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        被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗的構(gòu)建與應(yīng)用

        2021-08-24 07:08:42郭賓會傅媛媛魏萬紅
        生物學(xué)雜志 2021年4期
        關(guān)鍵詞:營養(yǎng)器官切片器官

        杜 坤, 郭賓會, 傅媛媛, 駱 樂, 張 彪, 魏萬紅

        (1.揚州大學(xué) 生命科學(xué)基礎(chǔ)實驗教學(xué)中心,揚州 225009; 2.揚州大學(xué) 實生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,揚州 225009;3.揚州大學(xué) 實驗室與設(shè)備管理處,揚州 225009)

        植物學(xué)實驗是一門十分重要的專業(yè)基礎(chǔ)課程,也是相關(guān)專業(yè)學(xué)生大學(xué)一年級所接觸到的第一門實驗課,對培養(yǎng)學(xué)生良好的學(xué)習(xí)習(xí)慣、科學(xué)嚴謹?shù)膶W(xué)習(xí)態(tài)度具有重要作用[1-4]。被子植物營養(yǎng)器官的發(fā)育是植物學(xué)實驗中的重點和難點,它要求學(xué)生掌握被子植物根、莖、葉營養(yǎng)器官的內(nèi)外部形態(tài)結(jié)構(gòu)特征及其發(fā)育過程[5]。在傳統(tǒng)的實驗教學(xué)中,這部分內(nèi)容通常分2~3個實驗項目開設(shè),且在實施的過程中存在以下幾個問題:(1)植物生長發(fā)育過程動態(tài)且連續(xù),僅通過少量玻片標本的觀察很難對發(fā)育過程有全面的把握;(2)顯微結(jié)構(gòu)觀察需要借助顯微鏡,實驗的預(yù)習(xí)、復(fù)習(xí)和考核不易開展[3,6];(3)玻片標本只能展示平面結(jié)構(gòu)(橫切或縱切),空間結(jié)構(gòu)特征難以展現(xiàn);(4)石蠟制片操作流程復(fù)雜、耗時長,在有限的學(xué)時下通常只能開展視頻示教[7]。這些問題嚴重影響了實驗教學(xué)效果,制約學(xué)生對被子植物營養(yǎng)器官建成相關(guān)知識和技能的有效掌握。

        “互聯(lián)網(wǎng)+”的發(fā)展,在給人們生活方式帶來變革的同時,也為高校實驗教學(xué)改革提供了新的載體[8-12]。為此,揚州大學(xué)生命科學(xué)基礎(chǔ)實驗教學(xué)中心自主研發(fā)了被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗(http://zwqgjc.yzu.edu.cn/),并通過構(gòu)建和實施“虛實融合”的實驗教學(xué)模式,打破了時間和空間的限制,克服了傳統(tǒng)實驗教學(xué)的缺點,豐富了實驗教學(xué)內(nèi)容,提高了學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣和學(xué)習(xí)效果。

        1 被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗構(gòu)建

        本著“能實不虛、提升實效”的原則,圍繞被子植物營養(yǎng)器官發(fā)育教學(xué)中存在的上述問題,運用3D、VR和數(shù)據(jù)庫等技術(shù),制作了“被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗”系統(tǒng),其功能架構(gòu)如圖1所示。用戶可通過PC或智能終端設(shè)備訪問系統(tǒng),在進行身份識別后(系統(tǒng)有數(shù)據(jù)庫支撐,可記錄學(xué)習(xí)軌跡和實驗成績等數(shù)據(jù)),會引導(dǎo)用戶進入不同的功能區(qū)開展學(xué)習(xí),系統(tǒng)PC端的主界面如圖2所示。

        圖1 被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗系統(tǒng)架構(gòu)圖Figure 1 The system architecture of the virtual simulation experiment for the development of angiosperm vegetative organs

        圖2 被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗系統(tǒng)主界面Figure 2 The main page of the virtual simulation experiment for thedevelopmant of angiosperm vegetative organs

