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        陸川豬ANKRD1基因克隆及其表達差異分析

        2020-08-11 07:39:43潘鵬丞焦迪謝婉陳寶劍關志惠謝炳坤
        南方農(nóng)業(yè)學報 2020年6期
        關鍵詞:生物信息學克隆

        潘鵬丞 焦迪 謝婉 陳寶劍 關志惠 謝炳坤

        摘要:【目的】克隆陸川豬心肌錨蛋白重復域1基因(ANKRD1),并進行生物信息學及組織表達譜分析,為研究ANKRD1在陸川豬機體內(nèi)的功能作用提供參考依據(jù)。【方法】根據(jù)NCBI已公布的野豬ANKRD1基因序列(NM_213922.1)設計特異性引物,采用TRIzol法提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪的總RNA,反轉錄合成cDNA,并以此為模板進行ANKRD1基因克隆,通過MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在線分析軟件進行生物信息學分析,最后以實時熒光定量PCR檢測ANKRD1基因在陸川豬各組織中的表達情況?!窘Y果】陸川豬ANKRD1基因蛋白編碼區(qū)(CDS)序列全長960 bp,編碼319個氨基酸殘基,與NCBI已公布野豬ANKRD1基因(NM_213922.1)的CDS序列存在4處堿基突變,但均為同義突變,二者的ANKRD1氨基酸序列同源性為99.6%。陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白分子量為36125.70 Da,理論等電點(pI)為7.09,屬于穩(wěn)定蛋白,其二級結構中α-螺旋占46.39%、無規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉角占9.09%、延伸鏈占4.70%;陸川豬ANKRD1蛋白不存在跨膜結構,也無信號肽,有多個磷酸化位點。陸川豬ANKRD1基因在其心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪等7個組織中均有表達,其中以心臟中的相對表達量最高,顯著高于在其他組織中的相對表達量(P<0.05,下同),在脾臟中的相對表達量最低,顯著低于在心臟、肝臟、肺臟和背最長肌中的相對表達量?!窘Y論】ANKRD1基因在陸川豬的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪等組織中均有表達,且存在明顯差異,故推測ANKRD1基因在不同組織中發(fā)揮不同作用。

        關鍵詞: 陸川豬;ANKRD1基因;克隆;生物信息學;組織表達譜

        Abstract:【Objective】The ankyrin repeat domain 1 gene(ANKRD1) of Luchuan pig was cloned and analyzed by bioinformatics and tissue expression profile, the purpose of this study was to provide a reference for studying the function of ANKRD1 in Luchuan pig. 【Method】The specific primers were designed according to the ANKRD1 gene sequence (NM_213922.1) published by NCBI. The total RNA of heart, liver, spleen, lung, kidney, longissimus dorsi and subcutaneous fat of Luchuan pig was extracted by TRIzol method, the cDNA was synthesized by reverse transcription, and the ANKRD1 gene was cloned using this template. The biological information was analyzed by online analysis software such as MegALign, Protaram, Protscale, MHMM Server and SignalP. Finally, the expression of ANKRD1 gene in various tissues of Luchuan pig was detected by real-time fluorescent quantitative PCR. 【Result】The protein coding region(CDS) of ANKRD1 gene of Luchuan pig was 960 bp in length and encoded 319 amino acid residues. There were four base mutations between Luchuan pig ANKRD1 gene and the CDS sequence of wild boar ANKRD1 gene(NM_213922.1) published by NCBI, but all of them were synonymous mutations. The homology of ANKRD1 amino acid sequence between Luchuan pig and wild boar was 99.6%. The molecular weight and theoretical isoelectric point(pI) of ANKRD1 gene of Luchuan pig were 36125.70 Da and 7.09 respectively, which was a stable protein. α-helix accounted for 46.39%, random coil accountedfor 39.81%, β-turn accounted for 9.09%, and extended strand accounted for 4.70%. The ANKRD1 protein of Luchuan pig had no transmembrane structure and signal peptide, and had multiple phosphorylation sites. The results showed that ANKRD1 gene was expressed in seven tissues including heart, liver, spleen, lung, kidney, longissimus dorsi and subcutaneous fat. The relative expression level of ANKRD1 in heart was the highest, which was significantly higher than that in other tissues(P<0.05, the same below), and the relative expression level in spleen was the lowest, which was significantly lower than that in heart, liver, lung and longissimus dorsi. 【Conclusion】ANKRD1 gene is expressed in heart, liver, spleen, lung, kidney, longissimus dorsi and subcutaneous fat of Luchuan pigs, and there are obvious differences. It is speculated that ANKRD1 gene plays a different role in different tissues.

