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        伴礦景天耐鎘內(nèi)生菌的篩選

        2021-08-09 08:11:50周毅吉徐遠(yuǎn)芳李文革張祺玲
        湖南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年6期
        關(guān)鍵詞:耐性內(nèi)生菌體

        郭 峰,周毅吉,徐遠(yuǎn)芳,李文革,彭 玲,張 勇,鄧 超,張祺玲

        (湖南省核農(nóng)學(xué)與航天育種研究所,湖南 長(zhǎng)沙 410125)

        隨著城市化、工業(yè)化、農(nóng)業(yè)集約化的快速發(fā)展,環(huán)境污染問(wèn)題日漸突出[1]。2014 年 4 月我國(guó)環(huán)境保護(hù)部和國(guó)土資源部公布的《全國(guó)土壤污染調(diào)查公報(bào)》顯示,我國(guó)土壤主要遭受以重金屬為代表的無(wú)機(jī)物污染,其中鎘是主要的重金屬污染物之一,存在于各種土地類型中,含量分布呈現(xiàn)從西北到東南、從東北到西南方向逐漸升高的態(tài)勢(shì),點(diǎn)位超標(biāo)率達(dá)到7%[2]。研究高效便捷的鎘污染修復(fù)技術(shù)刻不容緩。

        目前,大部分物理化學(xué)修復(fù)方法不僅成本高昂,而且會(huì)對(duì)土壤生態(tài)系統(tǒng)造成一定破壞[3]。這使得重金屬鎘污染土壤生態(tài)修復(fù)技術(shù)研究成為多個(gè)科技研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)和難點(diǎn)。雖然已發(fā)現(xiàn)一些超累積植物能吸收高濃度的重金屬鎘[4-5],但是這些植物大多數(shù)生物量極低且生長(zhǎng)緩慢,同時(shí)對(duì)重金屬存在偏好,從而制約了其在土壤重金屬污染中的修復(fù)效率[6]。因此,制定適宜的植物修復(fù)強(qiáng)化策略對(duì)修復(fù)重金屬鎘污染的土壤具有重要意義。為了提高植物修復(fù)效率,許多學(xué)者研究了植物-微生物-重金屬之間的相互作用,發(fā)現(xiàn)某些微生物具有減輕重金屬誘導(dǎo)的植物毒性和增加生物量的作用[7-9]。從此,增強(qiáng)植物修復(fù)體系中微生物的功能成為生物修復(fù)技術(shù)研究的一個(gè)重要方向。

        植物和內(nèi)生菌通過(guò)長(zhǎng)期協(xié)同進(jìn)化形成互惠互利的關(guān)系,彼此構(gòu)成了穩(wěn)定的生態(tài)關(guān)系,維持著自然系統(tǒng)生態(tài)平衡[10]。研究表明,內(nèi)生菌產(chǎn)生的代謝物,或能刺激植物的生長(zhǎng)發(fā)育,提高宿主植物對(duì)生物脅迫或非生物脅迫的抵抗能力,在污染土壤植物修復(fù)技術(shù)領(lǐng)域展現(xiàn)出巨大的應(yīng)用潛力[11]。該研究從鎘污染區(qū)域生長(zhǎng)的超富集植物伴礦景天植株中分離篩選獲得2 株具有耐鎘特性的細(xì)菌菌株,通過(guò)形態(tài)觀察、生理生化特性及16S rDNA 序列和系統(tǒng)發(fā)育樹將其鑒定為無(wú)色桿菌和伯克霍爾德氏菌,同時(shí)對(duì)菌株的耐鎘能力進(jìn)行了評(píng)估,為耐鎘內(nèi)生菌株的開發(fā)應(yīng)用提供依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        供試植株伴礦景天(Sedum plumbizincicola)采集自湖南省長(zhǎng)沙市長(zhǎng)沙縣高橋鎮(zhèn)鎘污染區(qū)域,取樣后于48 h 內(nèi)用其根莖葉健康組織進(jìn)行植物內(nèi)生菌的富集和分離。用于細(xì)菌培養(yǎng)的LB 培養(yǎng)基配方為:胰蛋白胨10 g、酵母提取物 5g、NaCl 10 g、固體培養(yǎng)基另加瓊脂粉15~20 g,加水至1 000 mL,pH 值7.2,121℃滅菌30 min。耐鎘細(xì)菌篩選培養(yǎng)基,即在LB 培養(yǎng)基中加入 CdCl2溶液。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 耐鎘內(nèi)生菌株的分離 將伴礦景天植株根莖葉用清水洗凈,75%乙醇浸泡1 min,5%NaClO 浸泡1 min,無(wú)菌水沖洗4 次,經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證消毒效果后在無(wú)菌條件下研磨植株組織,置于Cd2+濃度為100 mg/L的LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)3 d,采用稀釋涂布法分離耐鎘內(nèi)生菌,再分別進(jìn)行劃線純化。