        1.1 石蠟制片模塊

        將石蠟制片流程制作成3D虛擬仿真實驗(圖3),供學(xué)生隨時隨地開展在線練習(xí),重點訓(xùn)練學(xué)生對整個石蠟制片基本流程及其所涉及設(shè)備、耗材等操作的掌握。整個流程包括:取材→固定→抽氣→脫水→透明→包埋→切片→烤片→染色→封片→干燥保存等步驟。同時,根據(jù)學(xué)生的認知規(guī)律,將這部分內(nèi)容以易至難分為3個子模塊,分別是觀摩制片、虛擬制片和自主制片。三者的區(qū)別在于觀摩制片不需要用戶干預(yù),線性的展示石蠟制片過程;虛擬制片需要互動操作,在提示下通過使用鼠標(或VR設(shè)備、數(shù)據(jù)手套)點擊不同的實驗元素進行虛擬操作,操作不正確時系統(tǒng)會給出提示;自主制片是在沒有提示的情況下讓學(xué)生自主操作。

        圖3 石蠟制片3D流程Figure 3 3D virtual simulation experiment for paraffin section

        1.2 透視結(jié)構(gòu)模塊

        以被子植物代表植物陸地棉(GossypiumhirsutumL.)為供試材料,根據(jù)陸地棉不同生長發(fā)育時期的結(jié)構(gòu)特征,制作了“種子萌發(fā)期、子葉期、三葉期和八葉期”的3D仿真棉株,每個時期都包含了外部結(jié)構(gòu)和內(nèi)部結(jié)構(gòu)。用戶可點擊右側(cè)菜單中的欄目,分別調(diào)出棉花營養(yǎng)器官不同發(fā)育階段各組成系統(tǒng)的3D模型,并通過鼠標點擊、拖動和縮放操作實現(xiàn)對陸地棉根、莖、葉的各器官形態(tài)結(jié)構(gòu)、組成特征及其在體內(nèi)的相對位置分布等內(nèi)容的學(xué)習(xí)。

        在“種子萌發(fā)期”3D模型中,包含陸地棉種子的種皮、種孔和胚的形態(tài)結(jié)構(gòu)等內(nèi)容[圖4(a)和(b)]。在“子葉期”3D仿真棉株中,包含植株的根系、下胚軸、子葉、頂芽等營養(yǎng)器官的外部形態(tài)結(jié)構(gòu);根的初生結(jié)構(gòu)、下胚軸和子葉柄的解剖結(jié)構(gòu);皮組織系統(tǒng)、基本組織系統(tǒng)、維管組織系統(tǒng)等內(nèi)容,見圖4(c)和(d)。在“三葉期”3D仿真棉株中,包含根系、胚軸、子葉、頂芽、葉的外部形態(tài)結(jié)構(gòu);莖的初生結(jié)構(gòu)、莖的解剖結(jié)構(gòu);葉的維管組織系統(tǒng)等內(nèi)容,見圖4(e)和(f)。在“八葉期”3D仿真棉株中,包含根系、葉、芽、莖的外部形態(tài)結(jié)構(gòu);根的次生結(jié)構(gòu)、莖的次生結(jié)構(gòu);根的次生維管組織系統(tǒng)等內(nèi)容,見圖4(g)和(h)。通過對上述內(nèi)容的虛擬仿真學(xué)習(xí),學(xué)生不僅有效掌握陸地棉不同發(fā)育時期營養(yǎng)器官各系統(tǒng)的外部形態(tài)結(jié)構(gòu)、細胞組成特征等內(nèi)容,更重要的是還可以對陸地棉皮系統(tǒng)、基本組織系統(tǒng)和維管組織系統(tǒng)在植株體內(nèi)的位置、空間分布,以及它們之間是如何連接等內(nèi)容有一個較好的認知。

        (a)和(b) 種子萌發(fā)期; (c)和(d) 子葉期; (e)和(f) 三葉期; (g)和(h) 八葉期。圖4 透視結(jié)構(gòu)模塊 Figure 4 The functional module of perspective construction

        1.3 數(shù)字切片模塊

        為了客觀真實地展現(xiàn)被子植物不同物種、不同發(fā)育時期營養(yǎng)器官的典型顯微結(jié)構(gòu),選取包含這些典型結(jié)構(gòu)的玻片標本,使用全自動顯微鏡在400倍放大倍率下進行數(shù)字化全幅掃描,形成了數(shù)字切片模塊(目前含20余物種,140余張切片)。數(shù)字切片模塊又包含觀摩學(xué)習(xí)和自主學(xué)習(xí)2個子功能,觀摩學(xué)習(xí)是對已標注知識點和結(jié)構(gòu)名稱的數(shù)字切片進行在線學(xué)習(xí),而自主學(xué)習(xí)可以讓用戶進行結(jié)構(gòu)的自主標注。

