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        微陣列芯片技術(shù)在頸項(xiàng)透明層增厚胎兒診斷中的應(yīng)用價(jià)值

        2021-03-02 01:35:40周麗麗溫鄭靜徐晨陽李煥錚徐雪琴唐少華
        關(guān)鍵詞:分析

        周麗麗,溫鄭靜,徐晨陽,李煥錚,徐雪琴,唐少華

        溫州市中心醫(yī)院 檢驗(yàn)科,浙江 溫州 325000

        頸項(xiàng)透明層(nuchal translucency,NT)厚度是指胎兒頸椎水平矢狀切面皮膚至皮下軟組織之間的最大厚度,反映了胎兒頸后皮下淋巴液的積聚程度,是孕早期(11~13+6周)篩查胎兒染色體異常的最佳超聲軟指標(biāo)。胎兒頭臀長45 mm時(shí),95%百分位數(shù)NT厚度為2.1 mm,胎兒頭臀長84 mm時(shí),95%百分位數(shù)NT厚度為2.7 mm,99%百分位數(shù)NT厚度不隨頭臀長增加而改變[1-2]。2016年ACOG指南指出,孕11~14周NT>3.0 mm或大于相應(yīng)胎兒頭臀長的99%百分位數(shù)視為NT增厚[3],而國內(nèi)各醫(yī)療機(jī)構(gòu)對(duì)NT增厚的截?cái)嘀瞪形唇y(tǒng)一,其值從2.0~5.0 mm不等[4-5], 將NT 2.5~3.0 mm視為臨界增厚,NT>3.0 mm判斷為增厚最為常見。

        1992年,NICOLAIDES等[6]首先發(fā)現(xiàn)孕早期胎兒NT的增厚與唐氏綜合征密切相關(guān)。NT除與染色體數(shù)目異常相關(guān)外還與致病性染色體拷貝數(shù)變異(copy number variations,CNVs)存在相關(guān)性,檢出率為0~15%[7-11]。傳統(tǒng)的染色體核型分析技術(shù)只能檢測(cè)片段5~10 Mb的染色體畸變,而染色體芯片技術(shù)(chromosomal microarray,CMA)可將分辨率提高到100 kb,能在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)染色體CNVs[12]。單核苷酸多態(tài)性微陣列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技術(shù)是一種較新的CMA,可以檢出染色體微缺失、微重復(fù)和雜合性缺失,近年來已被廣泛運(yùn)用到先天性異常、認(rèn)知缺陷、發(fā)育遲緩或行為問題的診斷中[13]。本研究聯(lián)合應(yīng)用染色體核型分析技術(shù)與SNP array技術(shù),對(duì)220例孕早期超聲NT增厚的胎兒進(jìn)行檢測(cè),明確NT增厚胎兒的遺傳學(xué)病因,分析胎兒NT增厚與染色體異常及CNVs之間的相關(guān)性,探討SNP array在NT增厚胎兒產(chǎn)前診斷中的臨床價(jià)值。

        1 資料和方法

        1.1 臨床資料 選擇2013年8月至2019年4月在溫州市產(chǎn)前診斷中心進(jìn)行產(chǎn)前診斷,妊娠11~13+6周超聲篩查提示胎兒NT>2.5 mm的孕婦220例,孕婦年齡21~44歲,中位年齡31歲,NT厚度2.5~9.0 mm, 中位厚度3.4 mm。所有孕婦均簽署知情同意書,并進(jìn)行臨床資料登記,包括年齡、家族史、接觸史、產(chǎn)前診斷結(jié)果等。

        1.2 方法

        1.2.1 標(biāo)本采集及處理:無菌條件下穿刺取材。孕11~13周的孕婦選擇超聲引導(dǎo)下經(jīng)腹絨毛膜穿刺術(shù),抽取少量絨毛組織;孕16~24周的孕婦選擇超聲定位下經(jīng)腹羊膜腔穿刺術(shù),抽取30 mL羊水;孕25~38 周的孕婦選擇超聲定位下經(jīng)腹臍靜脈穿刺術(shù),抽取臍靜脈血2~3 mL。

        1.2.2 染色體核型分析:采用常規(guī)方法行絨毛、羊水和臍血細(xì)胞培養(yǎng)、收獲、固定、核型制備和G顯帶。染色體異常的分析和描述標(biāo)準(zhǔn)依照《人類細(xì)胞遺傳學(xué)國際命名標(biāo)準(zhǔn)2016版》。

