葛詩琪,孟祥輝,張浩威,李靚珠
(長安大學(xué) 電子與控制工程學(xué)院,陜西 西安 710064)
大腦不同功能的實現(xiàn)需要多個腦區(qū)的協(xié)同作用,這些腦區(qū)在空間上可能相隔較遠(yuǎn),但在激活模式上卻存在著高度的相關(guān)性。功能磁共振成像(Functional Magnetic Resonance Imagining, fMRI)是一種基于血氧水平依賴(BOLD)的成像技術(shù),為研究人腦功能提供了一種重要方法[1]。其中靜息狀態(tài)功能磁共振成像(RS-fMRI)由于能夠反映人腦的自發(fā)神經(jīng)活動,已成為研究熱點[2]。此外,多種腦功能障礙表現(xiàn)為腦區(qū)間功能連接之間的顯著變化。故對腦區(qū)之間的功能連接(Functional Connectivity, FC)進(jìn)行研究,有利于促進(jìn)對大腦活動本質(zhì)的探索[3]。
傳統(tǒng)的基于RS-fMRI的功能網(wǎng)絡(luò)研究通常假設(shè)系統(tǒng)在一段時間之內(nèi)處于平穩(wěn)狀態(tài)。雖然RS-fMRI是受試者在無特定任務(wù)的情況下得到的磁共振掃描,然而事實上大腦活動是一個復(fù)雜的時變過程[4]。Hutchison等人的研究表明,靜息態(tài)功能連接網(wǎng)絡(luò)隨時間變化具有波動性[5]。因此研究腦功能網(wǎng)絡(luò)的動態(tài)特性具有重要意義。目前最常用的動態(tài)功能連接分析方法是滑動窗口法(Sliding Window Analysis)[6]。Sako?lu等人利用滑動窗口和獨立成分分析發(fā)現(xiàn)動態(tài)連接與受試者的臨床指標(biāo)相關(guān)[7]?;瑒哟翱诜椒檠芯看竽X內(nèi)部狀態(tài)變化提供了一種有效的方法,但也存在明顯的局限性,窗口選擇過大無法準(zhǔn)確捕捉功能連接的變化,窗口過小會引入不真實的波動。研究表明,30~60 s的窗口能夠提供較為穩(wěn)健的動態(tài)連接網(wǎng)絡(luò)估計[6]。
本文提出一種基于張量分解的動態(tài)功能連接網(wǎng)絡(luò)分析方法。首先根據(jù)靜息態(tài)fMRI不同維度的信息構(gòu)建張量模型,并根據(jù)不同模態(tài)的特點選擇約束項進(jìn)行優(yōu)化求解。然后利用動態(tài)檢測法對時間改變點進(jìn)行檢測,構(gòu)建動態(tài)網(wǎng)絡(luò)。為了驗證模型的有效性,在仿真數(shù)據(jù)和真實數(shù)據(jù)上將本文模型獲得的實驗結(jié)果與滑動窗口方法獲得的結(jié)果進(jìn)行了比較。仿真實驗結(jié)果表明,本文算法能夠克服滑動窗口方法對于窗口選擇的限制,顯著降低了實驗結(jié)果的相對誤差(最多降低38.4%)。真實數(shù)據(jù)上的實驗結(jié)果表明,靜息狀態(tài)下不同腦區(qū)之間存在功能連接,主要集中在SM、AUD、DMN、VIS和SN之間。
張量(tensor)是對高維數(shù)組的總稱[8]。一維數(shù)組稱為向量,二維數(shù)組稱為矩陣,三維及高維數(shù)組稱為高階張量。CP分解是一種常用的張量分解方法,可以將高階張量分解為一系列秩一張量的線性組合。三階張量T∈RI×J×K的CP分解可以表示為:
式中:“°”表示張量的外積;R為張量的秩。根據(jù)張量的標(biāo)準(zhǔn)矩陣表示形式,可通過下列目標(biāo)函數(shù)對公式(1)求解:
式中: ⊙表示 Khatri-Rao積;||·||F表示Frobenius范數(shù);A=[a1,a2, ...,aR]∈RI×R,B=[b1,b2, ...,bR]∈RJ×R,C=[c1,c2, ...,cR]∈RK×R,為因子矩陣;T(k)表示張量以第k模態(tài)展開的矩陣。
為了對靜息態(tài)fMRI數(shù)據(jù)中不同模態(tài)的信息進(jìn)行融合分析,將所有個體的fMRI數(shù)據(jù)堆疊為一個三階張量X∈RI×R×K,其中I表示個體數(shù)量,J表示ROI節(jié)點個數(shù),K表示時間序列長度。
