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        5754例臨床標(biāo)本CYP2C19、ALDH2、MTHFR基因檢測(cè)結(jié)果分析

        2021-01-05 08:40:20趙婧岳鵬邢國(guó)征于洪遠(yuǎn)
        生物技術(shù)通訊 2020年5期
        關(guān)鍵詞:多態(tài)性基因型標(biāo)本

        趙婧,岳鵬,邢國(guó)征,于洪遠(yuǎn)

        1.北京航天總醫(yī)院 檢驗(yàn)科,北京 100076;2.解放軍總醫(yī)院 京北醫(yī)療區(qū)陽(yáng)坊門(mén)診部,北京 102205

        臨床精準(zhǔn)用藥、個(gè)體化制定用藥方案已被廣泛應(yīng)用于臨床實(shí)踐[1]。對(duì)于相關(guān)用藥的患者群體,基因檢測(cè)時(shí)機(jī)當(dāng)如何選擇將成為越來(lái)越有意義的課題。細(xì)胞色素P450是人體代謝外源性化學(xué)物質(zhì)的關(guān)鍵酶[2],CYP2C19作為其家族成員,是人體重要的藥物代謝酶[3],該酶基因多態(tài)性與酶活性密切相關(guān)[4],許多內(nèi)源性底物、污染物以及大約2%的藥物都由CYP2C19催化代謝,亞洲人群中CYP2C19基因*2和*3是最主要的2個(gè)功能缺失型等位基因[5]。線粒體乙醛脫氫酶2(aldehyde dehydrogenase 2,ALDH2)是體內(nèi)參與酒精代謝過(guò)程中的關(guān)鍵酶,也是硝酸甘油代謝中的關(guān)鍵酶[6],該基因點(diǎn)突變后可分為野生型(GG型)和突變型(GA或AA型)。研究表明,ALDH2突變是中國(guó)人高血壓的易感因素[7-8],并且會(huì)加速冠心病的病程進(jìn)展[9]。亞甲基四氫葉酸還原酶(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)是葉酸代謝的關(guān)鍵酶,也是同型半胱氨酸(homocysteine,Hcy)代謝途徑中的關(guān)鍵酶,其中以C677T位堿基突變最為常見(jiàn)[10]。

        生物芯片識(shí)讀法檢測(cè)藥物基因是在臨床中廣泛應(yīng)用,特異性高于實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)。自2019年6月15日北京市醫(yī)改政策執(zhí)行后,藥物基因檢測(cè)收費(fèi)大幅降低,為有需要檢測(cè)的患者提供了福利。我院地處北京城南地區(qū),相對(duì)人口流動(dòng)較小。本研究對(duì)2016~2019年本院所有檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行了整理分析,對(duì)比全國(guó)其他地區(qū)統(tǒng)計(jì)結(jié)論,以進(jìn)一步了解北京市南城地區(qū)就診人群中藥物基因分型的分布情況,探討其與臨床用藥及疾病的治療關(guān)系,以期為臨床醫(yī)師提供用藥參考。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料

        通過(guò)實(shí)驗(yàn)室信息系統(tǒng)(LIS)統(tǒng)計(jì)出自2016年3月至2019年4月行藥物基因檢測(cè)標(biāo)本共計(jì)5754例,其中男性患者3350例、女性患者2419例,年齡16~107歲,平均年齡67.85歲。

        1.2 材料

        DNA提取純化試劑盒、CYP2C19基因檢測(cè)試劑盒(DNA微陣列芯片法)、BR-526-24全自動(dòng)雜交儀、BE-3.0生物芯片識(shí)讀儀、基因芯片圖像分析軟件(上海百傲科技股份有限公司);SLAN-96P型PCR儀(上海宏石醫(yī)療科技有限公司)。

        1.3 基因擴(kuò)增及雜交

        EDTA抗凝管采集外周靜脈血全血標(biāo)本,吸附柱法提取基因組DNA,配置PCR反應(yīng)體系,于PCR儀上進(jìn)行基因擴(kuò)增,擴(kuò)增出含有目的基因的大量單鏈DNA,在聯(lián)排管內(nèi)建立雜交體系,與基因芯片共同置于全自動(dòng)雜交儀中進(jìn)行雜交,雜交結(jié)束后用生物芯片識(shí)讀儀讀取基因分型結(jié)果。

