羅 育 黃春喜 蔡丹昭 賀菽嘉 朱 丹
(1.廣西醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院, 廣西 南寧530021; 2.廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院藥學部, 廣西 南寧530021; 3.廣西醫(yī)科大學藥學院, 廣西 南寧530021)
腫節(jié)風為金粟蘭科草珊瑚屬植物草珊瑚Sarcandra glabra(Thunb.)Nakai 的干燥全草,又名九節(jié)茶、草珊瑚、九接風等,2015 年版《中國藥典》 收載其作為法定藥材[1]。腫節(jié)風為常用中藥,其浸膏及以腫節(jié)風作為原料的中成藥如腫節(jié)風片、血康口服液、萬通炎康片也收載入2015 年版《中國藥典》[1];腫節(jié)風注射液、新癀片、三蛇膽川貝膏及糖漿則收載入部頒藥品標準中[2]。腫節(jié)風作為我國傳統(tǒng)中藥材,對其相關研究主要集中在化學成分、藥理活性和臨床應用等方面[3?5]。現(xiàn)代藥理研究表明[6?7],腫節(jié)風具有抗菌、抗輻射、抗腫瘤、促進骨折愈合及鎮(zhèn)痛等多種藥理作用,尤其在治療腫瘤(胰腺癌、胃癌、直腸癌、肝癌、食道癌等)方面具有顯著效果[8?9],且具有較好的安全性[10]。
由于腫節(jié)風需求量較大,市場上出現(xiàn)了雞爪蘭、金粟蘭、及己等與腫節(jié)風功效不盡相同的混淆品,已影響腫節(jié)風的醫(yī)療用途,降低了其藥用價值。目前,對中藥材鑒別的方法主要有理化鑒別、性狀鑒別和顯微鑒別[11?14],若通過理化和性狀進行鑒別,其優(yōu)點是方法較可靠,但缺點是比較費時耗力,而若采用顯微結構進行鑒別,其局限性較大,原因是該方法要求實驗人員有較高的鑒別能力,還要有合理的鑒別依據(jù)。相比而言,分子鑒別法鑒別中藥材,具有準確性高,其技術經(jīng)培訓后實驗人員容易掌握,經(jīng)驗性少,且省時省力的優(yōu)點。
目前,應用分子鑒別法從基因水平對中藥材進行鑒定已有報道,常用的技術主要包括DNA 條形碼技術、DNA序列分析技術以及RAPD 技術等[15?19]。其中,DNA 條形碼技術是目前影響較大、應用較廣泛的DNA 鑒定技術,主要利用種間基因序列差異來進行物種鑒定[20],但目前尚未有一致的植物DNA 條形碼標準片段,也甚少應用于對腫節(jié)風進行鑒定,因此需要篩選針對腫節(jié)風基因組的特異條形碼并標準化,最終是否適用于腫節(jié)風有待實驗驗證,這將是本課題組下一步考慮的研究。RAPD 技術是一種有助于研究新發(fā)現(xiàn)或改良物種遺傳多樣性的技術,也經(jīng)常用于藥用植物或中草藥鑒定[21?25],但準確性低,而如果通過RAPD技術獲得SCAR 分子標記,可以提高特異性和穩(wěn)定性,雖然有時可能找不到特異的SCAR 分子標記,且需要大量的樣本數(shù)予以支持,但因所獲得的SCAR 分子標記可靠且易于使用,僅需PCR 和凝膠電泳便可以從電泳圖上直觀地反映鑒定結果,已被用于中草藥與其混淆品的區(qū)分,是鑒定中草藥的重要分子工具[26]。
本研究擬在分子水平上應用RAPD 技術及SCAR 分子鑒定標記對腫節(jié)風進行鑒別,以期找到能夠鑒別并區(qū)分其混淆品的特異引物,從理論上提供鑒定腫節(jié)風的新思路,并為鑒定腫節(jié)風及區(qū)分混淆品提供參考。
1.1 材料 9 種腫節(jié)風和3 種同科混淆品雞爪蘭、及己與金粟蘭來自廣西藥用植物園、廣西融水、融安及福建三明等地區(qū),由廣西中醫(yī)藥研究院賴茂祥研究員鑒定為正品,具體見表1,-20 ℃條件下貯藏于廣西醫(yī)科大學103 館2 樓綜合實驗室內(nèi)。
表1 不同來源腫節(jié)風及其部分同科植物基因組DNA 純度與濃度
1.2 方法
