南京市第三十九中學(xué)辦學(xué)六十載，以“和諧共生”為辦學(xué)目標(biāo)，以“明理求真”為校訓(xùn)，弘揚(yáng)“勤學(xué)上進(jìn)、文明守紀(jì)”的校風(fēng)、“治學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)、誨人不倦”的教風(fēng)和“求學(xué)刻苦、做人求真”的學(xué)風(fēng)。學(xué)校獲得全國初中教育改革創(chuàng)新示范校、江蘇省素質(zhì)教育示范初中、南京市體育傳統(tǒng)項(xiàng)目學(xué)校等稱號。

學(xué)校心理健康輔導(dǎo)中心成立于2010 年，依托于南京市“陶老師”工作站，秉承“成長比成績更重要，成人比成功更重要”的工作理念。中心建有團(tuán)輔教室、個(gè)別輔導(dǎo)室、接待室、閱讀等候室、悅納室、音樂放松室等，整合多方資源，努力為學(xué)生、教師、家長提供心理健康輔導(dǎo)，促進(jìn)學(xué)生健康成長。學(xué)校的心理健康教育工作堅(jiān)持以發(fā)展性為重點(diǎn)，有計(jì)劃地開展心理健康知識講座、學(xué)生心理健康團(tuán)體輔導(dǎo)，定期為家長提供家庭教育咨詢，還對個(gè)別學(xué)生進(jìn)行成長訓(xùn)練，幫助其解決學(xué)習(xí)、生活、人際交往等方面的心理問題。學(xué)校被評為全國中小學(xué)心理健康教育特色學(xué)校、江蘇省中小學(xué)心理健康教育特色學(xué)校，并建有鼓樓區(qū)教師心理健康云中心。