        1.4 CYP2C19、ALDH2、MTHFR基因型判定

        應(yīng)用CYP2C19基因圖像分析軟件行數(shù)據(jù)分析,對(duì)送檢標(biāo)本基因型進(jìn)行判定。CYP2C19基因的DNA序列差異主要是外顯子4上由*1(636)變成*3(636)和外顯子5上由*1(681)變成*2(681),共6種基因型,分為快代謝型、中間代謝型和慢代謝型(表1)。

        應(yīng)用ALDH2、MTHFR基因圖像分析軟件行數(shù)據(jù)分析,對(duì)送檢標(biāo)本基因型進(jìn)行判定。ALDH2、MTHFR各分為3種基因型,各基因型的酶活性有較大差異(表2)。

        表1 CYP2C19基因分型

        表2 ALDH2、MTHFR基因分型

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

        用SPSS 19.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)處理,組間基因型頻率及等位基因頻率的差異用χ2檢驗(yàn),P<0.05認(rèn)為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 CYP2C19、ALDH2、MTHFR基因型測(cè)定結(jié)果

        CYP2C19基因掃描結(jié)果顯示為6種基因型,即*1/*1、*1/*2、*1/*3、*2/*2、*2/*3、*3/*3;ALDH2基因掃描結(jié)果顯示3種基因型,即Glu504Glu(*1/*1)、Glu504Lys(*1/*2)、Lys504Lys(*2/*2);MTHFR顯示為3種基因型,即CC、CT、TT(圖1)。

        2.2 5754例藥物基因檢驗(yàn)結(jié)果統(tǒng)計(jì)

        將5754例臨床檢驗(yàn)樣本結(jié)果進(jìn)行回顧性分析(表3)。行CYP2C19基因檢測(cè)4692例、ALDH2基因檢測(cè)1006例、MTHFR基因檢測(cè)2139例,543例標(biāo)本為3種基因共檢。3種基因野生純合型分別檢出41.6%、71.1%、18.9%。

        CYP2C19基因快代謝型、中間代謝型和慢代謝型檢出率分別為41.6%、45.9%和12.5%。

        ALDH2中GG、GA、AA型分別檢出715、264、27例,檢出率分別為71.1%、26.2%、2.7%,提示其中26.2%不可用或慎用硝酸甘油,并且這類(lèi)人群對(duì)酒精的解毒能力差[11];2.7%的AA型對(duì)硝酸甘油無(wú)效,且對(duì)酒精的解毒能力很差。

        表3 5747例藥物基因結(jié)果回顧

        圖l CYP2C19、ALDH2和MTHFR基因型掃描結(jié)果

        MTHFR送檢的2139例標(biāo)本中,CC、CT、TT型分別檢出404、959、776例,分別占18.9%、44.8%、36.3%。36.3%的TT型患高Hcy血癥的風(fēng)險(xiǎn)高,葉酸治療時(shí)應(yīng)增加劑量。

        根據(jù)送檢標(biāo)本類(lèi)別分析,病房送檢例數(shù)明顯高于門(mén)診,考慮與基因檢測(cè)項(xiàng)目收費(fèi)較高有關(guān),門(mén)診患者的接受能力低于住院患者,但并不提示門(mén)診患者的需求低于住院患者,比較病房和門(mén)診檢出各基因型檢出頻率,兩者差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。

        根據(jù)送檢標(biāo)本性別分析,CYP2C19基因送檢標(biāo)本中女性患者占比44.1%,男性占比55.9%;ALDH2送檢標(biāo)本中女性患者占比40.6%,男性占比59.4%;MTHFR送檢標(biāo)本中女性患者占比41.3%,男性占比58.7%。3個(gè)基因送檢標(biāo)本男性均多于女性,但不同性別間各基因型頻率差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。