        本模塊界面左側(cè)為切片和知識點選擇區(qū),右側(cè)主要為數(shù)字切片顯示區(qū)域(圖5)。此外,右下角還可以顯示數(shù)字切片的縮略圖以及當(dāng)前區(qū)域所在的位置,右上角為工具區(qū)域,包含縮放和標尺等工具。用戶可依次選取器官組織(如細胞、組織、根、莖、葉等)、切片(如棉花莖橫切、煙草葉片橫切等)和知識點,即可調(diào)出某張切片,進行所選知識點結(jié)構(gòu)特征的學(xué)習(xí)。同時我們使用了分區(qū)域加載技術(shù),以解決因切片資源數(shù)據(jù)大(每張切片為80~200 MByte)而導(dǎo)致的數(shù)據(jù)加載慢及手機端流量消耗多的問題。

        (a)煙草葉片橫切; (b)棉花莖橫切; (c)左側(cè)功能區(qū)。圖5 數(shù)字切片模塊Figure 5 The functional module of digital section

        1.4 生理功能模塊

        植物的不同組織、器官的形態(tài)結(jié)構(gòu)特征與其生理功能的發(fā)揮密切相關(guān)。理解這些組織器官特定的生理過程有助于對其結(jié)構(gòu)特征的掌握,而這部分內(nèi)容在傳統(tǒng)實驗教學(xué)中是無法觀察的。為此,開發(fā)了“種子萌發(fā)、植物體內(nèi)養(yǎng)分輸導(dǎo)、根莖過渡、維管形成層的發(fā)生”等3D生理動畫(圖6),形象生動地再現(xiàn)了種子萌發(fā)過程,根莖維管組織的連接變化,根莖初生結(jié)構(gòu)向次生結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)化,營養(yǎng)物質(zhì)在體內(nèi)的轉(zhuǎn)運等系統(tǒng)結(jié)構(gòu)變化與生理功能的實現(xiàn)過程,加深了學(xué)生對被子植物器官建成動態(tài)變化、結(jié)構(gòu)與功能協(xié)同作用的理解。

        圖6 生理功能模塊Figure 6 The functional module of physiological function

        1.5 器官復(fù)位模塊

        器官復(fù)位模塊是讓用戶依次選取各組織器官組成“元件”的3D模型,并按一定的順序排放,直至拼裝成一個完整組織器官的過程。設(shè)置此模塊的目的是為了進一步加深學(xué)生對被子植物維管組織系統(tǒng),以及表皮、皮層、中柱系統(tǒng)在根、莖、葉中的空間分布及相互位置關(guān)系上的理解與掌握。此模塊包含了根、莖的初生結(jié)構(gòu)和次生結(jié)構(gòu)的虛擬仿真復(fù)位。具體操作:首先點擊右側(cè)的欄目,選取你需要復(fù)位的器官組織模型,如“根的初生結(jié)構(gòu)”,隨即會在左側(cè)物品欄中顯示組成根的初生結(jié)構(gòu)的各細胞組織的3D模型;然后,按一定的順序調(diào)用物品欄中的3D模型,并將其放置、拼接到植物體原有的位置上,直至完成所有“零件”的拼裝(圖7)。如果“零件”選取錯誤或位置擺放錯誤,系統(tǒng)會出現(xiàn)錯誤提示,以引導(dǎo)用戶正確操作。

        圖7 器官復(fù)位模塊Figure 7 The functional module of organ restoration

        1.6 虛擬考核模塊

        本模塊分為“結(jié)構(gòu)特征考核、制片技術(shù)考核和器官復(fù)位考核”3個部分。學(xué)生可點擊相應(yīng)的子欄目,完成對石蠟制片規(guī)范性操作流程,器官和細胞組織結(jié)構(gòu)的識別及其在體內(nèi)的空間分布位置,以及典型顯微結(jié)構(gòu)的考核。結(jié)構(gòu)特征考核采用“填圖題”形式,學(xué)生只要在組織器官3D模型或數(shù)字切片對應(yīng)的空格內(nèi)填入相應(yīng)的知識點名稱即可完成考核;制片技術(shù)考核采用虛擬流程考核形式,在石蠟制片技術(shù)虛擬仿真流程中的關(guān)鍵點設(shè)置了部分選擇題,學(xué)生只需根據(jù)提示選擇相應(yīng)的答案即可;器官復(fù)位考核則需要學(xué)生一次性按序完成對應(yīng)組織器官3D模型的拼裝。上述考核均為系統(tǒng)自動判卷,并記錄成績。

