陸瀅雪 羅新華 程明亮 彭 虹 (貴州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院感染科,貴陽550004)
近年來,環(huán)狀RNA(circRNA)的功能備受關(guān)注,如調(diào)節(jié)親本基因表達、發(fā)揮miRNA海綿體等作用[1-3]。研究表明,circRNA參與腫瘤發(fā)生發(fā)展[4-5]。原發(fā)性肝細胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是全球惡性腫瘤相關(guān)死亡的常見原因,預(yù)后差、復(fù)發(fā)率高,其發(fā)病機制受到高度關(guān)注[6-7]。最新研究表明,大量circRNA在HCC組織和正常肝組織中存在差異表達,與HCC發(fā)生發(fā)展和預(yù)后密切相關(guān),但具體作用機制尚未明確[8-10]。本文就circRNA在HCC中的異常表達進行分析,探討其在HCC中的作用和潛在機制。高通量測序發(fā)現(xiàn),circTMBIM1在HCC組織中表達上調(diào),因此,課題組對Hsa-circTMBIM1在HCC細胞系中的表達進行RT-PCR定量分析,并設(shè)計合成靶向Hsa-circTMBIM1的小干擾RNA(siRNA),將其轉(zhuǎn)染至Huh7細胞,研究Hsa-circTMBIM1與Huh7細胞增殖和遷移的關(guān)系。
1.1 材料
1.1.1 細胞系 人HCC細胞株HepG2、Hep3B、Huh7、Sk-hep-1、HCCLM3、SMMC-7721購自上海生命科學(xué)院所;慢病毒穩(wěn)轉(zhuǎn)細胞株由南京科佰生物科技有限公司提供;引物由北京擎科生物有限公司合成;靶向circTMBIM1的siRNA序列委托廣州銳博生物公司設(shè)計合成;
1.1.2 主要試劑與儀器 DMEM細胞培養(yǎng)基(美國Hyclone公司);胎牛血清(美國Gibco公司);青-鏈霉素(武漢苑陵生物科技有限公司);miR-24-3p模擬物(上海吉瑪生物有限公司);miR-24-3p抑制劑和陰性對照(上海生工生物公司);CCK-8試劑盒(日本Dojindo公司);結(jié)晶紫染色液(碧云天公司);碘化丙啶、Lipofectamine 3000轉(zhuǎn)染試劑盒、熒光素酶報告基因質(zhì)粒(美國Sigma公司);Transwell小室(美國Coster公司);Trizol試劑(美國Invitrogen公司);酶標儀(美國Thermo公司);Muse智能觸控細胞分析儀(美國默克密理博公司);熒光定量PCR儀(美國ABI公司);雙熒光素酶報告基因測定系統(tǒng)(Promega,Madison,WI,USA)。
1.2 方法
1.2.1 細胞培養(yǎng)及轉(zhuǎn)染 HCC細胞系HepG2、Hep3B、Huh7、Sk-hep-1、HCCLM3和SMMC-7721均采用DMEM培養(yǎng)基培養(yǎng),添加10%胎牛血清(FBS)+100 U/ml青霉素+100μg/ml鏈霉素,37℃、5%CO2、95%相對濕度下培養(yǎng)。根據(jù)Lipofectamine3000轉(zhuǎn)染試劑盒說明書轉(zhuǎn)染circTMBIM1-siRNA,培養(yǎng)48 h后進行細胞功能實驗。
1.2.2 RT-PCR 采用Trizol試劑從新鮮冷凍組織和培養(yǎng)細胞中分離總RNA,反應(yīng)體系10μl,反應(yīng)條件:25℃5 min,42℃60 min,70℃5 min,12℃ 循環(huán),合成cDNA。擴增體系20μl,反應(yīng)條件:95℃5 min,95℃5 s,60℃60 s,共40個循環(huán)。circTMBM1引物序列為:F:5′-GGCTATGATGGGGAGGAGAGAGC-3′,R:5′-GGCGCTGGGGTTGGACATGG-3′;miR-24-3p引物序列為:5′-TGCGGTGGCTCAGTTCAGCAG‐GAAC-3′;GAPDH引物序列為:F:5′-GGAGCGAGATCCCTCCAAAAT-3′,R:5′-GGCTGTTGTCATACTTCTCATGG-3′。2-ΔΔCt法計算基因相對表達。比較circTMBIM1在HCC細胞中的表達,所有試驗重復(fù)3次,取平均值。