        按照世界衛(wèi)生組織以全球人體素質(zhì)和平均壽命的測(cè)定對(duì)年齡進(jìn)行劃分,可將人的一生分為5個(gè)年齡段,即青年(≤44歲)、中老年(45~59歲)、年輕的老人(60~74歲)、老年人(75~89歲)、長(zhǎng)壽老年人(≥90歲)。將送檢的5747例標(biāo)本按如上規(guī)則進(jìn)行統(tǒng)計(jì),可以清楚地看到各個(gè)基因型以老年人即75~89歲年齡段就診人群臨床送檢率較高。各年齡段3種基因分型的檢出頻率無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P>0.05)。因此,建議早期確定基因型制定個(gè)體化用藥劑量,減少藥物不良后果的發(fā)生,對(duì)疾病治療及預(yù)后有積極意義。

        2.3 根據(jù)臨床診斷結(jié)果統(tǒng)計(jì)

        通過(guò)單因素方差分析,臨床送檢的5747例藥物基因檢測(cè)給出的診斷主要包括頭暈(1437例)、(急性)腦梗死(1444例)、高血壓(629例)、腦血管?。?33例)、心絞痛(336例)、冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟?。?18例)、急性心肌梗死(54例)、胸痛(142例)、心悸/胸悶(97例)、支架術(shù)后(39例)、高脂血癥(108例)、糖尿?。?11例)、肺部感染/肺炎(373例)、胃炎(244例)、消化性潰瘍(197例)、消化道出血(106例)、反酸(102例)等,部分標(biāo)本同時(shí)包含如上2個(gè)以上診斷,表明目前進(jìn)行藥物基因檢測(cè)的臨床應(yīng)用較廣。以腦梗和冠心病的患者送檢率最高。

        2.4 CYP2C19基因科室分布及各基因多態(tài)性

        3個(gè)基因檢測(cè)中以CYP2C19收集數(shù)據(jù)最多(4692例),送檢標(biāo)本主要來(lái)自神經(jīng)內(nèi)科和心內(nèi)科(表4、5),心內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科慢代謝型檢出率分別為10.4%、11.6%,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。消化科快代謝型、中間代謝性檢出率分別為38.9%、42.4%,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。心內(nèi)科慢代謝基因型檢出160例,占比3.41%,CYP2C19是導(dǎo)致氯吡格雷療效減弱甚至治療失敗的主要影響因素之一[12],提示這類(lèi)人群在使用新型抗凝藥物氯吡格雷時(shí)治療效果差,需要加大劑量或選擇其他抗凝藥物治療。神經(jīng)內(nèi)科檢出239例,慢代謝型檢出率為13.23%,抗癲癇藥物丙戊酸治療窗窄,代謝產(chǎn)物有肝毒性,這類(lèi)人群使用較小劑量或正常劑量可達(dá)到理想的治療效果。CYP2C19的基因多態(tài)性影響質(zhì)子泵抑制劑(proton pump inhibitor,PPI)類(lèi)相關(guān)藥物奧美拉唑在不同患者中的清除率[13],4692例標(biāo)本中快代謝型及中等代謝型分別檢出1948和2156例,分別占比41.5%和46.0%。其中消化科送檢標(biāo)本中快代謝型及中等代謝型共檢出481例,占81.3%,提示這類(lèi)人群在使用奧美拉唑等藥物治療時(shí)療效差,需要增加藥物劑量或者換藥;而ALDH2突變型人群應(yīng)避免飲酒,調(diào)整生活方式降低卒中風(fēng)險(xiǎn)[11]。CYP2C19基因型是影響伏立康唑藥代動(dòng)力學(xué)的主要因素[14],對(duì)于呼吸科、皮膚科等快代謝型(41.6%)使用抗真菌藥物伏立康唑的患者需要增加藥物使用劑量,或者調(diào)整抗真菌藥物。

        表4 CYP2C19基因檢測(cè)結(jié)果科室分布[n(%)]

        單核苷酸多態(tài)性分布顯示,CYP2C19基因681位點(diǎn)G>A堿基突變率(30.2%)明顯高于636位點(diǎn)的G>A堿基突變率(5.2%),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.01)(表 6)。ALDH2(Glu504Lys)基因位點(diǎn)G>A(1694>318)突變率為15.8%,MTHFR(C677T)基因位點(diǎn)C<T(1767<2511)突變率為58.7%。

