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        鵝掌楸AOX家族基因克隆與組織表達分析

        2020-08-26 15:00:26宗亞仙郝自遠王曦溫少瑩李火根
        廣西植物 2020年7期

        宗亞仙 郝自遠 王曦 溫少瑩 李火根

        摘?要:鵝掌楸(Liriodendron?chinense)為重要的珍貴用材及園林觀賞樹種,開展抗逆基因的研究,對于提高鵝掌楸適應性有重要意義。該文以鵝掌楸為研究對象,通過采用RT-qPCR與RACE相結(jié)合的方法克隆獲得3個AOX基因,其ORF長分別為858、1?032、1?044?bp,相應編碼氨基酸數(shù)為285、343、347?aa,分別命名為LcAOX1a、LcAOX1b和LcAOX2。蛋白同源性分析發(fā)現(xiàn)鵝掌楸AOX家族蛋白序列高度保守,尤其在C端保守性極高,且均含有“EXXH”、“EEE-Y”?鐵離子結(jié)合保守結(jié)構(gòu)域。亞細胞定位分析結(jié)果顯示LcAOX1a蛋白定位于線粒體及葉綠體之外的其他位置,LcAOX1b蛋白在葉綠體和線粒體中均有定位,LcAOX2蛋白定位于線粒體基質(zhì)。采用RT-qPCR方法研究AOX基因在鵝掌楸莖、葉片、葉芽、花芽、花萼、花瓣、雄蕊、雌蕊8個不同組織中的表達模式,分析發(fā)現(xiàn)鵝掌楸AOX基因在花器官中表達量明顯高于營養(yǎng)器官,LcAOX1a與LcAOX1b基因在雄蕊中表達量最高,特別是LcAOX1a基因在雄蕊中特異性表達,其表達量遠遠高于其他組織;LcAOX2基因在花瓣中表達量最高。該研究克隆3個鵝掌楸AOX基因并進行相關(guān)分析,為進一步研究其生物學功能奠定了基礎(chǔ)。

        關(guān)鍵詞:鵝掌楸,交替氧化酶,基因克隆,生物信息學分析,組織表達

        中圖分類號:Q943

        文獻標識碼:A

        文章編號:1000-3142(2020)07-0988-10

        Abstract:Alternative?oxidase?(AOX),a?terminal?oxidase?located?in?respiration?electron-transport?pathway,which?is?widely?existed?in?higher?plants?and?closely?related?to?plant?respiration.?It?has?shown?that?AOX?played?a?substantial?role?in?plant?growth,seedling?morphogenesis?and?environmental?adaptability?in?recent?researches.?Liriodendron?chinensis?is?an?excellent?tree?species?for?garden?ornaments?and?timber?use,while?the?adaptive?capacity?prevents?the?expansion?of?cultivated?area.?As?a?result,searching?for?resistant?genes?of?L.?chinensis?and?uncovering?the?mechanism?of?its?stress-defence?ability?are?great?urgency.?Three?AOX?genes?were?isolated?from?L.?chinensis?by?RT-qPCR?and?RACE,and?then?sequence?analysis?was?carried?out?in?silico,including?analysis?of?open?reading?frames,encoded?amino?acid?sequences,protein?domains,secondary?structures?and?so?on.?The?open?reading?frame?length?of?AOX?genes?were?858,1?032?and?1?044?bp,which?encoded?285,343?and?347?amino?acids,respectively,and?then?we?named?the?genes?as?LcAOX1a,LcAOX1b?and?LcAOX2.?Protein?homology?and?phylogenesis?analysis?revealed?that?the?AOX?family?protein?sequences?of?L.?chinense?were?highly?conserved,especially?at?the?C-terminus,and?all?the?three?AOX?genes?contained?“EXXH”,“EEE-Y”?iron-binding?conserved?domains,those?may?have?activities?in?combination?with?iron?ions.?Subcellular?localization?analysis?showed?that?LcAOX1a?protein?was?localized?in?other?places?outside?the?chloroplast?and?mitochondria.?LcAOX1b?protein?was?localized?in?chloroplast?and?mitochondria,while?LcAOX2?protein?was?localized?in?mitochondrial?matrix.?The?expression?patterns?of?AOX?genes?were?examined?by?using?eight?tissues,including?stem,leaf,leaf?bud,flower?bud,calyx,petal,stamens?and?pistil.?The?result?of?RT-qPCR?indicated?that?relative?quantity?(RQ)?of?LcAOX1a,LcAOX1b?and?LcAOX2?genes?in?floral?organs?was?significantly?greater?than?that?in?vegetative?organs.?The?RQ?value?of?LcAOX1a?and?LcAOX1b?was?the?highest?in?the?stamens,especially?the?LcAOX1a,the?expression?in?the?stamens?was?much?higher?than?other?tissues.?The?LcAOX2?gene?has?the?highest?RQ?value?in?the?petals.?This?study?cloned?three?LcAOX?genes?and?performed?bioinformatics?analysis,subcellular?localization?analysis?and?expression?patterns?analysis?to?provide?a?reference?for?further?study?of?their?biological?functions.