        1.2.2 耐鎘內(nèi)生菌株的篩選 取分離純化菌株一環(huán)置于LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h,分別取0.2 mL 培養(yǎng)液涂布于Cd2+濃度分別為200~1 000 mg/L 的LB 固體培養(yǎng)基,將培養(yǎng)基置于30℃的恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48 h,觀察菌株生長(zhǎng)情況,篩選出耐受能力較高的菌株,斜面保存。

        1.2.3 耐鎘菌株的生理生化特性分析 挑取耐鎘菌株的單菌落接種于LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h,參照《微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)》[12]進(jìn)行革蘭氏染色;參照《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》[13]及《伯杰細(xì)菌鑒定手冊(cè)》[14]進(jìn)行細(xì)菌常規(guī)的生理生化鑒定試驗(yàn)。

        1.2.4 耐鎘菌株16S rRNA 序列分析及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建 采用DNA 提取試劑盒提取細(xì)菌DNA,采用細(xì)菌通 用 引 物27F(5-′AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′)和1492R(5′-TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3′)進(jìn)行16S rRNA 擴(kuò)增。PCR 反應(yīng)體系(50 μL)為:PCR Mix 25 μL,27F(10 μM)2 μL,1492R(10 μM)2 μL,DNA 模板1 μL,ddH2O 20 μL。PCR 反應(yīng)條件為:98℃2 min; 98℃ 10 s,54℃ 10 s,72℃ 10 s,35 個(gè)循環(huán);72℃5 min 終止。PCR 產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳檢測(cè),采用凝膠回收試劑盒切膠回收后,交由生工生物工程(上海)股份有限公司測(cè)序。測(cè)序結(jié)果在NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast同源比對(duì)分析,利用MEGA 軟件構(gòu)建16S rRNA 基因系統(tǒng)發(fā)育樹。

        1.2.5 鎘離子對(duì)菌株生長(zhǎng)的影響 耐鎘菌株分別接種于LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h,以2%的接種量分別接種于Cd2+濃度為0、50、100、200 和400 mg/L 的200 mL LB 培養(yǎng)基中振蕩培養(yǎng),每24 h取樣1 次,用紫外可見分光光度計(jì)測(cè)定不同培養(yǎng)時(shí)間的培養(yǎng)液在600 nm 處的OD 值,研究Cd2+濃度對(duì)菌株生長(zhǎng)特性的影響。

        1.2.6 耐鎘菌株對(duì)不同抗生素耐性研究 采用K-B 藥敏紙片擴(kuò)散法對(duì)耐鎘菌株進(jìn)行藥物敏感性試驗(yàn)。吸取濃度為108CFU/mL 耐鎘菌液0.1 mL 涂布于LB 固體培養(yǎng)基上,待培養(yǎng)基上菌液稍干,用無(wú)菌鑷子夾取藥敏片平放在培養(yǎng)基上,每個(gè)培養(yǎng)基均勻放置3 片藥敏片,30℃下培養(yǎng)48 h,測(cè)量菌抑菌圈大小,參照美國(guó)臨床和實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(huì) (Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)推薦的紙片擴(kuò)散法標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行判定??股厮幟羝ǎ郝让顾?、四環(huán)素、環(huán)丙沙星、卡那霉素、諾氟沙星、紅霉素、鏈霉素、氨芐西林、青霉素和慶大霉素。

