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        1株貓杯狀病毒的分離鑒定及其ORF2序列的遺傳演化分析

        2021-02-07 01:13:06李鑫楊德全葛菲菲沈海瀟劉健鞠厚斌王建趙洪進(jìn)
        畜牧與獸醫(yī) 2021年2期
        關(guān)鍵詞:進(jìn)化樹(shù)毒株氨基酸

        李鑫,楊德全,葛菲菲,沈海瀟,劉健,鞠厚斌,王建,趙洪進(jìn)

        (上海市動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心,上海 201103)

        貓杯狀病毒(feline calicivirus,F(xiàn)CV)是貓科動(dòng)物中廣泛傳播的病原之一,易感貓常因接觸病貓或其分泌物、排泄物及被污染的籠具等而發(fā)病,臨床出現(xiàn)口腔潰瘍、鼻-結(jié)膜炎、跛行、流產(chǎn)和肺炎等癥狀,嚴(yán)重的甚至可導(dǎo)致死亡。此外,有研究表明,F(xiàn)CV在臨床健康貓中帶毒率也較高,臨床健康貓呈持續(xù)感染狀態(tài),這就有利于病毒在貓群中的傳播,導(dǎo)致病毒發(fā)生變異,產(chǎn)生致死性毒株[1]。由于貓杯狀病毒變異程度高,不同毒株間差異較大,現(xiàn)有的疫苗免疫保護(hù)效果并不理想。

        FCV核酸類型為單股正鏈RNA,含有3個(gè)開(kāi)放閱讀框(open reading frames,ORFs),即ORF1、ORF2和ORF3。ORF1編碼病毒的非結(jié)構(gòu)蛋白;ORF2編碼衣殼蛋白,為病毒的主要結(jié)構(gòu)蛋白;ORF3編碼一個(gè)較小的結(jié)構(gòu)蛋白。ORF2可分為A~F 6個(gè)區(qū)域,其中A區(qū)經(jīng)蛋白酶切割形成成熟的衣殼蛋白,E區(qū)含有主要B細(xì)胞表位[2]。

        FCV對(duì)貓腎細(xì)胞(CRFK,F(xiàn)81)、犬腎細(xì)胞(MDCK)等多種細(xì)胞敏感[1,3-4],病毒在細(xì)胞上可獲得較高的病毒滴度。本研究從發(fā)病寵物貓的鼻拭子中,用F81細(xì)胞分離獲得1株FCV,并進(jìn)行了全基因組擴(kuò)增和序列測(cè)定,對(duì)其ORF2基因進(jìn)行比較與分析,為研究FCV的分子生物學(xué)和將來(lái)疫苗株的研發(fā)提供了參考和依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 樣品

        貓鼻拭子樣品采集自上海某寵物醫(yī)院的發(fā)病寵物貓。該病貓為雌性貍花貓,2月齡,未進(jìn)行疫苗免疫,主要癥狀為口炎。

        1.2 細(xì)胞和主要試劑

        F81細(xì)胞,購(gòu)自北納創(chuàng)聯(lián)生物科技有限公司;RNA提取試劑盒,購(gòu)自Magen公司;貓杯狀病毒熒光RT-PCR檢測(cè)試劑盒,購(gòu)自書扁科技(上海)有限公司;AMV 反轉(zhuǎn)錄酶等試劑,購(gòu)自寶生物(大連)工程公司;引物由上海派森諾生物科技股份有限公司合成。

        1.3 病毒分離

        將鼻拭子樣品經(jīng)0.22 μm濾器過(guò)濾除菌后,接種于F81單層細(xì)胞,培養(yǎng)箱中孵育1 h,補(bǔ)液后將細(xì)胞瓶置于37 ℃、5% CO2培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng),觀察細(xì)胞病變。當(dāng)細(xì)胞病變達(dá)到80%以上時(shí),收獲細(xì)胞液,并進(jìn)行熒光RT-PCR鑒定。

        1.4 電鏡觀察

        將收獲的細(xì)胞液凍融3次后,10 000 r/min離心1 h,除去細(xì)胞碎片,隨后上清液與終濃度為10%的聚乙二醇8000(PEG8000)混合過(guò)夜。在4 ℃下12 000 r/min離心2 h后,用Tris緩沖鹽溶液(TBS)重懸。經(jīng)2%磷鎢酸負(fù)染后,進(jìn)行透射電鏡觀察[5]。

