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        時實熒光定性PCR 實驗室內(nèi)質(zhì)控方法的建立及探討

        2021-04-11 12:28:34字立源蘭曉燕黃蘇金楊婧涓陳桂余胡付娟尹瀟朱碧姝李維錦謝函凌楊雪朱榮華保山市中心血站檢驗科辦公室云南保山678000
        系統(tǒng)醫(yī)學(xué) 2021年1期
        關(guān)鍵詞:拷貝數(shù)失控核酸

        字立源,蘭曉燕,黃蘇金,楊婧涓,陳桂余,胡付娟,尹瀟,朱碧姝,李維錦,謝函凌,楊雪,朱榮華保山市中心血站檢驗科辦公室,云南保山 678000

        目前, 實時熒光定量PCR 已廣泛應(yīng)用于疾病臨床診療和醫(yī)學(xué)研究,如用于抗病毒藥物治療監(jiān)測的外周血病毒含量測定,基因表達(dá)等方面。中國在2015 年底在無償獻(xiàn)血者中全面開展了核酸檢測,有效縮短窗口期,大大降低了輸血傳播病原體的風(fēng)險[1]。核酸檢測室內(nèi)質(zhì)量控制對于保證NAT 結(jié)果的可靠性具有重要意義, 然而目前尚未能建立統(tǒng)一的NAT 質(zhì)量控制方法。《血站核酸檢測實驗質(zhì)量保證指南》中提到血站核酸測室內(nèi)質(zhì)控的基本要求:每一批檢測應(yīng)至少有一個弱陽性室內(nèi)質(zhì)控品。該實驗室結(jié)合檢測系統(tǒng)的混樣方式及檢測下限,CT 值(實時監(jiān)測擴(kuò)增過程的熒光信號達(dá)到指數(shù)擴(kuò)增時的循環(huán)周期數(shù))與原始擴(kuò)增模板數(shù)量呈負(fù)相關(guān),可通過其與原始模板的函數(shù)關(guān)系,來計算原始模板的數(shù)量,評價該實驗室室內(nèi)質(zhì)控模式的可行性,監(jiān)控室內(nèi)質(zhì)控體系的運行情況。

        1 材料與方法

        1.1 試劑與儀器

        試劑: 質(zhì)控品標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)采用北京康切斯特批號201706005, 試劑盒為蘇州華益美公司, 批號MA20171209,MA20180604 兩個試劑批號。 儀器:全自動核酸提取儀(HAMILTON STAR);ABI 7500 熒光擴(kuò)增儀(美國ABI 公司)。

        1.2 標(biāo)準(zhǔn)品濃度的選擇

        標(biāo)準(zhǔn)品濃度的選擇原則覆蓋高中低濃度值,室內(nèi)質(zhì)控濃度應(yīng)盡可能接近試劑與系統(tǒng)最低檢測限,檢測用于檢測限濃度的質(zhì)控品檢測的穩(wěn)定性較差[2]。 根據(jù)最低檢測限,標(biāo)準(zhǔn)曲線制作選擇相應(yīng)濃度值。

        1.3 質(zhì)控圖的繪制

        連續(xù)測定20 次質(zhì)控數(shù)值,計算其均值(X)和標(biāo)準(zhǔn)差(S),以X 為中心線,以質(zhì)控值超過X±2S 為警告限, 超過X±3S 為失控限,作圖建立一個質(zhì)控框架[3]。

        1.4 實驗有效性判斷

        試劑盒提供的陰性質(zhì)控品對照陰性、陽性質(zhì)控品對照陽性、內(nèi)標(biāo)的CT 有效值≤40;外部質(zhì)控值超過(X±2S)為警告限, 超過(X±3S)為失控限。 同時,以Westgard 多規(guī)則質(zhì)控方法進(jìn)行輔助判斷,10 個質(zhì)控值均落在均值一側(cè),判定為失控。

        1.5 統(tǒng)計方法

        用Excel 表格繪制質(zhì)控圖,統(tǒng)計學(xué)分析采用SPSS 17.0 統(tǒng)計學(xué)軟件。

        2 結(jié)果

        2.1 標(biāo)準(zhǔn)品濃度(IU/mL)與CT 值

        理論濃度與檢測CT 值結(jié)果見表1。

        表1 配制理論濃度與檢測CT 值

        2.2 標(biāo)準(zhǔn)品濃度與CT 值在0.05 水平呈高度負(fù)相關(guān)

        HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA 與CT 值的相關(guān)系數(shù)分別為(r=-0.873,-0.966,-0.797)。 CT 值與標(biāo)準(zhǔn)品濃度的函數(shù)關(guān)系依次為Y=-0.0236X+39.16,R2=0.762;Y=-0.0122X+41.452.16,R2=0.934;Y=-0.0016X+40.913,R2=0.635。

        2.3 結(jié)果正態(tài)性檢驗

        對2 個批次試劑119 次實驗質(zhì)控CT 值以及通過相關(guān)函數(shù)計算濃度值進(jìn)行正態(tài)性檢驗,試劑批號為MA20171209 的73 次實驗CT 值通過相關(guān)函數(shù)計算濃度值均服從正態(tài)分布(P>0.05);試劑批號為MA20180604 的46 次實驗CT 值及通過相關(guān)函數(shù)計算濃度值均服從正態(tài)分布(P>0.05),見表2、3。

        表2 質(zhì)控品CT 值正態(tài)性檢驗

        表3 質(zhì)控品CT 值與對應(yīng)函數(shù)關(guān)系計算濃度正態(tài)性檢驗

        2.4 用“即刻法”進(jìn)行室內(nèi)質(zhì)控情況

        用HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA 的濃度值進(jìn)行前20 次實驗的質(zhì)量控制, 只有HBV-DNA 能完成20 次的控制過程均為在控狀態(tài),HCV-RNA 和HIV-RNA 在未能到20 次,均有失控狀態(tài)發(fā)生。

        2.5 Levey-Jennings 質(zhì)控圖的建立

        用CT 值與質(zhì)控品濃度之間的函數(shù)關(guān)系分別計算HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA 的濃度值,計算結(jié)果經(jīng)過正態(tài)性檢驗,服從正態(tài)分布,說明可以采用L-J 質(zhì)控圖及相應(yīng)的質(zhì)控規(guī)則進(jìn)行室內(nèi)質(zhì)控。 HBVDNA 前20 次采用即刻法,剔出離群值,計算前20 次均值(X),標(biāo)準(zhǔn)差(S),建立L-J 室內(nèi)質(zhì)控框架,從第21 次開始用L-J 質(zhì)控。 HCV-RNA、HIV-RNA 采用預(yù)設(shè)固定框架法:即在更換試劑或質(zhì)控品批號時,以上一批號濃度值均值(X)和標(biāo)準(zhǔn)差(S)建立框架。

        3 討論

        CT 值是當(dāng)前實時熒光PCR 的主要定量參數(shù)。 它是實時PCR 的基本參數(shù), 也是獲得準(zhǔn)確且重現(xiàn)性好的數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)。 起始模板量越多,熒光信號在統(tǒng)計學(xué)上顯著高于背景信號所需的PCR 循環(huán)數(shù)越少, 反之則越多。 基于PCR 原理的檢測方法可以用循環(huán)閾值(CT 值)作為檢測值做質(zhì)控圖[4]。

        但是直接利用CT 值原始數(shù)值作“即刻法或Levey-Jennings 圖”室內(nèi)質(zhì)控,很難滿足條件。 缺點有:①CT 值越小,起始濃度拷貝數(shù)越大;CT 值越大,起始濃度拷貝數(shù)越小;所以建立的質(zhì)控圖不夠直觀,高值失控在L-J 質(zhì)控圖上表現(xiàn)為低值失控, 實際結(jié)果剛好相反;②因采用的是PCR 定性實驗, CT 值的不精確度(CV)很小,容易造成假失控,在實際室內(nèi)質(zhì)控工作中很難實現(xiàn),達(dá)不到監(jiān)控核酸實驗有效性的目的。

