基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是校本部規(guī)模最大的綜合性學(xué)院。學(xué)院擁有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和生物學(xué)2個北京市重點一級學(xué)科，下設(shè)11個學(xué)系(二級學(xué)科)和1個基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心，其中神經(jīng)生物學(xué)學(xué)科為國家重點學(xué)科，3個學(xué)科進(jìn)入ESI前5‰，2個學(xué)科進(jìn)入ESI前1%。2019年首都醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科獲評為北京市教育委員會北京高校高精尖建設(shè)學(xué)科。學(xué)院擁有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和生物學(xué)2個一級學(xué)科博士點和博士后科研流動站、1個省部共建國家重點實驗室培育基地、2個教育部重點實驗室、4個北京市重點實驗室和2個北京市協(xié)同創(chuàng)新中心。2019年學(xué)院榮獲全國教育系統(tǒng)先進(jìn)集體，2017年和2020年兩次榮獲北京高校先進(jìn)基層黨組織。

學(xué)院現(xiàn)有教職工290人，其中教授48人，擁有一批由高水平、復(fù)合型人才領(lǐng)銜的學(xué)科隊伍，其中包括院士、長江學(xué)者、國家杰出青年科學(xué)基金獲得者、國家百千萬人才工程人選、北京學(xué)者、青年北京學(xué)者等，為學(xué)院的蓬勃發(fā)展奠定了堅實基礎(chǔ)?！笆濉逼陂g，學(xué)院共獲批省部級及以上科研項目176項，總資助經(jīng)費11 286余萬元，包括科技部國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金重大研究計劃等；發(fā)表SCI收錄研究論文528篇，總影響因子2 012，其中影響因子5.0以上111篇，2020年吳燕教授關(guān)于新型冠狀病毒的研究論文在Science發(fā)表；獲得省部級以上科技獎勵3項；授權(quán)專利16項，專利轉(zhuǎn)化成果1項。

學(xué)院承擔(dān)著基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程以及醫(yī)學(xué)相關(guān)生物學(xué)課程的教學(xué)、研究等任務(wù)，以“抓質(zhì)量、育名師”為教育教學(xué)建設(shè)的主要目標(biāo)，深入開展質(zhì)量工程建設(shè)，努力實現(xiàn)“謀教學(xué)質(zhì)量之排頭，創(chuàng)一流大學(xué)之基礎(chǔ)”的奮斗目標(biāo)。學(xué)院獲批首批全國高校黃大年式教師團隊1個，擁有國家級優(yōu)秀教學(xué)團隊2個，國家級教學(xué)名師1名，北京市教學(xué)名師5名；有2門課程被評為國家級精品課程，1門課程被評為國家級雙語教學(xué)示范課程。在專業(yè)建設(shè)方面，持續(xù)探索和完善基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)專業(yè)和醫(yī)學(xué)實驗技術(shù)專業(yè)人才培養(yǎng)模式，推進(jìn)落實“外培計劃”改革項目，2019年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)專業(yè)獲批為北京市一流本科專業(yè)建設(shè)點。2018年解剖標(biāo)本陳列廳被評為“北京市科普基地”，成為我校對外宣傳的窗口和社會服務(wù)的重要陣地。

學(xué)院充分重視本科生及研究生的培養(yǎng)質(zhì)量，每學(xué)年獲得國家獎學(xué)金、北京市三好學(xué)生及優(yōu)秀畢業(yè)生等榮譽稱號近20人次；指導(dǎo)學(xué)院本科生參加五屆全國大學(xué)生創(chuàng)新論壇暨實驗設(shè)計大賽，榮獲一等獎4項、二等獎9項、三等獎9項，參賽獲獎學(xué)生達(dá)63人次；培養(yǎng)的研究生獲得社會用人單位的高度好評。