        1.2.7 耐鎘菌株能譜分析 將耐鎘菌株分別接種于LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h,以2%的接種量分別接種于Cd2+濃度為0、100 和500 mg/L的LB 培養(yǎng)基中,30℃下振蕩培養(yǎng)24 h,細(xì)菌菌體經(jīng)去離子水洗滌3 次,真空干燥后應(yīng)用能譜儀對(duì)菌體元素分布進(jìn)行定性定量分析。

        1.2.8 耐鎘菌株紅外光譜分析 耐鎘菌株分別接種于LB 培養(yǎng)基中,30℃下150 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h,以2%的接種量分別接種于Cd2+濃度為0、100 和500 mg/L的LB 培養(yǎng)基中,30℃下振蕩培養(yǎng)24 h,細(xì)菌菌體經(jīng)去離子水洗滌 3 次后,真空干燥,取1 mg 干燥樣品與100 mg KBr(光譜純)磨細(xì)混勻,在10 t/cm2下壓成薄片,用 FTIR 光譜儀測(cè)定并記錄紅外光譜[15-17]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 耐鎘內(nèi)生細(xì)菌菌株的分離篩選

        經(jīng)Cd2+濃度為100 mg/L 的LB 固體培養(yǎng)基上多次分離純化,共分離出8 種菌落形態(tài)不同的耐鎘內(nèi)生菌株,8 種菌株經(jīng)Cd2+濃度梯度篩選培養(yǎng),最高耐受濃度見圖1。從圖1 可以看出,8 株細(xì)菌均能在Cd2+濃度為400 mg/L 的固體培養(yǎng)基上生長(zhǎng),其中菌株JGY61 和JGG81 的最高耐受濃度分別達(dá)800 和850 mg/L,因此選擇菌株JGY61和JGG81進(jìn)行下一步研究。

        圖1 耐鎘內(nèi)生細(xì)菌菌株最高耐受濃度

        2.2 耐鎘菌株生理生化特性及16S rRNA 序列分析

        2.2.1 耐鎘菌株的生理生化特性 菌株JGY61 在光學(xué)顯微鏡下菌體呈短桿狀,革蘭氏染色陰性;菌株JGG81 在光學(xué)顯微鏡下菌體呈桿狀,革蘭氏染色陽(yáng)性。2 個(gè)菌株部分生理生化特征見表1。

        表1 耐鎘內(nèi)生細(xì)菌菌株生理生化試驗(yàn)結(jié)果

        2.2.2 耐鎘菌株的16S rRNA 序列分析 2 個(gè)菌株DNA 經(jīng)過(guò)PCR 擴(kuò)增出來(lái)的產(chǎn)物大小約為1 500 bp,其中菌株JGY61 的16S rDNA 序列擴(kuò)增長(zhǎng)度為1 461 bp,菌株JGG81 的16S rDNA 序列擴(kuò)增長(zhǎng)度為1 465bp。測(cè)序序列通過(guò)Blast 同源比對(duì)分析后利用MEGA軟件構(gòu)建16S rRNA 基因系統(tǒng)發(fā)育樹如圖2 所示,菌株JGY61 與無(wú)色桿菌屬的細(xì)菌菌株親緣關(guān)系最近,菌株JGG81 與伯克霍爾德氏菌屬的細(xì)菌菌株親緣關(guān)系最近。綜合菌株生理生化特性、16S rRNA 序列及系統(tǒng)發(fā)育樹可知,分離到的耐鎘內(nèi)生菌株JGY61 和JGG81 分別為無(wú)色桿菌和伯克霍爾德氏菌。