        1.2.4?基因的生物信息學分析?利用生物信息學軟件對獲得的AOX基因進行開放閱讀框、編碼的氨基酸序列、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域及二級結(jié)構(gòu)等分析。通過ORF?finder(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/)進行ORF及編碼氨基酸序列的預測;通過Expasy?ProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)進行蛋白質(zhì)氨基酸組成、分子量、理論等電點分析;使用Pfam(http://pfam.xfam.org/)進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析;采用在線工具ExPASy?TMpred(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html)分析蛋白質(zhì)序列跨膜區(qū);使用SignalP?4.1?Sever(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)進行信號肽分析;使用SOPMA進行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測;分別利用TargetP?1.1?Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)及Wolfpsort(https://wolfpsort.hgc.jp/)進行亞細胞定位預測;在NCBI搜索下載已發(fā)表的AOX同源序列進行分析,采用MEGA5.0進行系統(tǒng)進化樹構(gòu)建。

        1.2.5?基因的組織表達分析?提取鵝掌楸葉片、莖、葉芽、花芽、花萼、花瓣、雄蕊、雌蕊8個不同組織的RNA,將提取的RNA樣品稀釋到統(tǒng)一濃度(250?ng·μL-1),反轉(zhuǎn)錄呈cDNA。根據(jù)克隆獲得LcAOX1a、LcAOX1b和LcAOX2基因序列,采用Oligo?7軟件設(shè)計qPCR引物(表1),用Actin97作為內(nèi)參基因,進行實時定量PCR反應,檢測目的基因在8種不同組織中的表達量,每個樣品設(shè)置3個重復,反應體系和程序參照SYBR?Premix?Ex?TaqTM?(Tli?RNaseH?Plus)(TaKaRa)說明書。

        2?結(jié)果與分析

        2.1?鵝掌楸AOX家族基因cDNA全長序列克隆及命名

        從北美鵝掌楸轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫搜索到AOX基因相關(guān)的EST片段共16條,分別將其EST片段與本實驗室鵝掌楸轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(Yang,2013)比對、去重之后,共得到3條鵝掌楸AOX基因EST片段,分別為lcomp84206_c0、lcomp98789、lcomp99880_c0,并根據(jù)篩選出的3條鵝掌楸AOX基因EST序列設(shè)計中間片段特異性引物,通過PCR擴增、目的片段回收以及克隆測序,對轉(zhuǎn)錄組中AOX基因序列進行驗證(圖1:A)。根據(jù)中間片段測序結(jié)果設(shè)計RACE引物,采用巢式擴增,獲得3′RACE(圖1:C)和5′RACE(圖1:D)。將中間片段、3′RACE和5′RACE進行電子拼接獲得全長,并在其ORF兩端設(shè)計引物進行ORF驗證(圖1:B),表明拼接結(jié)果無誤。將克隆獲得的3個AOX基因預測蛋白通過NCBI?BLAST?Protein與數(shù)據(jù)庫進行比對,根據(jù)比對結(jié)果,將獲得的目的基因依次命名為LcAOX1a(MN187966)、LcAOX1b(MN187968)和LcAOX2(MN187967)。