        1.5 病毒RNA提取及RT-PCR擴(kuò)增

        根據(jù)RNA提取試劑盒說(shuō)明書提取病毒RNA,并進(jìn)行全基因序列的擴(kuò)增。引物參考GenBank中已知的FCV全基因序列以及參考文獻(xiàn)[4]進(jìn)行設(shè)計(jì)(表1)。PCR反應(yīng)條件如下:95 ℃預(yù)變性2 min;94 ℃變性30 s,53 ℃退火30 s,72 ℃延伸2.5 min,30個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10 min。PCR產(chǎn)物送上海派森諾生物科技股份有限公司測(cè)序。

        表1 全基因擴(kuò)增引物序列

        1.6 全基因測(cè)序及ORF2基因分析

        將測(cè)回的序列在NCBI(BLAST,http://www.ncbi.nlm.nih. gov/)上進(jìn)行檢索確認(rèn),用Lasergene 7.1軟件中的Seqman進(jìn)行拼接,并登錄至GenBank(登錄號(hào):MT239579)。將所測(cè)FCV的ORF2基因序列分別與 GenBank中收錄的國(guó)內(nèi)外參考序列進(jìn)行比對(duì),用 Megalign、MEGA 6.0等軟件繪制遺傳進(jìn)化樹(shù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 病毒分離

        正常的F81細(xì)胞呈梭形,細(xì)胞間緊密排列,接種鼻拭子樣品后,24 h出現(xiàn)細(xì)胞皺縮、變圓、脫落,呈葡萄串樣病變。取上清,經(jīng)貓杯狀病毒熒光RT-PCR試劑盒鑒定為FCV陽(yáng)性。將該分離株命名為SH1。繼續(xù)在細(xì)胞上傳代2次,均在24 h左右出現(xiàn)細(xì)胞病變。各代次的病毒滴度分別為10-8.8、10-8.0和10-9.3TCID50/mL。

        2.2 電鏡觀察

        FCV-SH1株的F81細(xì)胞培養(yǎng)物經(jīng)電鏡觀察,發(fā)現(xiàn)病毒粒子呈球形,無(wú)囊膜,大小35~40 nm(圖1),符合FCV的形態(tài)特征。

        圖1 分離株的電鏡觀察

        2.3 病毒全基因組擴(kuò)增

        用表1中3對(duì)引物對(duì)FCV-SH1進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后,可以觀察到約2 400、2 900和2 400 bp左右的3個(gè)條帶(圖2),與預(yù)期相符。

        2.4 ORF2基因同源性分析

        FCV-SH1株ORF2序列與GenBank中登錄的29株國(guó)內(nèi)外參考毒株的ORF2序列進(jìn)行了同源性比較與分析。結(jié)果顯示,F(xiàn)CV-SH1株與其他各毒株的核苷酸同源性為74.1%~79.7%,與中國(guó)HRB-SS株的同源性最高,與中國(guó)SH株同源性最低;氨基酸同源性為84.5%~90.9%,與美國(guó)Urbana株同源性最高,與中國(guó)FB-NJ-13同源性最低。與疫苗株F9、F4、225和2024的核苷酸同源性為76.8%~77.7%,氨基酸同源性為86.5%~88.3%。

        M. DL15000 DNA分子量標(biāo)準(zhǔn);1. P1/P2引物擴(kuò)增產(chǎn)物;2. P3/P4引物擴(kuò)增產(chǎn)物;3. P5/P6引物擴(kuò)增產(chǎn)物

        2.5 ORF2基因的遺傳演化及部分位點(diǎn)分析

        本研究將分離株與29株國(guó)內(nèi)外流行株的衣殼蛋白基因(ORF2)進(jìn)行了序列分析,并繪制了核苷酸和氨基酸遺傳進(jìn)化樹(shù)(圖3)。結(jié)果顯示,30株FCV毒株可以分為2個(gè)大分支,即基因群Ⅰ和Ⅱ,核苷酸和氨基酸序列遺傳進(jìn)化樹(shù)是一致的,分離株屬于基因群Ⅰ。從核苷酸序列進(jìn)化樹(shù)(圖3A)可以看出,分離株與中國(guó)HRB-SS株和新西蘭KCD株同屬一個(gè)小分支;在氨基酸序列進(jìn)化樹(shù)(圖3B)中,分離株與美國(guó)Urbana株在同一小分支上。分離株所屬大分支上為來(lái)自國(guó)內(nèi)和其他國(guó)家的不同分離株,說(shuō)明FCV的分布可能無(wú)明顯的地域性差異。