1.2.3 細胞功能實驗
1.2.3.1 細胞增殖及活性檢測 100μ/l孔向96孔反應(yīng)板中注入細胞懸浮液,置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng),10μ/l孔添加CCK-8溶液進行孵育,酶標儀測定樣品450 nm處吸光度。取對數(shù)生長期細胞,4×103~1×105個/孔接種于96孔板,培養(yǎng)至正常生長階段,采用細胞培養(yǎng)基按1 000:1比例稀釋EdU溶液(試劑A),制備50μmo/lL EdU培養(yǎng)基,固定細胞后用Apollo試劑染色,拍照并分析圖像。向6孔板中注入100個細胞,接種于培養(yǎng)液中并置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng),當(dāng)培養(yǎng)皿中出現(xiàn)肉眼可見的克隆時終止培養(yǎng),固定細胞,加入適量結(jié)晶紫染色,流動水沖洗,空氣干燥后拍照。所有試驗重復(fù)3次,取平均值。
1.2.3.2 細胞創(chuàng)傷愈合實驗 將24孔細胞培養(yǎng)板的細胞培養(yǎng)24 h至70%~80%融合度,200μl移液槍垂直劃痕,沖洗脫落細胞,添加新鮮培養(yǎng)基培養(yǎng)細胞48 h,PBS清洗2次,固定細胞并測距。所有試驗重復(fù)3次,取平均值。
1.2.3.3 Transwell實驗 調(diào)整細胞濃度至2×105個/ml,吸取100μl無血清細胞培養(yǎng)基加入Transwell上室,37℃培養(yǎng)48 h,按照操作規(guī)范進行實驗,顯微鏡明亮視野下觀察陽性細胞,所有試驗重復(fù)3次,取平均值。
1.2.3.4 流式細胞周期檢測 轉(zhuǎn)染24 h后棄培養(yǎng)基,PBS沖洗2次,加入1 ml不含EDTA的胰酶,待細胞成片脫落后,加入2 ml培養(yǎng)基終止消化,轉(zhuǎn)移至無菌離心管,1 000/rmin離心5 min,棄上清,PBS洗滌并離心3次,預(yù)冷70%乙醇固定,4℃孵育過夜,PBS離心洗滌細胞3次,去固定液,加入緩沖液,加入0.5μg/ml PI染色液染色30 min,流式細胞術(shù)檢測細胞周期,F(xiàn)lowJo7.6軟件分析各期細胞含量。
1.2.4 慢病毒穩(wěn)轉(zhuǎn)細胞株構(gòu)建和細胞轉(zhuǎn)染 將過表達circTMBIM1的細胞(circTMBIM1 OE)、circTM‐BIM1-敲除細胞(sh-circTMBIM1)和陰性對照細胞(NC)進行慢病毒包裝,構(gòu)建穩(wěn)轉(zhuǎn)細胞株。Huh7細胞接種于6孔板,第2天采用Lipofectamine 3000轉(zhuǎn)染48 h后收集細胞,qRT-PCR驗證轉(zhuǎn)染效率。
1.2.5 雙熒光素酶報告基因試驗 TargetScan和miRanda預(yù)測circRNA-miRNA的相互作用,生物信息學(xué)預(yù)測circTMBIM1與底物miR-24-3p相結(jié)合,構(gòu)建psiCHECK-circTMBIM1-WT/-Mut質(zhì)粒,采用Li‐pofectamine 3000將psiCHECK-circTMBIM1-WT或psiCHECK-circTMBIM1-Mut和miR-519a-5p模擬物或miR-NC共轉(zhuǎn)染至293T細胞,雙熒光素酶報告基因測定系統(tǒng)測定轉(zhuǎn)染48 h后的熒光素酶活性。
1.3 統(tǒng)計學(xué)分析 采用SPSS17.0軟件進行統(tǒng)計學(xué)分析,GraphPad Prism7軟件繪圖,兩組間比較采用t檢驗,多組均數(shù)比較采用單因素方差分析,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
