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        26種圈養(yǎng)珍稀鳥(niǎo)類(lèi)性別的快速分子生物學(xué)鑒定

        2021-05-06 07:55:38朱向蕾
        畜牧與獸醫(yī) 2021年5期
        關(guān)鍵詞:條條企鵝條帶

        朱向蕾

        (上海動(dòng)物園,上海 200335)

        性別是鳥(niǎo)類(lèi)最重要的特征之一,鳥(niǎo)類(lèi)的雌雄個(gè)體在生理、行為、生態(tài)等方面具有差別。鳥(niǎo)類(lèi)的性別鑒定,特別是性別的早期鑒定對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)的飼養(yǎng)管理、繁殖與育種、遺傳疾病的防治、進(jìn)化生態(tài)學(xué)、種群結(jié)構(gòu)和群體遺傳分析等方面都有非常重要的意義,尤其是對(duì)瀕危珍稀鳥(niǎo)類(lèi)的保護(hù)研究和管理具有重要作用[1-4]。為了保護(hù)生態(tài)平衡,許多動(dòng)物園通過(guò)人工飼養(yǎng)繁育的方法來(lái)提高瀕危鳥(niǎo)類(lèi)的存活率和繁殖率,而動(dòng)物的繁殖育種均離不開(kāi)性別鑒定,合理的性別比例是動(dòng)物得以繁殖的必備條件之一。

        全世界鳥(niǎo)類(lèi)中有超50%的鳥(niǎo)類(lèi)是雌雄同形的單態(tài)性鳥(niǎo)類(lèi),這些鳥(niǎo)類(lèi)無(wú)論成幼均很難從外觀形態(tài)上來(lái)鑒別性別[5]。對(duì)單態(tài)性成鳥(niǎo)或雛鳥(niǎo)/亞成鳥(niǎo)的常規(guī)鑒定方法有:生殖器官形態(tài)學(xué)檢視、生理激素測(cè)定等,對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)均造成一定的應(yīng)激或侵入式傷害,尤其是雛鳥(niǎo)、珍稀個(gè)體。因此,使用快速可靠安全的方法鑒別性別,對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)保育研究工作的成功開(kāi)展尤為重要。

        鳥(niǎo)類(lèi)性別鑒定有很多方法,可以從身體表面的明顯斑塊、個(gè)體的行為觀察、形態(tài)學(xué)特征的差異、解剖學(xué)或腹腔鏡檢查以及性染色體的檢查等方面進(jìn)行。傳統(tǒng)的性別鑒定方法有腹腔鏡檢查、翻肛鑒別、類(lèi)固醇鑒別、核型分析等[6]。腹腔鏡檢查需要麻醉,有一定風(fēng)險(xiǎn),對(duì)于瀕危野生動(dòng)物并不適宜;翻肛鑒別需要相當(dāng)豐富的經(jīng)驗(yàn);利用排泄物進(jìn)行類(lèi)固醇鑒別耗時(shí),準(zhǔn)確性低;核型分析獲得結(jié)果時(shí)間較長(zhǎng),對(duì)于Z染色體和W染色體差異較小的鳥(niǎo)類(lèi)不適用。隨著時(shí)代的進(jìn)展,分子生物學(xué)飛速發(fā)展,性染色體的鑒定檢查趨于流行,染色體螺旋蛋白(CHD)基因?qū)儆诠δ苄曰?,十分保守,?個(gè)同源拷貝CHD-W和CHD-Z,在鳥(niǎo)類(lèi)性別鑒定中發(fā)揮著巨大作用[7]。