        Key words: Luchuan pig; ANKRD1 gene; cloning; bioinformatics; tissue expression profile

        0 引言

        【研究意義】陸川豬產(chǎn)于廣西東南部的陸川縣,是我國八大地方優(yōu)良品種之一,具有體型小、早熟、肉質好、耐粗飼等優(yōu)點(張家富等,2010),其開發(fā)潛能巨大。至今,國內(nèi)已有許多學者針對陸川豬的生長性能和肉質性狀等相關基因開展了系列研究。黃艷娜等(2014)研究認為,肌肉生長抑制素基因(MSTN)可作為研究陸川豬肌肉生長發(fā)育和脂肪沉積的候選基因;關志惠等(2017)研究發(fā)現(xiàn)陸川豬脂酰輔酶A氧化酶1基因(ACOX1)與其日增重、初生重、背膘厚和脂肪酸組成等重要數(shù)量性狀遺傳位點緊密相連,是一個與脂肪沉積相關的潛在候選基因;何劍雄(2018)研究表明,WFIKKN2基因啟動子區(qū)的甲基化對其mRNA表達量有影響,進而影響陸川豬的生長發(fā)育;謝婉等(2018)研究證明G蛋白偶聯(lián)受體1基因(GPR1)啟動子甲基化對陸川豬肌肉脂肪有一定影響;焦迪等(2019)研究發(fā)現(xiàn)肌球蛋白調節(jié)輕鏈9基因(MYL9)磷酸化可能會影響陸川豬的肌肉生長。因此,挖掘并研究陸川豬的相關基因對開發(fā)利用其優(yōu)良性狀具有重要意義?!厩叭搜芯窟M展】心肌錨蛋白重復域1(Ankyrin repeat domain 1,ANKRD1)最早于1995年在體外培養(yǎng)的微血管內(nèi)皮細胞中鑒定獲得,屬于MARP家族,在哺乳動物中高度保守(Zou et al.,1997;Kojic et al.,2010)。ANKRD1基因是胚胎基因,在胚胎和胎兒發(fā)育的過程中表達量較高,隨著年齡的增長其表達量逐漸降低;但ANKRD1基因在肌肉萎縮和營養(yǎng)不良時可持續(xù)上調(Laure et al.,2009)。臨床醫(yī)學表明,心肌肥厚和心力衰竭的患者心臟中ANKRD1基因高表達,是其臨床癥狀的主要標志之一(Ling et al.,2017;Wette et al.,2017),即ANKRD1對心臟的生長發(fā)育及心肌結構與功能的完善具有重要作用(Almodóvar-García et al.,2014)。此外,Park等(2005)研究證明ANKRD1基因對血管新生及組織修復發(fā)揮重要作用,對細胞凋亡也起雙向調節(jié)作用。Ponsuksili等(2009)研究發(fā)現(xiàn)在顯著的特征相關基因中ANKRD1基因是肉類品質的候選基因之一。Zhong等(2015)研究發(fā)現(xiàn),ANKRD1通過招募GATA4和ERK1/2至肌節(jié)大分子復合物,促使GATA4磷酸化增強,之后ANKRD1復合物移位進入細胞核內(nèi),致使肥大基因誘導表達,最終促進心肌肥厚。王譯晗等(2018)研究表明,miR-218能抑制AngⅡ誘導的心肌肥大,其原因可能是靶向抑制ANKRD1基因表達而發(fā)揮作用?!颈狙芯壳腥朦c】ANKRD1基因雖然在機體心肌組織中表達量最高,但在肌肉里也高表達且與肉質和骨骼肌性狀等相關,但該基因在生豬上的研究較少,尤其在陸川豬上的研究鮮見報道?!緮M解決的關鍵問題】提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪的總RNA,反轉錄合成cDNA,并以此為模板進行ANKRD1基因克隆,通過MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在線分析軟件進行生物信息學分析,探究ANKRD1基因在陸川豬各組織中的表達情況,為研究ANKRD1在陸川豬機體內(nèi)的功能作用提供參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1. 1 試驗材料