2.1 circTMBIM1在HCC細胞系中的表達及敲減效率 circTMBIM1在Huh7細胞系中表達最高,其次分別為HepG2,Hep3B,Sk-hep-1,HCCLM3,SMMC-7721(圖1A),選用Huh7細胞系進行后續(xù)實驗。qRTPCR實驗檢測顯示,與對照組相比,siRNA干擾后,circTMBIM1表達顯著降低(P<0.001,圖1B)。
2.2 下調(diào)circTMBIM1對Huh7細胞增殖的影響 CCK-8實驗結(jié)果顯示,與對照組相比,下調(diào)circTMBIM1表達明顯降低Huh7細胞增殖活力(P<0.01,圖2A)。集落形成實驗研究結(jié)果顯示,將circTMBIM1 siRNA轉(zhuǎn)染至Huh7細胞2周后,與對照組相比,Huh7細胞集落數(shù)明顯減少(圖2B)。進一步采用EdU實驗檢測沉默circTMBIM1后Huh7增殖活力的變化,結(jié)果顯示,與對照組比,沉默circTM‐BIM1可降低Huh7細胞增殖活力(圖2C)。
圖1 circTMBIM 1在HCC細胞系中的表達及敲減效率Fig.1 Expression and knock down efficiency of circTM?BIM 1 in HCC cell lines
圖2 下調(diào)circTMBIM 1對Huh7細胞增殖的影響Fig.2 Effect of down-regulation of circTMBIM 1 on pro?liferation of Huh7 cell
2.3 下調(diào)circTMBIM1表達對Huh7細胞遷移的影響 細胞創(chuàng)傷愈合實驗結(jié)果顯示,劃痕48 h后,與對照組相比,下調(diào)circTMBIM1表達顯著抑制細胞創(chuàng)傷愈合(圖3A)。Transwell細胞遷移實驗結(jié)果顯示,與對照組相比,下調(diào)circTMBIM1表達后Huh7細胞遷移能力減弱(圖3B)。
2.4 下調(diào)circTMBIM1表達對Huh7細胞細胞周期的影響 流式細胞術(shù)檢測下調(diào)circTMBIM1表達對Huh7細胞細胞周期的影響,結(jié)果顯示,與對照組相比,敲低circTMBIM1表達,Huh7細胞S期占比顯著降低(P<0.05,圖4)。
2.5 雙熒光素酶活性檢測實驗證實TMBIM1與miR-24-3p結(jié)合 根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)查詢分析,預(yù)測TMBIM1與miR-24-3p存在結(jié)合位點(圖5A)。共轉(zhuǎn)染circTM‐BIM1-WT和miR-24-3p模擬物后熒光素酶相對活性降低,miR-24-3p表達顯著降低。轉(zhuǎn)染circTMBIM1 OE后,miR-24-3p表達下降,轉(zhuǎn)染sh-circTMBIM1后miRNA表達升高(P<0.01,P<0.001,圖5B)。提示circTMBIM1可能直接與miR-24-3p結(jié)合而抑制miR-24-3P活性。
圖3 下調(diào)circTMBIM 1表達對Huh7細胞遷移的影響Fig.3 Effect of down-regulation of circTMBIM 1 on mi?gration of Huh7 cell
圖4 下調(diào)circTMBIM 1表達對Huh7細胞細胞周期的影響Fig.4 Effect of down-regulation of circTMBIM 1 on cell cycle of Huh7 cell
圖5 雙熒光素酶活性檢測實驗證實TMBIM 1與miR-24-3p結(jié)合Fig.5 Double luciferase activity test confirmed combina?tion of TMBIM 1 and miR-24-3p
