賴燕清
(福建醫(yī)科大學附屬龍巖第一醫(yī)院 龍巖364000)
骨性關節(jié)炎(Osteoarthritiis,OA)是臨床中最常見的一種骨退行性病變,臨床多表現(xiàn)為關節(jié)疼痛、腫脹以及活動受限[1~3]。流行病學研究結果顯示,全球范圍內約有1.4億人患有OA[4]。目前OA治療并無靶向性藥物,早中期多使用非甾體類藥物干預,但存在明顯的胃腸道副反應,因此只適合短期對癥治療[5~6]。中醫(yī)藥對于早中期OA有著良好的療效,在OA的治療中日益受到認可[7]。三七是一味臨床上常見治療OA的中藥,具有祛風除濕、通痹止痛的功效[8~9]?,F(xiàn)代藥理學研究顯示,三七具有抗炎、鎮(zhèn)痛以及抗腫瘤等作用[10~11]。但三七對OA的作用機制,目前尚不明確。網(wǎng)絡藥理學可以利用現(xiàn)有文獻基礎和生物信息學,從多成分、多靶點以及多通路的角度出發(fā),構建“藥物-成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡,探討多種中藥成分與疾病之間的相互作用機制。因此本研究擬運用網(wǎng)絡藥理學技術,初步探討三七配伍對OA的作用機制,以期為后續(xù)研究提供理論參考?,F(xiàn)報道如下:
1.1 三七活血成分及潛在治療靶點收集 使用中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫與分析平臺(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)數(shù)據(jù)庫[12]對三七的活性成分進行篩選。以利用度(OB)≥30%以及類藥性(DL)≥0.18為條件進行篩選,并將篩選后的活性成分使用TCMSP、草藥成分指標數(shù)據(jù)庫(Herbal Ingredients'Targets Database,HIT)[13]及PubChem數(shù)據(jù)庫查找相應靶點,并使用Excel進行整理。
1.2 OA治療靶點收集 使用治療靶點數(shù)據(jù)庫(Therapeutic Target Database,TTD)[14]以 及GeneCards數(shù)據(jù)庫[15]收集OA潛在治療靶點,以“Osteoarthritis”為檢索詞,采用Excel將得到的靶點信息進行整合。TTD數(shù)據(jù)庫即含有研究成功的臨床藥物靶點,也有目前在研的藥物靶點,且均經(jīng)過試驗驗證,可信度較強。GeneCards通過整合網(wǎng)絡多個基因數(shù)據(jù)庫,含有所有關于人類的基因注釋信息和預測信息,信息較全。
1.3 構建“藥物-成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡 將三七有效活性成分相應靶點以及OA治療靶點進行合并,取其交集,即為三七-OA潛在治療靶點。以三七有效成分和三七-OA潛在治療靶點為節(jié)點,在Excel表格中建立藥物-成分-靶點-疾病關系,導入Cytoscape3.7.2軟件中建立三七活性成分與OA治療靶點之間的相互作用網(wǎng)絡。
1.4 KEGG通路以及GO富集分析 將三七-OA潛在治療靶點在David網(wǎng)站[16]進行KEGG(京都基因與基因組百科全書)通路富集分析以及基因本體(Gene Ontology,GO)生物過程富集分析,GO分析包括生物學過程(Biological Process,BP)、細胞組分(Cellular Component,CC)、分子功能(Molecular Function,MF)三個部分。使用R語言對P值進行校正并選擇前10個分析結果進行氣泡圖展示,進一步探討三七治療OA的潛在作用機制。
1.5 關鍵基因鑒定以及子模塊分析 使用STRING數(shù)據(jù)庫[17]對三七-OA治療靶點構建蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡(PPI),隨后使用Cytoscape軟件進行可視化。具有最高自由度的基因被認為是關鍵基因。對三七-OA共靶向基因進行模塊分析,使用MCODE插件進行子模塊分析,子模塊納入標準如下:MCODE評分>5,節(jié)點數(shù)量>10,并對模塊分析結果進行KEGG通路富集分析。
2.1 三七活血成分及潛在治療靶點 在TCMSP數(shù)據(jù)庫中,以口服OB≥30%以及DL≥0.18為篩選條件,檢索到8種三七有效成分,其中包括β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素以及人參皂苷等。見表1。將檢索到的有效成分在TCMSP及HIT數(shù)據(jù)庫上收集相應的治療靶點,Excel整理查重后共有186個治療靶點。
表1 TCMSP數(shù)據(jù)庫中三七有效成分
2.2 三七治療骨關節(jié)炎靶點 通過檢索TTD以及GeneCards數(shù)據(jù)庫,Excel整理取出重復值,共篩選出骨關節(jié)炎潛在治療靶點1 282個。將三七治療靶點與骨關節(jié)炎治療靶點進行匹對,共發(fā)現(xiàn)靶點88個。見圖1。
圖1 三七治療OA靶點
2.3 “藥物-成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡 將三七的每個有效成分和其相對應治療靶標導入Cytoscape軟件中,繪制成分-靶點對應圖形,以紅色倒三角形代表三七活性成分,黃色圓形代表潛在治療靶點。結果顯示三七中主要活性成分包括β-谷甾醇、豆甾醇、人參皂苷Rh2、食脂素、亞油酸乙酯以及槲皮素,而其中最主要的三個活性成分為β-谷甾醇、人參皂苷Rh2以及槲皮素。見圖2。