        2.2?鵝掌楸AOX家族基因編碼蛋白理化性質(zhì)分析

        克隆出的3個AOX基因編碼蛋白均含有AOX保守結(jié)構(gòu)域,其中LcAOX1a、LcAOX1b為AOX1亞家族,LcAOX2為AOX2亞家族成員。LcAOX1a基因全長1?305?bp,ORF長858?bp,編碼285個氨基酸,理論等電點為7.23,脂溶性蛋白指數(shù)為80.11,不穩(wěn)定系數(shù)為36.17,疏水性平均值為-0.264。LcAOX1b基因全長1?405?bp,ORF長1?032?bp,編碼343個氨基酸,理論等電點為8.37,脂溶性蛋白指數(shù)為85.04,不穩(wěn)定系數(shù)為39.71,疏水性平均值為-0.181。LcAOX2基因全長1?376?bp,ORF長1?044?bp,編碼347個氨基酸,理論等電點9.02,脂溶性蛋白指數(shù)為89.94,不穩(wěn)定系數(shù)為48.17,疏水性平均值為-0.251。通過在線預測軟件ExPASy?TMpred對AOX蛋白跨膜區(qū)進行解析,結(jié)果顯示AOX蛋白為典型的跨膜蛋白,且疏水性變化大的區(qū)域為其跨膜區(qū)。

        2.3?鵝掌楸AOX家族基因編碼蛋白同源性分析

        分別將鵝掌楸AOX家族蛋白的LcAOX1a、LcAOX1b、LcAOX2與NCBI數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫中序列進行比對,結(jié)果表明鵝掌楸AOX家族蛋白序列高度保守,尤其在C端保守性極高(圖2),且不同物種AOX蛋白均含有AOX家族特有的“EXXH”、“EEE-Y”鐵離子結(jié)合保守結(jié)構(gòu)域,6個保守的組氨酸殘基可能參與鐵離子的結(jié)合,1個保守絲氨酸殘基則與二硫鍵形成有關(guān),因此,推測克隆出的LcAOX1a、LcAOX1b、LcAOX2基因作為雙鐵羧酸超基因家族成員,有著結(jié)合鐵離子活性。

        2.4?鵝掌楸AOX家族基因表達蛋白系統(tǒng)進化分析

        從NCBI蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中搜索已發(fā)表的擬南芥(NP_188876.1、NP_188875.1、NP_189399.1、NP_201226.2)、水稻(Oryza?sativa,O.?glaberrima)(BAA28773.1、BAB71945.1)、胡蘿卜(Daucus?carota?var.?sativa)(ALI57378.1、ABZ81229.2、ABZ81230.2)、葡萄(Vitis?vinifera)(ACI28876.1、NP_001268001.1)、番茄(Lycopersicon?esculentum)(NP_001234117.2、NP_001309890.1)、大豆(Glycine?max)(KHN42869.1、KHN39226.1)、西瓜(Citrullus?lanatus)(ADD84880.1)

        等19個AOX家族同源蛋白,利用MEGA5.0軟件將3個鵝掌楸AOX蛋白與數(shù)據(jù)庫檢索的蛋白序列進行多重序列比對,并用極大似然法構(gòu)建系統(tǒng)進化樹(圖3),AOX蛋白明顯分為兩大支,即AOX1和AOX2,從親緣關(guān)系來看,LcAOX1a和LcAOX1b

        聚為一個小的分支,與胡蘿卜DcAOX1蛋白親緣關(guān)系最近;而LcAOX2與胡蘿卜DcAOX2a等蛋白親緣關(guān)系較近。因此,該結(jié)果一方面說明了鵝掌楸在進化關(guān)系上與胡蘿卜更為密切,另一方面,也符合AOX家族在AOX1和AOX2亞家族分類事實。