1.2.1 腫節(jié)風基因組DNA 提取 采用課題組前期改良CTAB 法[27]提取腫節(jié)風基因組DNA。選取適量細嫩葉片,液氮中研碎并分裝至EP 管中。加入1.5×CTAB 及β?巰基乙醇,混勻后,65 ℃恒溫反應30 min,12 000 r/min 離心10 min。將上層溶液吸取至另一EP 管中,加等體積氯仿/異戊醇(24 ∶1),混勻后12 000 r/min 離心10 min,吸取至另一EP 管中,加1/10 體積1×CTAB 和等體積的氯仿/異戊醇(24 ∶1),混勻后同條件離心10 min,吸取至另一EP管中,加等體積1×CTAB,混勻后65 ℃恒溫反應30 min,同條件離心10 min,去除溶液留沉淀,加NaCl 溶解,同條件離心10 min。將溶液吸取至合適的離心管中,加2.5 倍體積無水乙醇,混勻后-20 ℃靜置15 min,同條件離心5 min,去除溶液留沉淀,70% 乙醇漂洗,同條件離心10 min,去除溶液,揮干管中殘液后加適量超純水,即得DNA 溶液,于-20 ℃下保存。
1.2.2 腫節(jié)風基因組DNA 質量檢測 取適量DNA 提取液,上樣于1% 瓊脂糖凝膠,電泳緩沖液1×TAE,電壓100 V,電泳15 min,凝膠成像系統(tǒng)觀察并拍照。采用Quawell 3000 分析儀,直接讀取其A260/A280及濃度。
1.2.3 腫節(jié)風基因組DNA 進行RAPD 擴增[28]根據(jù)植物基因組DNA 特征,由Takara 公司提供的45 條隨機引物進行單一引物PCR 反應,反應體系包括10×緩沖液、Mg2+、dNTPs、胎牛血清蛋白、單一引物、Templates、rTaqDNA 聚合酶、超純水,反應程序為94 ℃預變性;94 ℃變性,36 ℃退火,72 ℃延伸,進行35 個循環(huán);最后補充延伸。產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳,觀察并拍照電泳結果。
1.2.4 腫節(jié)風SCAR 分子標記膠回收 用刀片將膠塊中的目的條帶切下,放置于已滅菌的1.5 mL 離心管中,稱定質量。按天根DNA 純化回收試劑盒說明書進行操作,回收產(chǎn)物通過瓊脂糖凝電泳進行檢測。
1.2.5 腫節(jié)風SCAR 分子標記的克隆、鑒定及測序 按照pEASY?T1 Cloning Kit(TransGen Biotech)的說明書進行連接反應,取3 μL 膠回收產(chǎn)物、1 μL 滅菌超純水、1 μLpEASY?T1,25 ℃保溫10 min。在上述連接產(chǎn)物中加入感受態(tài)細胞,冰上放置30 min,42 ℃水浴45 s,冰上放置2 min,加入細菌培養(yǎng)基,搖床中復蘇1 h,涂于平板上,37 ℃培養(yǎng)14~16 h,采用α?互補篩選攜帶重組質粒的細菌。
將重組菌落制成重組菌液,進行PCR 擴增,反應體系與程序同“1.2.3” 項。產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳,觀察并拍照電泳結果。
經(jīng)α?互補篩選及PCR 鑒定后,取陽性重組菌液置于滅菌離心管中,做好標記并用封口膠密封,送往武漢金開瑞生物工程有限公司進行雙向測序。
1.2.6 腫節(jié)風鑒定特異性引物設計 利用Vector NTI 軟件對測序進行比對,確定4 種不同產(chǎn)地腫節(jié)風分子標記的同源序列,腫節(jié)風樣本分別是廣西藥用植物園3~4 年栽培品、福建三明5 年栽培品、廣西融水4 年栽培品,按照引物設計原則[29],使用Primer Premier 5.0 軟件獲得評分高的引物,交由公司合成。
1.2.7 腫節(jié)風SCAR 分子標記特異性引物驗證 以表1 中9 種腫節(jié)風及雞爪蘭、及己與金粟蘭等3 種同科易混淆植物基因組DNA 為模板,使用自行設計引物進行PCR 反應,引物序列分別為S41?正向,5′?ATTTCCCATCCATCGTCG?3′;S41?反向,5′?CCTCCTCTTCCTGCTCCA?3′,反應體 系包括10×緩沖液、Mg2+、dNTPs、引物、Templates、rTaq DNA 聚合酶、超純水,反應程序為94 ℃預變性;94 ℃變性,53.8 ℃退火,72 ℃延伸,進行30 個循環(huán);最后補充延伸。產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳,觀察并拍照電泳結果。