        3 討論

        據(jù)世界衛(wèi)生組織公布的數(shù)據(jù),各國(guó)住院患者發(fā)生藥物不良反應(yīng)的比例為10%~20%,約5%的患者死于嚴(yán)重藥物不良反應(yīng)。個(gè)體化醫(yī)療最大的好處就是節(jié)約醫(yī)保費(fèi)用。隨著基因研究的不斷深入,單核苷酸多態(tài)性逐漸能更好地對(duì)個(gè)體表型差異、疾病易感性、藥物代謝能力做出解釋[8]。

        CYP2C19是人體中重要的藥物代謝酶,亞洲人CYP2C19變異率明顯高于歐洲人[15],CYP2C19*2等位基因在高加索白人中約占12%,美國(guó)黑人中約占15%,亞洲人占29%~35%[16]。本研究表明,北京南城地區(qū)CYP2C19*2等位基因占30.2%。CYP2C19*3亞洲人比例為2%~9%,其他種族人群約為1%以下,所占比例較低,關(guān)注該功能缺失基因?qū)τ趤喼奕巳旱囊饬x更大[17]。本研究結(jié)果顯示,北京南城地區(qū)CYP2C19*3比例為5.1%,提示攜帶該功能缺失的基因較多。

        表5 CYP2C19基因型別科室分布頻率[n(%)]

        表6 CYP2C19基因多態(tài)性分布[n(%)]

        乙醛脫氫酶2是重要的乙醇代謝酶,可參與醛類(lèi)物質(zhì)的清除、能量代謝、脂質(zhì)代謝、氧化應(yīng)激和細(xì)胞凋亡等多種生理病理過(guò)程[18]。ALDH2基因多態(tài)性存在種族差異,白人罕見(jiàn)突變者,東亞人群突變者常見(jiàn)[19]。中國(guó)人群中,61%為GG型,32%為GA型,7%為AA型[20]。本研究顯示,1006例ALDH2中檢出GG型715例占71.1%、GA型264例占26.2%、AA型27例占2.7%,Glu504Lys位點(diǎn)G>A(1694>318)堿基突變率為15.8%。表明北京南城地區(qū)ALDH2基因突變率較低。

        MTHFR與甲硫氨酸合成還原酶(MTRR)一起維持機(jī)體內(nèi)葉酸正常代謝[21]。MTHFR基因異常的人酶活性明顯降低,造成葉酸代謝障礙,導(dǎo)致新生兒神經(jīng)管畸形、唐氏綜合征、唇腭裂及心血管等疾病[22]的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)明顯增高[22]。C677T位點(diǎn)突變是目前發(fā)現(xiàn)的該基因中最常見(jiàn)的不耐熱錯(cuò)義突變[23]。據(jù)報(bào)道,MTHFR基因C677T突變與缺血性腦血管病密切相關(guān)[24]。MTHFR C677T基因突變率在不同人種中不同,我國(guó)C677T基因型約占25%,明顯高于歐美國(guó)家[25];Yang等[26]研究表明我國(guó)漢族人TT基因型為23.2%,且北方人群高于南方。本研究發(fā)現(xiàn),我院MTHFR送檢的2139例標(biāo)本中,TT型776例占36.3%,明顯高于我國(guó)平均檢出率,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。MTHFR(C677T)基因位點(diǎn)C<T(1767<2511)堿基突變率為58.7%,提示北京南城地區(qū)該基因突變率高,對(duì)于高危人群或使用經(jīng)該途徑代謝的藥物應(yīng)積極檢測(cè)該基因,明確疾病風(fēng)險(xiǎn),實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)用藥。

        本研究是對(duì)臨床送檢樣本進(jìn)行整理回顧分析,由于信息采集來(lái)自臨床標(biāo)本,非隨機(jī)對(duì)照研究,未系統(tǒng)調(diào)查研究對(duì)象飲酒史、吸煙史及藥物治療史等,存在設(shè)計(jì)缺陷,結(jié)論有一定的偏倚,還應(yīng)增加信息量,擴(kuò)充臨床資料以備進(jìn)一步研究。

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