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        血漿外泌體提取方法的比較

        2021-01-04 03:28:00呂麗華朱麗娜楊文靜金安莉王蓓麗潘柏申
        檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2020年12期
        關(guān)鍵詞:超速離心沉淀法外泌體

        呂麗華, 朱麗娜, 王 皓, 楊文靜, 金安莉, 王蓓麗, 潘柏申, 郭 瑋

        (復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院檢驗(yàn)科,上海 200032)

        細(xì)胞外囊泡是由細(xì)胞分泌的磷脂雙分子囊泡,外泌體是細(xì)胞外囊泡的一個(gè)重要分群,是直徑為40~100 nm的膜性囊泡狀小體[1]。外泌體是經(jīng)細(xì)胞的內(nèi)吞運(yùn)輸途徑形成的,在形成過程中會攜帶細(xì)胞來源的活性分子,如核酸、蛋白質(zhì)、脂質(zhì)等,可介導(dǎo)細(xì)胞之間的信號交流,在腫瘤、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、心血管疾病等的發(fā)生、發(fā)展過程發(fā)揮重要作用[2-3]。外泌體的分離和鑒定對于研究其生物學(xué)功能及尋找疾病標(biāo)志物是最基礎(chǔ)也是最關(guān)鍵的步驟。目前,外泌體的提取方法包括超速離心法、膜親和法、沉淀法、免疫磁珠法、超濾法、排阻色譜法等[4-5]。本研究擬選擇超速離心法、膜親和法、沉淀法提取并鑒定血漿外泌體,旨在了解及驗(yàn)證不同方法提取血漿外泌體的效率。

        1 材料和方法

        1.1 研究對象

        隨機(jī)選取2018年12月—2019年2月復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院進(jìn)行體檢的表面健康者8名,其中男4名、女4名,年齡21~36歲,所有對象體檢結(jié)果均在參考區(qū)間內(nèi)。采集所有對象靜脈血10 mL,乙二胺四乙酸二鉀抗凝,1 000×g離心10 min,分離血漿,然后4 ℃ 13 000×g離心15 min,用0.22 μm濾器過濾,按1 mL/管分裝,置于-80 ℃凍存。本研究經(jīng)復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院醫(yī)學(xué)倫理委員會批準(zhǔn),所有對象均簽署知情同意書。

        1.2 儀器與試劑

        ExoQuick試劑盒(沉淀法)購自美國System Biosciences公司。exoRNeasy Serum/Plasma Midi Kit(膜親和法)購自美國QIAGEN公司。蛋白濃度測定試劑盒為Detergent Compatible Bradford Assay Kit,購自美國ThermoFisher Scientific公司。一抗抗體:CD63、TSG101購自美國Abcam公司,CD9購自美國CST公司;二抗抗體:辣根過氧化物酶標(biāo)記的羊抗鼠IgG抗體、羊抗兔IgG抗體購自上海碧云天公司。 N30納米流式檢測儀(廈門福流生物科技有限公司),Zetasizer Nano ZS納米粒度及Zeta電位儀(英國Malvern公司),Tecnai Spirit G2 BioTWIN透射電子顯微鏡(簡稱透射電鏡,美國ThermoFisher Scientific公司)。

        1.3 血漿外泌體提取

        取出凍存于-80 ℃的血漿,冰上融化,取1 mL,分別利用超速離心法、膜親和法和沉淀法提取血漿外泌體。

        1.3.1 超速離心法 將1 mL血漿用36 mL 磷酸鹽緩沖液(phosphate-buffered saline,PBS)稀釋,加入L-100XP超速離心機(jī)(SW32Ti轉(zhuǎn)子,美國貝克曼庫爾特公司)的超速離心管中,配平,4 ℃ 100 000×g離心2 h,將上清緩慢吸去,留取最后1 mL沉淀,渦旋震蕩混勻,吸取至SW41Ti轉(zhuǎn)子配套的離心管中,用6 mL PBS稀釋,裝滿離心管,配平,再次4 ℃ 100 000×g離心2 h,緩慢吸去上清,最終用100 μL PBS重懸沉淀。

        1.3.2 沉淀法 按ExoQuick試劑盒說明書要求,吸取1 mL血漿,加入沉淀劑253 μL,吹吸混勻,4 ℃靜置30 min,1 500×g離心30 min,棄上清,管底沉淀用100 μL PBS重懸沉淀。

        1.3.3 膜親和法 按照說明書要求,將Buffer XBP與過濾后的1 mL血漿樣本1∶1混勻后,轉(zhuǎn)移至分離柱中,500×g離心1 min,棄廢液;加入10 mL Buffer XWP至分離柱,5 000×g離心5 min;將分離柱轉(zhuǎn)移至新的收集管中,加入100 μL PBS至膜中央,室溫孵育5 min后,5 000×g離心5 min,所得樣本即為外泌體。