圖6 過表達circTMBIM 1可逆轉(zhuǎn)miR-24-3p mimics對Huh7細胞增殖、遷移、細胞周期的影響Fig.6 Overexpression of circTMBIM 1 can reverse effects of miR-24-3p mimics on proliferation,migration and cell cycle of Huh7 cells
2.6 過表達circ TMBIM1可逆轉(zhuǎn)miR-24-3p mimics對Huh7細胞增殖、遷移、細胞周期的影響 采用CCK-8法測定共轉(zhuǎn)染miR-24-3p mimics和circTM‐BIM1 OE后Huh7細胞增殖情況,結(jié)果顯示,miR-24-3p mimics可抑制Huh7細胞增殖,而過表達circTM‐BIM1可逆轉(zhuǎn)miR-24-3p mimics對Huh7細胞增殖的抑制作用(圖6A),集落形成實驗結(jié)論相同(圖6B)。細胞創(chuàng)傷愈合實驗、Transwell實驗共轉(zhuǎn)染miR-24-3p mimics和circTMBIM1 OE后Huh7細胞遷移結(jié)果顯示,miR-24-3p mimics可抑制Huh7細胞遷移,而過表達circTMBIM1可逆轉(zhuǎn)miR-24-3p mimics對Huh7細胞遷移的抑制作用(圖6C、D)。流式細胞術(shù)實驗結(jié)果顯示,與對照組相比,下調(diào)circTMBIM1表達細胞S期占比降低,共轉(zhuǎn)染circTMBIM1 OE結(jié)論相反(圖6E)。
HCC是一種死亡率較高的惡性腫瘤,預(yù)后差、惡性程度高、復(fù)發(fā)率高,對多種化療藥物耐藥,若發(fā)生惡性轉(zhuǎn)移控制較難[11-12]。進一步篩選潛在診斷、預(yù)后生物標志物和治療靶點,深入研究可能的分子機制對HCC治療至關(guān)重要。近年非編碼RNA(ncRNA)已成為HCC研究重點。多項研究表明,腫瘤特異性ncRNA可用于生存預(yù)測和治療干預(yù)[13-15]。HCC相關(guān)ncRNA中,circRNA在HCC發(fā)生發(fā)展中具有重要作用[16]。circRNA/miRNA軸在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因表達[17]。研究表明,circRNA可與多種miRNA結(jié)合起miRNA“海綿體”作用,影響其他基因轉(zhuǎn)錄和翻譯,調(diào)控腫瘤惡性進展,如circ‐MTO1和cSMARCA5已被認為是致癌miRNA海綿,在HCC進展過程中發(fā)揮重要作用,可能成為HCC治療的潛在靶點[18-20]。
本研究發(fā)現(xiàn)circTMBIM1在HCC細胞中表達顯著上調(diào),敲低circTMBIM1可使HCC細胞增殖及遷移能力減弱。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫分析顯示circTM‐BIM1與miR-24-3p存在結(jié)合位點,熒光素酶報告基因?qū)嶒烌炞C結(jié)合位點的結(jié)合能力。circTMBIM1/miR-24-3p信號軸的潛在下游基因主要參與細胞代謝過程,與HCC細胞代謝失調(diào)相關(guān)。circTMBIM1可能通過影響Huh7細胞代謝調(diào)控miR-24-3p的下游基因,從而促進Huh7細胞增殖、遷移。因此circTM‐BIM1可能是HCC的潛在治療靶點。本研究仍存在一定局限性,樣本量較小,需要招募更多患者進一步闡明circTMBIM1的臨床意義,且未涉及miR-24-3p的下游基因。circTMBIM1在體內(nèi)的致癌作用及合成和降解機制有待進一步研究。
綜上所述,本研究首次探討了circTMBIM1在人HCC細胞中的生物學(xué)功能,證明circTMBIM1在HCC發(fā)生發(fā)展中起重要作用。此外,circTMBIM1的致癌作用可能與miR-24-3p的抑制有關(guān),circTMBIM1可能成為HCC治療的有效靶點。