        2.5?鵝掌楸AOX家族基因亞細胞定位預測

        用TargetP在線軟件進行亞細胞定位預測(表2),結(jié)果顯示LcAOX1a蛋白可能較多分布在除葉綠體、線粒體和分泌通路之外的其他位置;LcAOX2蛋白定位于線粒體,且可信度等級為2,具有較高可信度;LcAOX1b雖然在線粒體中分值最高,但其具體定位信息并不明確。為了使預測結(jié)果更加準確,我們使用Wolfpsort在線軟件再一次進行LcAOX蛋白亞細胞定位預測(表3),結(jié)果顯示LcAOX1a蛋白最有可能定位于細胞質(zhì)區(qū)域;LcAOX2蛋白最有可能定位于線粒體中;LcAOX1b蛋白在線粒體和葉綠體中均有定位,其具體定位信息仍需進一步實驗驗證。

        2.6?鵝掌楸AOX家族基因組織表達特性分析

        分別提取鵝掌楸的8個組織總RNA,以其反轉(zhuǎn)錄cDNA為模板,參考之前已發(fā)表的鵝掌楸Actin97作為內(nèi)參基因(Tu?et?al.,2019),進行實時定量PCR反應。結(jié)果顯示(圖4),三個AOX基因在花器官中表達量均明顯高于其在營養(yǎng)器官中的表達量。其中鵝掌楸AOX1a在雄蕊中表達量極高,其次為花瓣,而在莖、葉片、葉芽等組織中表達量極低,僅有1左右;同樣,AOX1b基因在雄蕊中表達量最高,約為葉片的2.69倍,莖中表達量最低,只有葉片的0.2倍左右;AOX2基因在花瓣中表達量最高,約為葉片表達量的3倍左右,葉芽中表達量最低。

        3?討論與結(jié)論

        交替氧化酶為交替呼吸途徑末端氧化酶,是由AOX基因控制編碼的一類蛋白酶,Rhoads?&?Mcintosh(1991)在斑龍芋(Sauromatum?venosum)中首次克隆出AOX基因并命名為AOX1。隨后,國內(nèi)外學者對交替呼吸途徑以及AOX基因進行了大量研究。迄今為止,幾乎在所有的高等植物基因組中均檢測到AOX基因的存在,而在動物中,只有極少數(shù)低等動物如原生生物中含有AOX基因(Mcdonald?&?Vanlerberghe,2004),此外,在真菌、細菌以及藻類中都有發(fā)現(xiàn)(Mcdonald?&?Vanlerberghe,2006)。AOX基因家族是由核基因編碼的一個較小的基因家族,通常被分為兩個亞家族AOX1和AOX2(Selinski?et?al.,2018),多數(shù)單子葉植物中往往僅含有AOX1亞家族,但天南星科植物如綠萍、紅掌、綠蘿等古老的單子葉植物中也檢測到AOX2亞家族的存在(Costa?et?al.,2017),此外,對石頭松(Pinus?pinea)的研究發(fā)現(xiàn),其含有AOX1和AOX2兩個亞家族,可以推斷AOX1和AOX2兩個亞家族出現(xiàn)在裸子植物與被子植物分離之前的時期,并且證明單子葉植物中也存在AOX2亞家族,可能在之后的進化發(fā)展中逐漸丟失了相關(guān)序列(António?et?al.,2009);而雙子葉植物除了極個別物種如楊樹(Populus)外(楊樹僅存在AOX1亞家族),均含有兩個亞家族(張旭,2014)。擬南芥AOX基因家族分析結(jié)果表明,共有5個AOX基因存在擬南芥中,其中有4個AOX1基因分別為AOX1a、AOX1b、AOX1c、AOX1d以及1個AOX2基因(Saisho?et?al.,1997;Clifton?et?al.,2005)。對大豆研究發(fā)現(xiàn)其存在1個AOX1基因和2個AOX2基因分別為AOX2a和AOX2b(Thirkettle-Watts?&?Whelan,2003)。Ito?et?al.(1997)從水稻中分離鑒定出兩個AOX基因,分別命名為AOX1a、AOX1b,此后Hiroaki?et?al.(2002)進一步對水稻研究發(fā)現(xiàn)并命名為AOX1c基因,三者均為AOX1亞家族基因。