        上海動(dòng)物園目前飼養(yǎng)有鳥(niǎo)類(lèi)19目42科180余種,超過(guò)70%的種類(lèi)為單態(tài)性鳥(niǎo)類(lèi),近90%的個(gè)體性別信息尚不明確。自上世紀(jì)70年代起,該園一直開(kāi)展珍稀鳥(niǎo)類(lèi)的人工飼養(yǎng)繁育工作。胡瑞穎等[8]已經(jīng)對(duì)丹頂鶴、白枕鶴、東方白鶴等9種86只國(guó)家一級(jí)保護(hù)鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)行了性別鑒定,田秀華等[9]對(duì)7種鶴形目鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)行了性別鑒定,相關(guān)成果運(yùn)用于繁育實(shí)踐,為在更廣范圍內(nèi)進(jìn)一步開(kāi)展鳥(niǎo)類(lèi)性別的分子鑒定工作奠定了基礎(chǔ)。

        本研究主要通過(guò)分子生物學(xué)手段在已有研究的基礎(chǔ)上對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)的性別進(jìn)行快速準(zhǔn)確地鑒定,以便為動(dòng)物園中鳥(niǎo)類(lèi)群體的飼養(yǎng)管理和繁殖育種提供性別信息。

        1 材料與方法

        1.1 樣品采集

        采集上海動(dòng)物園內(nèi)正常飼養(yǎng)的部分鳥(niǎo)類(lèi)羽毛,包括斑嘴環(huán)企鵝、鵜鶘、鶴鴕、小天鵝、鞭笞鵎鵼、鶴鸛類(lèi)、鸚鵡類(lèi)等共涉及9目26種258只。采集樣品均為鳥(niǎo)類(lèi)胸部體毛,確保羽根完整,常溫干燥保存,或-80 ℃長(zhǎng)期保存。使用含EDTA抗凝管采集鳥(niǎo)翅根處血液,-20 ℃冷凍保存待用。

        1.2 主要試劑

        使用MiniBEST Whole Blood Genomic DNA Extraction Kit(Code No.9781)提取血液樣本組DNA,-20 ℃冷凍保存待用。MightyAmpTMDNA Polymerase Ver.3 Kit、HaeⅢ、6×Loading Buffer、50 bp DNA Ladder均購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司。

        1.3 引物設(shè)計(jì)

        參考文獻(xiàn)[10-11]設(shè)計(jì)引物,3對(duì)引物序列如下:P2(5′-TCTGCATCGCTAAATCCTTT-3′)、P8(5′-CTCCCAAGGATGAGRAAYTG-3′);2550 F(5′-GTTACTGATTCGTCTACGAGA-3′) 、 2718R (5′-ATTGAAATGATCCAGTGCTTG-3′)[10];K7(5′-AGGGTGTCTAGAACAAAAGAGA-3′)、W1(5′-CCTTTAAACAAGCTGTTAAAGCA-3′)[11],引物由英濰捷基公司合成。

        1.4 PCR反應(yīng)與酶切反應(yīng)

        PCR反應(yīng)體系為20 μL,其中:MightyAmp DNA Polymerase 0.4 μL,2×MightyAmp Buffer 10 μL,引物各0.6 μL,其中血液樣本DNA 2 μL或剪取1 mm長(zhǎng)2~3段羽根,補(bǔ)充ddH2O至20 μL。P2/P8、2550F/2718R退火溫度為48 ℃,K7/W1采用55 ℃、50 ℃、47 ℃溫度降落式PCR,反應(yīng)在PCR儀上進(jìn)行。1.5%~2.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物,產(chǎn)物由寶生物工程(大連)有限公司進(jìn)行克隆測(cè)序。酶切體系為:HaeⅢ 0.5 μL,10×M Buffer 1 μL,PCR產(chǎn)物8.5 μL。37 ℃水浴過(guò)夜(16~20 h)[12]。酶切后產(chǎn)物經(jīng)1.5%~2.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

        2 結(jié)果

        2.1 羽根樣品及PCR方法的有效性驗(yàn)證

        以已知性別的火烈鳥(niǎo)和美洲紅鹮為例,分別以血液抽屜的DNA和羽根樣本作為模板,2550F/2718R為引物,擴(kuò)增CHD基因片段,驗(yàn)證以羽根樣品直接PCR檢測(cè)的有效性和可靠性。

