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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探究參附注射液治療心肌頓抑的作用機(jī)制*

        2021-04-08 03:36:38鄧海霞吳瑞華
        中國(guó)中醫(yī)急癥 2021年3期
        關(guān)鍵詞:蛋白激酶靶點(diǎn)化合物

        賈 思 鄧海霞 吳瑞華 陀 鵬

        (1.廣西中醫(yī)藥大學(xué),廣西 南寧 530022;2.廣西中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院,廣西 南寧530022)

        心肌頓抑是心肌經(jīng)歷短暫的缺血后心臟功能延遲恢復(fù)的一種可逆性損傷,表現(xiàn)為心肌收縮能力的減弱,心臟排血量降低、射血分?jǐn)?shù)減少等[1],可發(fā)生在心臟驟停心肺復(fù)蘇后、心臟移植、應(yīng)激性心肌病、心臟介入術(shù)后、心絞痛等缺血性心肌疾病中[2]。雖然發(fā)生心肌頓抑的心肌細(xì)胞并未發(fā)生壞死,但是可能會(huì)引起缺血后左室功能障礙、血流動(dòng)力學(xué)不穩(wěn)定等現(xiàn)象,甚至?xí)?dǎo)致心力衰竭、肺水腫、猝死等嚴(yán)重并發(fā)癥,從而增加病死率[3]。因此如何有效防治心肌頓抑,已經(jīng)成為臨床上亟待解決的問(wèn)題。心肌頓抑屬于中醫(yī)“胸痹”“心悸”等范疇,基本治法為袪邪治標(biāo)、活血化瘀、辛溫通陽(yáng)、瀉濁豁痰、溫陽(yáng)補(bǔ)氣、益氣養(yǎng)陰、滋陰益腎等。中醫(yī)藥具有多成分、多途徑、多靶點(diǎn)的特性,在防治心血管疾病中有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。

        參附注射液組分為人參和附子,具有回陽(yáng)救逆、穩(wěn)固營(yíng)衛(wèi)之功效,主要有效成分有人參皂苷和烏頭類生物堿,可強(qiáng)心、利尿、擴(kuò)張冠狀動(dòng)脈血管,同時(shí)還能減少心肌耗氧量并降低心臟負(fù)荷,主要用于休克、心律失常、心力衰竭等屬陽(yáng)氣暴脫證者[4-5]。目前對(duì)于參附注射液的研究局限于單一的通路機(jī)制,對(duì)其系統(tǒng)的作用機(jī)制研究尚不全面。本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,從分子層面系統(tǒng)地分析參附注射液有效成分的作用靶點(diǎn)、生物過(guò)程、信號(hào)通路等在心肌頓抑中的作用機(jī)制。以期為深入研究參附注射液治療心肌頓抑的基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)研究及臨床合理應(yīng)用奠定基礎(chǔ)并提供新思路。

        1 材料與方法

        1.1 參附注射液有效化合物的收集與篩選 參附注射液由人參和附子提取而成。利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)TCMSP(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),以口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%和類藥性(drug likeness,DL)≥0.18為篩選條件,收集這兩個(gè)藥物的有效化合物。

        1.2 參附注射液有效化合物的靶點(diǎn)預(yù)測(cè) 將收集到的參附注射液有效化合物以Mol2格式上傳到Pharm?mapper服務(wù)器中,選擇藥效團(tuán)模型,將返回靶點(diǎn)數(shù)設(shè)置為300,得到參附注射液化合物的有效靶點(diǎn)。并將預(yù)測(cè)出的靶點(diǎn)導(dǎo)入U(xiǎn)niprot數(shù)據(jù)庫(kù)獲得標(biāo)準(zhǔn)基因名。

        1.3 化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 選取人參和附子化合物成分前10個(gè)靶點(diǎn),將化合物及相應(yīng)靶點(diǎn)信息上傳到Cytoscape軟件中構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖并進(jìn)行可視化分析,以“節(jié)點(diǎn)”代表成分和靶點(diǎn),“邊”代表成分與靶點(diǎn)之間的相互作用,獲得化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)。

        1.4 心肌頓抑相關(guān)靶點(diǎn)的預(yù)測(cè) 利用在線文本挖掘服務(wù)器 GeneCards(https://www.genecards.org/)、人類孟德?tīng)栠z傳OMIM 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.omim.org/)和CTD(http://ctdbase.org/)數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出與心肌頓抑相關(guān)的靶點(diǎn),以“stunned myocardium”為關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索,收集并整合與心肌頓抑相關(guān)的靶點(diǎn)。