張量分解完成了對高維數(shù)據(jù)的降維,分解得到的3個矢量分別表示個體、ROI、時間在有效成分中所占的權(quán)重。為了使分解的結(jié)果包含更多有意義的信息,需要根據(jù)不同維度信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行必要的約束。對A矩陣添加L2,1正則約束項以避免不同個體之間的相互影響;對B矩陣進(jìn)行正交約束以保證不同ROI之間的線性無關(guān)性;對矩陣C添加L1正則項實現(xiàn)稀疏性。添加約束之后的模型如下:
式中:A∈RI×R,air表示個體i在成分r中所占的權(quán)重;B∈RJ×R,bjr表示第j個ROI在成分r中所占的權(quán)重;C∈RK×R,ckr表示第k個時間點在成分r中所占的權(quán)重。λ1和λ3不僅可以控制重建功能性連接網(wǎng)絡(luò)的特征提取,而且還確定了有效成分的稀疏性和大小,分解的過程中通過調(diào)節(jié)懲罰參數(shù)λ2實現(xiàn)正交性。
使用交替最小二乘(Alternating Least Squares, ALS)算法對式(3)求解,其主要思想是在每次迭代中固定其中2個因子矩陣來更新另一個因子矩陣,重復(fù)該步驟直至算法收斂??傻镁仃嘇、B和C的更新公式分別為:
式中:sgn(·)為符號函數(shù);Σ∈RR×R是對角矩陣,該矩陣中第r個對角元素為1/||ar||2。當(dāng)目標(biāo)函數(shù)滿足|et+1-et|≤10-8時終止迭代,其中et=||Tt-T||2/||T||2。
靜息態(tài)fMRI數(shù)據(jù)隨時間而波動,故實驗的一個重點就是對時間改變點進(jìn)行檢測,并根據(jù)時間改變點對狀態(tài)進(jìn)行劃分。假設(shè)時間權(quán)重矩陣C可以被劃分為τ+1個狀態(tài),時間改變點分別位于{t1,t2, ...,tτ},使用公式(7)對連續(xù)2個時間點的距離進(jìn)行度量[9]。
式中:C(t,k)表示時間點t在第k個有效成分中所占的權(quán)重;R表示有效成分的總數(shù)。通過式(7)確定d(t)是否為時間改變點。
式中,T為時間點個數(shù),由于距離d(t)服從高斯分布,故選擇μ+2σ作為閾值。
在得到時間改變點之后,提取各狀態(tài)的主導(dǎo)ROI,計算各狀態(tài)下的動態(tài)功能連接網(wǎng)絡(luò)?;谙∈鑿埩緾P分解的動態(tài)功能連接網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建主要分為以下步驟。
(1)張量分解:對原始數(shù)據(jù)構(gòu)成的張量模型根據(jù)式(3)進(jìn)行分解,得到關(guān)于個體、ROI及時間的矩陣A、B、C。
(2)時間改變點檢測:根據(jù)式(8)基于時間權(quán)重矩陣C確定時間改變點{t1,t2, ...,tτ},并進(jìn)行狀態(tài)劃分。
(3)提取各狀態(tài)的主導(dǎo)ROI:2個時間改變點(ti,ti+1)之間為一段穩(wěn)定的狀態(tài)。通過矩陣C求出每個穩(wěn)定狀態(tài)下的主要成分,提取B矩陣中的對應(yīng)列,并保留其中權(quán)重較大的部分,提取出其中主要的ROI。
(4)構(gòu)建dFC網(wǎng)絡(luò):根據(jù)原始數(shù)據(jù)的連接網(wǎng)絡(luò)及步驟(3)得到的主導(dǎo)ROI的權(quán)重矩陣,建立每個狀態(tài)下的動態(tài)連接網(wǎng)絡(luò)。
為了評估算法的性能,首先使用模擬數(shù)據(jù)集進(jìn)行驗證,并與滑動窗口方法進(jìn)行比較。使用SimTB[10]工具箱進(jìn)行BOLD時間序列信號生成。產(chǎn)生的信號包括每個受試者的60 ROI,每個ROI包含120個時間點,重復(fù)時間為2 s。時間序列被分為4個不同的狀態(tài),每個狀態(tài)包含8~16個不同的ROI,共100個受試者。用二進(jìn)制表示信號的激活狀態(tài),1表示激活,0表示未激活[11]。功能區(qū)劃分及激活狀態(tài)如圖1所示。