        1.2.3 DNA提取:采用博爾誠公司的基因組DNA提取試劑盒,提取總DNA,用Nano Drop 2000UV-vis測(cè)定DNA純度和OD值(λ260/λ280),OD值1.8~2.0為合格,并在管外壁上做好記錄。

        1.2.4 SNP array技術(shù)檢測(cè):采用Human Cyto SNP- 12 DNA Analysis Beadchip Kits(Illumina,USA)芯片,按照標(biāo)準(zhǔn)的操作手冊(cè)進(jìn)行全基因組擴(kuò)增、DNA片段化、雜交、洗脫、單堿基延伸及染色、洗滌、包被及芯片掃描;或采用Affymetrix CytoScanTM750K Arrays(Affymetrix,USA)芯片,按照標(biāo)準(zhǔn)的操作手冊(cè)進(jìn)行全基因組DNA酶切、連接、PCR擴(kuò)增、純化、片段化、標(biāo)記、芯片雜交、洗滌及掃描。

        1.2.5 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換及全基因組拷貝數(shù)分析:使用KaryoStudio軟件或ChAS 2.0軟件轉(zhuǎn)換原始數(shù)據(jù),并進(jìn)行全基因組拷貝數(shù)CNVs分析。首先將得到結(jié)果與已有的正常人群DGV數(shù)據(jù)庫(http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home)進(jìn)行比對(duì)分析,若發(fā)現(xiàn)CNVs在該數(shù)據(jù)庫中有報(bào)道,則將其視為多態(tài)性的CNVs或正常的CNVs;再與DECIPHER數(shù)據(jù)庫(http://decipher.sanger.ac.uk/)比對(duì)分析,是否為已報(bào)道明確癥狀的綜合征。對(duì)于仍然無法確定致病性的CNVs查詢PubMed數(shù)據(jù)庫,是否有相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道。對(duì)于缺失或重復(fù)區(qū)域的基因功能查詢OMIM(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/)及GENE(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)等數(shù)據(jù)庫。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理方法 應(yīng)用SPSS18.0進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)處理。采用χ2檢驗(yàn)進(jìn)行比對(duì)分析。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 染色體核型分析結(jié)果 220例產(chǎn)前標(biāo)本,包括絨毛16例,羊水189例,臍血15例,染色體核型分析檢出32例異常,異常率為14.5%。染色體數(shù)目異常占87.5%,結(jié)構(gòu)異常占12.5%。染色體數(shù)目異常中21 三體綜合征最常見(占43.8%),其次是18三體綜合征(占21.9%),還包括13三體綜合征2例(占6.2%),Turner綜合征4例(占12.5%),性別染色體嵌合1例(占3.1%)。同時(shí)檢出羅伯遜易位1例和染色體多態(tài)性8例。結(jié)果見表1。4例染色體結(jié)構(gòu)異常的核型圖見圖1。

        表1 32例NT增厚胎兒異常核型及SNP芯片結(jié)果

        圖1 4例染色體結(jié)構(gòu)異常的核型圖和芯片圖

        2.2 SNP array分析結(jié)果 在染色體核型結(jié)果正常的NT增厚胎兒中,SNP array額外檢出致病性CNVs 5例,疑似致病性CNVs 4例。除1例大片段嵌合型重復(fù),其余8例均為微缺失或微重復(fù),大小0.54~10.10 Mb,包括1例DiGeorge綜合征和2例Williams-Beuren綜合征,結(jié)果見圖2。SNP array技術(shù)染色體異常檢出率為18.6%,與染色體核型分析(為14.5%)相比,提高了4.1%。另外,6.82%(15/220)的標(biāo)本攜帶意義未明CNVs。結(jié)果見表2。

        2.3 NT厚度與胎兒染色體異常及CNVs的相關(guān)性分析 按NT厚度2.5~2.9 mm、3.0~3.4 mm及≥3.5 mm將病例分3組,當(dāng)NT≥3.5 mm時(shí),SNP array技術(shù)在NT增厚胎兒中共檢出31例異常CNVs,與單純核型分析檢出24例相比,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而NT厚度為3.0~3.4 mm時(shí),差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P> 0.05)。結(jié)果見表3。

        圖2 8例微缺失或微重復(fù)SNP array圖

        3 討論

        NT厚度被公認(rèn)為產(chǎn)前篩查染色體異常和多種胎兒畸形的有效超聲軟指標(biāo)。NT增厚胎兒中,大約20%存在染色體異常[14]。SNIJDERS等[1]調(diào)查了96 127例NT增厚胎兒,發(fā)現(xiàn)染色體異常中約50%為21三體綜合征,25%為18三體綜合征或13三體綜合征,10%為Turner綜合征,5%為三倍體,10%為其他染色體異常。本組220例NT增厚胎兒中,染色體核型分析檢出32例異常,異常率為14.5%,數(shù)目異常占87.5%,結(jié)構(gòu)異常占12.5%,其中21三體綜合征14例(占43.8%),其次是18三體綜合征7例(占21.9%),13三體綜合征2例(占6.2%),Turner綜合征4例(占12.5%),性別染色體嵌合1例(占3.1%)和染色體結(jié)構(gòu)異常4例(占12.5%),除未見三倍體外,其余與文獻(xiàn)相符。