        3頭2月齡的陸川豬由廣西畜牧研究所提供,采集其心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪。酵母浸出物和胰蛋白胨購自Oxoid公司;TRIzol試劑、Premix Taq DNA聚合酶、pMD18-T載體、反轉錄試劑盒(PrimeScriptTM II 1st Strand cDNA Synthesis Kit)及定量試劑盒(PrimeScriptTM RT rea-gent Kit with gDNA Eraser)均購自TaKaRa公司;膠回收試劑盒購自杭州博日科技有限公司;大腸桿菌Trans 5α感受態(tài)細胞購自北京全式金生物技術有限公司;DNA Marker購自廣州東盛生物科技有限公司;瓊脂糖購自Biowest公司。

        1. 2 試驗方法

        1. 2. 1 引物設計與合成 按照NCBI中已公布的野豬ANKRD1基因序列(NM_213922.1),利用Oligo 7.0設計陸川豬ANKRD1基因的克隆引物(ANKRD1-F1和ANKRD1-R1)和定量引物(ANKRD1-F2和ANKRD1-R2),以及內(nèi)參引物(GAPDH-F和GAPDH-R)(表1)。所有引物均委托生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

        1. 2. 2 陸川豬ANKRD1基因克隆 采用TRIzol法提取陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪的總RNA,并反轉錄合成cDNA,以ANKRD1-F1和ANKRD1-R1為引物進行PCR擴增。PCR反應體系10.0 ?L:Premix Taq DNA聚合酶5.0 ?L,cDNA模板1.0 ?L,上、下游引物各0.4 ?L,RNase free ddH2O 3.2 ?L。擴增程序:94 ℃ 30 s,59 ℃ 30 s,72 ℃ 90 s,進行30個循環(huán)。以2.0%瓊脂糖凝膠電泳對PCR擴增產(chǎn)物進行檢測,染色后對目的條帶進行膠回收,膠回收產(chǎn)物與pMD18-T載體連接過夜,轉化Trans 5α感受態(tài)細胞后經(jīng)涂板、挑菌、擴大培養(yǎng)和菌液PCR驗證,將陽性PCR擴增產(chǎn)物送至生工生物工程(上海)股份有限公司測序。

        1. 2. 3 實時熒光定量PCR 以反轉錄試劑盒反轉錄合成的cDNA為模板、GAPDH基因為內(nèi)參基因,檢測ANKRD1基因在陸川豬各組織的表達量。PCR反應體系10.0 ?L:TB GreenⅡ5.0 ?L,上、下游引物各0.25 ?L,cDNA模板2.5 ?L,RNase free ddH2O 2.0 ?L。擴增程序:95 ℃預變性30 s;95 ℃ 5 s,60 ℃ 30 s,進行37個循環(huán)。每個樣本重復3次,采用2-ΔΔCt法換算陸川豬ANKRD1基因的相對表達量。

        1. 3 陸川豬ANKRD1基因生物信息學分析

        采用MegAlign檢測陸川豬與其他物種間的ANKRD1氨基酸序列同源性并構建系統(tǒng)發(fā)育進化樹;運用ProtParam預測分析陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白的理化性質;利用SOPMA和SWISS-MODEL分別預測分析ANKRD1蛋白的二、三級結構;以ProtScale、MHMM Server 2.0和SignalP 4.1對其疏水性、跨膜結構和信號肽進行預測;采用NetNGlyc 1.0、NetOGlyc 3.1和NetPhos 3.1 Server分別預測ANKRD1蛋白的N、O糖基化位點和潛在的磷酸化位點及對應的蛋白激酶位點;運用WoLF PSORT進行亞細胞定位分析;并以NCBI中的CD-search在線預測陸川豬ANKRD1蛋白保守結構域。