        產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳,結(jié)果顯示2種鳥(niǎo)類(lèi)的雄性均擴(kuò)增出1條條帶,經(jīng)克隆測(cè)序與NCBI GenBank序列比對(duì),大小為663 bp;雌性均擴(kuò)增出2條條帶,大小分別為663 和460 bp。兩物種血液組DNA與羽根樣本擴(kuò)增結(jié)果一致,性別鑒定結(jié)果準(zhǔn)確。從圖1觀察,以未經(jīng)提取純化的羽根為模板的PCR產(chǎn)物,條帶清晰度和產(chǎn)物濃度與血液組DNA相比,無(wú)明顯差異,也無(wú)明顯非特異性擴(kuò)增,可用于性別鑒定(圖1)。

        1、5. 火烈鳥(niǎo)羽毛毛囊;2、6. 美洲紅鹮羽毛毛囊;3、7. 火烈鳥(niǎo)全血基因組DNA;4、8. 美洲紅鹮全血基因組DNA;M. Marker

        2.2 白鵜鶘和斑嘴環(huán)企鵝的性別鑒定

        利用P2/P8引物對(duì)白鵜鶘進(jìn)行性別鑒定,鑒定結(jié)果如圖2所示。HaeⅢ酶切后雄性可出現(xiàn)1條條帶,經(jīng)克隆測(cè)序與NCBI GenBank序列比對(duì),大小為321 bp;雌性為2條條帶,大小分別為321和234 bp(圖2)。

        利用P2/P8引物對(duì)斑嘴環(huán)企鵝進(jìn)行性別鑒定,單純進(jìn)行PCR擴(kuò)增后,每個(gè)樣品均擴(kuò)增出1條條帶,經(jīng)克隆測(cè)序與NCBI GenBank序列比對(duì),大小367 bp,難以判斷性別。經(jīng)HaeⅢ酶切后雄性可看到2條條帶,其中明顯的一條為302 bp,最下面1條條帶較淡,未測(cè)序,大小在50~100 bp;雌性為3條條帶,多了1條大小為367 bp的條帶(圖3)。

        1、3、5、7、9. P2/P8引物擴(kuò)增;2、4、6、8、10. 擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)HaeⅢ酶切;M.Marker

        1、3、5、7、9. P2/P8引物擴(kuò)增;2、4、6、8、10.擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)HaeⅢ酶切;M.Marker

        2.3 鶴鴕的性別鑒定

        擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后結(jié)果如圖4,所有樣品均擴(kuò)增出1條大小約350 bp的條帶,而雌性除了350 bp大小的條帶外,多擴(kuò)增1條約150 bp的條帶。

        1~4. 用K7/W1引物擴(kuò)增;M.Marker

        2.4 檢驗(yàn)樣品及引物匯總

        通過(guò)PCR方法對(duì)上海動(dòng)物園中9目26種258只鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)行了性別鑒定,其中:鸚形目、鸛形目、鶴形目及鴷形目鳥(niǎo)類(lèi)應(yīng)用2550F/2718R引物,企鵝目及鵜鶘目應(yīng)用P2/P8引物,鴕形目及鶴鴕目的非平胸類(lèi)鳥(niǎo)類(lèi)應(yīng)用K7/W1引物,雁形目鳥(niǎo)類(lèi)的引物選擇根據(jù)種屬的不同選擇了不同的引物。試驗(yàn)過(guò)程中檢驗(yàn)樣品及引物匯總見(jiàn)表1。