        ORF2可分為A~F 6個(gè)區(qū)域,分析其中B~F區(qū)370~580氨基酸發(fā)現(xiàn),基因群Ⅰ和Ⅱ主要存在3個(gè)氨基酸殘基的差異,即377、539和557位氨基酸。如表2所示,基因群Ⅰ分別為天冬酰胺(Asn,N)、丙氨酸(Ala,A)、甘氨酸(Gly,G),而基因群Ⅱ分別為賴氨酸(Lys,K)、纈氨酸(Val,V)、絲氨酸(Ser,S)。

        ▲本試驗(yàn)分離株FCV-SH1;●疫苗株

        表2 貓杯狀病毒ORF2基因群Ⅰ和Ⅱ的氨基酸序列分析

        3 討論

        FCV主要引起家貓出現(xiàn)急性或慢性上呼吸道疾病,而且有許多貓是無(wú)癥狀的攜帶者[1],使得病毒在貓群中廣泛傳播。1998年以來(lái),美國(guó)及歐洲報(bào)道了多例與FCV感染相關(guān)的嚴(yán)重全身性疾病(virulent systemic disease,VSD)[6-10]。VSD FCV毒株能導(dǎo)致受感染的貓面部和四肢浮腫、高燒、黃疸、胰腺炎和出血等,死亡率高達(dá)60%,即使是接種了疫苗的貓也有可能會(huì)發(fā)生感染[7],這使本病的防控面臨很大的挑戰(zhàn)。

        ORF2基因編碼衣殼蛋白,ORF2序列的比較分析可用于闡明不同F(xiàn)CV毒株之間的進(jìn)化關(guān)系[11-12]。本研究選取了29株來(lái)自美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)、日本、韓國(guó)等國(guó)家的毒株,與分離株進(jìn)行了ORF2基因的同源性、遺傳演化關(guān)系及部分位點(diǎn)的分析。本分離株與分離自犬的213/95株的核苷酸與氨基酸同源性分別為78.0%和88.8%;與分離自獵豹的V276株、GD株和SH株的同源性分別為76.6%,75.3%,74.1%和87.7%,85.7%,84.6%,說(shuō)明不同宿主的FCV分離株差異性不明顯。從遺傳演化關(guān)系來(lái)看,分離株與美國(guó)Urbana株、新西蘭KCD株等其他不同國(guó)家的毒株在同一分支,且關(guān)系相對(duì)較近,說(shuō)明基因群Ⅰ的FCV分布無(wú)明顯的地域性?;蛉孩蛑饕莵?lái)自中國(guó)和日本的毒株,這可能是中國(guó)和日本特有的,由于所選毒株數(shù)量有限,還需要進(jìn)一步驗(yàn)證。疫苗株都是屬于基因群Ⅱ,可能是目前免疫效果不理想的原因之一。

        Sato等[13]報(bào)道基因群Ⅰ和Ⅱ在ORF2的B、F區(qū)有4個(gè)氨基酸位點(diǎn)的差異,即377、539、557和566位氨基酸?;蛉孩穹謩e為Asn或Asp(N或D),Ala或Pro(A或P),Gly(G),Phe或Leu(F或L),而基因群Ⅱ分別為L(zhǎng)ys(K),Val(V),Ser(S),Tyr(Y)。本研究中基因群Ⅰ和Ⅱ僅在377、539、557位點(diǎn)表現(xiàn)出一致性的差異,分別為N、A、G和K、V、S;566位點(diǎn)處的氨基酸殘基在基因群Ⅰ和Ⅱ中都為F或Y,沒(méi)有表現(xiàn)出特征性差異,與Sato等[13]的報(bào)道不一致,但與Sun等[14]的報(bào)道一致。而這3個(gè)氨基酸位點(diǎn)的差異是否對(duì)毒株的毒力、致病性等有影響還需要后續(xù)深入研究。

        FCV抗原變異性很強(qiáng)[15],這意味著沒(méi)有疫苗能中和所有的病毒株,導(dǎo)致當(dāng)前疫苗免疫很難起到有效的保護(hù)。因此,加強(qiáng)FCV的監(jiān)測(cè),分離更多毒株,并了解其分子生物學(xué)特性,能夠?yàn)榻窈蠛Y選疫苗候選株和研發(fā)具有較好交叉保護(hù)性的疫苗提供科學(xué)參考。

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