        1.5 參附注射液對(duì)心肌頓抑的作用靶點(diǎn)預(yù)測(cè) 將參附注射液化合物靶點(diǎn)和心肌頓抑相關(guān)靶點(diǎn)導(dǎo)入Venny在線分析軟件中,得到參附注射液對(duì)心肌頓抑的26個(gè)潛在治療靶點(diǎn)。將這26個(gè)靶點(diǎn)上傳到SRTING(http://string-db.org)數(shù)據(jù)庫(kù)中,選擇物種為“Homo sa?piens”,設(shè)置靶點(diǎn)之間相互作用值為0.4,得到蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,并保存為TSV格式。將所得的TSV格式的文件導(dǎo)入Cytoscape軟件進(jìn)行可視化分析獲得蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.6 網(wǎng)絡(luò)合并 通過(guò)Cytoscape軟件中的Merge功能,對(duì)參附注射液化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)與參附注射液對(duì)心肌頓抑的作用靶點(diǎn)進(jìn)行合并,構(gòu)建藥物-成分-靶點(diǎn)-疾病全局性網(wǎng)絡(luò)。

        1.7 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)的富集分析和KEGG通路注釋分析 將“1.5”所得到的交集靶點(diǎn)導(dǎo)入DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)數(shù)據(jù)庫(kù)中,進(jìn)行GO分析和KEGG分析,在分析結(jié)果中收集生物過(guò)程(BP)、分子功能(MF)、細(xì)胞成分(CC)和The Kyoto En-cyclope?dia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析并保存。利用微生信在線網(wǎng)站(http://www.bioinformatics.com.cn/)將KEGG通路繪制成氣泡圖。

        2 結(jié)果

        2.1 參附注射液有效化合物的收集 在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)中以O(shè)B≥30%、DL≥0.18為條件,收集到符合條件的43個(gè)化合物,其中人參22個(gè),附子21個(gè)?;衔锇ǘ圭薮迹╯tigmasterol)、山柰酚(kaempferol)、β-谷固醇(beta-sitosterol)、人參皂苷Rh2(ginsenoside rh2)等,各化合物的具體信息見(jiàn)表1。

        2.2 參附注射液化學(xué)成分靶點(diǎn)預(yù)測(cè)及相互作用 在PharmMapper服務(wù)器中預(yù)測(cè)表1篩選出的43個(gè)參附注射液有效化合物,取結(jié)果中每個(gè)化學(xué)成分的前10個(gè)蛋白,隨后上傳到Uiprot數(shù)據(jù)庫(kù),獲得統(tǒng)一基因名。再將這些蛋白上傳到SRTING在線軟件中,對(duì)重復(fù)蛋白和非人源蛋白進(jìn)行剔除,最后獲得74個(gè)靶點(diǎn)。將結(jié)果中的靶點(diǎn)蛋白導(dǎo)入到Cytoscape軟件中,構(gòu)建“靶點(diǎn)蛋白相互作用”網(wǎng)絡(luò)圖(圖1)和“化合物-成分靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖(圖2)。

        圖1 參附注射液化學(xué)成分靶點(diǎn)蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖

        圖2 參附注射液化合物成分-作用靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        表1 參附注射液化合物成分

        2.3 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn) 通過(guò)Gene?Cards、OMIM和CTD數(shù)據(jù)庫(kù),以“stunned myocardium”為檢索詞,共整合到1 826個(gè)疾病靶點(diǎn)。將參附注射液化合物靶點(diǎn)和心肌頓抑作用機(jī)制相關(guān)靶點(diǎn)上傳到Ven?ny在線分析軟件中,分析得出26個(gè)交集靶點(diǎn),見(jiàn)圖3。

        圖3 參附注射液化學(xué)成分靶點(diǎn)與心肌頓抑相關(guān)疾病靶點(diǎn)Venny圖

        2.4 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將“2.3”所獲得的26個(gè)交集靶點(diǎn)上傳到STRING在線軟件中,獲得PPI網(wǎng)絡(luò)并保存TSV格式文件。在Cytoscape軟件中導(dǎo)入TSV文件,獲得蛋白互作網(wǎng)絡(luò),見(jiàn)圖4。參附注射液對(duì)心肌頓抑作用的潛在靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)有23個(gè)節(jié)點(diǎn)(去除3個(gè)無(wú)相互作用的靶點(diǎn)),包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)、絲裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、絲裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、雌激素受體1(ESR1)、絲裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶7(CASP7)、谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶P1(GSTP1)等。