2.1 腫節(jié)風基因組DNA 提取與質量檢測 不同來源的腫節(jié)風基因組DNA 電泳結果見圖1。由此可知,9 種腫節(jié)風及3 種同科易混淆植物基因組DNA 條帶清晰明亮,表明提取獲得的基因組DNA 純度較高,而且所含雜質較少,DNA分子完整。核酸蛋白分析儀測定腫節(jié)風基因組DNA 的相關數(shù)據(jù)見表1,顯示所有樣品基因組DNA 的OD260/OD280值均在1.7~2.0 之間,質量濃度在100~550 ng/μL 之間,表明提取到的基因組DNA 純度較高,質量較好,可作為后續(xù)PCR 擴增的模板。
圖1 不同來源腫節(jié)風及部分同科植物基因組DNA電泳結果
2.2 腫節(jié)風基因組DNA 進行RAPD 擴增 從S41號隨機引物擴增的結果中獲得SCAR 片段,見圖2,顯示4 種不同產(chǎn)地的腫節(jié)風樣本RAPD 擴增后出現(xiàn)一致片段(1 000~2 000 bp),重復擴增均有相同的結果。因其片段大小適中,故可以篩選作為SCAR 分子標記。
圖2 4 種不同產(chǎn)地腫節(jié)風RAPD 擴增結果
2.3 菌液PCR 鑒定 α?互補篩選出陽性克隆菌落后,PCR擴增陽性克隆菌落進行鑒定,見圖3。由此可知,在1 000~2 000 bp 之間均出現(xiàn)了擴增條帶,且是唯一的條帶,大小與圖2 一致,清晰明亮,表明S41引物擴增獲得的SCAR 分子標記已成功插入pEASY?T載體中,克隆完成。
2.4 特異性引物鑒定 采用測序合并Vector NTI 軟件分析SCAR 分子鑒定標記的堿基序列,長度為1 352 bp(GenBank 登記號為MN244913),此序列作為模板設計出鑒別引物,擴增9 種不同產(chǎn)地腫節(jié)風及3 種同科混淆品雞爪蘭、及己與金粟蘭等基因組DNA,見圖4。由此可知,9 種腫節(jié)風均出現(xiàn)有唯一條帶(大小約為500 bp),并與預期擴增長度相符;3 種同科混淆品沒有擴增條帶,因為該引物是從腫節(jié)風基因組DNA 的堿基序列中獲得,也說明其屬于腫節(jié)風與同科植物的鑒別引物。同時,獲得了一種新的可進行腫節(jié)風鑒別的SCAR 分子標記。
圖3 菌液PCR 擴增結果
圖4 9 種不同產(chǎn)地腫節(jié)風及3 種同科混淆品特異引物擴增
中草藥等藥用植物因其自身次生代謝物較復雜,提取基因組DNA 相對較為困難,若其中的次生代謝物不能有效去除,必將會影響到后續(xù)的PCR 擴增;本研究前期使用試劑盒提取腫節(jié)風基因組DNA,雖電泳檢測時能看到完整的DNA 條帶,但其A260/A280比值較差,均不在1.7~2.0 范圍,后續(xù)的PCR 擴增也得不到穩(wěn)定的條帶。鑒于此,本研究選擇了CTAB 法并加以改良,最終獲得完整、高質量的腫節(jié)風及其他科植物基因組DNA,并能用于后續(xù)的PCR 擴增。
本研究在解決了基因組DNA 質量的基礎上,通過隨機引物獲得腫節(jié)風RAPD 標記,克隆并篩選轉化為SCAR 標記,與GenBank 上其他物種植物基因組DNA 序列進行比對,顯示同源性較低,表明其屬于腫節(jié)風基因組DNA 中的特有序列;以此SCAR 標記為模板設計鑒別引物,PCR 擴增結果顯示對9 種不同產(chǎn)地腫節(jié)風樣本的DNA 具有特異性,而在其他同科植物的DNA 中沒有PCR 擴增結果,表明篩選到了可用于腫節(jié)風鑒別的特異性SCAR 分子標記,因此結合RAPD 和SCAR2 種分子標記技術,以期建立一種可以對腫節(jié)風與其混淆品鑒別的方法,為藥用植物以及其他植物物種的遺傳特性與鑒別提供參考。