        2 結果與分析

        2. 1 陸川豬ANKRD1基因克隆結果

        PCR擴增產(chǎn)物采用2.0%瓊脂糖凝膠電泳進行檢測,結果在1000 bp附近觀察到明亮清晰的目的條帶(圖1),與預期結果相符。

        2. 2 陸川豬ANKRD1基因生物信息學分析結果

        2. 2. 1 陸川豬ANKRD1基因測序分析 克隆獲得的陸川豬ANKRD1基因蛋白編碼區(qū)(CDS)960 bp,編碼319個氨基酸殘基,與NCBI已公布的野豬ANKRD1基因(NM_213922.1)CDS序列存在4處堿基突變(圖2),但均為同義突變。經(jīng)BLASTp比對分析發(fā)現(xiàn),陸川豬ANKRD1氨基酸序列與NCBI已公布野豬(NM_213922.1)、綿羊(NM_001252178.1)、牛(NM_001034378.2)、人類(NM_014391.3)、灰倉鼠(NM_001246706.1)、褐家鼠(NM_013220.1)和小家鼠(NM_013468.3)的ANKRD1氨基酸序列同源性分別為99.6%、92.8%、92.5%、90.8%、86.6%、86.4%和86.1%(圖3)?;贏NKRD1氨基酸序列同源性構建的系統(tǒng)發(fā)育進化樹(圖4)也顯示,陸川豬與野豬的親緣關系最近,但與灰倉鼠的親緣關系最遠。

        2. 2. 2 陸川豬ANKRD1蛋白理化性質 ProtParam預測分析結果表明,陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白分子量為36125.70 Da,理論等電點(pI)為7.09,N端氨基酸殘基為Met(蛋氨酸);其帶負電荷的氨基酸殘基(Asp+Glu)總數(shù)53個,帶正電荷的氨基酸殘基(Arg+Lys)總數(shù)也是53個。ANKRD1蛋白在哺乳動物體外的半衰期為30 h,不穩(wěn)定系數(shù)為30.80,屬于穩(wěn)定蛋白。

        2. 2. 3 陸川豬ANKRD1蛋白二、三級結構 利用SOPMA對陸川豬ANKRD1蛋白二級結構進行預測分析,結果發(fā)現(xiàn)其二級結構中α-螺旋占46.39%、無規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉角占9.09%、延伸鏈占4.70%(圖5)。應用SWISS-MODEL預測陸川豬ANKRD1蛋白三級結構,結果顯示陸川豬ANKRD1蛋白可能存在的三級結構有3種模型(圖6)。

        2. 2. 4 陸川豬ANKRD1蛋白親/疏水性 采用ProtScale對陸川豬ANKRD1蛋白進行親/疏水性預測分析,結果顯示第在223位氨基酸的分值最大(1.656),在第98和99位氨基酸的分值最小,均為 -3.389。綜合圖7可知,陸川豬ANKRD1蛋白屬于疏水性蛋白。

        2. 2. 5 陸川豬ANKRD1蛋白信號肽和跨膜結構 采用SignalP 4.1對陸川豬ANKRD1蛋白信號肽進行預測,結果顯示無信號肽存在(圖8)。應用TMHMM Server 2.0對陸川豬ANKRD1蛋白跨膜結構進行預測分析,結果顯示不存在跨膜結構(圖9)。

        2. 2. 6 陸川豬ANKRD1蛋白磷酸化位點 利用NeTPhos 3.1 Server對陸川豬ANKRD1蛋白磷酸化位點進行預測分析,結果顯示陸川豬ANKRD1蛋白可能有22個位點被磷酸化(圖10),且預測發(fā)現(xiàn)該蛋白上存在PKC、RSK、GSK13、CaM-Ⅱ和PKG等16種蛋白激酶結合位點。

        2. 2. 7 陸川豬ANKRD1蛋白糖基化位點 雖然NetNGlyc 1.0對陸川豬ANKRD1蛋白N糖基化位點的預測分析結果顯示可能存在1個糖基化位點,但由于陸川豬ANKRD1蛋白無信號肽,是不可能被暴露在N-糖基化機制中,因此在體內(nèi)可能不會被糖基化(圖11)。

        2. 2. 8 陸川豬ANKRD1蛋白保守域及亞細胞定位 利用NCBI中的CD-search在線預測分析陸川豬ANKRD1蛋白保守結構域,結果顯示存在2個保守的結構域(圖12)。同時運用WoLF PSORT對陸川豬ANKRD1蛋白進行亞細胞定位分析,結果顯示,細胞質占65.2%,細胞核占17.4%,線粒體、液泡膜、細胞骨架和分泌系統(tǒng)小泡各占4.3%。