        圖4 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)的蛋白互作圖

        2.5 參附注射液對(duì)心肌頓抑靶點(diǎn)的全局性網(wǎng)絡(luò)分析 利用Cytoscape軟件中的Merge功能將參附注射液化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)和參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)合成全局性蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖。見(jiàn)圖5。

        圖5 參附注射液與心肌頓抑靶點(diǎn)全局性網(wǎng)絡(luò)

        2.6 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)的GO分析和KEGG富集分析 在DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行GO分析,以P<0.05為條件進(jìn)行篩選,獲得55個(gè)生物學(xué)過(guò)程(BP),包括:序列特異性DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性的調(diào)控、凋亡過(guò)程負(fù)調(diào)控、應(yīng)激反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)脂多糖的反應(yīng)、成纖維細(xì)胞增殖的正調(diào)控等;15個(gè)細(xì)胞組成(CC),包括:核質(zhì)、胞質(zhì)、細(xì)胞核、線粒體、外泌體等;20個(gè)分子功能(MF),包括:絲裂原活化蛋白激酶活性、酶結(jié)合、蛋白結(jié)合、ATP結(jié)合、蛋白激酶活性等。GO分析見(jiàn)圖6(圖中BP和MF按P值選擇前15個(gè))。在KEGG通路富集分析結(jié)果中,篩選出P<0.05以及與心肌頓抑直接或間接相關(guān)的通路共12條,包括TNF信號(hào)通路(TNF sig?naling pathway)、Foxo信號(hào)通路(FoxO signaling path?way)、NOD樣受體信號(hào)通路(NOD-like receptor signal?ing pathway)、MAPK 信號(hào)通路(MAPK signaling path?way)、Toll樣受體信號(hào)通路(Toll-like receptor signaling pathway)等,具體KEGG通路富集分析氣泡圖見(jiàn)圖7。

        圖6 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用靶點(diǎn)的BP、CC、MF分析

        圖7 參附注射液對(duì)心肌頓抑作用的KEGG氣泡圖

        3 討論

        心肌頓抑是短暫、可逆的心肌缺血所引發(fā)的心肌功能障礙,常見(jiàn)于心肌梗死、心絞痛、心臟驟停心肺復(fù)蘇后、心臟移植等缺血性損傷中[6]。心肌頓抑的發(fā)生可能會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的并發(fā)癥,如心力衰竭、惡性心律失常、猝死等,增加患者的死亡率。然而在臨床上,尚未出現(xiàn)確切的心肌頓抑治療指南,沒(méi)有加速恢復(fù)心肌功能障礙的治療方法[7]。大量研究證實(shí)中醫(yī)藥在防治心血管疾病方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)[8],它可以從多靶點(diǎn)、多成分、多通路系統(tǒng)地對(duì)心肌頓抑的發(fā)生發(fā)展進(jìn)行干預(yù)。參附注射液是防治心血管疾病的常用中成藥,在臨床研究及實(shí)驗(yàn)研究中均證實(shí)其具有顯著療效[9]。

        本研究通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出43個(gè)有效化合物,包括山柰酚(kaempferol)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、人參皂苷Rh2(ginsenoside rh2)等。有研究表明[10-12],這些成分對(duì)損傷的心肌細(xì)胞具有修復(fù)作用。這些化合物都與心肌頓抑的機(jī)制相關(guān),由此我們推測(cè)參附注射液可通過(guò)這些化合物共同作用于心肌頓抑,發(fā)揮保護(hù)性作用。

        本研究中獲得26個(gè)參附注射液對(duì)心肌頓抑的潛在治療靶點(diǎn),去除掉3個(gè)無(wú)交互作用的靶點(diǎn),最終得到23個(gè)潛在靶點(diǎn),故我們推測(cè)參附注射液可能通過(guò)這23個(gè)靶點(diǎn)對(duì)心肌頓抑發(fā)揮作用,分析發(fā)現(xiàn)這些靶點(diǎn)共同參與多種生物過(guò)程,如EGFR、CASP3、MAPK8和GSTP共同參與凋亡過(guò)程的負(fù)調(diào)控,EGFR、MAPK1、MAPK8共同參與應(yīng)激反應(yīng),MAPK14、MAPK8和GSTP1共同參與細(xì)胞對(duì)脂多糖的反應(yīng)。CASP3是參與細(xì)胞凋亡的重要組成部分,對(duì)機(jī)體的凋亡過(guò)程有著重要的調(diào)節(jié)作用;EGFR是上皮生長(zhǎng)因子細(xì)胞增殖和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的受體,與細(xì)胞的增殖、分化、血管生成、細(xì)胞凋亡的抑制等過(guò)程相關(guān)[13];絲裂原活化蛋白激酶MAPK1、MAPK8和MAPK14是信號(hào)從細(xì)胞表面?zhèn)鲗?dǎo)到細(xì)胞核內(nèi)的重要介質(zhì),調(diào)節(jié)細(xì)胞的生長(zhǎng)、分化、炎癥反應(yīng)等多種重要的細(xì)胞病理生理過(guò)程[14]。這些生物學(xué)過(guò)程與心肌頓抑的發(fā)生機(jī)制都存在相互關(guān)系,因此我們推測(cè)參附注射液可能通過(guò)共同誘導(dǎo)這些基因的表達(dá)對(duì)心肌發(fā)揮保護(hù)性作用。