        1.4 外泌體生物學(xué)特征鑒定與分析

        1.4.1 外泌體的形態(tài) 取20 μL外泌體重懸液滴于電鏡專用銅網(wǎng)上,靜置3 min。隨后用2 %磷鎢酸溶液復(fù)染,室溫靜置5 min,用吸水濾紙吸干殘留的多余液體,在60 W白熾燈下靜置2~3 min,待樣本干燥后,置于透射電鏡下觀察形態(tài)。

        1.4.2 外泌體的顆粒直徑 將已知直徑的熒光二氧化硅納米顆粒與外泌體樣本混合后,在N30納米流式檢測儀上選用波長為532 nm的激光器,檢測通道為散射通道和PE熒光通道,對樣本混合體系進(jìn)行檢測。以系列二氧化硅納米顆粒的直徑及散射光強(qiáng)度繪制出標(biāo)準(zhǔn)工作曲線,對外泌體的折射率差異進(jìn)行校正,將外泌體的散射光強(qiáng)度轉(zhuǎn)變?yōu)橹睆絽?shù),并計(jì)算出外泌體的顆粒直徑。

        1.4.3 外泌體動態(tài)光散射分析及Zeta電位測定 Zetasizer Nano ZS納米粒度及Zeta電位儀利用動態(tài)光散射法原理分析樣本的粒徑分布情況,即體系中的顆粒因布朗運(yùn)動而產(chǎn)生的散射光強(qiáng)度變化,檢測器將散射光信號轉(zhuǎn)化為電流信號,再通過數(shù)字相關(guān)器的運(yùn)算得到顆粒在溶液中的擴(kuò)散系數(shù),最后計(jì)算出顆粒直徑大小及其分布。將制備的外泌體懸液用PBS稀釋,渦旋震蕩混勻,置于樣本池中。運(yùn)用Zetasizer軟件分析不同方法提取的外泌體的直徑范圍及Zeta電位。

        1.4.4 外泌體蛋白的鑒定分析 外泌體蛋白懸液采用二喹啉甲酸(bicinchoninic acid,BCA)法進(jìn)行定量檢測,隨后進(jìn)行十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS -PAGE),濕轉(zhuǎn)1.5 h,5%牛血清白蛋白室溫封閉2 h,三羥甲基氨基甲烷-吐溫(trishydroxymethyl aminomethane-Tween,TBST)緩沖液洗滌,孵育一抗(1∶1 000),4 ℃孵育過夜。TBST緩沖液洗滌后加入相應(yīng)二抗,室溫孵育1 h,隨后采用電化學(xué)發(fā)光法進(jìn)行顯影。

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        采用SPSS 24.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。采用Kolmogorov-Smirnov檢驗(yàn)對計(jì)量資料進(jìn)行正態(tài)性分析。非正態(tài)分布的數(shù)據(jù)以中位數(shù)(M)[四分位數(shù)(P25~P75)]表示,采用Welch's ANOVA對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,事后檢驗(yàn)采用兩樣本不等方差t檢驗(yàn)[6]。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 透射電鏡鑒定3種方法提取的外泌體的形態(tài)

        超速離心法、沉淀法和膜親和法提取的外泌體在透射電鏡下均能觀察到立體膜結(jié)構(gòu),呈現(xiàn)出茶托樣或凹半球樣,大小為40~100 nm,分散或聚集分布,但沉淀法混有較多的聚乙二醇(polyethylene glycol,PEG)和蛋白的聚沉物。見圖1。

        2.2 外泌體的顆粒直徑

        采用N30納米流式檢測儀檢測外泌體的顆粒直徑。超速離心法、膜親和法、沉淀法提取的外泌體顆粒直徑分別為65.5(55.5~77.5)、73.5(61.5~101.5)、64.5(54.5~77.5)nm。親和法提取的外泌體直徑大于超速離心法和沉淀法(P<0.05)。見圖2。

        2.3 動態(tài)光散射法測定外泌體直徑及Zeta電位

        動態(tài)光散射法測定超速離心法、膜親和法、沉淀法提取的外泌體直徑分別為190.1(164.2~220.2)、295.3(220.2~396.1)、68.06(37.84~122.4)nm,大于N30納米流式儀的檢測結(jié)果。此外,3種方法提取的外泌體膜的Zeta電位均為負(fù)電荷,提示其均為膜結(jié)構(gòu)。見圖3。

        2.4 外泌體蛋白標(biāo)志物的鑒定

        免疫印跡法檢測結(jié)果表明,超速離心法、膜親和法、沉淀法提取的血漿外泌體均表達(dá)外泌體蛋白標(biāo)志物。見圖4。

        2.5 外泌體提取效率評估及經(jīng)濟(jì)性比較

        圖2 超速離心法、沉淀法和膜親和法提取的外泌體粒徑分布

        圖3 動態(tài)光散射法檢測外泌體的粒徑及Zeta電位

        圖4 免疫印跡法鑒定外泌體蛋白標(biāo)志物

        沉淀法提取的血漿外泌體蛋白總量和外泌體顆粒數(shù)均高于超速離心法和膜親和法(P<0.05)。以外泌體顆粒數(shù)/蛋白總量比值表示外泌體的提取純度。超速離心法的提取純度高于膜親和法和沉淀法(P<0.05)。超速離心法耗時(shí)且成本高,親和法耗時(shí)最少、成本中等,沉淀法成本最低。見圖5。