        除了上述主要的功能模塊,本項目中還包含器具與材料、其他輔助資源(文本、圖片、視頻、2D動畫等)、實驗報告、交流討論等模塊,以確保項目的完整實施。

        2 “虛實融合”實驗教學(xué)模式的構(gòu)建

        為發(fā)揮這些優(yōu)質(zhì)虛擬仿真教學(xué)資源的優(yōu)勢,提高實驗的學(xué)習(xí)效果,我們將虛擬資源和實體資源相結(jié)合,按照實驗前、中、后3個階段,分別在線上和線下開展的教學(xué)內(nèi)容具體化、標準化,形成了“虛實融合”的實驗教學(xué)新模式(圖8)。

        圖8 “虛實融合”實驗教學(xué)模式Figure 8 The experimental teaching mode of integration of reality and virtual simulation

        實體實驗之前,學(xué)生通過在線開展石蠟制片3D虛擬仿真操作了解制片的規(guī)范化操作流程,通過透視結(jié)構(gòu)、器官復(fù)位和數(shù)字切片模塊的自主學(xué)習(xí),初步了解被子植物營養(yǎng)器官結(jié)構(gòu)組成、空間位置分布和顯微結(jié)構(gòu)特征。這些線上的預(yù)習(xí)環(huán)節(jié)可使學(xué)生在實驗前對實驗內(nèi)容產(chǎn)生一定的感性認識,在開展實體實驗時就可減少對原理、方法等內(nèi)容的講解,提升了實驗學(xué)時的利用效率[3]。同時,學(xué)生可隨時將實體實驗結(jié)果與虛擬實驗結(jié)果進行對比,分析兩者的差異及其產(chǎn)生的原因,以查找不足之處;還可利用大量的數(shù)字切片資源,對不同生境下被子植物營養(yǎng)器官建成的差異開展探究性學(xué)習(xí),提高學(xué)生綜合運用所學(xué)知識的能力。實驗后,利用虛擬仿真資源開展自主復(fù)習(xí),加深對實驗內(nèi)容的理解,還可開展實驗方法、實驗結(jié)果等內(nèi)容的在線交流,實驗報告在線提交等?!疤搶嵢诤稀钡膶嶒灲虒W(xué)模式實現(xiàn)了實驗教學(xué)內(nèi)容的擴展,學(xué)生參與實驗熱情的提升和實驗學(xué)時的高效利用。

        3 覆蓋實驗全流程的形成性實驗考核體系的構(gòu)建

        為有效檢測學(xué)生對實驗內(nèi)容的掌握情況,克服實驗考核實施難,成績評定過度依賴實驗報告等問題[13],我們優(yōu)化了實驗考核內(nèi)容和考核形式,形成了覆蓋實驗全過程的形成性實驗考核體系(表1)??己藘?nèi)容主要包含:實驗的準備情況、基本技能的掌握情況、實驗操作的規(guī)范性、對待實驗的態(tài)度、知識的綜合運用情況、實驗數(shù)據(jù)的整理和分析能力等。實驗考核的方式主要有實體實驗操作、虛擬考核、線上題庫考核和實驗報告等。

        表1 覆蓋實驗全流程的形成性實驗考核體系Table 1 The formative experiment evaluation system covering the whole experiment process

        綜上所述,為解決傳統(tǒng)植物學(xué)實體實驗教學(xué)中存在的問題,我們構(gòu)建了“被子植物營養(yǎng)器官建成虛擬仿真實驗”教學(xué)系統(tǒng),并開展“虛實融合”的實驗教學(xué)。經(jīng)過3年的實踐,不僅有效拓展了實驗教學(xué)時空,豐富了實驗教學(xué)內(nèi)容,還提高了學(xué)生學(xué)習(xí)的積極性和實驗參與度,提升了實驗教學(xué)效果,學(xué)生實驗技能掌握情況提高近10%,同時為學(xué)生開展自主學(xué)習(xí)提供了條件。本項目被遴選為國家級虛擬仿真實驗教學(xué)項目,通過“實驗空間”(ilab-x)面向社會免費開放,并得到一致好評。

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