路。通路上的所含的靶點(diǎn)基因越多,白術(shù)芍藥散越有可能通過這些通路發(fā)揮作用。

        3.討論

        本文采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法通過構(gòu)建化學(xué)成分、靶點(diǎn)、疾病網(wǎng)絡(luò),并對(duì)靶點(diǎn)的生物功能及通路進(jìn)行富集分析。方藥中化合物3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮、8β-乙氧基蒼術(shù)內(nèi)酯Ⅲ、山奈酚、β-谷甾醇、柚皮素、漢黃芩素、川陳皮素能匹配到較多靶點(diǎn),可能是方藥發(fā)揮藥效的關(guān)鍵物質(zhì)基礎(chǔ)。

        由PPI網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn)AKT1、IL6、MAPK3、TP53、JUN等是白術(shù)芍藥散的主要靶點(diǎn)蛋白。AKT1是一種絲/蘇氨酸蛋白激酶,參與細(xì)胞生長(zhǎng)代謝、增殖凋亡及轉(zhuǎn)錄調(diào)控等多種生物學(xué)過程,研究發(fā)現(xiàn)通過靶向AKT1抑制腎癌癌細(xì)胞的增殖和遷移[3]。IL6是一種細(xì)胞炎性因子,參與細(xì)胞的免疫調(diào)節(jié)。馬智聰發(fā)現(xiàn)IL-6在克羅恩病患者腸黏膜組織的炎性反應(yīng)損傷過程中發(fā)揮了重要作用[4]。王凱等人發(fā)現(xiàn)加味白術(shù)芍藥散可以降低潰瘍性結(jié)腸炎患者IL-6、TNF等炎性因子的水平,同時(shí)可以改善患者的免疫功能[5]。TP53是一種抑癌基因,其突變?cè)谀[瘤發(fā)生發(fā)展中的功能作用已被廣泛研究。結(jié)直腸癌是一種實(shí)體瘤,該基因突變是其推動(dòng)腺瘤向腺癌轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵步驟,同時(shí)與不良預(yù)后和化療耐藥相關(guān)[6]。JUN作為細(xì)胞轉(zhuǎn)錄相關(guān)蛋白,對(duì)細(xì)胞增殖,細(xì)胞存活與細(xì)胞凋亡等重要生理過程具有調(diào)控作用。NO的釋放是由NOS3所調(diào)控,NOS3基因多態(tài)性與肺動(dòng)脈高壓有關(guān)[7]。這些關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白為白術(shù)芍藥散治療相關(guān)疾病提供依據(jù)。

        通過對(duì)靶基因的富集分析發(fā)現(xiàn),白術(shù)芍藥散涉及多種生物過程及信號(hào)通路與多種腫瘤疾病相關(guān),如口腔癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌等。除山奈酚、β-谷甾醇、柚皮素具有抗腫瘤作用外,漢黃芩素通過調(diào)控PI3K/AKT、MAPKs等多條信號(hào)通路作用于腫瘤細(xì)胞生成的各個(gè)過程[8-9]。川陳皮素通過抑制腫瘤細(xì)胞的增殖、誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡、抑制腫瘤細(xì)胞的遷移和侵襲、及調(diào)節(jié)癌細(xì)胞周期和蛋白表達(dá)多個(gè)環(huán)節(jié),對(duì)前列腺癌、乳腺癌、結(jié)腸癌等也具有極強(qiáng)的抗腫瘤活性[10]。因此方藥中的有效成分可能通過腫瘤信號(hào)通路上的TP53、AKT1、CASP3及ESR1等靶點(diǎn)抑制腫瘤發(fā)生發(fā)展的各個(gè)環(huán)節(jié)發(fā)揮協(xié)同抗腫瘤的作用,但目前白術(shù)芍藥散治療腫瘤性疾病臨床應(yīng)用報(bào)道極少。因此,白術(shù)芍藥散抗腫瘤可以作為未來研究方向有待進(jìn)一步驗(yàn)證。

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