        圖5 超速離心法、膜親和法、沉淀法提取外泌體的效率及經(jīng)濟(jì)性比較

        3 討論

        外泌體參與了細(xì)胞之間的信號交流,在疾病的發(fā)生、發(fā)展中起重要作用,選擇合適的提取方法是研究外泌體的第一步。國際細(xì)胞外囊泡協(xié)會導(dǎo)則提出,鑒定樣本中存在細(xì)胞外囊泡的實(shí)驗(yàn)要求至少包括:(1)使用電子顯微鏡等對樣本進(jìn)行成像分析,證實(shí)膜泡結(jié)構(gòu);(2)通過納米級別的分析技術(shù)測定膜泡群體的粒徑情況;(3)使用免疫印跡法或流式等技術(shù)檢測囊泡的蛋白標(biāo)志物[7]。

        本研究采用超速離心法、膜親和法、沉淀法對血漿外泌體進(jìn)行提取和鑒定。結(jié)果顯示,在透射電鏡下,外泌體均為茶托樣或凹半球樣立體膜結(jié)構(gòu)。N30納米流式檢測儀的檢測結(jié)果顯示,膜親和法提取的外泌體直徑比超速離心法和沉淀法大。動態(tài)光散射法檢測結(jié)果提示3種方法提取的外泌體均為膜性結(jié)構(gòu)。超速離心法提取的血漿外泌體純度最高,但最耗時(shí)、成本較高;膜親和法提取步驟耗時(shí)最少、成本中等;沉淀法提取的血漿外泌體蛋白質(zhì)濃度和顆粒數(shù)量最高、成本最低,但提取的純度遠(yuǎn)低于超速離心法。

        采用透射電鏡觀察沉淀法提取的外泌體,提示有蛋白質(zhì)和PEG聚合物污染,與文獻(xiàn)報(bào)道[9]相符。這些聚沉物對后續(xù)外泌體生物功能研究是否有影響值得商榷。也有學(xué)者使用沉淀法在細(xì)胞培養(yǎng)基中提取出背景干凈、形態(tài)典型的外泌體[9],這可能與樣本自身、外泌體提取過程或電鏡樣本制備等有關(guān)。

        本研究采用N30納米流式檢測儀和動態(tài)光散射法對外泌體進(jìn)行單顆粒層面的分析,彌補(bǔ)了前者不能測定外泌體的Zeta電位及后者不能計(jì)算顆粒數(shù)的缺陷,3種方法得到的血漿外泌體大小與文獻(xiàn)報(bào)道[6,10]一致。雖然本研究動態(tài)光散射法測定外泌體的Zeta電位為負(fù)值,提示外泌體帶負(fù)電荷,可能為膜狀結(jié)構(gòu),但該方法測定的外泌體粒徑偏大。此外,該技術(shù)對外泌體的檢測不具有特異性,同時(shí)記錄了其他顆粒的信息。有研究結(jié)果顯示,動態(tài)光散射法對分布均一的單分散粒子群的檢測較準(zhǔn)確,但不適合細(xì)胞外囊泡的群體檢測[11]。

        超速離心法、膜親和法、沉淀法提取的血漿外泌體均表達(dá)標(biāo)志性蛋白。超速離心法和膜親和法提取的外泌體表達(dá)的蛋白純度較高,這是因?yàn)樵谔崛∵^程中,血漿經(jīng)過至少2次高倍數(shù)的稀釋,已去除大部分血漿蛋白的污染,但不排除最后吸取樣本時(shí)仍有殘留蛋白。沉淀法提取的外泌體蛋白濃度最高,粒子數(shù)最多,這可能是因?yàn)橹羷└患饷隗w的同時(shí)會有大量其他囊泡或非囊泡組分與其發(fā)生共沉淀,造成結(jié)果假性增高,出現(xiàn)“高回收率、低特異性”的情況[11]。因此,通過顆粒數(shù)/蛋白總量比值評估外泌體提取效率時(shí)[12],沉淀法的提取純度最低[13]。

        綜上所述,超速離心法作為最經(jīng)典的方法,外泌體提取純度高,適合于體積大且外泌體量多的樣本,及于對外泌體純度要求嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)??紤]到超速離心離法耗時(shí)長,1次檢測的樣本數(shù)量少,因此不適用于臨床常規(guī)檢測。膜親和法操作簡便、耗時(shí)短,也可有效提取外泌體,適用于外泌體RNA的相關(guān)研究[8]。沉淀法提取的外泌體量大,但混入的雜質(zhì)較多,不易分離出特異性外泌體。對于低豐度表達(dá)的外泌體分子,可采用多種提取方法聯(lián)合驗(yàn)證,提高其檢出率。研發(fā)新的提取方法、改良或結(jié)合現(xiàn)有方法,使外泌體分離達(dá)到“高回收率、高特異性”是未來的研究方向,可為外泌體真正應(yīng)用于臨床打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

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