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        基于TCGA數(shù)據(jù)集分析CDCA5在肺腺癌中的臨床意義與分子機制

        2021-01-13 03:52:16王萍黃奔范維柳家翠程慶元段怡萍陳梁玥馬甜甜喻明霞
        分子診斷與治療雜志 2020年12期
        關鍵詞:肺癌數(shù)據(jù)庫分析

        王萍 黃奔 范維 柳家翠 程慶元 段怡萍 陳梁玥 馬甜甜 喻明霞★

        肺癌是常見的惡性腫瘤之一,研究表明,超過半數(shù)的肺癌患者在中晚期才被確診[1]。肺癌主要包括兩種組織性類型:小細胞肺癌和非小細胞肺癌,其中肺腺癌是非小細胞肺癌中診斷最多的組織學亞型[2]。盡管在研究發(fā)病機制和治療方法方面取得了一定的進展,肺腺癌仍然是最具侵襲性和最迅速致命的類型,其5年生存率低于20%[3]。細胞分裂周期相關5(cell division cycle associated 5,CDCA5)是在細胞分裂周期中姐妹染色單體結合和分離所必需的主要調節(jié)因子[4]。CDCA5保證了減數(shù)分裂細胞和有絲分裂細胞中染色體的精確分離,在DNA 修復中起著重要的作用[5]。研究發(fā)現(xiàn),CDCA5與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關。CDCA5被證實在乳腺癌、胃癌、結直腸癌等癌癥中異常表達,且與癌癥患者的預后相關[6-8]。然而,關于CDCA5在肺腺癌中的表達、臨床意義、預后以及分子機制目前尚無研究報道。因此,本研究通過數(shù)據(jù)挖掘癌癥基因組圖譜(the Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫,分析CDCA5在肺腺癌中的表達,探究CDCA5在肺腺癌中的表達與患者臨床病理特征的聯(lián)系,結合患者的生存資料分析其預后價值,探索其在肺腺癌中的分子作用機制。

        1 材料與方法

        1.1 數(shù)據(jù)資料的下載與處理

        在TCGA 數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)上下載535 例肺腺癌樣本和59 例正常肺組織樣本RNA 測序數(shù)據(jù)(HTSeq-FPKM,level 3)。使用R 3.6.1 軟件將基因表達數(shù)據(jù)歸一化處理,再進行l(wèi)og2轉化用于后續(xù)分析。利用R 3.6.1 軟件提取肺腺癌樣本和正常肺組織樣本中CDCA5mRNA 的表達量用于分析比較表達水平差異。此外,在TCGA數(shù)據(jù)庫中下載肺腺癌患者的臨床資料,包括患者的年齡、性別、生存時間、生存狀態(tài)、T 分期、N 分期、M 分期、stage 分期。刪除生存時間缺失和上述任何一項臨床特征不明確的患者數(shù)據(jù)。

        1.2 CDCA5 表達與患者臨床特征和預后的相關性分析

        根據(jù)CDCA5在肺腺癌患者中表達水平的中位值,將肺腺癌患者劃分為高表達組和低表達組。使用IBM SPSS Statistics 25.0 統(tǒng)計軟件分析CDCA5表達與患者的年齡、性別、T 分期、N 分期、M 分期、stage 分期的聯(lián)系。使用GEPIA 在線數(shù)據(jù)庫(http://gepia.cancer-pku.cn/)和OncoLnc 在線數(shù)據(jù)庫(http://www.oncolnc.org/)分析CDCA5與患者總體生存率(overall survival,OS)的關系,使用Kaplan Meier-plotter 在線數(shù)據(jù)庫(https://kmplot.com/analysis/)分析CDCA5與患者總體生存率(overall survival,OS)和進展后生存率(post progression survival,PPS)的關系。根據(jù)TCGA-LUAD 數(shù)據(jù)集中肺腺癌患者的生存數(shù)據(jù),結合CDCA5的表達量,使用單因素和多因素cox 回歸分析CDCA5在肺腺癌患者中的預后價值。

        1.3 基因富集分析

        使用GSEA 4.0.2 軟件進行基因富集分析。以MsigDB(Molecular Signature Database)數(shù)據(jù)庫中的c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt 數(shù)據(jù)集作為功能基因集。采用缺省加權富集統(tǒng)計的方法,隨機組合次數(shù)設1 000 次。以P<0.05 和錯誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,F(xiàn)DR)小于0.05 的基因集作為顯著富集的基因集。

        1.4 統(tǒng)計學分析

        使用Mann-Whitney U 檢驗分析CDCA5在肺腺癌樣本和肺正常組織樣本中的表達差異;使用卡方檢驗分析CDCA5表達與患者臨床特征的相關性;生存分析使用log rank 檢驗;cox 比例風險回歸模型用于評價CDCA5的預后意義。以P<0.05為差異具有統(tǒng)計學意義。

        2 結果

        2.1 CDCA5 在肺腺癌組織中表達顯著上調

        在TCGA-LUAD 數(shù)據(jù)集中,肺腺癌組織的CDCA5表達水平顯著高于正常組織,差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.05)(圖1A)。在57 對配對的肺腺癌組織和癌旁組織中分析發(fā)現(xiàn),CDCA5在肺腺癌組織中顯著上調,差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.05)(圖1B)。在GEPIA 數(shù)據(jù)庫中,共有483 例肺腺癌組織樣本、347 例正常肺組織樣本,結果也顯示CDCA5在肺腺癌組織中顯著上調表達(P<0.05)。圖1C。