        在實時熒光PCR 中,每個模板的CT 值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關(guān)系, 起始拷貝數(shù)越多,CT 值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的外部標(biāo)準(zhǔn)品可做出校正曲線。 因此,只要獲得未知標(biāo)本的CT 值,即可從校正曲線上計算出該標(biāo)本的起始拷貝數(shù),這是采用外標(biāo)進(jìn)行實時熒光PCR 絕對定量的基本原理[5]。筆者實驗室證實,室內(nèi)質(zhì)控品濃度與CT 值在0.05 水平呈高度負(fù)相關(guān),HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA 與CT 值的相關(guān)系數(shù)為(r=-0.873,-0.966,-0.797)。 根據(jù)相應(yīng)檢測項目的回歸方程,計算出相應(yīng)檢測項目外部質(zhì)控品的濃度值。 這就是我們利用CT 值來定量起始拷貝數(shù)比用PCR 反應(yīng)終點時所測得的PCR 產(chǎn)物量推斷的起始拷貝更可信的主要原因。趙航等[5]人用CT值與RNA 標(biāo)準(zhǔn)品拷貝數(shù)建立回歸曲線, 證明用此方法可以定量檢測相應(yīng)病毒。

        PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物呈指數(shù)增長, 擴(kuò)增過程中, 影響PCR 反應(yīng)的因素較多,稍有不同就可能會導(dǎo)致結(jié)果產(chǎn)生較大的變化。建立該實驗室可行的核酸標(biāo)準(zhǔn)化質(zhì)量控制方法是實驗結(jié)果準(zhǔn)確可靠的有力保障。 HBVDNA、HCV-RNA、HIV-RNA 濃度值與CT 值呈負(fù)相關(guān),利用回歸方程計算值,將檢測CT 值轉(zhuǎn)換為濃度值,再建立質(zhì)控框架,所得數(shù)據(jù)直觀,結(jié)果準(zhǔn)確可靠。CT 值利用回歸方程計算濃度值經(jīng)過正態(tài)性檢驗,均服從正態(tài)分布, 可以采用Levey-Jennings 作質(zhì)控圖。筆者在更換試劑批號或質(zhì)控品批號前20 次實驗采用即刻法, 只有HBV-DNA 能完成20 次的控制過程均為在控狀態(tài),HCV-RNA 和HIV-RNA 在未能到20次, 均有失控狀態(tài)發(fā)生。 原因主要是DNA 標(biāo)準(zhǔn)品與RNA 標(biāo)準(zhǔn)品相比,DNA 有相對較好的穩(wěn)定性、重復(fù)性和敏感性。 所以即刻法在本實驗室只適用于HBVDNA 的前20 次實驗的控制, 而HCV-RNA 和HIVRNA 不適用即刻法。 HCV-RNA 和HIV-RNA 前20次實驗采用預(yù)設(shè)固定框架(上一批號的均值和標(biāo)準(zhǔn)差),第21 次實驗以前20 次實驗數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)建立質(zhì)控框架。 根據(jù)檢測前20 個點結(jié)果計算HBV-DNA 的CV值 為17.92%,HCV-RNA 的CV 值 為30.77%,HIVRNA 的CV 值為23.82%。按照國家標(biāo)準(zhǔn),酶免法的反應(yīng)板內(nèi)CV≤15%, 而常規(guī)IQC 的CV 可以達(dá)到30%左右[6]。所以根據(jù)此方法建立的質(zhì)控框架有效。該實驗室的質(zhì)控規(guī)則定為以質(zhì)控值超過(X±2S)為警告限,超過(X±3S)為失控限,質(zhì)控值10 個點在均值一側(cè)為失控。 從HBV-DNA 質(zhì)控圖可以看出,L-J 質(zhì)控圖上有4 次警告,提示有隨機(jī)誤差。HCV-RNA 質(zhì)控圖有1次失控,10 個質(zhì)控值均落在均值一側(cè),提示可能存在系統(tǒng)誤差。需要采取糾正和預(yù)防措施改進(jìn)實驗室的檢驗質(zhì)量[7-8]。

        由于數(shù)據(jù)的有限, 今后加大對檢測數(shù)據(jù)的驗證。該方法也有一定的局限性, 標(biāo)準(zhǔn)曲線的制作是關(guān)鍵。有好的標(biāo)準(zhǔn)曲線,是檢驗結(jié)果準(zhǔn)確的基礎(chǔ)。

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