首都醫(yī)科大學(xué)化學(xué)生物學(xué)與藥學(xué)院成立于2004年2月25日,2004年3月12日揭牌。2016年12月，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院”。藥學(xué)院在學(xué)校的統(tǒng)一規(guī)劃下采用了化學(xué)+生物學(xué)+基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)+臨床醫(yī)學(xué)的辦學(xué)模式，使學(xué)生具備深厚的化學(xué)、生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的背景，成為能夠從事藥物合成、藥物制劑、藥物檢驗(yàn)、藥品生產(chǎn)與營銷、新藥研制開發(fā)與質(zhì)量控制、臨床藥學(xué)等藥學(xué)研究、管理和教學(xué)的高級(jí)藥學(xué)人才。按照現(xiàn)代藥學(xué)的學(xué)科規(guī)范，學(xué)院設(shè)立了藥物化學(xué)系、藥劑學(xué)系、藥理學(xué)系、化學(xué)生物學(xué)系、天然藥物學(xué)系、臨床藥學(xué)系和實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心等六系一中心。2005年獲批“多肽及小分子藥物”北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2006年獲批北京市實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。2009年獲批教育部“內(nèi)源式預(yù)防藥物教育部工程研究中心”。2014年獲批國家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。2018年獲批教育部虛擬仿真實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。臨床藥學(xué)專業(yè)2018年通過教育部專業(yè)認(rèn)證，2019年獲批教育部認(rèn)證國家一流專業(yè)。

學(xué)院按照研究型學(xué)院的發(fā)展思路進(jìn)行人才梯隊(duì)建設(shè)，現(xiàn)有專任教師42人，其中正高級(jí)職稱11人，占總教師人數(shù)的26%；副高級(jí)職稱19人，占45%；博士生導(dǎo)師9人，占總?cè)藬?shù)的21%；碩士生導(dǎo)師19人，占總?cè)藬?shù)的45%；40人具有博士學(xué)位，占總?cè)藬?shù)的95%。學(xué)院教師大多具有博士學(xué)位和海外留學(xué)經(jīng)歷。2013年9月四年制藥學(xué)專業(yè)開始招生。2009年，新增本科專業(yè)“五年制臨床藥學(xué)專業(yè)”開始招生。目前學(xué)院在讀學(xué)生345人，其中博士研究生9人，碩士研究生60人。學(xué)院實(shí)施低年級(jí)學(xué)生導(dǎo)師制，在強(qiáng)調(diào)基礎(chǔ)性、綜合性、設(shè)計(jì)性和先進(jìn)性的前提下，培養(yǎng)學(xué)生創(chuàng)新能力，使畢業(yè)生在就業(yè)競爭中處于領(lǐng)先位置，為全國各大三甲醫(yī)院、藥物研究單位、藥物管理部門、制藥企業(yè)和社會(huì)藥房培養(yǎng)大量優(yōu)秀畢業(yè)生。研究生教育主要為制藥企業(yè)培養(yǎng)高級(jí)研發(fā)人員，為大學(xué)和研究院所輸送中、高級(jí)藥學(xué)人才。建院以來，畢業(yè)生就業(yè)率始終保持在97%以上。

學(xué)院在學(xué)科建設(shè)中采取重點(diǎn)發(fā)展以優(yōu)勢學(xué)科帶頭人為支撐的優(yōu)勢學(xué)科、優(yōu)先扶持新興學(xué)科的學(xué)科建設(shè)策略。著力推進(jìn)在國外知名雜志上發(fā)表學(xué)術(shù)論文及申請(qǐng)國家發(fā)明專利。已獲國家973項(xiàng)目1項(xiàng)，國家863青年科學(xué)家項(xiàng)目1項(xiàng)；“十一五”重大新藥創(chuàng)制子課題2項(xiàng)；“十二五”重大新藥創(chuàng)制子課題1項(xiàng)；“十三五”重大新藥創(chuàng)制子任務(wù)3項(xiàng)；國家自然科學(xué)基金39項(xiàng)；北京市自然科學(xué)基金32項(xiàng)；北京市科委培育項(xiàng)目1項(xiàng)；北京市教委高校提升計(jì)劃項(xiàng)目2項(xiàng)；發(fā)表SCI論文241篇，申請(qǐng)發(fā)明專利536項(xiàng)(其中獲授權(quán)194項(xiàng))，獲北京市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。

建院十多年來，始終堅(jiān)持“小心求證做一流學(xué)問，大膽創(chuàng)新育頂尖人才”的建院宗旨。在2016年的國務(wù)院學(xué)位辦學(xué)科評(píng)估中，藥學(xué)專業(yè)排名居國內(nèi)領(lǐng)先地位。