滑動窗口方法中我們測試了兩種不同的窗口長度(l=30,40)。本文算法的稀疏性參數(shù)λ1、λ2和λ3使用網(wǎng)格搜索法確定,分別為0.9、2和0.1×10-1,R設(shè)置為60,此時擬合率相對較高,可達(dá)到85.2%。使用真實連通矩陣Cg與算法估計所得連通矩陣CE的相對誤差作為評價指標(biāo):
圖1 四個功能區(qū)和四個功能區(qū)的激活狀態(tài)
表1顯示了滑動窗口法(SW)和本文方法(STensor)在模擬數(shù)據(jù)集上的相對誤差??梢钥闯觯姆N狀態(tài)下本文算法對連接矩陣的擬合均優(yōu)于滑動窗口方法,相對誤差均明顯降低。在狀態(tài)1中,當(dāng)滑動窗口的窗口長度取40時,相對誤差最多降低了38.4%。
表1 相對誤差
本文使用的數(shù)據(jù)來源于費城神經(jīng)發(fā)育隊列(Philadelphia Neurodevelopmental Cohort, PNC)[12]。實驗中選取其中878名受試者的RS-fMRI數(shù)據(jù),時間序列為124,ROI數(shù)量為264。實驗中三種稀疏性參數(shù)使用網(wǎng)格搜索法進(jìn)行選擇,λ1,λ2和λ3分別取0.1,6×103和0.1×10-3。有效成分個數(shù)R取100。在完成稀疏張量分解之后,首先使用動態(tài)方法檢測得到時間改變點為{3,40,75,90}。由于初始時機器及人體心跳呼吸等噪音造成的波動較大,故舍棄時間改變點3,于是時間序列被分為四段相對穩(wěn)定的狀態(tài)[0,40],[41,75],[76,90]和[91,120]。找出每個狀態(tài)的主要成分及主導(dǎo)ROI,計算動態(tài)功能連接矩陣,這些ROI可以被分為不同的功能區(qū)域。
圖2分別為四種狀態(tài)下每種功能區(qū)域之間的連接數(shù),連接數(shù)越大表示連接強度越高。從圖2中可以看出靜息狀態(tài)下大腦并不是靜息的,各個腦區(qū)之間存在著許多自發(fā)性的神經(jīng)活動,尤其是視覺網(wǎng)絡(luò)(VIS)、聽覺網(wǎng)絡(luò)(AUD)、默認(rèn)網(wǎng)絡(luò)(DMN)等之間存在著高強度的功能連接,其中DMN的連通性強于其他腦區(qū),這與文獻(xiàn)[13]提出的DMN自身具有相對較高的連通性的結(jié)論一致。文獻(xiàn)[14]指出DMN和VIS之間有著顯著的腦行為關(guān)聯(lián)。
圖2 dFC網(wǎng)絡(luò)
圖2中4個狀態(tài)的dFC網(wǎng)絡(luò)中,較高強度的功能連接均集中在SM、AUD、DMN、VIS和SN幾個腦區(qū)中,說明大部分功能連接所對應(yīng)的腦區(qū)具有相似性,且在神經(jīng)解剖學(xué)上有重疊部分[2]。
針對靜息態(tài)fMRI數(shù)據(jù)的特性,本文提出了一種基于稀疏張量CP分解的動態(tài)腦功能網(wǎng)絡(luò)分析方法。首先利用動態(tài)連接檢測法對張量分解的結(jié)果進(jìn)行狀態(tài)劃分,該方法打破了滑動窗口方法對于窗口長度選擇的限制,顯著降低了實驗的相對誤差。然后對不同狀態(tài)下的功能連接進(jìn)行建網(wǎng)分析。實驗結(jié)果表明,靜息狀態(tài)下各個腦區(qū)之間依然存在聯(lián)系,這些腦區(qū)可能在解剖學(xué)上相互分離,但由于自發(fā)性的神經(jīng)活動形成了功能連接網(wǎng)絡(luò)。在靜息狀態(tài)下,功能連接所對應(yīng)的腦區(qū)具有相似性,且大部分集中在SM、AUD、DMN、VIS和SN幾個腦區(qū)當(dāng)中,這一結(jié)論也在其他多個文獻(xiàn)中得到了驗證。