        圖1 CDCA5 在肺腺癌組織和正常肺組織樣本中的表達差異分析Figure 1 Differential analysis of CDCA5 expression in lung adenocarcinoma and normal lung tissue samples

        2.2 CDCA5 與肺腺癌患者臨床病理特征的聯(lián)系

        相關性分析顯示CDCA5在肺腺癌患者中的表達與Stage 分期(P=0.003)和淋巴結浸潤(P=0.016)有關。見表1。

        表1 CDCA5 表達與患者臨床特征的相關性分析[n(%)]Table 1 Correlation analysis of clinical characteristics between CDCA5 expression and patients[n(%)]

        2.3 CDCA5 高表達提示患者預后不良

        在GEPIA 數(shù)據(jù)庫中,CDCA5的表達水平與患者的總體生存率相關,高表達提示預后不良(P=0.006)(圖2A);OncoLnc 數(shù)據(jù)庫分析結果顯示CDCA5的表達也與患者的總體生存率相關(P=0.003)(圖2B);Kaplan Meier-plotter 數(shù)據(jù)庫分析結果表明高表達的CDCA5 與肺腺癌患者的總體生存率(HR=2.04,95%CI:1.72~2.42,P<0.05)(圖2C)和進展后生存率(HR=1.67,95%CI:1.08~2.58,P=0.020)正相關(圖2D)。

        圖2 CDCA5 與肺腺癌患者預后的相關性分析Figure 2 Prognosis analysis between CDCA5 expression and lung adenocarcinoma

        在TCGA-LUAD 數(shù)據(jù)集中,單因素cox 回歸分析結果顯示,Stage 分期、T 分期、N 分期和CDCA5均可以作為肺腺癌潛在的預后因素(P<0.001)。而多因素cox 回歸分析結果提示,只有Stage 分期(HR=1.90,95%CI:1.18~3.04,P=0.010)和CDCA5表達(HR=1.28,95%CI:1.06~1.54,P=0.010)可以作為肺腺癌的獨立預后因素。見表2。

        表2 單因素和多因素cox 回歸分析Table 2 Univariate and multivariate cox regression analysis

        2.4 GESA 富集分析結果

        GSEA 分析結果顯示,CDCA5主要參與了22 條信號途徑(P<0.05,F(xiàn)DR<0.05)。其中包括了細胞周期、DNA 復制、錯配修復、同源重復、RNA 降解和P53 信號通路等和致癌相關的途徑。見表3、圖4。

        表3 GSEA 富集分析結果Table 3 Results of GSEA enrichment analysis

        圖4 CDCA5 基因高表達樣本相關富集基因集Figure 4 High expression of CDCA5 gene in samples correlated with enrichment of gene sets

        3 討論

        細胞分裂周期相關(cell division cycle-associated,CDCA)蛋白家族由8 個成員組成(CDCA1-8)。其中CDCA5基因位于染色體11q13.1,它在間期細胞的細胞核中表達,在有絲分裂中從染色質中分散,并與內聚蛋白復合物相互作用[4,9-11]。在培養(yǎng)的細胞中,敲除CDCA5會導致有絲分裂停滯和姐妹染色單體粘聚失?。?2]。CDCA5是姐妹染色單體粘聚和分離的主要調節(jié)因子,主要作用是穩(wěn)定姐妹染色單體,調節(jié)有絲分裂,維持基因組的完整性和穩(wěn)定性[4]。研究表明,細胞分裂過程中的障礙會導致癌癥的發(fā)生[13-14],因此CDCA5在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中的作用也受到了研究者的關注[15-17]。然而,目前對CDCA5在肺腺癌中的研究鮮有報道。

        Phan 等研究者[6]通過利用生物信息學分析發(fā)現(xiàn),CDCA5在乳腺癌組織中異常表達,高表達CDCA5的患者3年生存率低于50%。在肝細胞癌組織中,CDCA5mRNA 和蛋白表達也明顯均高于正常組織,且與患者的組織學分級、腫瘤大小和TNM 分期等顯著相關[15-18];Kaplan-Meier 生存分析顯示,CDCA5 表達升高的患者的總體生存率較短[19]。機制分析表明,CDCA5可以通過AKT 通路促進肝細胞癌細胞增殖,從而促進了腫瘤發(fā)生[20]。在胃癌中,CDCA5可以通過影響Cyclin E1的表達而影響細胞周期,在胃癌的進展中起到關鍵作用[7]。CDCA5還可以通過激活ERK 信號通路促進結直腸癌進展[8]。高表達的CDCA5也與上尿路和膀胱尿路上皮癌患者的疾病特異性生存(disease free survival,DSS)和無轉移生存(metastatic free survival,MeFS)顯著相關[5]。這些研究結果都表明了CDCA5在腫瘤中扮演了重要的角色,可作為人類腫瘤的新型分子標志物。

        本研究利用GESA 分析發(fā)現(xiàn),CDCA5在肺腺癌中參與多種分子途徑,因此沉默CDCA5的表達,阻斷CDCA5介導的致癌途徑或許也可成為肺腺癌的治療策略。

        綜上所述,CDCA5在肺腺癌中異常表達上調,并與肺腺癌患者的惡性進展相關,高表達的CDCA5提示患者預后不良。CDCA5可以作為肺腺癌的獨立預后因素,并且有望成為肺腺癌治療的分子策略。

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