        本研究依據(jù)鵝掌楸多組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選鑒定并克隆3個AOX家族基因LcAOX1a、LcAOX1b、LcAOX2,系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果表明鵝掌楸AOX基因同樣分化為AOX1與AOX2兩個亞家族。

        根據(jù)“SUM”模型(Siedow?&?Umbach,1995),AOX蛋白在第一和第四個螺旋分別含有1個保守的?“EXXH”,形成雙鐵羧酸活性中心,且在C端含有“FXHR”與“EEE-Y”的保守序列。而在此后Andersson?&?Nordlund(1999)提出的“AN”模型中,AOX在第二和第四個螺旋中含有“EXXH”保守序列,且活性中心僅位于第四個螺旋。本研究進行蛋白同源性分析發(fā)現(xiàn)鵝掌楸AOX家族3個基因均含有AOX家族特有的“EXXH”“FXHR”“EEE-Y”等鐵離子結(jié)合的保守結(jié)構(gòu)域,尤其在C端保守性極高。亞細胞定位預測結(jié)果顯示LcAOX1a蛋白可能分布在除線粒體、葉綠體和分泌通路之外的其他位置;LcAOX1b在葉綠體和線粒體中均有定位;LcAOX2蛋白定位于線粒體,這與之前報道的對擬南芥AOX2基因進行亞細胞定位實驗的結(jié)果一致,并且該研究發(fā)現(xiàn)AOX2基因在擬南芥萌發(fā)初期的交替呼吸途徑中發(fā)揮重要作用(Saisho?et?al.,2001)。

        組織表達分析結(jié)果表明鵝掌楸LcAOX1a、LcAOX1b與LcAOX2基因均在生殖器官中表達量較高,其中LcAOX1a與LcAOX1b基因均在雄蕊中表達量最高,特別是LcAOX1a基因在雄蕊中表達量遠遠高于其他組織。AOX基因作為重要的線粒體末端氧化酶,在能量溢流和熱能轉(zhuǎn)化過程中具有重要的作用,然而在開花傳粉期間,可能由于花器官需要熱量維持活躍的代謝反應,因此表現(xiàn)出AOX活性的顯著增強(Meeuse,1975)。LcAOX1a基因在雄蕊中特異性表達,雄蕊表達量是葉片的2萬倍以上,推測該基因除了與非生物脅迫相關(guān)之外,可能與雄蕊發(fā)育密切相關(guān)。與此結(jié)果相似,在對大豆、棉花(Gossypium?spp.)和擬南芥研究中發(fā)現(xiàn)AOX1基因均表現(xiàn)出雄蕊特異性表達,且AOX1基因的雄蕊特異性表達模式與細胞質(zhì)雄性不育有著密切的關(guān)系(Shin?et?al.,2002;Li?et?al.,2013)。此外,對蘇鐵產(chǎn)熱機制研究表明,雄球果產(chǎn)熱明顯高于雌球果,而獨特的線粒體形態(tài)和CrAOX1介導的小孢子呼吸可能在球果產(chǎn)熱中發(fā)揮重要作用(Yasuko?et?al.,2019)。也有一些研究表明AOX1基因的表達并不引起細胞質(zhì)的雄性不育,而是與小孢子母細胞發(fā)育相關(guān)(Johns?et?al.,1993)。而LcAOX2基因同樣在生殖器官中表達量更高,其中花瓣中表達量最高,其次為花萼和雌蕊。在西瓜和芒果的研究中發(fā)現(xiàn)AOX2在果實發(fā)育過程中有大量表達,推斷AOX2可能與果實發(fā)育相關(guān)(Considine,2001;李嚴曼,2011)。擬南芥研究中發(fā)現(xiàn)AOX2在成熟的種子中表達量最高(Nakabayashi?et?al.,2005)。因此推測AOX2可能與植物生長發(fā)育密切相關(guān)。在對本研究通過對鵝掌楸AOX基因序列克隆并探討其組織表達模式與功能之間的潛在關(guān)系,以期為今后進一步開展AOX家族基因生物學功能研究提供參考。

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