        在KEGG分析中,篩選得到12條信號(hào)通路,其中與心肌頓抑密切相關(guān)的通路有Toll樣受體信號(hào)通路(TLRs)、Foxo信號(hào)通路、NOD樣受體信號(hào)通路(NOD-like receptor signaling pathway)。TLRs是介導(dǎo)人體內(nèi)先天免疫和炎癥反應(yīng)的關(guān)鍵信號(hào)通路[15]。TLRs可通過(guò)激活絲裂原活化蛋白激酶和核因子κB(NF-κB)信號(hào)級(jí)聯(lián)途徑,促進(jìn)下游炎性因子的表達(dá),如白細(xì)胞介素-1(IL-1)、白細(xì)胞介素-6(IL-6)和腫瘤壞死因子(TNF)-α等,從而引起心肌細(xì)胞的損傷[16]。Han等[17]研究發(fā)現(xiàn)TLR4-NF-κB通路活化后可使心肌梗死大鼠心肌中的炎癥標(biāo)志物顯著增加。而在使用藥物對(duì)TLR4-NF-κB通路進(jìn)行抑制后,發(fā)現(xiàn)大鼠體內(nèi)心肌壞死標(biāo)志物及炎癥因子均明顯降低,心功能得到改善[18]。

        張弛等的實(shí)驗(yàn)研究證實(shí),參附注射液可以通過(guò)抑制TLR4/NF-κB信號(hào)通路來(lái)抑制脂多糖介導(dǎo)的黏附分子表達(dá),進(jìn)而減輕機(jī)體的炎癥反應(yīng)[19]。Foxo蛋白參與多種生物學(xué)過(guò)程,包括抗氧化應(yīng)激反應(yīng)、抗凋亡等,可減少心肌誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激和細(xì)胞凋亡,通過(guò)增加抗氧化劑的產(chǎn)生和細(xì)胞存活對(duì)缺血的心肌發(fā)揮保護(hù)作用[20]。Fox家族包含17個(gè)亞族,其中Foxo1和Foxo3主要在心臟組織中表達(dá)[21]。Sengupta A等[22]在實(shí)驗(yàn)研究中指出,心肌細(xì)胞中Foxo1和Foxo3共同缺失會(huì)導(dǎo)致抗氧化劑和DNA修復(fù)酶減少,從而加重心肌的損傷。NOD樣受體信號(hào)通路(NLRs)廣泛存在于人體細(xì)胞質(zhì)中,其在機(jī)體固有免疫和炎癥反應(yīng)中發(fā)揮關(guān)鍵作用[23]。NLPs通過(guò)激活NF-κB和絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑抑制炎性因子的激活。Li H等[24]研究證實(shí)NRLs主要通過(guò)抑制心肌缺血引起的炎癥反應(yīng)和細(xì)胞凋亡,在心臟中起保護(hù)作用。因此我們推測(cè),參附注射液有效活性成分可能是通過(guò)調(diào)控各大代謝通路,共同發(fā)揮保護(hù)心肌頓抑中心肌細(xì)胞的作用。

        綜上所述,本研究從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)層面初步預(yù)測(cè)了參附注射液治療心肌頓抑的有效活性成分、潛在作用靶點(diǎn)、關(guān)鍵信號(hào)通路等復(fù)雜的機(jī)制,為參附注射液的藥理作用提供了理論基礎(chǔ)和新的思路。然而,本研究仍存在一定的局限性,單從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)層面預(yù)測(cè)了參附注射液對(duì)心肌頓抑的作用機(jī)制,還需通過(guò)臨床及實(shí)驗(yàn)方面的研究進(jìn)一步證實(shí)。因此本研究后期還需要大量的實(shí)驗(yàn)研究加以佐證。

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