        2. 3 ANKRD1基因在陸川豬不同組織中的表達情況

        以GAPDH基因為內(nèi)參基因,采用實時熒光定量PCR檢測ANKRD1基因2月齡陸川豬心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪等7個組織中的表達情況,結果顯示,陸川豬ANKRD1基因在各組織中均有表達,其中以心臟中的相對表達量最高,顯著高于在其他組織中的相對表達量(P<0.05,下同),在脾臟中的相對表達量最低,顯著低于在心臟、肝臟、肺臟和背最長肌中的相對表達量(圖13)。

        3 討論

        目前,有關ANKRD1基因在豬上的研究較少,針對人類的研究也主要集中在疾病方面,且該基因在其他物種上的研究也不多,因此,ANKRD1基因的作用與功能,以及能否用于性狀選擇尚需進一步探究。由于ANKRD1基因最先是在成人主動脈cDNA文庫中克隆獲得,也稱CARP基因,主要在成年動物的心臟組織中表達,是診斷心肌肥厚的重要標志(Kuo et al.,1999;Aihara et al.,2000)。本研究成功克隆獲得陸川豬ANKRD1基因,其CDS序列全長960 bp,編碼319個氨基酸殘基,陸川豬與野豬的ANKRD1氨基酸序列同源性最高(99.6%),親緣關系最近;陸川豬ANKRD1蛋白不存在跨膜結構,也無信號肽,有多個磷酸化位點;其二級結構中α-螺旋占46.39%、無規(guī)則卷曲占39.81%、β-轉角占9.09%、延伸鏈占4.70%;陸川豬ANKRD1基因在心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪等7個組織中均有表達,其中以心臟中的相對表達量最高,顯著高于在其他組織中的相對表達量。綜合前人的相關研究結果,可確定ANKRD1主要在心肌組織中發(fā)揮作用(Almodóvar-García et al.,2014)。但也有研究認為,ANKRD1對骨骼肌有一定影響,例如ANKRD1基因在杜氏肌營養(yǎng)不良和其他營養(yǎng)不良患者的肌肉組織中上調表達(Bakay et al.,2002;Nakada et al.,2003),是對急性抵抗運動或超負荷工作的應激反應(Carson et al.,2002;Chen et al.,2014)。本研究還發(fā)現(xiàn),陸川豬ANKRD1基因在肌肉中的相對表達量也很高,且顯著高于在脂肪組織中的相對表達量,故推測進一步研究ANKRD1基因對揭示豬背最長肌的生長具有重要意義。

        有關ANKRD1基因分子功能的研究,已有文獻報道該基因在轉錄調控、肌原纖維組裝、拉伸感及肌漿與細胞核間的聯(lián)系等方面發(fā)揮關鍵作用(Granzier and Labeit,2004)。此外,在肌肉萎縮過程中ANKRD1基因的差異表達進一步說明其參與骨骼肌的可塑性,即ANKRD1可作為骨骼肌病理重塑的標志物(Laure et al.,2009)。還有研究表明,ANKRD1主要定位在肌節(jié)和細胞核,且可在細胞核與細胞質間來回穿梭。當ANKRD1定位在細胞核時,主要對轉錄起輔助作用,可被IL-1和TNF-α激活(Kojic et al.,2010;Wu et al.,2013);定位在細胞質中時,ANKRD1可與肌靶蛋白和肌鈣蛋白等多種蛋白結合,在維持許多病理或生理進程方面發(fā)揮重要作用(Samaras et al.,2015)。本研究運用WoLF PSORT對陸川豬ANKRD1蛋白進行亞細胞定位分析,結果顯示,細胞質占65.2%,細胞核占17.4%,線粒體、液泡膜、細胞骨架和分泌系統(tǒng)小泡各占4.3%。但本研究僅對陸川豬ANKRD1基因編碼蛋白進行基礎的生物信息學預測分析,ANKRD1基因在陸川豬背最長肌中的作用機制尚有待進一步探究。

        4 結論

        ANKRD1基因在陸川豬的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌和皮下脂肪等組織中均有表達,且存在明顯差異,故推測ANKRD1基因在不同組織中發(fā)揮不同作用。

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        (責任編輯 蘭宗寶)

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