圖2 “三七-成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡圖
2.4 KEGG通路富集分析 將關鍵靶基因在David網(wǎng)站中進行KEGG通路富集,共富集顯著性通路101條。使用R語言對P值進行校正并選擇前10條通路進行氣泡圖展示。結果顯示三七治療OA的信號通路主要富集在腫瘤壞死因子(TNF)信號通路、Toll樣受體信號通路、凋亡以及缺氧誘導因子-1(HIF-1)信號通路等。見圖3。
圖3 三七-OA共同靶點KEGG通路富集分析結果
2.5 GO富集分析 將獲得的三七-OA共同靶點放入David網(wǎng)站上進行GO富集分析,選擇生物學過程(BP)、分子功能(MF)以及細胞組分(CC)三個內容。結果顯示三七-OA共同靶點在BP上主要富集在藥物反應、衰老、缺氧反應以及炎癥反應等生物學過程上;在MF上主要富集在酶結合、轉錄因子結合、蛋白結合以及細胞因子活性等分子功能上;在CC上主要位于細胞外間隙、胞膜以及細胞質中。見圖4~圖6。
圖4 三七-OA共同靶點GO-BP富集分析結果
圖5 三七-OA共同靶點GO-MF富集分析結果
圖6 三七-OA共同靶點GO-CC富集分析結果
2.6 關鍵基因以及子模塊分析 三七-OA共同靶點蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡如圖7所示,自由度前3個基因分別為IL-6、TNF以及AKT1,被認為是關鍵基因。MCODE插件發(fā)現(xiàn)子模塊1個,含有45個節(jié)點、780條邊,如圖8A所示。使用David數(shù)據(jù)庫對子模塊進行KEGG分析,子模塊基因主要富集在TNF信號通路以及類風濕性關節(jié)炎等。見圖8B。
圖7 三七-OA共同靶點蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡
圖8 子模塊分析以及KEGG通路富集分析結果
隨著我國老齡化社會程度加重,我國OA患者呈逐年增加趨勢。OA的主要病理表現(xiàn)有滑膜炎癥、軟骨損傷以及軟骨下骨的反應性增生[18]。流行病學調查結果顯示,OA是導致下肢殘疾的十大原因之一[19]。關節(jié)置換術被認為是治療終末期OA的黃金方法,但其仍然存在療效不滿意、并發(fā)癥高、感染、返修等不足[20]。因此如何延緩早中期OA患者過早進展成重度OA,延緩初次關節(jié)置換年齡一直是骨科醫(yī)師研究的重點。
中醫(yī)藥在早中期OA治療中的療效一直受到認可[7,21]。OA屬于中醫(yī)學痹病范疇,多由于素體正氣不足,腠理不密,衛(wèi)外不固,外邪入侵可使津血運行不暢,氣滯血瘀,不通則痛;此外長期反復發(fā)作可進一步損傷肝腎,導致肝腎虧虛,筋脈失養(yǎng),不榮則痛。三七有化瘀止血、活血定痛功效,對于早中期OA患者,可以有效促進血液運行,避免氣滯血瘀,延緩早中期OA患者過早進展成重度OA。戶紅卿等[9]的研究結果顯示,三七結合針灸可以有效改善血瘀型膝原發(fā)性骨關節(jié)炎患者臨床癥狀;喬登朝等[22]的研究結果也顯示三七可以有效抑制創(chuàng)傷性膝關節(jié)滑膜炎,抑制患者疼痛?,F(xiàn)代藥理學研究結果也顯示三七總皂苷可以有效抑制關節(jié)炎大鼠血清中炎癥介質的表達,從而達到抑制滑膜炎、改善患肢功能的療效[10]。此外,三七總皂苷聯(lián)合白芍總苷具有抑制急性痛風性關節(jié)炎大鼠血清中IL-1β、IL-18、TNF-α含量,并抑制滑膜組織中NLRP3、Caspase-1、IL-1β、IL-18、TNF-α等表達的作用[23],然而三七對于OA的作用機制,目前尚不明確。
本研究從網(wǎng)絡藥理學出發(fā),探討三七治療OA的潛在治療機制。本研究共檢索出三七8種有效治療成分,映射治療OA靶標88個。在“藥物-成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡中發(fā)現(xiàn)有3種有效成分最為顯著,即β-谷甾醇、人參皂苷Rh2以及槲皮素。GO富集結果顯示三七-OA共同靶點主要富集在藥物反應、衰老、缺氧反應以及炎癥反應等生物學過程上,提示三七可以有效抑制OA炎癥,這與之前的文獻結果也是相符的[10,23]。KEGG通路富集結果顯示三七治療OA的信號通路主要富集在TNF信號通路、Toll樣受體信號通路、凋亡以及HIF-1信號通路等。TNF信號通路、Toll樣受體信號通路與炎癥、免疫調節(jié)等生物學功能密切相關,進一步提示三七對于OA炎癥的抑制作用。此外,PPI網(wǎng)絡顯示三七治療OA的前3個關鍵基因為IL-6、TNF以及AKT1,且子模塊KEGG通路富集分析結果也顯示主要富集在TNF信號通路上,提示三七治療OA可能與TNF炎癥信號通路相關。
綜上所述,本研究以經(jīng)典中藥三七為研究對象,利用網(wǎng)絡藥理學和生物信息學相關技術,探討三七治療OA的有效活性成分、潛在靶點以及相關信號通路,構建藥物成分靶點網(wǎng)絡并進行KEGG和GO富集分析,闡述三七治療OA的潛在作用機制。結果顯示三七治療OA最主要的三個活性成分為β-谷甾醇、人參皂苷Rh2以及槲皮素;三七治療OA主要涉及炎癥反應、衰老、缺氧等生物學過程;三七治療OA主要通過腫瘤壞死因子信號通路、衰老以及Toll樣受體相關通路等;三七治療OA前3位關鍵基因為IL-6、TNF、AKT1。