        表1 珍稀鳥(niǎo)類(lèi)性別鑒定物種及其引物匯總

        3 討論

        有研究嘗試應(yīng)用鳥(niǎo)類(lèi)外部形態(tài)進(jìn)行性別鑒定,如體重和尾長(zhǎng)[15]、羽毛和大小[16]、性別特定行為和鳥(niǎo)喙長(zhǎng)度[17]。與傳統(tǒng)方法相比,分子生物學(xué)手段鑒定鳥(niǎo)類(lèi)性別取樣量小、準(zhǔn)確率高、迅速、鳥(niǎo)類(lèi)應(yīng)激反應(yīng)小,是開(kāi)展鳥(niǎo)類(lèi)飼養(yǎng)繁育、生態(tài)學(xué)、形態(tài)學(xué)等領(lǐng)域研究的基礎(chǔ)技術(shù)。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,利用DNA進(jìn)行性別鑒定被廣泛應(yīng)用,血液和羽毛均可作為樣本來(lái)源進(jìn)行鑒定,為了減少對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)的損傷,采集羽毛可以降低鳥(niǎo)類(lèi)的應(yīng)激反應(yīng),避免了過(guò)度失血。動(dòng)物園飼養(yǎng)的鳥(niǎo)類(lèi)大多屬于群養(yǎng),如果有足夠的籠舍可進(jìn)行完善的隔離,非損傷性取樣將會(huì)是最佳的取樣方式。采集羽毛簡(jiǎn)便易行且對(duì)研究對(duì)象幾乎無(wú)傷害,使其在對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)性別的分子生物學(xué)鑒定和保護(hù)遺傳學(xué)研究領(lǐng)域中得到廣泛的應(yīng)用[18-19]。

        3.1 火烈鳥(niǎo)

        李文斌等[20]運(yùn)用2550F/2718R這對(duì)引物對(duì)火烈鳥(niǎo)進(jìn)行了性別鑒定,目的條帶分別為800 bp和600 bp左右;陳蓉等[14]也應(yīng)用這對(duì)引物進(jìn)行了火烈鳥(niǎo)的性別鑒定,目的條帶大小分別在750~500 bp,500~250 bp;本文的目的條帶經(jīng)測(cè)序后是663 bp和460 bp,與陳蓉等[14]的結(jié)果一致,但與李文斌等[20]結(jié)果略有差異,可能與退火溫度有關(guān),但并不影響結(jié)果判定。

        3.2 企鵝

        Zhang等[21]對(duì)帝王企鵝(Aptenodytespatagonicus),鳳冠企鵝(Eudypteschrysocome),金頭企鵝(Pygoscelispapua)和麥哲倫企鵝(Spheniscusmagellanicus)4種企鵝應(yīng)用(2550F/2718R和P2/P8)2對(duì)引物進(jìn)行了性別鑒定,結(jié)果2對(duì)引物并不適用于所有的企鵝。沈瑋等[22]應(yīng)用P2/P8引物對(duì)南京海底世界的6只帝企鵝進(jìn)行了性別鑒定,但是由于CHD-Z和CHD-W的大小相近,瓊脂糖凝膠電泳均顯現(xiàn)出1條條帶,給性別鑒定帶來(lái)了一定困難。Costantini等[12]應(yīng)用P2/P8引物對(duì)洪堡企鵝(Spheniscushumboldti)進(jìn)行了性別鑒定,3項(xiàng)研究中都沒(méi)有涉及到斑嘴環(huán)企鵝。本研究在洪堡企鵝研究的基礎(chǔ)上應(yīng)用P2/P8引物進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增后均顯示1條條帶,原因在于雌雄條帶相差較小,難以區(qū)分??紤]到企鵝種間的相近性后續(xù)依舊用HaeⅢ進(jìn)行了酶切,酶切后雌性可出現(xiàn)3條條帶(367、 302 和 50~100 bp),不同于洪堡企鵝(380、310和60 bp);雄性表現(xiàn)為2條條帶(302 和50~100 bp),不同于洪堡企鵝(310和60 bp)。條帶大小不同顯示了物種間的差異性,但可以準(zhǔn)確地進(jìn)行性別判定,經(jīng)一定數(shù)量的酶切反應(yīng)試驗(yàn),以更好地進(jìn)行性別的判定。袁夢(mèng)[23]應(yīng)用引物P2/P8對(duì)鵜鶘性別進(jìn)行鑒定,經(jīng)酶切結(jié)果為雄性個(gè)體擴(kuò)增出1條條帶,大小為550 bp,雌性個(gè)體為2條條帶,大小分別為550和490 bp,與本文結(jié)果有差異。分析可能本研究所用樣品為白鵜鶘,可能是鵜鶘種間差異,亦或是退火溫度的影響,具體原因有待進(jìn)一步研究。