        圖2 耐鎘內(nèi)生細(xì)菌菌株的16S rDNA 序列系統(tǒng)發(fā)育樹

        2.3 Cd2+濃度對(duì)耐鎘內(nèi)生菌株生長(zhǎng)的影響

        由圖3 可知,隨著Cd2+濃度的增加,菌株的生長(zhǎng)期逐漸延長(zhǎng),但當(dāng)Cd2+濃度達(dá)400 mg/L 時(shí),菌株穩(wěn)定期OD 值均未受明顯影響,說(shuō)明菌株可能通過(guò)某些方式對(duì)Cd2+濃度進(jìn)行適應(yīng)性調(diào)整,減弱Cd2+對(duì)菌株的影響,使菌株具有較強(qiáng)的耐鎘能力,從而不影響菌株的生物量。

        圖3 不同Cd2+濃度處理下菌株的生長(zhǎng)曲線

        2.4 耐鎘菌株對(duì)不同抗生素的耐性

        由表2 可知,菌株JGY61 對(duì)四環(huán)素類抗生素四環(huán)素敏感,對(duì)糖肽類抗生素卡那霉素、β-內(nèi)酰胺類抗生素氨芐西林、四環(huán)素類抗生素氯霉素和喹諾酮類抗生素環(huán)丙沙星耐性中介,對(duì)其余抗生素耐性較強(qiáng);菌株JGG81 對(duì)四環(huán)素類抗生素氯霉素和四環(huán)素敏感,對(duì)糖肽類抗生素卡那霉素和喹諾酮類抗生素環(huán)丙沙星耐性中介,對(duì)其余抗生素耐性較強(qiáng)。

        表2 耐鎘內(nèi)生菌株對(duì) 10 種抗生素的敏感性結(jié)果

        2.5 耐鎘內(nèi)生菌株菌體能譜分析

        由圖4 可以看出,菌株JGY61 和JGG81 在有Cd2+條件下菌體細(xì)胞壁均能檢測(cè)出鎘元素存在,在Cd2+濃度為100、500 mg/L 條件下培養(yǎng)后,菌株JGY61 菌體表面鎘元素分別占總元素的0.6%、40.2%(原子百分比),菌株JGG81 菌體表面鎘元素分別占總元素的1.5%、2.8%(原子百分比),表明菌株可能對(duì)鎘離子存在不同程度的表面吸附作用。

        圖4 耐鎘菌株的菌體能譜分析圖譜

        2.6 耐鎘內(nèi)生菌株菌體紅外分析

        從圖5 可以看出,Cd2+處理后耐鎘細(xì)菌細(xì)胞壁表面化學(xué)基團(tuán)發(fā)生變化的主要有:3 300 cm-1左右來(lái)自蛋白質(zhì)C—H 鍵、N—H 鍵的伸縮以及碳水化合物中結(jié)合水O—H 的伸展振動(dòng);2 927 cm-1左右飽和C—H 鍵;1 650 cm-1左右酰胺(O=CN—N)Ⅰ帶C=O 的伸縮振動(dòng);1 540 cm-1左右蛋白質(zhì)酰胺II 帶N—H 的彎曲振動(dòng)與C—N 伸展振動(dòng)的疊加;1 395 cm-1左右—CH2、CH3、COO—等 基 團(tuán);1 240 cm-1左 右P=O 和C—S 的伸縮振動(dòng)以及C—O 與O—H 的疊加吸收峰;1 080 cm-1左右—PO43-、胺基中的C—N 的伸縮振動(dòng)和糖環(huán)的振動(dòng)吸收帶;550 cm-1左右M—O 和O—M—O (M—金屬離子) 振動(dòng)吸收峰。低濃度Cd2+處理下菌體細(xì)胞壁表面化學(xué)集團(tuán)主要發(fā)生輕微位移,高濃度Cd2+處理下1 080 cm-1左右—PO43-、胺基中的C—N的伸縮振動(dòng)和糖環(huán)的振動(dòng)吸收帶以及550 cm-1左右—M—O 和O—M—O( M—金屬離子)振動(dòng)吸收峰變得強(qiáng)而寬,1 540 cm-1左右蛋白質(zhì)酰胺Ⅱ帶N—H 的彎曲振動(dòng)與C—N 伸展振動(dòng)的疊加吸收峰變?nèi)酰f(shuō)明參與積累重金屬的化學(xué)官能團(tuán)主要有—PO43-、—M—O(O—M—O)、胺基中的C—N 和酰胺基(—CO—NH—)基團(tuán)。