        NT增厚除與染色體數(shù)目異常密切相關(guān)外,還與致病性染色體CNVs存在相關(guān)性,異常率約0~15%[7-11]。 PAN等[15]對(duì)122例熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(QF-PCR)檢測(cè)結(jié)果正常的NT>3.5 mm病例行CMA檢測(cè),可額外檢出致病性CNVs 7例(占5.7%),其中3例微缺失/微重復(fù)無法被傳統(tǒng)的核型分析識(shí)別。LEUNG等[16]發(fā)現(xiàn),微缺失/微重復(fù)綜合征在染色體核型正常的NT增厚胎兒中發(fā)生率約10%,若中期合并其他超聲結(jié)構(gòu)異常,微缺失/微重復(fù)發(fā)生率則更高。本研究通過SNP array技術(shù)明確了4 例染色體核型結(jié)構(gòu)異常的片段性質(zhì),同時(shí)在染色體正常胎兒中額外檢測(cè)出9例異常CNVs,5例致病性CNVs和4例疑似致病CNVs。因此,聯(lián)合應(yīng)用SNP array檢測(cè)可提高NT增厚胎兒染色體CNVs的檢出率,同時(shí)可明確染色體結(jié)構(gòu)異常的片段性質(zhì),為臨床遺傳咨詢提供理論依據(jù)。

        本研究檢出的3例致病性CNVs為DiGeorge綜合征和Williams-Beuren綜合征。DiGeorge綜合征(22q11.2微缺失綜合征)由22q11.2上約3 Mb的片段缺失引起的,是最常見的染色體微缺失綜合征之一,新生兒發(fā)病率為1/4 000,主要臨床表型為心臟缺損、免疫缺陷、語言延遲,腭咽閉合不良、行為和精神異常、特殊而容和低鈣血癥等[17]。約94% DiGeorge綜合征病例的缺失是新生的,6%則遺傳自父母中的一方[18]。Williams-Beuren綜合征是指由7q11.23上約1.5 Mb的片段缺失引起的,新生兒發(fā)病率為1/25 000~1/7 500,主要臨床表型為心血管系統(tǒng)疾病、特殊面容、智力低下、神經(jīng)行為異常 等[19]。

        表2 9例核型正常的SNP array檢測(cè)結(jié)果

        表3 不同NT厚度組間異常檢出率的比較[例(%)]

        近年研究發(fā)現(xiàn),早孕期的NT增厚與染色體異常、主要先天畸形、圍產(chǎn)期胎兒損失以及不良結(jié)局相關(guān),并隨著NT增厚的程度風(fēng)險(xiǎn)逐漸加大。NT厚度2.5~ 3.5 mm時(shí),異常率為3.7%,NT厚度3.5~4.4 mm時(shí)為21.1%,NT厚度4.5~5.4 mm時(shí)為33.3%,NT厚度5.5~6.4 mm時(shí)為50.5%,NT厚度≥6.5 mm時(shí)為64.5%[20]。本研究按NT厚度2.5~2.9 mm、3.0~ 3.4 mm及≥3.5 mm將病例分3組,核型異常率分別為5.6%、7.9%和23.3%,SNP array異常率分別為5.6%、11.1%和30.1%,胎兒染色體異常率隨NT厚度增加顯著增加,與文獻(xiàn)相符。MAYA等[21]分析了1 588例NT增厚胎兒CMA結(jié)果,其中胎兒NT厚度≤2.9 mm、 3.0~3.4 mm和≥3.5 mm的致病性CNVs檢出率分別為1.7%、6.5%和13.8%,認(rèn)為NT增厚胎兒行CMA檢測(cè)的cut-off值可定在3.0~3.4 mm。本研究中當(dāng)NT≥3.5 mm時(shí),應(yīng)用SNP array技術(shù)在NT增厚胎兒中共檢出31例異常CNVs,與單純核型分析檢出24例相比,可將遺傳學(xué)病因的檢出率提高6.8%,兩者差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而NT厚度為3.0~ 3.4 mm時(shí),檢出率僅提高3.2%,差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。因此筆者認(rèn)為,SNP array技術(shù)對(duì)于NT≥3.5 mm胎兒有更高的檢測(cè)價(jià)值。

        綜上所述,NT增厚與染色體異常相關(guān),隨著NT厚度增加,胎兒染色體異常率顯著增加。當(dāng)NT≥ 3.5 mm時(shí),聯(lián)合應(yīng)用核型分析技術(shù)和SNP array技術(shù)對(duì)NT增厚的胎兒進(jìn)行產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷,可將遺傳學(xué)病因的檢出率提高6.8%。

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