        3.3 鶴鴕

        非平胸目鳥(niǎo)類(lèi)的性別鑒定引物無(wú)法用于平胸目鳥(niǎo)類(lèi)性別的鑒定,Bello等[24]利用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA法(RAPD)進(jìn)行鴕鳥(niǎo)的性別鑒定,付晶等[25]建立了鴯鹋性別鑒定的分子標(biāo)記方法,Huynen等[11]采用RAPD進(jìn)行性別特異性標(biāo)記,利用引物K1、K2、K3、K4對(duì)鴯鹋、鴕鳥(niǎo)等平胸目鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)行性別鑒定,但有時(shí)無(wú)法擴(kuò)增雄性基因片段;進(jìn)一步設(shè)計(jì)了W1和K7引物,該引物雌雄大小差異較大,對(duì)鴕鳥(niǎo)、鴯鹋的性別分析更為準(zhǔn)確,但沒(méi)有涉及到鶴鴕。本研究在此基礎(chǔ)上改變了部分反應(yīng)條件,縮短了變性和退火時(shí)間,降低了延伸的溫度,所得結(jié)果可以準(zhǔn)確有效地判斷鶴鴕的性別,鶴鴕目的條帶大小與 Huynen等[11]研究結(jié)果相符,具體大小有待測(cè)序。

        3.4 樣本選擇

        Jensen等[2]利用全血、卵黃囊和羽毛基因組DNA對(duì)47種鳥(niǎo)類(lèi)進(jìn)行了性別鑒定,結(jié)果發(fā)現(xiàn)羽毛中DNA量少,且電泳結(jié)果中有非特異性條帶混入。本次研究中直接采用羽毛毛囊作為模板,未經(jīng)過(guò)DNA提取與純化,減少了在 DNA提取過(guò)程中造成的損失,節(jié)約了時(shí)間和成本,提高了效率,且經(jīng)過(guò)反復(fù)試驗(yàn),與全血基因組提取的性別鑒定結(jié)果完全一致,這種簡(jiǎn)單、快速且非損傷性取樣的性別鑒定檢測(cè)方法,為以生物保護(hù)為基礎(chǔ)的鳥(niǎo)類(lèi)學(xué)研究提供了實(shí)用有效的選擇。為了提高PCR反應(yīng)的可重復(fù)性,減少交叉反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn),可在加樣過(guò)程中增加羽根的數(shù)量,不同樣本間做好采樣工具的消毒清潔工作。

        綜上,本研究對(duì)動(dòng)物園內(nèi)部分珍稀鳥(niǎo)類(lèi)采用分子生物學(xué)手段進(jìn)行了性別鑒定,準(zhǔn)確性高,樣品大多采用非損傷性取樣,不僅減少了對(duì)鳥(niǎo)類(lèi)的應(yīng)激,而且簡(jiǎn)化了操作流程,提高了工作效率,并在此基礎(chǔ)上針對(duì)一些新物種進(jìn)行了性別鑒定的檢驗(yàn),為鳥(niǎo)類(lèi)性別鑒定積累了更多的數(shù)據(jù)。然而鳥(niǎo)類(lèi)種類(lèi)繁多,考慮到鳥(niǎo)類(lèi)的珍稀及采樣難易程度,本研究目前涉及到9目中26種鳥(niǎo)類(lèi),鸮形目、隼形目、佛法僧目等鳥(niǎo)類(lèi)有待進(jìn)一步研究。

        致謝:本研究在采樣及檢測(cè)過(guò)程中得到了上海動(dòng)物園獸醫(yī)院桂劍峰院長(zhǎng),陳曉蘭、陸旖旎等獸醫(yī),以及鳥(niǎo)類(lèi)飼養(yǎng)隊(duì)組黃康寧、張志浩等同事的大力支持,在此表示感謝。

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