        圖5 耐鎘菌株的菌體紅外光譜圖

        3 結(jié)論與討論

        研究以鎘污染區(qū)域生長(zhǎng)的伴礦景天為材料,從中分離到8 種菌落形態(tài)不同的耐鎘內(nèi)生菌株,經(jīng)Cd2+濃度梯度篩選得到2 株耐鎘能力較強(qiáng)的菌株,最高耐受濃度分別達(dá)800 和850 mg/L,經(jīng)形態(tài)觀察、生理生化特性研究以及16S rDNA 序列和系統(tǒng)發(fā)育樹分析,將2 株菌株分別鑒定為無(wú)色桿菌和伯克霍爾德氏菌。耐鎘菌株在不同鎘濃度培養(yǎng)基中的生長(zhǎng)曲線測(cè)定結(jié)果表明,菌株隨著Cd2+濃度的增加生長(zhǎng)期逐漸延長(zhǎng),說(shuō)明在Cd2+影響下菌株生長(zhǎng)存在適應(yīng)性調(diào)整過(guò)程;但經(jīng)適應(yīng)性調(diào)整后在培養(yǎng)基中Cd2+濃度達(dá)400 mg/L 時(shí)2 株菌株的生物量均未受明顯影響,該調(diào)整機(jī)理有待進(jìn)一步研究。綜上所述,篩選獲得的2 株伴礦景天內(nèi)生細(xì)菌有較好的耐鎘能力,為鎘污染土壤植物-微生物聯(lián)合修復(fù)提供了寶貴的微生物資源。

        對(duì)2 株耐鎘內(nèi)生菌進(jìn)行了抗生素耐性測(cè)定,結(jié)果顯示,菌株JGY61(無(wú)色桿菌)對(duì)四環(huán)素敏感,對(duì)卡那霉素、氨芐西林、氯霉素和環(huán)丙沙星耐性中介,對(duì)青霉素、慶大霉素、鏈霉素、紅霉素、諾氟沙星耐性較強(qiáng);菌株JGG81(伯克霍爾德氏菌)對(duì)氯霉素和四環(huán)素敏感,對(duì)卡那霉素和環(huán)丙沙星耐性中介,對(duì)青霉素、氨芐西林、慶大霉素、鏈霉素、紅霉素、諾氟沙星耐性較強(qiáng)。

        相關(guān)研究表明,微生物與重金屬鎘的相互作用方式主要有4 種:表面吸附、胞外絡(luò)合、胞外沉淀和微生物積累[18]。對(duì)該研究分離獲得的耐鎘內(nèi)生菌株進(jìn)行能譜分析,發(fā)現(xiàn)菌株在Cd2+存在條件下菌體細(xì)胞壁均能檢測(cè)出鎘元素存在,表明菌株可能對(duì)鎘離子存在不同程度的表面吸附作用。紅外分析結(jié)果表明,—PO43、—M—O(O—M—O)、胺基中的C—N 和酰胺基(—CO—NH—)基團(tuán)是參與菌株表面吸附的主要官能團(tuán)。由此初步證實(shí),菌體細(xì)胞壁及其官能團(tuán)在吸附鎘中的作用,其耐性與解毒機(jī)理有待進(jìn)一步加以揭示。

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